李矮缩病毒外壳蛋白基因克隆及原核表达研究

为制备李矮缩病毒（prunusdwarfvims，PDv）抗血清，克隆PDV外壳蛋O（ce）基因，构建原核表达载体，优化蛋白表达条件。以阳性感病甜樱桃叶片为试验材料，提取总RNA，根据PDVCP基因（L28145．1）设计特异引物，RT-PCR方法扩增，克隆、测序，构建原核表达载体pET30a-PDVCP，在大肠杆菌BL21（DE3）菌株表达。PDV凹基因（GenBank登录号：JF333587．1）全长657bp，编码217个氨基酸。与GenBank其他PDV分离物CP基因核苷酸序列的同源性为89．2％-93．9％，推导的氨基酸序列同源性为97％-99％。根据完整CP基因核苷酸序列构建系统进化树显示：12个PDV分离物可分为3组，泰安分离物与巴西、土耳其等分离物属于I组。成功构建原核表达载体pET30a．PDVCP，并在体外条件下诱导表达出融合蛋白。转pET30a．如Ⅵ≯载体的大肠杆菌BL21（DE3）菌株表达分子量约24kDa的重组蛋白。该重组蛋白在30℃，1．0mmol／LIPTG、诱导4h表达量最大。

北京怀柔地区李矮缩病毒的检测鉴定

在北京怀柔地区核果类果树病毒疫情调查中,对樱桃树上有矮缩、斑驳、皱缩等症状的叶片样品,通过酶联免疫检测为阳性反应,进行RT-PCR鉴定、外壳蛋白基因扩增片段测序,发现该序列与李属坏死环斑病毒(PDV)ch株系分离物(L28145.1)序列的同源性为100%,与分离物(AF208746.1,AF208747.1,AF208743.1)序列的同源性大于97%,说明被检测样品感染有PDV。这是PDV病毒在北京地区发生的首次报道,对该病毒来源及其流行趋势也进行了分析。

甜樱桃李矮缩病毒(PDV)RT-PCR检测方法的优化与应用

以甜樱桃(Prunus avium L.)品种红灯的叶片为材料,提取总RNA,选用随机六聚体引物进行反转录合成cDNA,根据李矮缩病毒外壳蛋白基因设计2对特异引物,分别从感病样品中扩增出与预期片段大小相符的目的片段。通过对RT-PCR反应体系中引物、模板浓度和退火温度的优化,改进了现有的李矮缩病毒的RT-PCR检测方法,并成功用于山东泰安地区甜樱桃果园的病毒调查。另外,还可以扩增18 sRNA,实现对李矮缩病毒外壳蛋白基因表达的相对定量分析。

李矮缩病毒重组酶聚合酶扩增—侧流层析试纸条检测方法的建立

根据李矮缩病毒(prunedwarfvirus,PDV)外壳蛋白基因序列的保守区设计特异性引物和探针,建立了PDV的重组酶聚合酶扩增—侧流层析试纸条(recombinase polymerase amplification combined with lateral flow dipstick,RPA-LFD)检测方法。该方法在恒温39℃下反应20 min,具有标记的扩增子可达到检测水平。扩增子检测室(amplicon detection champer)中的侧流层析试纸条在20 min内呈现可视化检测结果。该方法与侵染樱桃的另外6种病毒(CGRMV、PNRSV、Lch V-1、PBNSPa V、CVA和CNRMV)无交叉反应。灵敏度试验表明,用RPA-LFD方法检测PDV的灵敏性是PCR方法的10倍。用该方法检测13个田间样品,其检测结果与PCR检测结果一致。RPA-LFD法具有操作简单、快速、灵敏度高、特异性强等特点,适合对PDV样品的快速检测与鉴定。

3种甜樱桃病毒PNRSV、PDV及LChV-2的多重RT-PCR检测方法的建立与应用

【目的】建立可同时检测李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、樱桃小果病毒2(Little cherry virus-2,LChV-2)的多重RT-PCR检测方法。【方法】以复合感染3种病毒的甜樱桃病株叶片为材料,采用CTAB法提取样本总RNA,选用随机六聚体引物对植物样本总RNA进行反转录,所得cDNA作为多重RT-PCR的扩增模板。根据GenBank中PNRSV、PDV、LChV-2基因组序列共设计6对特异引物,分别通过单一RT-PCR和多重RT-PCR筛选出可用于同时检测3种甜樱桃病毒的引物组合。对多重RT-PCR的退火温度及循环数进行优化,以筛选出各引物组合的最适扩增条件。分别以单一感染PNRSV、PDV、LChV-2、复合感染3种病毒、单一感染樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)及甜樱桃无毒苗为样本,对多重RT-PCR引物的特异性进行分析。选取复合感染3种病毒的甜樱桃总RNA的反转录产物为初始模板,按照梯度稀释法依次将模板稀释为2、22、23、24、25倍,在相同PCR反应体系及反应条件下分别对各引物组合的灵敏度进行分析。多重RT-PCR的扩增条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接至pMD18-T vector,克隆测序,以验证多重RT-PCR检测的准确性。并应用该方法对山东泰安地区甜樱桃生产园中间隔栽培的中国樱桃进行检测。【结果】筛选到2个可以应用的引物组合,组合1"PNRSV-S1/A1、PDV-S2/A2、LChV2-S1/A1"可分别特异性地扩增733、467、337 bp的片段。组合2"PNRSV-S1/A1、PDV-S3/A3、LChV2-S1/A1"可分别扩增得到733、265、337 bp的片段。扩增产物大小与预期相符。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度52℃、35个循环条件下,2个引物组合的检测效果均较为理想。特异性分析结果显示,2个引物组合均能特异性检测其各自的靶病毒。灵敏度分析结果显示,2个引物组合在cDNA的23×稀释液中仍能特异性扩增,但扩增条带的强度稍有差异,其对植物总RNA的反转录产物的最低检测浓度为107.9 ng·μL-1。克隆测序及序列分析表明,2个引物组合对各自靶病毒的检测结果可靠。应用该方法对9个中国樱桃样本进行检测,结果显示,测试样品均至少感染了2种病毒,其中5个样品复合感染了3种病毒,2个样品同时感染PDV和LChV-2,2个样品同时感染PNRSV和LChV-2。【结论】应用建立的多重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏的同时检测单一或复合侵染的3种甜樱桃病毒。

樱桃病毒PNRSV、CGRMV、PDV多重RT-PCR检测方法的建立与应用

采用多重RT-PCR方法,建立可同时检测李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ring spot virus,简称PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,简称PDV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,简称CGRMV)的方法。根据GenBank中PNRSV、PDV、CGRMV的保守基因序列设计特异性引物,并对多重RT-PCR的退火温度、循环数、灵敏度、特异性、dNTPs浓度等因素进行优化,建立能同时检测3种樱桃病毒的多重RT-PCR方法。该方法能同时扩增出PNRSV(675 bp)、CGRMV(363 bp)、PDV(304 bp)特异片段,扩增产物大小与预期相符。测序结果表明,3种病毒的序列与相应参考序列相似性达90%以上。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度为58℃、35个循环条件下,效果均较为理想;dNTP的浓度对试验结果影响不大,最适的浓度为0.6 mmol/L;灵敏度分析结果显示,最低检测浓度为59.7 ng/μL。应用该方法对新疆石河子地区的樱桃样本进行检测,结果显示,该方法可以准确、快速、灵敏地同时检测单一或复合侵染的3种樱桃病毒。

逆转录—聚合酶链式反应技术检测“歇马杏”主要病毒

目的:调查“歇马杏”携带主要病毒的情况。方法:利用作者已建立的ACLSV、PNRSV和PDV RT-PCR检测体系对辽宁省大连市地方特产“歇马杏”田间植株携带三种病毒的情况进行了调查。结果:被检植株ACLSV、PNRSV和PDV的单独感染率分别为83.33%、83.33%和90%,复合感染率达到76.67%,但带毒程度不同。

3种核果类果树病毒多重PCR检测方法的建立与初步应用

根据李痘病毒(PPV)、李坏死环斑病毒(PNRSV)和李矮缩病毒(PDV)3种检疫性病毒的外壳蛋白基因保守序列设计特异性引物,在建立各种病毒单个RT-PCR技术的基础上,通过优化多重RT-PCR反应条件,初步建立了同步检测这3种病毒的多重RT-PCR检测体系。结果表明:3对引物特异性较强,分别可以扩增出172,675,945 bp的目的片段,该方法快速、灵敏、准确,为同时检测多种检疫性病毒提供了参考。

SYBR Green Ⅰ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒定量分析中的应用

为了探讨SYBR Green Ⅰ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒粒子定量分析中的应用前景,以复合感染李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf vi-rus,PDV)、樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)、樱桃小果病毒-2(Little cherry virus-2,LChV-2)的甜樱桃"红灯"Prunus avium cv.Red Lamp植株为研究对象,采用相对定量方法,分析各病毒的外壳蛋白基因的表达,用以指示病毒的增殖量。在花、幼叶、功能叶、衰老叶中均能检测到4个基因,但各基因表达量在各器官中存在差异。PNRSV-CP与CVA-CP表达模式相似,功能叶中明显高于其它器官,衰老叶中急剧降低。PDV-CP与LChV2-CP表达模式类似,幼叶中的表达量较高,功能叶片中较低。PNRSV-CP在花、功能叶中的表达显著高于其它3个病毒基因。LChV2-CP在各器官中的表达量均低于其余3个基因。该方法适用于植物组织内多种甜樱桃病毒增殖量的分析。