用于拟南芥染色体着陆的一套InDel标记的设计与应用

在拟南芥图位克隆中SSLP(simple sequence length polymorphism)是首选分子标记,当无可用SSLP时才会考虑CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)、d CAPS(designed CAPS)及SNAP(single nucleotide amplified polymorphism)等标记。图位克隆的第1步就是染色体着陆,需逐个检测覆盖全基因组的标记,工作繁琐,更加依赖操作相对简单的SSLP标记。但是,SSLP标记在染色体上分布不均,有些标记缺乏物理位置记录,而且很多标记的PCR反应体系和扩增条件不同,这些瑕疵增加了染色体着陆乃至图位克隆其他步骤的工作量,有碍图位克隆的顺利开展。针对上述不足,以InDel多态性位点为基础设计一组标记,专门用于染色体着陆,以弥补现有SSLP标记的不足。这套标记有确切的物理位置,每个标记所控制的染色体区间小于30 cM,而且这套标记可采用相同的PCR反应体系和反应程序。随即用这套标记成功地实现了6个Ler背景的隐性突变体的染色体着陆,显示这组标记能够满足实验要求,使得拟南芥图位克隆得到简化。

水稻抗稻瘟病基因Pi-2(t)物理图谱的构建

应用BAC文库，采用基于分子标记的染色体着陆（marker-based chromosome landing）和染色体步查（chromosome walking）等手段，建立了包含有水稻抗稻瘟病基因Pi-2（t）的物理图谱，该物理图谱由22个BAC克隆组成，遗传跨度8cM，而物理距离为925kb，该物理图谱的构建不仅为进一步分离和克隆该基因打下了基础，同时也可为分子标记辅助选择育种选择抗稻瘟病新材料提供新的标记。