基于动态规划的DNA二级结构预测算法

基于DNA分子二级结构的结构稳定性和热力学稳定性,提出一种预测DNA分子二级结构的算法。利用基于矩阵的动态规划算法求解DNA分子最大碱基对匹配的所有二级结构;利用Nearest-Neighbor热力学模型计算所有结构的自由能,自由能在阈值范围内的即为DNA分子可能的二级结构。将实验结果与RNA structure软件结果进行对比,对比结果表明,该方法具有较高的准确率和覆盖范围。