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人类第18号染色体测序及分析完成
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《生命世界》 2005年第11期13-13,共1页
人类的第18号染色体是所有染色体中基因密度最低的,现在它的测序已经全部完成了。其测序和分析结果公布在9月22日的《自然》杂志上。
关键词 染色体测序 人类 《自然》杂志 基因密度 分析结果
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染色体核型分析、染色体拷贝数变异测序、荧光定量聚合酶链技术在产前诊断联合应用的价值
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作者 甘梅连 莫观海 +3 位作者 杨越红 欧海燕 陈法强 刘传勇 《中国当代医药》 CAS 2023年第35期140-143,F0004,共5页
目的探讨染色体核型分析、染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)、荧光定量聚合酶链技术(QF-PCR)在产前诊断中联合应用的价值。方法选取2022年1月至10月在茂名市人民医院产前诊断中心就诊的具有产前诊断指征的417例孕妇进行穿刺,同时做染色体... 目的探讨染色体核型分析、染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)、荧光定量聚合酶链技术(QF-PCR)在产前诊断中联合应用的价值。方法选取2022年1月至10月在茂名市人民医院产前诊断中心就诊的具有产前诊断指征的417例孕妇进行穿刺,同时做染色体核型分析、CNV-seq及QF-PCR,比较三种检测方法各自及联合检测的异常检出率及其他特殊情况。结果三种技术共检出63例异常,异常检出率为15.11%。染色体核型分析共检出29例异常核型,染色体核型异常检出率为6.95%。有17例数目异常,其中有7例47,XN,+21、4例47,XN,+18、2例47,XXY、1例45,X、3例嵌合;另有12例结构异常。CNV-seq共检出57例异常,染色体异常检出率为13.67%,其中常见非整倍体17例、大片段CNV(≥10 M)有2例、微小CNV(<10 M)有38例。明确致病性CNVs 17例,可能致病性CNVs或临床意义不明CNVs 23例。有5例异常核型CNV-seq检测为正常。QF-PCR技术共检出17例数目异常,异常检出率为4.08%。染色体核型分析、CNV-seq及QF-PCR三种技术的异常检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测的异常检出率高于核型和QF-PCR检测,差异有统计学意义(P<0.017);核型检测和QF-PCR检测的异常检出率比较,差异无统计学意义(P>0.017)。结论染色体核型分析有利于发现更多的染色体结构异常,CNV-seq有利于发现更多的微小缺失或重复,染色体核型分析和CNV-seq及QF-PCR在产前诊断中实现优势互补,为临床咨询提供准确的实验室依据,加强优生指导。 展开更多
关键词 产前诊断 染色体核型分析 染色体拷贝数变异 荧光定量聚合酶链技术
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染色体特异位点筛选方法在无创产前检测中的应用 被引量:4
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作者 孔令印 王挺 +8 位作者 贺权责 冒燕 申静静 宣黎明 祝轶君 薛永峰 孙丹凤 刘慧敏 梁波 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2017年第3期165-168,共4页
目的建立一种基于染色体特异位点测序进行无创产前检测的方法,以替代目前传统的基于全基因组测序的无创产前检测技术。方法采集200例已知胎儿核型的孕妇血浆样本,通过数据库筛选挑选出13、18、21号染色体上特异性的位点,通过探针捕获的... 目的建立一种基于染色体特异位点测序进行无创产前检测的方法,以替代目前传统的基于全基因组测序的无创产前检测技术。方法采集200例已知胎儿核型的孕妇血浆样本,通过数据库筛选挑选出13、18、21号染色体上特异性的位点,通过探针捕获的方式进行特异性片段的捕获,针对特异性片段进行测序分析,通过Z值计算来判断是否存在染色体非整倍体异常。结果染色体特异位点筛选法检出7例21三体胎儿、3例18三体胎儿,1例13三体胎儿,结果与全基因组高通量测序法一致。结论基于染色体特异位点测序法具有检测成本低、检测通量高的优势,有望替代全基因组高通量测序法进行无创产前筛查。 展开更多
关键词 染色体特异位点 无创产前筛查 高通量
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第一条人类染色体序列正在完成拼接
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作者 D.Normile E.Pennisi 李伟 《世界科学》 1999年第12期30-30,共1页
关键词 人类基因组计划 人类染色体图谱 染色体测序
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孕11-27周胎儿鼻骨发育不良的CNV-seq联合染色体核型诊断结果分析
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作者 陈惠 邓新琼 +3 位作者 覃晓慧 岑白梅 覃欢 廖芳 《临床和实验医学杂志》 2024年第6期622-626,共5页
目的分析孕11~27周胎儿鼻骨发育不良的染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)联合染色体核型诊断结果。方法回顾性纳入2021年1月至2022年12月于广州市妇女儿童医疗中心柳州医院产科就诊的并行孕期超声诊断为胎儿鼻骨发育不良的432例孕妇作为研... 目的分析孕11~27周胎儿鼻骨发育不良的染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)联合染色体核型诊断结果。方法回顾性纳入2021年1月至2022年12月于广州市妇女儿童医疗中心柳州医院产科就诊的并行孕期超声诊断为胎儿鼻骨发育不良的432例孕妇作为研究对象,对其进行染色体核型分析和CNV-seq分析,并对其检测结果进行分析。结果432例病例中,核型分析共检出染色体核型异常36例(8.3%),其中非整倍体31例(7.2%),包括21-三体26例(6.0%),18-三体3例(0.69%),其他2例(0.46%);另有结构异常5例(1.2%);CNV-seq分析另检出15例CNVs(3.47%),包括5例(1.2%)致病性CNVs、10例(2.3%)临床意义未明CNVs。结论孕11~27周鼻骨发育不良是重要的染色体异常的重要依据,染色体核型和CNV-seq联合检测可有效提高染色体异常的检出率,可作为产前诊断的一线方法,有助于对染色体畸变及早诊断和干预,为遗传学咨询和生育指导提供一定的依据,减少出生缺陷的发生。 展开更多
关键词 鼻骨发育不良 超声 染色体异常 染色体核型分析 染色体拷贝数变异
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CNV-seq技术对1953例自然流产物的染色体数目和拷贝数变异分析 被引量:3
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作者 项菁 赵伊冉 +1 位作者 葛志红 危薇 《中国产前诊断杂志(电子版)》 2021年第4期46-51,共6页
目的基于染色体拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术对1953例自然流产物进行遗传学检测,探讨流产组织染色体数目异常和拷贝数变异(copy number variation,CNV)在自然流产中的发生情况。方法回顾性统计分析201... 目的基于染色体拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术对1953例自然流产物进行遗传学检测,探讨流产组织染色体数目异常和拷贝数变异(copy number variation,CNV)在自然流产中的发生情况。方法回顾性统计分析2014年3月至2019年11月送检并行CNV-seq检测的1953例自然流产组织染色体变异分析结果。结果①1953例流产组织样本中,1013例存在染色体异常,异常率为51.87%,其中以染色体非整倍体最常见,共有870例,发生率为44.55%(870/1953),占异常核型的85.88%(870/1013),涉及除1号染色体外的所有染色体,以16-三体发生频率最高,其次为22-三体、X单体15-三体和21-三体。②本次研究发现孕妇年龄≥35岁组胚胎染色体异常率明显高于年龄<35岁组(56.57%vs.42.17%,P<0.05);早期自然流产(孕周<12周)的胚胎染色体异常率明显高于中晚期自然流产(58.76%vs.23.21%,P<0.01);而产妇既往流产次数与胚胎染色体的异常率无统计学意义(P>0.05)。结论胚胎染色体异常,尤其染色体非整倍体异常,是自然流产的主要原因,多发于孕早期,且随着孕妇年龄增长,胚胎染色体异常发生率显著升高。 展开更多
关键词 二代 染色体拷贝数变异 自然流产 染色体异常 拷贝数变异
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血清学、NIPT与CNV-seq联合染色体核型分析在产前诊断中的应用研究
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作者 钟杰 陈文高 +3 位作者 韩德琴 孟玲 申时龙 姚璞 《国际检验医学杂志》 CAS 2022年第S01期21-25,共5页
目的 探讨血清学筛查及无创产前筛查联合染色体核型分析,在产前诊断应用中的价值。方法 收集2020年1月至2021年8月因各种高危因素来本院产前诊断中心就诊,进行血清学筛查、高龄孕妇进行无创DNA(NIPT)产前检测,并对检测结果中21-三体、18... 目的 探讨血清学筛查及无创产前筛查联合染色体核型分析,在产前诊断应用中的价值。方法 收集2020年1月至2021年8月因各种高危因素来本院产前诊断中心就诊,进行血清学筛查、高龄孕妇进行无创DNA(NIPT)产前检测,并对检测结果中21-三体、18-三体、13-三体及性染色体高风险者进行染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)与染色体核型联合分析,分析比较血清学筛查、NIPT、和CNV-seq与染色体核型分析在产前筛查中的差异。结果 血清学组2294例筛查高风险167例,阳性检出率为7.28%(167/2294),确诊阳性率为3.59%(6/127);NIPT组1342例患者中,阳性检出率2.09%(28/1342),确诊阳性率为42.86%(12/28);CNV-seq与染色体核型分析组(联合组)102例患者中,阳性检出率36.27%(37/102),阳性确诊率为89.19%(33/37)。联合组异常检出率高于血清学组和NIPT组,差异有统计学意义(P<0.05),阳性确诊率极显著高于血清学型和NIPT组,差异有统计学意义(P<0.01)。相对于血清学组,NIPT组的检测准确度更高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 血清学初筛的假阳性率较高,NIPT组假阳性率低于血清组,联合组准确率最高。CNV-seq联合染色体核型分析可以有效提高染色体异常检出率,可弥补无创产前诊断带来的不足,为出生缺陷率的降低提供可靠的依据。 展开更多
关键词 血清学筛查 无创DNA 染色体拷贝数变异 染色体核型分析
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高通量测序染色体拷贝数变异检测在359例羊膜腔穿刺产前诊断中的临床研究 被引量:3
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作者 史淑琼 陈淑芬 +3 位作者 钟进 郭晓玲 宋春林 朱晓丹 《中国优生与遗传杂志》 2019年第9期1034-1035,1038,1022,共4页
目的探讨高通量测序染色体拷贝数变异检测在产前诊断中的临床价值。方法对359例有相关产前诊断指征行经羊膜腔穿刺的孕妇行细胞培养染色体核型分析和染色体拷贝数变异检测,比较两种方法的检测结果,分析其临床应用价值。结果核型分析共发... 目的探讨高通量测序染色体拷贝数变异检测在产前诊断中的临床价值。方法对359例有相关产前诊断指征行经羊膜腔穿刺的孕妇行细胞培养染色体核型分析和染色体拷贝数变异检测,比较两种方法的检测结果,分析其临床应用价值。结果核型分析共发现11例染色体异常,阳性率为3.1%(11/359);染色体拷贝数变异检测共发现26例染色体异常,阳性率7.2%(26/359)。细胞培养染色体核型分析正常的15例标本中,经染色体畸变技术检测3例存在微缺失/微重复。结论染色体拷贝数变异检测技术对染色体非整倍体和微缺失/微重复具有高准确性、可靠性和可重复性,对产前诊断胎儿异常具有重要临床意义。 展开更多
关键词 高通量染色体拷贝数变异检 染色体核型分析 产前诊断 临床研究
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扩展性无创产前基因检测在产前诊断中的应用 被引量:1
9
作者 闻柳 王常宏 +2 位作者 韩雪 兰文娟 宛杨 《医学综述》 CAS 2023年第15期3085-3089,3095,共6页
目的探讨扩展性无创产前基因检测(NIPT-plus)在产前诊断中的应用价值。方法选取2020年4月至2021年12月在阜阳市人民医院就诊的159例NIPT-plus结果提示高风险的孕妇,所有孕妇均行羊膜腔穿刺术,同时进行染色体核型分析联合染色体微阵列分... 目的探讨扩展性无创产前基因检测(NIPT-plus)在产前诊断中的应用价值。方法选取2020年4月至2021年12月在阜阳市人民医院就诊的159例NIPT-plus结果提示高风险的孕妇,所有孕妇均行羊膜腔穿刺术,同时进行染色体核型分析联合染色体微阵列分析(CMA)或染色体拷贝数变异(CNV)测序(CNV-seq)并进行随访,对所有孕妇的检测结果和妊娠结局进行汇总分析。结果159例NIPT-plus高风险孕妇中,21三体36例、18三体11例、13三体2例、性染色体数目异常58例、其他染色体数目异常30例、CNV 22例。159例孕妇羊水样本通过染色体核型分析联合CMA/CNV-seq检测共检出70例与NIPT-plus结果一致的异常样本和4例非NIPT-plus提示的其他异常。NITP-plus对21三体、18三体、13三体、性染色体数目异常、其他染色体数目异常、CNV的阳性预测值分别为75.0%(27/36)、72.7%(8/11)、0(0/2)、36.2%(21/58)、6.7%(2/30)和54.5%(12/22)。4例非NIPT-plus提示的其他异常的CNV片段大小均小于3 Mb,包括1例致病性变异、3例临床意义未明变异。结论NIPT-plus具有较高的准确度,对常见的染色体非整倍体异常和拷贝数变异具有一定的预测价值,同时建议NIPT-plus提示高风险的孕妇,运用染色体核型分析联合CMA或CNV-seq进行进一步的产前诊断,以确定胎儿是否存在染色体变异。 展开更多
关键词 扩展性无创产前基因检 染色体核型分析 染色体微阵列分析 染色体拷贝数变异 产前诊断
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CNV-seq联合STR在胚胎停滞发育患者妊娠产物中的应用
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作者 陈闫 刘伟 +2 位作者 兰智辉 王泽伟 车梦伟 《检验医学与临床》 CAS 2024年第23期3572-3575,3580,共5页
目的探讨染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)联合短串联重复序列(STR)在胚胎停滞发育患者流产产物(POC)中的应用。方法选取2020年2月至2024年2月在阜阳市肿瘤医院就诊的367例胚胎停滞发育患者为研究对象,采集POC进行CNV-seq及STR检测。对比... 目的探讨染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)联合短串联重复序列(STR)在胚胎停滞发育患者流产产物(POC)中的应用。方法选取2020年2月至2024年2月在阜阳市肿瘤医院就诊的367例胚胎停滞发育患者为研究对象,采集POC进行CNV-seq及STR检测。对比不同孕周、年龄段患者的异常染色体的检出情况。结果367例POC中,检出染色体异常197例,检出率为53.68%,其中非整倍体占67.51%(133/197)、嵌合体12.18%(24/197)、三倍体13.20%(26/197)、致病性拷贝数变异(PCNVs)2.54%(5/197)、结构异常4.06%(8/197);染色体非整倍体中以Chr16三体和ChrX单体最常见,Chr22三体、Chr18三体、Chr21三体次之。248例孕早期患者POC中异常染色体检出率为62.50%(155/248),其中以三倍体(14.19%)和染色体非整倍体最常见,染色体非整倍体以Chr16三体(13.55%)、Chr18三体(2.58%)、Chr21三体(5.16%)、Chr22三体(7.74%)、ChrX单体(11.61%)最常见;119例孕中期染色体异常检出率为35.29%(42/119),以染色体非整倍体[Chr16三体(9.52%)、Chr18三体(16.67%)、Chr21三体(7.14%)、Chr22三体(2.38%)、ChrX单体(11.90%)]和三倍体(9.52%)为主;孕中期与孕早期染色体异常总检出率及Chr18三体检出率比较,差异均有统计学意义(χ2=23.94、6.219,P<0.05)。177例<35岁患者染色体异常检出率为48.02%(85/177),136例30~<35岁患者为57.35%(78/136),54例≥35岁患者为62.96%(34/54);<30岁患者与≥35岁患者的染色体异常检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05),但<30岁患者和≥35岁患者分别与30~<35岁患者的染色体异常检出率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论采用CNV-seq联合STR检测胚胎停滞发育患者的POC,可深入探寻胚胎停滞发育的原因,评估下次妊娠的复发风险,为遗传咨询和生殖规划提供有价值的信息。 展开更多
关键词 染色体拷贝数变异 短串联重复 胚胎停滞发育 妊娠产物 微缺失 微重复
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肝脏异维甲酸受体α调控脂代谢通路的基因组靶点分析 被引量:3
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作者 詹琪 聂玉强 李瑜元 《广东医学》 CAS 北大核心 2015年第2期178-181,共4页
目的探讨肝脏异维甲酸受体α(RXRα)的基因组靶点特征及其下游通路与脂代谢的关系。方法将6只小鼠随机分为观察组和对照组各3只,分别给予维甲酸150 mg/(kg·d)和等量生理盐水灌胃,共7 d,测定血脂,并用染色体免疫沉淀测序和定量PCR比... 目的探讨肝脏异维甲酸受体α(RXRα)的基因组靶点特征及其下游通路与脂代谢的关系。方法将6只小鼠随机分为观察组和对照组各3只,分别给予维甲酸150 mg/(kg·d)和等量生理盐水灌胃,共7 d,测定血脂,并用染色体免疫沉淀测序和定量PCR比较RXRα靶基因谱和基因表达差异。结果观察组血清胆固醇和三酰甘油浓度较对照组显著降低(P<0.05),肝脏RXRα的基因组靶点和靶基因数均较对照组增加,以转录起始区靶点增幅最大(约58%)。RXRα的下游通路包括氧化还原、脂肪酸代谢和脂质转运等。观察组脂代谢相关靶基因中约48%(11/23)显著下调,22%(5/23)上调。结论肝脏RXRα及其下游通路是介导维甲酸调控脂代谢通路的重要因子。 展开更多
关键词 异维甲酸受体α 脂代谢 核受体 染色体免疫共沉淀
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利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱 被引量:3
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作者 董小明 郑巍薇 +3 位作者 尹荣华 詹轶群 杨晓明 李长燕 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期578-584,共7页
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chro... 为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验、Western印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate,FDR)小于0.0001.EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素(EPO)诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索. 展开更多
关键词 红系分化相关基因(EDAG) 染色体免疫共沉淀-高通量(ChIP-seq) CD34+细胞 生物信息学分析
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水稻基因组测序的研究意义及进展
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作者 冯红玉 《中学生物教学》 2003年第3期7-9,共3页
关键词 水稻基因组 研究意义 研究进展 染色体测序 中学 生物学 教学参考
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水稻功能基因组
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《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2007年第1期35-35,共1页
关键词 功能基因组 水稻幼苗 基因组 染色体测序 基因表达谱 白叶枯病 高效利用 基因克隆
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新方法突破复杂基因组装配瓶颈
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作者 朱云芬 《中国家禽》 北大核心 2013年第23期1-1,共1页
尽管DNA测序技术取得了巨大进步,但复杂基因组的装配仍然面临巨大挑战,特别是在使用短片段测序的情况下,会产大量的短DNA片段。美国麻省大学医学院(UMMS)的研究人员利用DNA相互作用的频率数据,开发了更快更准确的基因组装配方法,并成功... 尽管DNA测序技术取得了巨大进步,但复杂基因组的装配仍然面临巨大挑战,特别是在使用短片段测序的情况下,会产大量的短DNA片段。美国麻省大学医学院(UMMS)的研究人员利用DNA相互作用的频率数据,开发了更快更准确的基因组装配方法,并成功将其应用于复杂基因组。研究者利用这一技术给人类基因组的未完成区域补上了65个DNA片段。相关研究成果2013年11月发表于《Nature Biotechnology》。 展开更多
关键词 基因组 装配过程 DNA 染色体测序 相互作用 物种特异性 DNA片段 技术
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我国水稻等重要农作物基因组研究进展顺利
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《吉林农业农村经济信息》 2006年第8期17-17,共1页
在国家863计划支持下,水稻等重要农作物基因组研究进展顺利,继独立完成籼稻全基因组测序和粳稻第4号染色体测序,结果在《Science》和《Nature》上发表后,抗病(白叶枯病、稻瘟病)、耐盐、抗旱、氮磷高效利用、分蘖、脆杆、茎杆伸... 在国家863计划支持下,水稻等重要农作物基因组研究进展顺利,继独立完成籼稻全基因组测序和粳稻第4号染色体测序,结果在《Science》和《Nature》上发表后,抗病(白叶枯病、稻瘟病)、耐盐、抗旱、氮磷高效利用、分蘖、脆杆、茎杆伸长、不定根生长等一批有潜在应用价值的重要农艺性状基因的克隆取得了突破,获得107个功能明确的基因,18个在优质、高产和抗逆品种改良方面具有应用前景的功能基因。 展开更多
关键词 全基因组 农作物 水稻 《SCIENCE》 国家863计划 Nature 农艺性状基因 染色体测序
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无创DNA产前筛查技术在胎儿非整倍体产前筛查中的临床应用价值
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作者 钟强 胡勤 张雯 《当代医学》 2023年第8期101-105,共5页
目的探讨无创DNA产前筛查技术(NIPT)在胎儿非整倍体产前筛查中的临床应用价值及其假阳性原因。方法选取2017年10月至2019年6月于本院妇产科门诊就诊且自愿进行血清学筛查和NIPT检测的5143例孕妇作为研究对象,详细询问并记录孕妇年龄、... 目的探讨无创DNA产前筛查技术(NIPT)在胎儿非整倍体产前筛查中的临床应用价值及其假阳性原因。方法选取2017年10月至2019年6月于本院妇产科门诊就诊且自愿进行血清学筛查和NIPT检测的5143例孕妇作为研究对象,详细询问并记录孕妇年龄、孕龄、末次月经时间、孕产次和既往分娩史。结果NIPT结果显示胎儿非整倍体高风险胎儿23例,其中21-三体高风险16例,18-三体高风险4例,13-三体高风险3例。羊水细胞核型诊断结果显示21-三体15例,18-三体4例,13-三体3例。低风险结果随访中全部与NIPT检测一致。故无创胎儿染色体非整倍体基因检测方法总的灵敏度为100.00%,特异度为99.98%,假阳性率为0.02%,假阴性率为0.00%;染色体异常基因测序显示,NIPT与羊水细胞核型分析验证不一致为局限性胎盘嵌合(CPM)。结论NIPT是一种高灵敏度和高特异度的非侵入性的胎儿染色体非整倍体产前筛查手段,局限性胎盘嵌合体是影响NIPT假阳性的因素之一。 展开更多
关键词 无创DNA产前筛查技术 高风险 假阳性 染色体异常基因 局限性胎盘嵌合
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Next generation sequencing in oral disease diagnostics
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作者 Gokul Sapna Sridharan Gokul 《World Journal of Stomatology》 2018年第2期6-10,共5页
DNA sequencing is the method of identifying the precise order of DNA nucleotides within a molecule. The information of DNA sequencing is of prime requisite for basic biological research as well as in various clinical ... DNA sequencing is the method of identifying the precise order of DNA nucleotides within a molecule. The information of DNA sequencing is of prime requisite for basic biological research as well as in various clinical specialties.They can be used to determine the individual genetic sequence, larger genetic regions, chromosomes as well as to sequence RNA and proteins. Since the first DNA sequencing in 1970s, there has been tremendous advancements in the technologies aimed to determine the entire human genome. The need for rapid and accurate sequencing of human genome has resulted in the introduction of next generation sequencing(NGS) technology. NGS refers to the secondgeneration DNA sequencing technologies where millions of DNA can be sequenced simultaneously. Some of the next gen sequencing methods employed are Roche/454 life science, Illumina/Solexa, SOLiD system and HeliScope.Application of NGS in decoding the genomic database of various oral diseases may possess therapeutic and prognostic value. This presentation provides an overview of the basics of NGS and their potential applications in oral disease diagnostics. 展开更多
关键词 Molecular diagnostics Next generation sequencing ILLUMINA Oral diseases Oral cancer
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人类基因组初期计划的结束——新的起点
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作者 曾宗浩(编译) 《物理》 CAS 北大核心 2005年第8期621-622,共2页
最近的Nature杂志发表了一篇文章,宣告人类基因组常染色体测序的结束[1].读者可能会产生疑问,人类基因组计划不是三年前就宣告结束了吗,这再一次的宣告结束是什么意思?其实,三年前结束的只是人类基因组的草图,草图留下了许多的缺憾.比如... 最近的Nature杂志发表了一篇文章,宣告人类基因组常染色体测序的结束[1].读者可能会产生疑问,人类基因组计划不是三年前就宣告结束了吗,这再一次的宣告结束是什么意思?其实,三年前结束的只是人类基因组的草图,草图留下了许多的缺憾.比如,在"常染色体"的部分(基因组富含基因的部分)碱基对缺失了10%.这已经不是个小数目,而整个基因组的碱基对则缺失了30%.当时的草图含有成千上万的间隙(未能测得碱基对顺序的区间)和被错误放置的区域. 展开更多
关键词 人类基因组计划 起点 NATURE 染色体测序 碱基对 染色体 草图 缺失
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小细胞肺癌中转录因子E2F1调控的靶基因(英文) 被引量:3
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作者 李尊岭 焦飞 +2 位作者 马颖 岳真 孔丽君 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期276-284,共9页
本研究组前期研究结果表明,转录因子E2F1在大约95%的小细胞肺癌组织中表达上调,而且与其浸润、转移密切相关,但是E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因未见报道。本研究旨在探索E2F1在小细胞肺癌细胞株H1688中调控的靶基因。染色体免疫共沉... 本研究组前期研究结果表明,转录因子E2F1在大约95%的小细胞肺癌组织中表达上调,而且与其浸润、转移密切相关,但是E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因未见报道。本研究旨在探索E2F1在小细胞肺癌细胞株H1688中调控的靶基因。染色体免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,Ch IP-seq)结果显示,在小细胞肺癌H1688细胞中,E2F1能够调控5 326个靶基因的表达,其中4 700个是结构基因,626个基因编码长链非编码RNA。基因功能注释(gene ontology,GO)和基因富集图谱(enrichment map)分析显示,E2F1调控的靶基因功能主要集中在3个方面:细胞周期调控、染色体和组蛋白修饰以及蛋白转运。MEME4.7.0软件分析显示,E2F1通过结合6个序列调控相关靶基因和长链非编码序列的表达。以上结果阐明了E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因,为进一步研究E2F1在小细胞肺癌发生、发展、浸润与转移、复发和耐药中的作用提供了实验依据。 展开更多
关键词 E2F1 小细胞肺癌 染色体免疫共沉淀联合
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