紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析

利用常规PCR未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16 543 bp线粒体DNA全序列,GenBank登录号为JN182927。结合GenBank中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,符合脊椎动物的特征,各基因间进化速率差异显著;13个蛋白编码基因拼接序列贝叶斯建树的后验率显著高于单基因或全序列,更适用于笛鲷属的贝叶斯法系统分化分析和年代推断;13个蛋白编码基因及其拼接序列进行的系统进化分析均支持紫红笛鲷与勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)及海鸡母笛鲷(Lutjanus rivulatus)亲缘关系较近;基于13个蛋白编码基因拼接序列的贝叶斯松散分子钟推算出笛鲷属鱼类两个主要支系大约在61.5Ma前古新世的达宁阶与蒙蒂阶交界时期发生分化。

基于13个内含子的序列探讨鲸目的系统发育关系(英文)

本文基于实验室筛选得到的13对内含子标记,在鲸偶蹄目的15个物种中进行有效扩增,并重建了这15个物种的系统发育关系。结果表明,抹香鲸总科(Physeteroidea)位于齿鲸亚目(Odontoceti)的基部,从而支持了传统的齿鲸亚目的单系性。在海豚总科(Delphinoidea)内部,贝斯分析结果支持了鼠海豚科(Phocoenidae)和一角鲸科(Monodontidae)的姐妹群关系,而后再与海豚科(Delphinidae)相聚。系统发育分析同时还强烈支持了海豚科的四个属(Sousa,Tursiops,Stenella,Delphinus)组成一个单系的"复合体"。另外,我们的分析结果并不支持瓶鼻海豚属(Tursiops)和原海豚属(Stenella)的单系性。基于松散分子钟的分歧时间估算与以往文献中的结果没有明显差异。这些研究结果提示,核基因内含子序列有希望解决一些长期存在的鲸类系统发育问题。

贝叶斯联合模型与中国洞穴鱼类分化时间的估算(鲤科：金线鲃属)

金线鲃属分布于中国云贵高原及周边地区,包括10多种适应于洞穴生活、具有不同程度眼睛和色素退化的典型洞穴鱼类.迄今为止,金线鲃属的系统发育关系还存在很大争议.我们获得了34种金线鲃属鱼类及外类群的细胞色素b和ND4基因序列,用贝叶斯联合模型分析数据,重建了金线鲃属的系统发育关系;并用松散分子钟估算了本属及内部分支的起源时间.金线鲃属的单系性得到强烈的支持,本属可分为6个分支.此外,本研究结果还支持洞穴物种的多系起源假说以及季氏金线鲃(Sinocyclocheilus jii)的基部位置.松散分子钟估算表明,金线鲃属起源于晚中新世,在11百万年前(million years ago,Ma)左右,比以前设想的要古老.