基于16S rDNA宏基因组学技术探究未知病因足部溃烂的致病因素

目的：探究未知病因足部溃烂病人的致病因素.方法：收集10例未知病因足部溃烂病人样品,提取细菌总DNA,基于16S rDNA宏基因组学技术,测序16S rDNA基因V1～V2高变区,借助生物信息学方法分析测序数据中的菌群结构,寻找病人足部溃烂可能的致病因素.结果：10份样品共产生原始测序数据260 Mbp,优势菌门包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门、蓝菌门和梭杆菌门,不同样品间菌群分布有差异;同时,在属水平上统计了10份样品中均出现的细菌,其中一些与伤口的慢性感染和溃疡有关,如葡萄球菌属和链球菌属在所有样本中平均含量分别达5.37％和2.16％.结论：足部溃烂病人伤口含丰富细菌基因组,发现了伤口溃疡有关细菌线索,为揭示疾病的发生和发展提供帮助.

病例研究：未知病因的凡纳滨对虾溞状幼体的病原和微生物组分析

从某对虾育苗场2个育苗池中分别采集了发生摄食下降、活力降低及死亡率增高等症状的未知疾病的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)溞状幼体3期(Z3)和1期(Z1)的样品。用PCR检测白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下及造血组织坏死病病毒(IHHNV)、急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)、桃拉综合征病毒(TSV)、传染性肌坏死病毒(IMNV)、黄头病毒(YHV)、虾肝肠胞虫(EHP)、偷死野田村病毒(CMNV)和虾血细胞虹彩病毒(SHIV)等9种已知病原为阴性。组织病理学诊断观察到肝胰腺小管上皮细胞内存在不明褐色团块。使用2216E培养基对致病菌分离鉴定,得到2株溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus),浸浴感染悉生卤虫(Artemia franciscana)幼体后的平均存活率分别为58%和83%。采用Illumina HiSeq高通量测序方法对这2个溞状幼体样品中细菌16S rRNA基因的2个高变区(V3~V4)进行总细菌菌群的测序,分析揭示了未知病因病虾中细菌菌群的多样性和相对丰度,门水平上2个样品的优势菌群均包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),但相对丰度有显著差异;在属水平上相对丰度最高的均为弧菌属(Vibrio),在2个样品中的丰度分别为74.3%和60.5%,此外,Z1样品相对高丰度(21.9%)的属为黏着杆菌属(Tenacibaculum)。育苗管理信息及上述病例分析结果提示,该疾病可能是由于在过期存放的幼体饲料质量下降所致的营养障碍情况下,有一定致病性的溶藻弧菌条件性感染所引起的疾病。