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杨树基因组中染色体基因丰度分化及EST序列对基因覆盖度的检测(英文)
被引量:
1
1
作者
李淑娴
戴晓港
+1 位作者
高捍东
尹佟明
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期570-576,共7页
高等植物基因组中,大部分序列为非表达序列,基因序列所占的比例很小,了解基因在基因组中的分布是研究基因组结构的一个重要方面。在美国能源部资助下,一个毛果杨无性系的基因组测序已经完成并对公众发布。杨树全基因组序列的完成,为我...
高等植物基因组中,大部分序列为非表达序列,基因序列所占的比例很小,了解基因在基因组中的分布是研究基因组结构的一个重要方面。在美国能源部资助下,一个毛果杨无性系的基因组测序已经完成并对公众发布。杨树全基因组序列的完成,为我们了解林木基因组中基因的分布提供了一个特例。在本文中,我们利用泊松分析对杨树基因组中基因在各个染色体上的密度进行了检测,结果表明杨树基因组中各条染色体的基因含量存在显著差异。杨树全基因组测序项目揭示现代杨树基因组起源于一次古全基因组复制事件(称为杨柳科基因组复制),所以杨树基因组不同染色体间存在很大的同源复制片段。但是我们的研究显示,杨树基因组中大多数高度同源的染色体上基因的密度与染色体间的同源性没有明显关系,这说明杨柳科全基因组复制事件后,各个高度同源染色体上的基因发生了流失,且基因流失的速率是不一样的。同时本文还对近九万条毛果杨EST序列进行了比对分析,结果显示这些EST序列覆盖的基因仅占杨树基因组中基因总数的16.8%左右。EST测序虽然是发现基因的一个重要手段,但小规模EST测序对基因的覆盖度很低,所以小规模EST测序的应用价值是有限的。
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关键词
杨树基因组
基因
分布
EST对
基因
覆盖度
杨柳科
基因组
复制事件
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职称材料
题名
杨树基因组中染色体基因丰度分化及EST序列对基因覆盖度的检测(英文)
被引量:
1
1
作者
李淑娴
戴晓港
高捍东
尹佟明
机构
江苏省杨树品种改良与种质创新重点实验室
南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期570-576,共7页
基金
Natural Science Foundation of China(30971609)
Forestry Nonprofit Project(200904002)
文摘
高等植物基因组中,大部分序列为非表达序列,基因序列所占的比例很小,了解基因在基因组中的分布是研究基因组结构的一个重要方面。在美国能源部资助下,一个毛果杨无性系的基因组测序已经完成并对公众发布。杨树全基因组序列的完成,为我们了解林木基因组中基因的分布提供了一个特例。在本文中,我们利用泊松分析对杨树基因组中基因在各个染色体上的密度进行了检测,结果表明杨树基因组中各条染色体的基因含量存在显著差异。杨树全基因组测序项目揭示现代杨树基因组起源于一次古全基因组复制事件(称为杨柳科基因组复制),所以杨树基因组不同染色体间存在很大的同源复制片段。但是我们的研究显示,杨树基因组中大多数高度同源的染色体上基因的密度与染色体间的同源性没有明显关系,这说明杨柳科全基因组复制事件后,各个高度同源染色体上的基因发生了流失,且基因流失的速率是不一样的。同时本文还对近九万条毛果杨EST序列进行了比对分析,结果显示这些EST序列覆盖的基因仅占杨树基因组中基因总数的16.8%左右。EST测序虽然是发现基因的一个重要手段,但小规模EST测序对基因的覆盖度很低,所以小规模EST测序的应用价值是有限的。
关键词
杨树基因组
基因
分布
EST对
基因
覆盖度
杨柳科
基因组
复制事件
Keywords
Poplar genome
Gene distribution
EST coverage
Salicoid duplication event
分类号
S792.11 [农业科学—林木遗传育种]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
杨树基因组中染色体基因丰度分化及EST序列对基因覆盖度的检测(英文)
李淑娴
戴晓港
高捍东
尹佟明
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
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