间隔臂和探针长度与寡核苷酸芯片重复性相关性研究

研究寡核苷酸芯片的重复性与间隔臂(spacer)和探针长度之间的相关性。设计12条不同长度的带有不同spacer的探针,与749bp荧光标记靶序列杂交。扫描分析三次杂交结果,用Quantarray定量分析软件进行分析。随探针长度的延长,杂交信号的变异系数逐步降低。15mer的探针杂交的信号较弱,杂交不够稳定,重复性也相对较差。20mer、25mer、30mer的探针的变异系数逐渐降低。spacer为15时变异系数最小。说明选择spacer为poly(dT)15的25mer和30mer的探针可以获得较好的重复性。