极大节旋藻（Arthrospiramaxima）高分子量基因组文库构建及其应用

构建了极大节旋藻fosmid文库。该文库含有4300个克隆，重组率是100％，插入片段集中在30～36kh之间，平均为33kb，覆盖率为节旋藻基因组的25．8倍。随机挑选100个克隆进行双末端测序，得到110个序列，经生物信息学分析筛查到67条功能基因序列。选取了14对特异的末端序列作为序列标签位点并设计引物，采用STS-PCR反应池法通过多轮筛选，得到127个阳性克隆，按照相互位置关系，绘制了4个连续的克隆重叠群。该研究为深入了解极大节旋藻分子遗传特性和绘制物理图谱奠定了基础。

极大节旋藻RAPD-PCR反应体系的比较及优化

以极大节旋藻基因组DNA为材料,比较了节旋藻RAPD-PCR常用反应体系与2×Taq Master Mix反应体系的不同之处及扩增效果,并对2×Taq Master Mix反应体系进行了优化实验,初步建立了较理想的极大节旋藻基因组DNA的RAPD-PCR反应体系:2×Taq Master Mix 4μL,随机引物1μL,模板DNA 1μL,ddH2O4μL.优化的反应体系操作简便快捷,扩增结果稳定.

极大节旋藻气囊蛋白基因gvpA克隆与序列分析

为了研究极大节旋藻气囊蛋白的分子生物学特性,并为gvpA基因的研究提供基础材料,在对极大节旋藻GSS序列分析的基础上,采用PCR技术克隆了gvpA基因的全长序列,并进行了相关分析。结果表明极大节旋藻gvpA基因编码区的GC含量为42.92%,核苷酸序列和蛋白序列与Planktothrix agardhii的gvpA基因相似性最高(79.4%,97.2%),其次是Pseudanabaena sp.PCC6901(75.3%,94.4%)。系统发生分析表明极大节旋藻gvpA基因与Planktothrix agardhii的gvpA基因同源性最高(89%ML,85%MP,89%NJ)。

采用基于GSS序列的极大节旋藻(Arthrospira maxima)的基因克隆策略及其应用实例

电子克隆是随着基因组计划的实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法,已经公布的极大节旋藻GSS序列使得电子克隆极大节旋藻的功能基因成为可能。为建立极大节旋藻功能基因的高效克隆策略,应建立利用GSS序列克隆极大节旋藻功能基因的基本策略并加以应用。具体操作方法:对dbGSS数据库中的605条极大节旋藻GSS序列进行拼接及功能注释,并在分析编码区完整性的基础上设计引物并进行PCR扩增以获得基因全长序列,利用以上策略成功克隆了极大节旋藻功能基因ureaseβ和dUTPase的全长序列。