昆明地区Rh阴性者RhD假基因(RhD ψ)和杂交RhD-CE-D基因的检测和医学应用

目的用PCR基因分型技术分析研究昆明地区常住人口Rh阴性血型的D基因多态性,建立和完善本地区Rh血型的PCRRhD基因检测方法。方法收集46例Rh阴性血型样本,首先采用外显子-SSP进行PCR扩增,筛选出5例D基因部分存在型,再采用内含子-SSP进行PCR扩增,扩增产物用于DNA测序。结果在46例Rh阴性血型样本中,D基因完整缺失者29例(63%);D基因完整存在者12例(26.1%),存在全部外显子;D基因部分存在者5例(10.9%)。DNA测序结果显示,2例仅存在D基因的第10外显子的样本均为RhD-CE(3-9)-D杂合基因,1例存在D基因的第4、6外显子为RhD-CE(2-3,5,7-9)-D杂合基因,是新发现的变异等位基因。结论(1)昆明地区常住人群存在高频率的RhD-CE(3-9)-D杂合基因。(2)在昆明人群发现一种新型D变异等位基因即RhD-CE(2-3,5,7-9)-D杂合基因。

基因型与高温环境互作对杂交水稻整精米率的影响

为了提高高温伏旱区水稻的整精米率,以3个不育系(椰香A、沪旱82S、川康606A)与5个恢复系(泸恢107、泸恢127、泸恢276、泸恢1156、泸恢6150)配制的15个杂交中籼组合为材料,分别于2021、2022年早季和晚季种植,稻谷收获后分别采用40℃和80℃干燥,研究杂交水稻基因型与环境互作对整精米率的影响。结果表明,水稻生长期温度和稻谷干燥温度对整精米率的影响大,2021年水稻灌浆期气温正常,其整精米率(平均48.92%)比2022年(平均17.39%,罕见高温年景)高181.00%,稻谷干燥温度40℃处理平均整精米率(45.94%)比80℃处理(20.37%)高125.00%;恢复系对整精米率影响次之,泸恢6150所配组合整精米率最高,平均比其他恢复系所配组合高13.85%~25.34%;不育系对整精米率影响较小,其中椰香A所配组合整精米率最高,平均比其他不育系所配组合高8.97%~9.45%;不育系与恢复系的特殊配合力对整精米率影响较大,恢复系的一般配合力显著高于不育系。种植季节对整精米率影响最小,晚季种植比早季种植整精米率仅高2.97%。通过恢复系改良选择对整精米率特殊配合力高的杂交组合,使其处于适宜灌浆期温度下,并采用适宜的温度干燥稻谷,有利于大幅度提高整精米率。

玉米杂交群体产量性状及其特殊配合力全基因组关联分析

提高产量是玉米育种的长期目标,解析产量相关性状及其配合力的遗传基础对选育高产玉米新品种具有重要意义。本研究选用123份玉米自交系和8份测验种作为亲本,根据NCⅡ(North Carolina design Ⅱ)获得540份杂交种为材料,在新乡和周口试验田调查F1杂交种的单穗粒重、单穗重、百粒重、行粒数等8个产量及构成性状,利用玉米5.5K液相育种芯片检测亲本基因型,推断F1杂交种的基因型,利用BLINK(Bayesian information and linkage-disequilibrium iteratively nested keyway)加性和显性模型开展F1杂交种表型与其特殊配合力(special combining ability, SCA)的全基因组关联分析。结果表明,利用加性和显性模型对F1杂交种分别检测到10个和31个显著关联位点。利用显性模型检测到8个SNPs(single nucleotide polymorphisms)与SCA显著关联。不同性状和模型间共定位位点有7个,其中1个为单穗重与其SCA同时关联位点。通过对主效和共定位SNPs的扫描,共鉴定到26个候选基因,其中转录因子MYBR85、NLP9、PHD3、生长素上调小RNA(SAUR11和SAUR12)、FCS-like锌指蛋白基因FLZ16等可能是控制F1杂交种产量性状与其SCA的重要候选基因。

杂交兰ChCAO基因克隆及其在叶艺品系中的表达特征

【目的】叶绿素酸酯a加氧酶(CAO)是叶绿素b形成过程中的关键酶,对杂交兰CAO基因进行克隆及表达特征分析可为探究其在杂交兰叶艺形成中的调控作用奠定基础。【方法】以杂交兰‘紫妍氏’(K21)及其叶艺品系‘中透紫妍氏’(K21-3)为试验材料,用RT-PCR和RACE技术从叶片中克隆获得ChCAO基因,对ChCAO进行结构特征、理化性质、序列比对以及系统进化关系等分析;用qRT-PCR法对ChCAO在不同组织及叶艺品系叶片中的表达特性进行分析;并用VIGS技术对ChCAO进行沉默表达。【结果】ChCAO基因编码区长1608 bp,编码535个氨基酸,ChCAO与墨兰CAO亲缘关系最近,并与其他兰科植物CAO聚为一类。qRT-PCR结果显示,ChCAO基因表达具有组织特异性,在叶中相对表达量最高,根中相对表达量最低;此外,ChCAO在K21绿叶和K21-3绿叶区域叶片中的相对表达量显著高于K21-3叶艺区域叶片中的相对表达量。构建该基因的VIGS沉默载体转化烟草,发现沉默ChCAO后烟草叶片呈黄化状态,叶片中的叶绿素含量及ChCAO基因的相对表达量也显著降低。【结论】克隆获得了杂交兰ChCAO基因,并对其功能进行了初步鉴定,为进一步研究杂交兰叶艺形成机理提供重要依据。

黄淮麦区小麦杂交坏死基因的检测及效应分析

杂交坏死会导致小麦叶片或植株过早死亡,影响小麦的育种进程。为明确杂交坏死基因的遗传与表型效应,本研究选取了黄淮麦区部分品种(系)资源进行Ne基因的分子标记检测与表型鉴定,并选择携带不同Ne基因等位变异的品种(系)构建遗传群体,明确等位变异类型,分析不同等位变异组合的剂量效应和表型效应。结果表明,在检测的807个小麦品种(系)中,259个携带Ne1基因(32.09%),202个携带Ne2基因(25.03%),346个不携带Ne基因(42.88%)。在181个检测到Ne2基因等位变异的品种(系)中,91个携带Ne2 w/m,占50.28%,42个携带Ne2^(m)s,占23.20%,48个携带Ne2^(s),占26.52%。不同地区培育的小麦品种携带Ne基因频率存在差异,安徽省品种的Ne1基因频率最高,山东省品种的Ne2基因频率最高,安徽、河南和山东的小麦品种携带Ne基因的比例均超过50.00%。对构建的F 2群体及其亲本进行表型鉴定和分子标记检测,发现在47个亲本品种(系)中,8个携带Ne2^(m),5个携带Ne2^(s),2个携带Ne1^(w),7个携带Ne1^(m),2个携带Ne1^(s)。表型鉴定发现了枯死型、黄枯型和黄化型3种坏死症状类型,坏死效应为枯死型>黄枯型>黄化型,坏死症状出现时期分别为2叶期、3~4叶期和分蘖期。Ne1等位变异的杂交坏死效应为Ne1^(s)>Ne1^(m)>Ne1^(w),其基因型的杂交坏死效应为Ne1^(s) Ne1^(s)>Ne1^(m) Ne1^(m)>Ne1^(s) ne1>Ne1^(m) ne1>Ne1^(w) Ne1^(w)>Ne1^(w) ne1;Ne2等位变异的杂交坏死效应为Ne2^(s)>Ne2^(m),其基因型的杂交坏死效应为Ne2^(s) Ne2^(s)>Ne2^(m) Ne2^(m)>Ne2^(s) ne2>Ne2^(m) ne2。不同基因型的杂交坏死效应均为Ne1Ne1Ne2Ne2>Ne1ne1Ne2Ne2>Ne1Ne1Ne2ne2>Ne1ne1Ne2ne2,4种基因型下不同等位变异组合的杂交坏死效应均表现为Ne1^(m)/Ne2^(s)>Ne1^(s)/Ne2^(m)>Ne1^(m)/Ne2^(m)>Ne1^(w)/Ne2^(s)。双纯合基因型与强等位变异s是导致叶片枯死的关键;随着基因型与等位变异坏死强度的降低,叶片枯死逐渐减少直至完全消失,叶片坏死症状类型转为黄化型。

华南杂交稻主要不育系品质性状特点及基因分析

将广东、广西选育推广的三系不育系分成3种类型:早期高产类型、中期优质类型和后期优质高产类型。早期高产类型不育系包括博A、Y华农A、天丰A和五丰A等;中期优质类型不育系包括粤丰A、野香A、泰丰A和广8A等;后期优质高产类型不育系包括贵A、香禾A、耕香A等。归纳分析3种类型不育系的品质性状,并对各不育系的品质基因进行检测,以期提高这些不育系的育种应用。结果表明,高产不育系的直链淀粉含量在22.4%~26.9%之间,多数不育系籽粒长宽比≤3.0,透明度≥2级,多携带不利品质的基因ALK、Chalk5、Wx-a、GS3等。优质不育系的直链淀粉含量在12.0%~18.0%之间,长宽比绝大多数在3.6~4.3之间,胶稠度≥62 mm,透明度≤2级,具有优质品质基因Wx-b、fgr、GW5、GL7、GW8等。优质高产不育系的直链淀粉含量在13.0%~16.0%之间,长宽比在3.3~3.6之间,胶稠度≥60 mm,垩白度在0~1.5%间,具有优质基因Wx-b和GW5,且产量较高。

吉林黄鸡、北京油鸡及其杂交群体LEPR基因多态性与屠宰性能和肉质性状关联分析

为探讨地方鸡瘦素受体(LEPR)基因遗传多样性及其与生产性状的相关性,以吉林黄鸡、北京油鸡及其正反交杂群体为研究对象,通过基因组PCR直接测序挖掘LEPR基因多态位点,再采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)进行基因分型检测,最后采用单因素方差分析对各群体内不同基因型个体屠宰与肉质性状进行相关性分析。结果:LEPR基因内含子2存在3个SNP位点,其中g.735 G>A与报道一致;KASP法对g.427 C>T和g.735 G>A位点遗传多样性分析发现g.427 C>T位点在吉林黄鸡(HH)群体中T∶T为主要基因型,北京油鸡(YY)为C∶C型,g.735 G>A位点在4个群体中A∶G均为主要基因型,g.427 C>T位点除了HH群体外,其他群体均处于哈迪-温伯格不平衡状态,而g.735 G>A位点全都处于平衡状态;相关分析发现两位点均与腹脂率相关,但各群体间不同基因型并未表现明显的一致性,大部分群体中g.735 G>A位点不同基因型还与脚重,胸肌和腿肌滴水损失密切相关。综上,地方鸡LEPR基因多态位点及与屠宰和肉质性状相关分析为利用该基因进行优质鸡选育提供理论依据。

太行鸡与隐性白羽鸡杂交后代羽色及SLC45A2和TYR基因变异分析

为探究太行鸡与隐性白羽鸡杂交后代羽色及其与SLC45A2和TYR基因变异位点的相关性,本试验对太行鸡与隐性白羽鸡进行正反交,F_1代(山水羽、麻羽)横交固定产生F_2代,统计分析2个世代个体的羽色表型并利用PCR和DNA测序筛选SLC45A2基因变异位点,将经分子鉴定的16只银羽杂合子隐性白羽公鸡与金羽半合子太行母鸡进一步杂交验证,同时利用分子检测方法鉴定TYR基因隐性白羽变异位点基因型。结果显示,F_1代出现山水羽、麻羽和白羽,其中正交F_1代山水羽、麻羽个体比例分别为79.0%和15.7%,反交F_1代山水羽、麻羽个体比例分别为15.8%和77.3%,正、反交F_1代白羽个体比例分别为5.2%和6.8%。F2代有色羽(山水羽、麻羽、深麻羽、芦花羽)与白羽鸡分离比符合孟德尔分离定律。杂交后代山水羽鸡SLC45A2基因第4外显子存在银羽突变位点c.1039C>A,麻羽鸡中未发现此变异。杂交验证后代山水羽鸡与麻羽鸡的比例接近为1:1,实际结果与理论结果相一致。杂交后代白羽鸡TYR基因内含子4的7.7 kb病毒插入突变分子检测基因型均为cc,有色羽鸡基因型为CC/Cc。结果表明太行鸡与隐性白羽鸡杂交后代羽色出现明显分化,反交组麻羽占比率相对正交组更高,银羽显性表现导致山水羽表型;白羽为常染色体隐性遗传。研究结果为太行鸡肉用特定羽色的选育与不同羽色品系培育提供了科学理论依据。

香苏杂交猪KAT2B基因多态性与其生长性状的关联分析

【目的】了解香苏杂交猪组蛋白乙酰转移酶P300/CBP结合因子(KAT2B)基因在组织中的表达量,筛选其单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,并分析基因多态性与生长性状的关联性,为香苏杂交猪新品系培育提供参考依据。【方法】以香苏杂交猪为研究对象,采用实时荧光定量PCR检测KAT2B基因在3日龄和6月龄不同组织中的相对表达量,通过直接测序检测KAT2B基因的SNP位点,统计SNP位点等位基因频率、基因型频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及平均多肽信息含量(PIC)等,以卡方(χ^(2))检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,分析不同基因型与香苏杂交猪生长性状的关联性。【结果】实时荧光定量PCR结果显示,KAT2B基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6个组织中均有表达,与3日龄相比,6月龄KAT2B基因相对表达量在肝脏和脾脏组织中极显著升高(P<0.01,下同),在肺脏中极显著降低。KAT2B基因Exon-2、Exon-14和Exon-15区域均分别存在1个外显子突变,分别为g.36682G>A、g.104540G>T和g.106651A>G,3个SNPs位点PIC均处于中度多态性水平且Hardy-Weinberg平衡。g.36682G>A位点优势基因型为GA型,等位基因频率G>A;g.104540G>T位点优势基因型为GG型,等位基因频率G>T;g.106651A>G位点优势基因型为AA型,等位基因频率A>G。关联分析结果表明,g.36682G>A位点各基因型生长性状之间无显著差异(P>0.05),g.106651A>G位点AA基因型与AG基因型胸深存在显著差异(P<0.05)。【结论】香苏杂交猪KAT2B基因在各组织中均有表达且存在3个SNPs位点(g.36682G>A、g.104540G>T和g.106651A>G),KAT2B基因可作为与香苏杂交猪生长性状相关的候选基因。

吉林地方鸡及其杂交群体RB1基因多态性及屠宰性状、肉质性状相关分析

本试验旨在探寻吉林地方鸡(吉林芦花鸡、吉林矮小芦花鸡和吉林黑鸡)及其杂交群体RB1基因多态性及特定SNP位点与屠宰、肉质性状的相关性。首先通过基因组PCR直接测序方法检测RB1基因多态性,特定SNP位点利用高分辨率溶解曲线法(High Resolution Melting,HRM)对其在不同群体间的遗传多样性进行分析,最后结合屠宰与肉质数据对不同群体内各基因型个体间进行差异显著性分析。PCR产物测序结果发现,RB1基因多态位点较为丰富,共发现6处单碱基突变和一处8碱基插入突变,但上述突变均位于内含子区。以g.28256G>A位点为目标,HRM检测发现3个亲本和6个正反杂交群体除黑鸡与矮小鸡杂交群体外其他群体中GG基因型均为优势基因型;Hardy-Weinberg检验显示除了矮小鸡群体外,其他群体均处于不平衡状态;各群体该位点均处于中度多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)水平。差异性分析结果发现该位点不同基因型个体屠宰及肉质性状多个指标差异显著,但在不同群体间差异不显著。其中值得关注的是腹脂率指标,除矮小鸡群体外,各群体均表现为显著差异。地方鸡RB1基因多态性的发现及屠宰、肉质性状相关性鉴定为利用该基因进行地方鸡选育奠定了基础。

揭秘基因密码—荧光原位杂交分子病理报告解读

生命是一部由基因编写的复杂交响曲,而荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)是揭示这部交响曲内在奥秘的重要工具之一。FISH是一种生物分子分析技术,用于研究细胞和组织中的染色体结构、基因定位和基因表达。该技术通过使用荧光标记的DNA或RNA探针与目标DNA或RNA序列杂交,然后通过荧光显微镜观察杂交信号的位置和数量。FISH技术让人们能够在细胞和组织层面上观察基因、染色体的情况,了解患者病变部位的分子生物学特征,从而为个体化医疗提供支持。但对于许多患者而言,他们并不了解FISH,甚至对为何进行FISH检测存在疑惑。本文将从科普角度解读FISH分子病理报告,以及FISH走入临床工作的意义。

核酸斑点杂交技术快速鉴定转基因大豆品系

为了建立转基因大豆品系高通量检测方法,本研究以转基因大豆DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419、DP305423作为试验对象,根据品系特异的宿主与插入片断间连接区域的基因序列作为检测靶标,设计特异性引物。以转基因标准品为材料,提取DNA作为模板进行定性PCR扩增,尼龙膜点样,生物素探针制备,杂交与显色,并对探针浓度、杂交温度与时间与显色时长进行优化,利用优化后的反应条件对转基因大豆DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419、DP305423及空白对照样品进行检测,验证体系的特异性。将4种转基因大豆的DNA进行10倍系列稀释,利用优化后的反应条件测定灵敏度。对实验室收集的7个品系的转基因大豆标准品和8个能力验证样品进行适用性检测分析,并采用双盲验证法对17份盲样进行核酸斑点杂交测试分析,进一步验证体系的可靠性。结果表明,以转基因大豆DAS-68416-4、DAS-44406-6、DAS-81419、DP305423为模版的扩增产物均有且只有一条清晰明亮的条带,大小均与理论相符,空白对照与内参照基因结果正常。4种转基因大豆特异性探针除对应样品有显色反应,对其他3种样品均未显色,具有方法特异性。样品DAS-68416-4、DAS-81419、DP305423最低检出限为20 pg·μL^(-1),样品DAS-44406-6最低检出限为2 pg·μL^(-1),具有较高的灵敏度。对7个标准品、8个能力验证样品和17份盲样的测试结果与SN/T 1204-2016《植物及其加工产品中转基因成分实时荧光PCR定性检测方法》中的结果一致,可用于日常样品检测。本研究建立的定性PCR结合的核酸斑点杂交方法能对4种转基因大豆进行快速准确鉴定,对有序推进生物育种产业化应用,严查非法转基因种子市场流通和田间种植,保障粮食安全具有重要意义。

杉虎杂交斑5S rRNA基因甲基化分析

核糖体RNA是构成核糖体的重要组成部分,在蛋白质合成过程中起着重要作用。利用雌性棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)与雄性清水石斑鱼(Epinephelus polyphekadion)杂交,获得在生长、肉质等方面具有一定优势的子代——杉虎杂交斑。对杉虎杂交斑及其亲本5S rRNA基因编码区前1 000 bp、编码区以及非转录区的DNA甲基化水平进行测定和比较分析。结果表明,杉虎杂交斑5S rRNA基因整体甲基化水平(0.418)高于棕点石斑鱼(0.379)和清水石斑鱼(0.037),但与母本棕点石斑鱼不具有显著性差异,与父本清水石斑鱼存在显著性差异。对5S rRNA基因编码区和非转录区的甲基化位点进行分析发现,在棕点石斑鱼与杉虎杂交斑中所有甲基化位点是一致的,但在清水石斑鱼中均未发现这些位点,表明杉虎杂交斑的5S rRNA基因甲基化模式与母本棕点石斑鱼一致。结果阐明了杉虎杂交斑5S rRNA基因的DNA甲基化水平和模式,为石斑鱼杂交育种提供理论基础。

四川草地型藏绵羊杂交羊群中Fec^(B)基因的检测与分析

为增加四川草地型藏绵羊群体产多胎多羔个体的比例,本研究通过级进杂交方式导入多胎基因Fec^(B),并利用PCR-RFLP方法检测Fec^(B)基因在杂交试验羊群中的多态性,结果显示:藏×小F1代群体中存在三种基因型,即纯合型(BB型)、杂合型(B+型)和野生型(++型),萨×藏F1和湖×藏F1代群体中存在两种基因型,即B+型和++型,相应的基因型频率分别为0.2、0.7,说明FecB基因已经在草地型藏绵羊3个杂交群体中导入成功。后对藏×小、湖×藏、萨×藏三个杂交绵羊群体内的Fec^(B)基因进行多态性检测和HardyWeinberg平衡检验,发现未进行人工选择的F1代群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态。对比分析不同杂交组合的产仔数,发现以多羔型品种绵羊(小尾寒羊)作为杂交组合的母本,FecB基因聚合优势更大,产羔数更多。

荧光原位杂交技术检测乳腺癌HER2基因的影响因素

探究荧光原位杂交技术(Fluorescence In Situ Hybridization,FISH)在乳腺癌人类表皮生长因子受体2(Human Epidermal Growth Factor Receptor 2,HER2)基因状态检测中的影响因素。方法 选择40例2021年1月至2023年12月我院外科手术切除乳腺癌组织标本,使用FISH检测HER2基因状态,观察不同的酶消化时间、煮片的温度与时间、组织前期处理固定效果对FISH检测HER2基因扩增的影响。结果 酶消化11分钟癌细胞杂交成功率>75%,实验较为稳定;酶消化9分钟时提示消化时间不足;酶消化13分钟提示消化过度。煮片水温在92℃,时间在15~25分钟左右会出现荧光杂交信号弱量较少情况;温度在97℃,时间15分钟会出现荧光杂交信号弱量较少情况,时间在20~25分钟会出现荧光杂交信号强度不均匀情况;煮片水温在95℃,时间保证在20分钟左右最佳。在乳腺组织离体30min内使用10%中性缓冲福尔马林固定最佳,乳腺组织离体到固定时间间隔不超过1h,不宜用微波快速固定。结论 使用荧光原位杂交技术检测人类表皮生长因子受体2基因扩增时,在乳腺组织离体30min内使用10%中性缓冲福尔马林固定、酶消化11分钟、煮片水温在95℃,时间保证在20分钟左右具有较高的杂交成功率,同时可以保持实验的稳定性。

荧光原位杂交检测MDM2和DDIT3基因信号改变在诊断脂肪肉瘤中的价值

目的:探讨荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)法检测MDM2和DDIT3基因在各亚型脂肪肉瘤的临床诊断价值。方法:回顾性分析北京大学第一医院病理科2015年1月至2019年12月诊断的62例脂肪肉瘤的临床病理学特征,所有病例进行了MDM2基因扩增FISH检测,其中48例进行了DDIT3基因断裂FISH检测,观察MDM2和DDIT3基因信号改变模式,并综合临床病理学特征确诊不同亚型脂肪肉瘤。结果:62例患者以男性多见(男∶女=1.75∶1),中位年龄59(31~89)岁。脂肪肉瘤组织学亚型包括20例非典型脂肪瘤性肿瘤/高分化脂肪肉瘤(atypical lipomatous tumour/well differentiated liposarcoma,ALT/WDLPS)、26例去分化脂肪肉瘤(dedifferentiated liposarcoma,DDLPS)、13例黏液样脂肪肉瘤(myxoid liposarcoma,MLPS)和3例多形性脂肪肉瘤(pleomorphic liposarcoma,PLPS),其中23例(23/26)DDLPS和8例(8/20)WDLPS位于腹膜后,而MLPS和PLPS则均不位于腹膜后。肿瘤发生部位在不同亚型脂肪肉瘤间的差异具有统计学意义(P<0.05)。组织形态学上,各亚型脂肪肉瘤均可见多少不等的黏液样间质,且差别具有统计学意义(P<0.05)。MDM2基因扩增见于所有ALT/WDLPS和DDLPS(均为100%,20/20及26/26);DDIT3分离探针典型信号表现为基因断裂/易位,仅见于MLPS(100%,13/13),但值得注意的是,该探针还可出现非典型信号(端粒侧信号簇状扩增),比较常见,包括绝大多数DDLPS(96.2%,25/26)和ALT/WDLPS(83.3%,5/6,探针只随机检测6例)。对照分析探针说明书上的设计图,DDIT3分离探针之红绿色探针并未覆盖DDIT3基因本身,而是跨越了DDIT3基因,且探针端粒侧红色探针覆盖了CDK4基因,而DDIT3基因与CDK4基因距离很近,因此,当DDIT3分离探针端粒侧出现簇状扩增信号,提示CDK4基因扩增而非DDIT3基因断裂。随机挑选10例出现这种非典型信号的病例,以FISH法进一步应用CDK4和DDIT3计数探针进行验证,证实为CDK4基因扩增(100%,10/10),其中2例同时检测到DDIT3基因扩增(20%,2/10);DDIT3分离探针还存在另一种少见的非典型信号,即基因拷贝数增加(黄色融合信号数目≥3个),对应形态学表现为多形性和预后差,见于1例DDLPS和2例PLPS。结论:利用FISH技术观察MDM2和DDIT3基因信号改变模式时,需要注意对非典型信号做出正确判读,并结合患者的临床病理学特征,才能对不同亚型脂肪肉瘤做出正确诊断,进一步指导临床治疗。

水飞蓟素对杂交石斑鱼幼鱼血清生化指标、脂代谢相关基因表达及肝脏代谢组的影响

【目的】探究饲料中添加水飞蓟素对杂交石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus♀×Epinephelus polyphekadion♂)幼鱼血清生化指标、脂代谢相关基因的表达以及肝脏代谢组的影响,为水飞蓟素在杂交石斑鱼饲料中开发利用提供参考。【方法】取(24.06±0.15)g杂交石斑鱼幼鱼,分别投喂添加0、0.2、0.4和0.6 g/kg的水飞蓟素4种等氮等脂饲料(分别记为SL0、S1、S2和S3)56 d,测定石斑鱼的血清生化指标和脂代谢相关基因的表达,对肝脏进行代谢组分析。【结果】1)与对照(SL0组)相比,S1和S2组血清中甘油三酯的含量显著下降,S3组血清中总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、谷草转氨酶和谷丙转氨酶的含量显著下降,S2组血清中总蛋白、白蛋白和高密度脂蛋白胆固醇的含量显著上升(P<0.05);2)与SL0组相比,S1、S2和S3组肝脏中hmgcr的表达水平显著下调以及pparγ的表达水平显著上调,S2组肝脏中pparα的表达水平显著上调(P<0.05);3)与SL0组相比,S1和S2组肌肉中pparγ的表达水平显著下调(P<0.05);4)与SL0组相比,在S3组肝脏代谢组中筛选出18种差异代谢物,其中共有15种差异代谢物下调,3种差异代谢物上调;谷胱甘肽代谢和鞘脂信号通路两条代谢通路被显著富集,5-羟脯氨酸、腺苷和牛磺鹅去氧胆酸等代谢物发生显著变化。【结论】饲料中添加0.6 g/kg的水飞蓟素可通过调节脂质代谢相关基因的表达抑制肝脏胆固醇的合成,调节代谢物的含量发挥抗氧化和免疫调节作用,从而降低杂交石斑鱼幼鱼的血脂水平,改善肝脏健康。

蜡块保存年限对乳腺癌HER2基因荧光原位杂交结果的影响

目的以浸润性乳腺癌HER2基因表达为研究对象,探讨蜡块保存年限对HER2基因荧光原位杂交(FISH)检测结果的影响。方法回顾性收集2012年1月至2017年12月在首都医科大学附属北京友谊医院病理科初诊为原发浸润性乳腺癌的石蜡样本70例,其中免疫组织化学检测HER2蛋白2+且FISH检测HER2基因扩增的病例每年度10例,共60例,归为Fp组,包括手术切除标本32例,穿刺标本28例;另外选取2012年1月至2012年12月HER2蛋白2+且FISH检测HER2基因未扩增的病例10例,作为阴性对照,归为Fn组,包括手术切除标本5例,穿刺标本5例。将所有病例的归档蜡块以4μm厚度连续切片2张,一张用于苏木精和伊红染色以确定肿瘤位置,另一张重新进行FISH检测,切片预处理采用高温高压热修复方法,胃酶消化使用光学显微镜观察控制。最后按照乳腺癌HER2检测指南(2019版)进行判读并将计数的平均HER2拷贝数/细胞、平均CEP17拷贝数/细胞以及HER2/CEP17比值与初诊结果进行对比。结果Fp组60张切片中,除1张2016年的穿刺组织杂交失败外,其余组织均杂交成功,成功率为98.33%(59/60),成功的切片均判读为阳性,与初诊结果符合率为100%;Fn组10张切片全部杂交成功且均判读为阴性,与初诊结果符合率为100%。Fp组、Fn组中平均HER2拷贝数/细胞、平均CEP17拷贝数/细胞以及HER2/CEP17比值与初诊结果相比,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论保存5~10年的乳腺癌归档蜡块,采用高温高压热修复后行HER2基因FISH检测,成功率高、结果准确,可为初诊HER2 IHC 2+但未行FISH检测的癌转移患者在抗HER2靶向用药的筛选中提供一定的依据。

比较基因组杂交技术分析食管鳞状细胞癌遗传变异及PPFIA1异常表达的临床意义

目的分析食管鳞状细胞癌中基因组的遗传学变异特征,探讨异常扩增基因PPFIA1与临床病理参数及预后的相关性。方法选取2014年3月—2014年7月新疆医科大学第一附属医院食管鳞状细胞癌患者手术切除的6对肿瘤组织及癌旁正常组织。采用比较基因组杂交技术(CGH)检测食管鳞状细胞癌患者基因组遗传学变化,免疫组织化学法检测异常扩增基因PPFIA1在食管鳞状细胞癌中的表达水平,分析PPFIA1基因与食管鳞状细胞癌病理参数及预后的相关性。结果CGH分析结果发现食管鳞状细胞癌患者中5号染色体p15.33和11号染色体的q13.3和q22.1变异较大。食管癌组织PPFIA1阳性表达率高于癌旁组织(P<0.05)。不同临床分期、淋巴结转移食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异有统计学意义(P<0.05),临床分期越高PPFIA1的阳性表达率也越高,淋巴结有转移的患者PPFIA1的阳性表达率高于无淋巴结转移的患者。而不同性别、年龄、病理分级、分化类型、肿瘤大小、浸润深度食管癌患者的PPFIA1高表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。PPFIA1高表达与低表达患者生存曲线比较,差异有统计学意义(P<0.05),PPFIA1高表达患者生存期较短,预后较差。结论食管鳞状细胞癌中11q13.3变异较大,PPFIA1基因可能在食管鳞状细胞癌的转移和预后中起一定作用。

东湖杂交羊产羔性状的GWAS分析及候选基因GRID 2的验证

旨在研究影响东湖杂交羊产羔性状的关键基因并挑选关键基因的变异位点进行验证,以期为东湖杂交奶绵羊多羔性状的选育提供分子标记。本研究从西北农林科技大学金昌奶绵羊试验示范基地采集身体健康无疾病的东湖杂交二代奶绵羊168只进行全基因组重测序,GEMMA和SnpEff软件进行全基因组关联分析,KOBAS 3.0数据库对注释的基因进行富集分析,LDBlockShow软件对显著性最强SNPs周边的连锁区域进行连锁不平衡分析。使用竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele-specific PCR,KASP)技术对GRID 2基因进行SNP的分型检测,统计该基因两个多态位点的遗传多样性参数,并将其与产羔性状进行关联分析。结果显示,全基因组关联分析确定了6号染色上1163个达到显著性水平的SNPs位点,通过对候选位点的注释,确定与产羔性状相关的候选基因BMPR 1B、PDLIM5、PDHA2、UNC 5C、GRID2、NFKB1、TSPAN5、STPG2、PPP 3CA。同时结合已有报道和最强关联区域的注释,选择GRID 2上的两个SNPs(g.35685218A>G和g.35685499C>T)作为候选位点。通过统计学分析发现,本研究中涉及的两个位点均处于P>0.05的哈代-温伯格平衡状态,表明这两个位点均没有受到过强选择,并且这两个位点与东湖杂交羊的产羔性状有显著关联,两个位点的野生型均处于优势状态,且两个位点在胎次增加时均值也增加。综上所述,GRID 2基因2个SNPs对东湖杂交奶绵羊产羔性状有显著影响,可以作为分子标记辅助选择的候选位点。本研究为提高东湖杂交奶绵羊产羔率,促进奶绵羊的遗传育种进展提供了坚实的理论依据。