牡丹江地区部分野生大型真菌分子鉴定及系统发育树建立

鉴定牡丹江地区部分野生大型真菌并建立系统发育树,确定菌株样品间的遗传亲缘关系.采集野外野生大型真菌子实体,提取子实体DNA,确定品种种属,运用MEGA11进行系统发育树构建.实验结果表明,牡丹江地区的36种野生大型真菌分别隶属于13科,21属,36种.优势科是多孔菌科,占比31%,次优势科为红菇科,占比14%;优势属为红菇属和鹅膏菌属,占比19%,其次为丝膜菌属、口蘑属、拟迷孔菌属和栓菌属,占比14%.

遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探

以中国牛亚科家畜6个群体12对微卫星数据为基础,采用6种遗传距离(DA、DC、DS、Dsw,(σμ)2和DTL)和2种聚类方法(UPGMA和NJ法),探索它们对系统树构建准确性的影响。结果表明:微卫星位点平均杂合度水平显著影响系统树构建的准确性,用DA和DC遗传距离构建的系统树准确性相对较高,但很难确定NJ法和UPGMA法哪一种更适合于系统树的构建,而DTL遗传距离用于系统树构建有待进一步完善;最后,对微卫星用于家畜系统树构建的有效性和局限性进行了探讨。

频繁项集挖掘中的两种哈希树构建方法

Hash-tree is an important data structure used in Apriori-like algorithms for mining frequent itemsets.However, there is no study so far to guarantee the hash-tree could be built successfully every time. In this paper, wepropose a static method and a dynamic one to build the hash-tree. In the two methods, it is easy to decide the size ofhash-table, hash function and the number of itemsets stored in each leaf-node of hash-tree, and the methods ensurethat the hash-tree is built successfully in any cases.

基于ITS序列分析的部分榕属植物系统树构建

以榕属中黄金榕、橡皮树、小叶榕3个树种为研究对象,以其叶片为试材提取基因组DNA,进行ITS-PCR扩增。对扩增产物测序结果进行分析,在NCBI上选取同源率较高的27个树种的ITS序列与其进行同源比较,并建立系统树分析它们之间的亲缘进化关系。结果表明:30种榕属植物基于ITS序列分析与传统分类学略有差异,通过结合ITS鉴定与形态分类相结合可以为以后榕属的分类提供借鉴。

一种形式概念分析的单页面内容概念树构建方法

在海量信息环境下,网络信息的杂乱,严重影响用户的有效利用。基于页面内容的可用性评估成为研究人员关注的热点。提出了一种形式概念分析的单页面内容概念树构建方法,该方法以单个页面作为切入点,以页面段落为对象,段落中的动名词为属性,构造概念格,利用剪枝命名转换规则,构建概念树。实验结果表明,该方法构建的概念树对页面内容重构以及页面分类合理性判断有较好的效果,可作为Web内容可用性评估的一种手段。

基于案例树智能构建与检索的气田管网应急技术

运用大系统多级递阶控制、智能信息推拉和CBR等技术,避免了现有的管网调度方法在辨识警兆和测度警度等方面存在的局限性,是对气田管网安全应急调度管理方法的一种全新探索。对气田管网安全应急调度进行深入地研究,提出了基于案例树智能构建与检索的气田管网应急调度系统架构与具体实现技术。该项目已经通过国家科技部中期评估,进入新场气田示范工程实施与现场调试阶段,目前系统运行正常,这将有效地提高气田管网应急调度管理的反应速度和决策水平。

应用属性约简构建含有缺失数据的谱系树

为了解决含有缺失形态学数据谱系树的构建问题,提出了运用属性约简构建谱系树的方法。首先,利用先验知识和较完整的部分物种数据构建初始谱系树;然后,运用属性约简原理获得属性决策组集合的决策点,进而建立先验决策模型;最后,根据先验决策模型确定缺失数据比例较高的物种在初始谱系树中的位置,通过物种嫁接完成谱系演化树的构建。实验结果表明,当单个物种缺失数据比例大于10%时,相比最大简约法在平均准确率方面平均高出10%左右。

基于UPGMA的恶意代码系统发生树构建方法

借鉴生物信息学中的物种系统发生树构建方法,提出了基于恶意代码函数调用图和非加权组平均法(UPGMA)的恶意代码系统发生树构建方法,并利用恶意代码函数调用图的相似性距离数据对本方法进行了实验。此方法能够为恶意代码的同源及演化特性分析研究与恶意代码的检测和防范提供有力的支撑和参考。

基于排序方法的汉语句际关系树自动分析（英文）

提出一种自动分析汉语小句级句际关系树的新方法。在修辞结构理论体系下,构建一个汉语句际关系标注语料库。不同于传统的只关心相邻两个单元的方法,提出一种类排序模型(SVM-R),自动构建汉语句际关系的树结构,旨在把握相邻3个单元之间的关联强度。实验结果表明,所提出的SVM-R模型对句际关系树的分析显著优于传统方法。最后提出并验证了丰富的、适合于汉语句际关系分析的语言特征。

机器学习在智慧城市环境检测中的实时处理

本研究聚焦于一种基于增量式树构建方法的孤立森林(isolation forest,iForest)算法,用于检测智慧城市环境监测数据中的异常值。首先,对智慧城市环境监测框架及数据处理流程进行分析。其次,基于增量式树构建方法对iForest算法进行实时性优化,使算法能够高效处理大规模数据。最后,利用美国环境保护署空气质量系统提供的一氧化碳(CO)数据集对提出的方法进行实验验证。结果表明,该算法在CO数据异常值检测方面表现出了较高的准确性和召回率,同时取得了良好的平衡性,证明了其在实践中的有效性和可靠性。

基于分子数据的系统发生树构建

系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科。随着测序技术、分析方法和计算能力的改进,分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展。系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具。然而,许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用,一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视。该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法,包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤。此外,该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令,以期为相关研究提供参考。

改进的频繁项集挖掘算法及其应用研究

频繁模式增长(FP-growth)算法是挖掘频繁项集的经典算法,解决了挖掘频繁项集时需多次扫描数据库且产生大量候选项集的问题,但大多数基于FP-growth思想的算法在生成频繁项集时存在过程复杂、占用空间多的问题。为此,提出一种基于前序完全构造链表(PF-List)的频繁项集挖掘算法(PFLFIM)。该算法使用PF-List表示项集,通过简单比较和连接两个PF-List挖掘频繁项集,避免复杂的连接操作;使用包含索引、提前停止交集和父子等价策略对搜索空间进行优化,减少空间占用。通过实验验证,相比于FIN算法和negFIN算法,该算法在运行时间和内存占用方面具有更好的性能。将该算法应用于高校人力资源管理系统中进行关联规则挖掘,寻找影响人才发展的因素,为高校人才引进和选拔提供决策支持。

实用生物信息技术课程教学实例

介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。

Isolation and Identification of Soil Actinobacteria from Mangrove forest in Beihai,Guangxi Province

[Objective] The aim was to identify the species diversity of Actinomycetes from Mangrove forest in Beihai,Guangxi Province. [Method] 10 strains of typical Actinomycetes were isolated from Mangrove forest soil,and the Actinomycetes genomic DNA was successful extracted. 16S rDNA was amplified by PCR and sequenced by Sanger dideoxy sequencing method. [Result] All the sequences were blasted in genbank,eight strains belonged to the genus of Streptomyces (80%),and two strains belonged to the genus of Nocardiopsis (20%). [Conclusion] There are many different Actinomycetes species in Mangrove forest soil samples in Beihai,Guangxi Province.

基于多测度约束的快速蠕虫传播源定位算法研究

近年来频繁爆发的大规模网络蠕虫对Internet的整体安全构成了巨大的威胁,已经造成了巨额的经济损失,新的变种仍在不断出现。目前对于蠕虫的监测与响应都是事后与人工的。本文提出了一种新的基于模式发现的多测度蠕虫快速定位方法,通过源地址活跃度、目标地址离散度和响应度准则等多个测度对监测目标网络已知和未知蠕虫的活动进行快速定位。基于本文的方法在应用中能以较低的资源代价发现未知的蠕虫传播并进行快速源定位。此外为提高算法的效率,本文研究了一种基于双页表结构的攻击树构建方法。

A型口蹄疫病毒VP1基因序列的基因分型研究

为设计A型FMDV基因分型探针建立其3个基因型的数据库,以美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库和英国口蹄疫世界参考实验室(FMDWRL)基因库中所登记的血清A型口蹄疫病毒(FMDV)VP1基因序列为研究对象,运用双序列比对和构建系统发育树的方法对未知基因型的VP1序列进行基因分型并比较两种方法的分型结果。结果表明,两种分型方法的分型率均达到92%,分型结果基本一致。运用这两种方法都可实现对A型FMDV VP1序列的基因分型。

基于可用带宽测量的应用层组播算法

针对组播分发树建立过程的特性和需求,提出一种基于可用带宽测量的应用层组播算法。该算法以组播数据作为测试源,建立输入数据率和单向时延的关系模型,融合可用带宽测量与组播分发树的建立,以降低测量开销和对网络的影响,仿真实验表明,生成的组播树具有高吞吐量和低链路压力的特点。

拟南芥HMGs家族成员全基因组分析

高迁移率族蛋白是一种非组蛋白染色体蛋白质。文中通过生物信息学的方法鉴定到17个HMGs家族基因,利用在线工具分析了HMGs家族基因的组成以及染色体定位信息,利用Clustal-W以及MEGA4.0软件构建了拟南芥HMGs家族的系统发育树,利用通过查询基因芯片结果分析了该家族基因的不同组织部位的表达情况,并推测了部分基因的功能,为进一步研究HMGs家族基因的功能提供了参考。

基于节点异构性的应用层组播算法

为降低组播树的维护开销、改善组播树的负载平衡、提高组播树的性能,给出一种基于节点异构性的应用层组播算法。与已有的应用层组播算法相比,综合考虑了节点的异构性(动态计算节点异构性,综合考虑节点的网络转发能力和计算能力来),提出了全新的组播树构建策略并通过黄牌节点的数量来及时调整组播树。仿真结果表明,该算法大大降低了端到端的延迟和平均链路伸展长度,提高了系统的稳定性。

基于AHMRRT的移动机器人路径规划算法

为解决单向快速探索随机树(rapid exploring random tree,RRT)算法路径规划效率低且易陷入局部极小点的问题,提出了一种自适应启发式多快速探索随机树(adaptive heuristic multiple rapid exploring random tree,AHMRRT)路径规划算法.一方面,基于多随机树构建策略的AHMRRT算法可以在起始点、目标点、子目标点生成4棵随机树,同时进行扩展搜索,从而提高路径规划效率;另一方面,通过在单棵随机树生长过程中添加自适应启发式偏置因子,AHMRRT算法可以根据环境中障碍物的情况自适应地改变新节点的生成策略.探索自由空间时,该算法可以在偏置因子的作用下迅速向目标点扩展以提高搜索效率;探索多障碍物空间时,该算法将调用随机采样函数以防止落入局部最优.在仿真实验中,设计了4种环境下AHMRRT算法与随机概率目标快速探索随机树(probability goal RRT,PGRRT)、双向快速探索随机树(bidirectional RRT,BRRT)算法的对比实验,仿真实验结果证明了该算法的可行性和高效性.