Bt cry序列本地数据库的建立及本地BLAST的实现

根据研究的实际需要,运用winSDK设计了一个可视化的BLAST接口程序,利用此程序可以构建本地核酸和蛋白序列数据库与进行本地BLAST。在此基础上建立了苏云金芽孢杆菌(Bt)cry基因的本地核酸序列数据库,并进行了本地BLAST。与先前文献中介绍的本地BLAST实现的方法相比,此方法操作简便、并可根据实际需要随意定制相关数据库;在与NCBI的BLAST进行比较后发现,本地BLAST还具有个性化、准确性强、可信度高等特点。

基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用

引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载(https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git)。

Windows 7平台下BLAST本地化构建

BLAST是最常用的核酸和蛋白质同源性比较工具,对于基因组学和生物信息学研究具有重要意义。以西洋梨基因组蛋白序列集为数据库文件,以巴梨水孔蛋白(Aquaporin,AQP)序列(Gen Bank登录号BAB40142.1)为查询序列,在Windows 7平台下实现了BLAST本地化构建,为后续研究奠定了基础。

Windows应用软件LocalBLAST的设计

使用WinSDK编程,在C++环境下编译通过的可视化BLAST接口程序软件LocalBLAST,可运行在多种Windows操作系统下。该软件能构建本地核酸和蛋白序列数据库。经比较发现,该程序操作简便,并可根据实际需要随意定制相关数据库。

三峡库区常见鱼类DNA条形码本地BLAST数据库的构建和应用

本研究采集三峡水库库区6目10科41属51种常见鱼类样本,测定了DNA条形码COI基因652 bp同源片段,初步分析条形码序列特征、不同分类水平下K2P遗传距离及系统发育关系。研究发现:属内种间平均遗传距离为0.061,科内属间平均遗传距离为0.110,目内科间平均遗传距离为0.206。DNA条形码具有较高的物种鉴别率,49种(占总种类的96.1%)鱼类可形成明显的条形码间隙。NJ树拓扑结构也显示种、属水平的单系性得到较好支持,部分科及以上水平系统关系与形态分类结果略有差异。利用分子生物学数据库工具,以202条鱼类线粒体COI序列构建了小型DNA条形码数据库,序列检索结果显示:待检样品种类鉴定正确,与形态学鉴定结果一致。该数据库可实现该区域鱼类的快速、准确鉴定,以期为该地区鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供技术支持。

大、小鼠来源32d日本血吸虫凋亡相关基因表达分析

大鼠为日本血吸虫的非适宜宿主,而小鼠为日本血吸虫的适宜宿主。前期研究表明细胞凋亡影响了日本血吸虫在不同适宜性宿主体内的生长发育,然而血吸虫中存在哪些凋亡相关基因及凋亡通路?哪些凋亡相关基因可能影响血吸虫的生长发育相关文献报道较少。本研究构建了日本血吸虫全基因组本地BLAST数据库,利用人的凋亡基因为索引搜索到了15个日本血吸虫凋亡相关基因。同时收集了大、小鼠来源32 d日本血吸虫,利用荧光定量PCR分析了32 d虫体中凋亡相关基因的表达情况,鉴定了大鼠和小鼠两种不同适宜性宿主来源32 d日本血吸虫差异表达的凋亡相关分子,为探讨日本血吸虫与不同适宜性宿主的相互作用机制提供了基础。