一种自适应克隆选择分子对接构象搜索策略

为提高分子对接精度与速度,设计并实现了基于自适应克隆选择算法的分子对接构象搜索策略.该策略用自适应克隆增殖算子、自适应变异算子、自适应重组算子更新了克隆选择算子、高频变异算子、重组算子,同时引入抗体浓度机制.为验证该对接方法的有效性,用此方法对布克海文蛋白质数据库中的六种蛋白质—配体复合物进行实验测试,并将实验结果与拉马克遗传算法、模拟退火算法、免疫遗传算法和简单克隆选择算法进行比较,结果表明该对接策略具有更快的收敛速度和更好的寻优能力.

药物分子对接中的构象搜索策略

药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。

一种基于均匀设计原理的自适应克隆选择分子对接构像搜索策略

为提高分子对接精度与速度,设计且实现了基于均匀设计原理的自适应克隆选择自动分子对接搜索策略。该策略首先引入抗体浓度,用抗体浓度和最低结合自由能共同衡量抗体品质;并利用均匀设计原理设计了克隆选择算法各参数的组合式样;然后利用自适应的克隆增殖、自适应的变异以及自适应的重组算子替代了克隆选择、高频变异以及简单重组算子。为验证该对接方法的有效性,用此方法对布克海文蛋白质数据库中的6种蛋白质—配体复合物进行实验测试,并将实验结果与拉马克遗传算法、模拟退火算法、免疫遗传算法和简单克隆选择算法进行比较,实验表明该对接策略具有更快的收敛速度和更好的寻优能力。