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基于DNA序列LZ复杂性距离的系统进化树重构 被引量:4
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作者 李斌 何红波 李义兵 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期506-510,共5页
根据LZ复杂性的原理,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了非空序列间的LZ复杂性距离.选取20种有胎盘哺乳动物,以它们的全线粒体基因组作为分子数据,计算两两之间的LZ复杂性距离,得出距离矩阵.根据计算出的LZ复杂性... 根据LZ复杂性的原理,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了非空序列间的LZ复杂性距离.选取20种有胎盘哺乳动物,以它们的全线粒体基因组作为分子数据,计算两两之间的LZ复杂性距离,得出距离矩阵.根据计算出的LZ复杂性距离矩阵重构了20种有胎盘哺乳动物的系统进化树.基于LZ复杂性距离所得的系统进化树支持有胎盘哺乳动物中的灵长动物(Primates)、原蹄动物(Ferungulate)和啮齿动物(Rodents)三者之间灵长动物与原蹄动物之间亲缘关系更近一些的观点. 展开更多
关键词 生物信息学 系统进化树重构 条件lz复杂性 lz复杂性距离
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符号序列间的LZ复杂性距离及其应用 被引量:1
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作者 李斌 李义兵 何红波 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2007年第5期849-854,共6页
在符号序列LZ复杂性的计算原理上,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了一个非空序列间的LZ复杂性距离并证明了该距离满足距离测度的4个基本性质.将LZ复杂性距离应用于计算语言学和生物信息学的研究领域,选取20种自... 在符号序列LZ复杂性的计算原理上,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了一个非空序列间的LZ复杂性距离并证明了该距离满足距离测度的4个基本性质.将LZ复杂性距离应用于计算语言学和生物信息学的研究领域,选取20种自然语言文本和29种有胎盘哺乳动物的全线粒体基因组,将它们视为不同符号集上的符号序列,分别计算两类符号序列的LZ复杂性距离矩阵.基于LZ复杂性距离矩阵,重构了20种语言的语言关系树和29种哺乳动物的系统进化树.其结果符合它们真实的演化关系,说明了LZ复杂性距离定量刻画符号序列间差异的有效性. 展开更多
关键词 序列复杂性 条件lz复杂性 lz复杂性距离 计算语言学 生物信息学
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