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莱州湾日本蔓草分布调查及遗传多样性分析
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作者 丁金强 张世奎 +2 位作者 凌涛 徐一文 赵晓杰 《中国水产》 CAS 2024年第1期80-82,共3页
日本蔓草是我国分布最为广泛的海草种类之一,是蓝碳生态系统的重要组成部分。本文通过对莱州湾潍坊龙威底播型海洋牧场海域日本蔓草生态位进行调查,并利用11个微卫星分子标记对该海域内日本蔓草的种群遗传多样性进行分析评价,检测到等... 日本蔓草是我国分布最为广泛的海草种类之一,是蓝碳生态系统的重要组成部分。本文通过对莱州湾潍坊龙威底播型海洋牧场海域日本蔓草生态位进行调查,并利用11个微卫星分子标记对该海域内日本蔓草的种群遗传多样性进行分析评价,检测到等位基因共85个。其中单个标记的表观等位基因数(NA)分布为2~13,表观杂合度(HO)的分布为0.5319~0.9792,期望杂合度(HE)的分布为0.4806~0.8824,该数据表明莱州湾海域的日本蔓草群体遗传多样性较高。本项目将为以后开展海草场生态修复工作奠定基础。 展开更多
关键词 海洋牧场 莱州湾 微卫星分子标记 生态系统 数据表 期望杂合度
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从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究 被引量:38
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作者 徐鹏 周令华 +1 位作者 田丽萍 相建海 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期213-218,共6页
利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.3... 利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.33%,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测,在有扩增产物的16对引物中,首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记,并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明,在8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因长度从165~305bp,期望杂合度和多态性信息含量分别为0.59到0.89和0.56到0.88,表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。 展开更多
关键词 中国对虾 ESTS 微卫星标记 生物信息学 微卫星序列 等位基因频率 观测 期望杂合度
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以湖南和湖北大豆[Glycine max(L.)Merr.]为例分析影响遗传多样性评价的因素 被引量:15
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作者 关媛 鄂文弟 +5 位作者 王丽侠 关荣霞 刘章雄 常汝镇 曲延英 邱丽娟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期461-468,共8页
以不同来源大豆种质为材料进行基因组SSR分析,探讨大豆遗传多样性研究方法,旨在为科学评价大豆种质资源提供参考。当取样比例相同时,湖北大豆的遗传丰富度显著高于湖南大豆,但两省大豆遗传多样性指数之间没有显著差异。当取样量相同时,... 以不同来源大豆种质为材料进行基因组SSR分析,探讨大豆遗传多样性研究方法,旨在为科学评价大豆种质资源提供参考。当取样比例相同时,湖北大豆的遗传丰富度显著高于湖南大豆,但两省大豆遗传多样性指数之间没有显著差异。当取样量相同时,利用随机取样法比较,湖南大豆的遗传多样性显著高于湖北,而利用聚类取样比较,两省大豆的遗传多样性没有显著差异。在遗传多样性指数相同情况下,湖北大豆的遗传丰富度显著高于湖南大豆。取样数与三个遗传多样性评价参数(等位变异数、Shannon指数、He)之间均达到显著和极显著相关。以湖南大豆为例,估算出在大豆SSR遗传多样性分析中,至少需要50-60个样本,即占总体9.0%-10.8%的取样比例,才能代表总体的遗传变异。提出在评价大豆遗传多样性时,应用大豆样本数对其遗传多样性指数计算公式进行修正,建议将Shannon指数计算公式改为H=-lnN∑PilnPi(N为样本数)。根据修正公式分析,结果表明,湖北大豆的遗传多样性高于湖南大豆。 展开更多
关键词 大豆 遗传多样性 SSR标记 Shannon指数 期望杂合度 等位变异数 取样量
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天鹅洲保护区长江江豚AFLP遗传多样性分析 被引量:5
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作者 夏军红 郑劲松 +2 位作者 魏卓 赵庆中 王丁 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2004年第7期25-28,共4页
应用AFLP技术对天鹅洲白暨豚国家级自然保护区的长江江豚(Neophoeaena phoeaenoides asiaeorientalis)群体进行了遗传多样性分析。每个AFLP引物组合在群体中检测到0到6个不等的多态性片段,平均为2.48个。21个引物组合共揭示了1139个... 应用AFLP技术对天鹅洲白暨豚国家级自然保护区的长江江豚(Neophoeaena phoeaenoides asiaeorientalis)群体进行了遗传多样性分析。每个AFLP引物组合在群体中检测到0到6个不等的多态性片段,平均为2.48个。21个引物组合共揭示了1139个座位,其中52个座位具有多态性。多态性座位所占比劁为4.6%。分析显示群体的遗传期望杂合度(He)为0.4430±(SE0.01222)。研究结果表明保护区长江江豚群体具有适度的核DNA遗传多样性水平。为了该群体的长期生存与发展,更多的具有不同遗传变异的个体应该被迁入保护区,以形成更大的群体,获得更好的群体遗传结构。 展开更多
关键词 天鹅洲保护区 长江江豚 AFLP 遗传多样性 遗传期望杂合度
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白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选 被引量:7
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作者 剡转转 任艳 +6 位作者 吴凡 骆凯 张代玉 闫启 张宇飞 赵玉凤 张吉宇 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1802-1814,共13页
草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从... 草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点。多态信息含量PIC的分布范围为0.239~0.855,平均值为0.468。206对多态性引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为0.169和0.239。本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础。 展开更多
关键词 草木樨 EST-SSR 标记开发 多态信息含量 期望杂合度 遗传距离 遗传多样性
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贵州白香猪群体遗传结构的微卫星分析 被引量:3
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作者 吴骊璐 许厚强 +4 位作者 嵇辛勤 张勇 陈祥 吴眩 乜玉丽 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第7期130-135,共6页
采用27对微卫星标记对贵州大学香猪育种场F11、F12世代贵州白香猪的2个品系进行遗传结构分析。试验结果显示,F11世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的平均有效等位基因、平均期望杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.9281、1.8189,0.458... 采用27对微卫星标记对贵州大学香猪育种场F11、F12世代贵州白香猪的2个品系进行遗传结构分析。试验结果显示,F11世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的平均有效等位基因、平均期望杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.9281、1.8189,0.4582、0.4221,0.3664、0.3348和0.5418、0.5779;F12世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的有效等位基因、平均杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.8289、1.7100,0.4315、0.3868,0.3430、0.3063和0.5685、0.6132。结果表明,经过多个世代的近交繁育,贵州白香猪群体的基因多态性低,近交程度高,已成为一个稳定的遗传群体。 展开更多
关键词 贵州白香猪 微卫星 期望杂合度 多态信息含量 近交系数
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基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究 被引量:20
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作者 陈中苏直 田波 蔡传涛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1834-1838,共5页
目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB... 目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。 展开更多
关键词 滇重楼 遗传多样性 简单重复序列 有效等位基因数 期望杂合度
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锦州地区东北林蛙群体遗传多样性分析 被引量:2
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作者 于潇潇 赵世伟 +1 位作者 张小茶 张守纯 《当代畜牧》 2013年第1期38-41,共4页
采用微卫星技术分析辽宁锦州地区东北林蛙野生群体的遗传多样性,利用8对微卫星引物对林蛙群体37个个体进行PCR扩增,结果共检测到25个等位基因,大小在270~612bp之间,平均等位基因数量(NA)为3.375,平均观测杂合度(HO)为0.6356,平均期望... 采用微卫星技术分析辽宁锦州地区东北林蛙野生群体的遗传多样性,利用8对微卫星引物对林蛙群体37个个体进行PCR扩增,结果共检测到25个等位基因,大小在270~612bp之间,平均等位基因数量(NA)为3.375,平均观测杂合度(HO)为0.6356,平均期望杂合度(HE)为0.5846,平均多态信息含量(PIC)为0.5681,同时得到了两个杂合度较高的基因位点RsyD25和RsyD88。研究表明,该野生型群体的多态性良好,不存在退化现象。同时确定了杂合位点较多的个体,可以作为亲本在人工繁殖时使用。本研究丰富了野生型林蛙遗传多样性的数据,并为林蛙养殖过程中的选种提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 东北林蛙 遗传多样性 微卫星 等位基因数 观测 期望杂合度 多态信息含量
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用微卫星分析我国不同地区间日疟原虫的种群结构
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作者 郭鑫 张冬梅 +2 位作者 王剑 张苍林 潘卫庆 《国际医学寄生虫病杂志》 CAS 2012年第4期197-201,共5页
目的了解我国不同疟疾流行区间日疟原虫种群结构和遗传多样性特征,积累我国间日疟原虫遗传相关数据。方法收集云南、海南、河南流行区间日疟患者血样,血涂片鉴定间日疟原虫阳性者抽提血液基因组,采用巢式/半巢氏PCR方法扩增特异性2... 目的了解我国不同疟疾流行区间日疟原虫种群结构和遗传多样性特征,积累我国间日疟原虫遗传相关数据。方法收集云南、海南、河南流行区间日疟患者血样,血涂片鉴定间日疟原虫阳性者抽提血液基因组,采用巢式/半巢氏PCR方法扩增特异性2.21微卫星片段,对扩增阳性产物进行基因扫描检测,根据检测微卫星的重复序列进行STR分型,并应用GENALEX软件计算等位基因频率、等位基因数目以及期望杂合度(expectedheterozygosity,Hc)。结果间日疟原虫2.21微卫星在不同地区间日疟原虫样本中呈现高度的多态性,其等位基因数目变化范围为4~9,期望杂合度为0.613-0.853,比较不同地区,云南地区间日疟原虫等位基因数目为9,期望杂合度为0.853,变异度最高。结论我国不同地区间日疟原虫基因组具有较高的遗传多样性,其种群结构具有地区特征,这可能与各种群传疟媒介种类不同及地理环境差异等相关。 展开更多
关键词 间日疟原虫 微卫星 种群结构 期望杂合度
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Relationships between Genetic Diversity of Vascular Plant Species and Climate Factors
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作者 TAN Jingfang WAN Jizhong +1 位作者 LUO Fangli YU Feihai 《Journal of Resources and Ecology》 CSCD 2018年第6期663-672,共10页
Genetic diversity is crucial for plants to respond to global climate change,and exploring relationships between genetic diversity and climatic factors may help predict how global climate change will shape the genetic ... Genetic diversity is crucial for plants to respond to global climate change,and exploring relationships between genetic diversity and climatic factors may help predict how global climate change will shape the genetic diversity of plants in the future.So far,however,the extent and magnitude of the impact of climatic factors on the genetic diversity of plants has not been clarified.We collected data from 68published papers on two widely used measures of genetic diversity of populations (average expected heterozygosity (He)and average observed heterozygosity (Ho))and on localities of populations of 79vascular plants,and extracted data on 19 climatic factors from WorldClim.We then explored the relationships between measures of genetic diversity and climatic factors using linear regressions.He of plant populations was significantly correlated with climatic factors in 58.7%(44)of the 75 species that used He as a measure of genetic diversity,and Ho was correlated with climatic factors in 65.1% (41)of the 63 species that used this genetic diversity measure.In general,Mean Temperature of Wettest Quarter, Precipitation Seasonality,Precipitation of Driest Quarter and Temperature Seasonality played a vital role in shaping He,and Ho was mostly correlated with Precipitation of Warmest Quarter,Mean Temperature of Wettest Quarter, Precipitation of Driest Quarter and Precipitation of Driest Month.Also,the proportion of the significant correlations between genetic diversity of populations and climatic factors was higher for woody than for herbaceous species, and different climatic factors played different roles in shaping genetic diversity of these two growth forms.Our results suggest that climate may play an important role in shaping genetic diversity of plant populations,that climatic change in the future may alter genetic diversity of plants,and that genetic diversity of different plant forms may respond to climatic change differently. 展开更多
关键词 average expected heterozygosity average observed heterozygosity climate change growth form genetic variation SSR
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