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基于系统药理学方法的苓桂术甘汤治疗NAFLD的关键成分挖掘及协同机制分析
被引量:
3
1
作者
高珊珊
侯立新
+2 位作者
仇勤
孙继佳
苟小军
《中国医院药学杂志》
CAS
北大核心
2021年第23期2456-2463,共8页
目的:从系统药理学视角结合计算方法,深入解析中药复方苓桂术甘汤(LZD)中的主要有效活性成分对非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的分子作用机制及其协同性。方法:应用TCMSP数据库以及PubChem中检索出LZD的...
目的:从系统药理学视角结合计算方法,深入解析中药复方苓桂术甘汤(LZD)中的主要有效活性成分对非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的分子作用机制及其协同性。方法:应用TCMSP数据库以及PubChem中检索出LZD的主要化学成分,使用ACD/Labs软件对LZD主要化学成分进行ADMET筛选;从GeneCards、OMIM、DisGeNET等数据库收集NAFLD相关的作用靶点,运用SEA、HitPick靶点预测系统依次检索各活性成分的潜在作用靶点,通过取两者交集获得LZD治疗NAFLD的潜在作用靶点集,同时,提出利用最小集合覆盖算法(SCP)优化出LZD治疗NAFLD的关键成分集;进一步利用STRING数据库获得LZD潜在作用靶点的PPI网络,通过基于网络距离的计算方法发现LZD关键成分之间的协同治疗作用;最后,利用DAVID平台进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析。结果:通过ADMET筛选、靶点预测与识别,筛选出LZD中主要活性成分116个及其作用的78个潜在NAFLD靶点;利用SCP算法优化出LZD中的22个关键成分;对基于STRING构建的PPI网络分析,发现2个核心子模块,同时利用网络扰动计算方法,发现LZD中22个关键成分中有14个成分之间存在协同治疗作用;KEGG通路富集分析,显示LZD主要通过25条相关信号通路,主要涉及:乙型肝炎(hepatitis B)、TNF、丙型肝炎(hepatitis C)、HIF-1等;最后,分子对接验证显示,LZD中的Quercetin、2-methoxyphenylacetone、cinnamic acid、methyl cinnamate、dimethyl phthalate、diethyl phthalate等有效成分与AKT1、CXCL8、JUN、MAPK8、TNF等5个重要靶点均具有较好的结合力。结论:本研究初步揭示了LZD的药效物质基础,探讨了LZD的药理作用机制,为LZD的临床应用以及实验研究提供了重要参考依据。
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关键词
苓桂术甘汤
系统药理学
最小集合覆盖算法
PPI网络
GO功能注释
KEGG通路富集分析
分子对接
原文传递
题名
基于系统药理学方法的苓桂术甘汤治疗NAFLD的关键成分挖掘及协同机制分析
被引量:
3
1
作者
高珊珊
侯立新
仇勤
孙继佳
苟小军
机构
上海市宝山区中西医结合医院中心实验室
上海中医药大学中药学院数理教研室
出处
《中国医院药学杂志》
CAS
北大核心
2021年第23期2456-2463,共8页
基金
国家自然科学基金面上项目(编号:82074083)
宝山区特色专科建设项目(编号:BSZK-2018-A03)。
文摘
目的:从系统药理学视角结合计算方法,深入解析中药复方苓桂术甘汤(LZD)中的主要有效活性成分对非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的分子作用机制及其协同性。方法:应用TCMSP数据库以及PubChem中检索出LZD的主要化学成分,使用ACD/Labs软件对LZD主要化学成分进行ADMET筛选;从GeneCards、OMIM、DisGeNET等数据库收集NAFLD相关的作用靶点,运用SEA、HitPick靶点预测系统依次检索各活性成分的潜在作用靶点,通过取两者交集获得LZD治疗NAFLD的潜在作用靶点集,同时,提出利用最小集合覆盖算法(SCP)优化出LZD治疗NAFLD的关键成分集;进一步利用STRING数据库获得LZD潜在作用靶点的PPI网络,通过基于网络距离的计算方法发现LZD关键成分之间的协同治疗作用;最后,利用DAVID平台进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析。结果:通过ADMET筛选、靶点预测与识别,筛选出LZD中主要活性成分116个及其作用的78个潜在NAFLD靶点;利用SCP算法优化出LZD中的22个关键成分;对基于STRING构建的PPI网络分析,发现2个核心子模块,同时利用网络扰动计算方法,发现LZD中22个关键成分中有14个成分之间存在协同治疗作用;KEGG通路富集分析,显示LZD主要通过25条相关信号通路,主要涉及:乙型肝炎(hepatitis B)、TNF、丙型肝炎(hepatitis C)、HIF-1等;最后,分子对接验证显示,LZD中的Quercetin、2-methoxyphenylacetone、cinnamic acid、methyl cinnamate、dimethyl phthalate、diethyl phthalate等有效成分与AKT1、CXCL8、JUN、MAPK8、TNF等5个重要靶点均具有较好的结合力。结论:本研究初步揭示了LZD的药效物质基础,探讨了LZD的药理作用机制,为LZD的临床应用以及实验研究提供了重要参考依据。
关键词
苓桂术甘汤
系统药理学
最小集合覆盖算法
PPI网络
GO功能注释
KEGG通路富集分析
分子对接
Keywords
Lingguishugan Decoction
system pharmacology
minimal set covering algorithm
PPI network
GO function annotation
KEGG pathway enrichment analysis
molecular docking
分类号
R285.6 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于系统药理学方法的苓桂术甘汤治疗NAFLD的关键成分挖掘及协同机制分析
高珊珊
侯立新
仇勤
孙继佳
苟小军
《中国医院药学杂志》
CAS
北大核心
2021
3
原文传递
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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