利用水稻成套端三体进行DNA序列快速染色体臂定位

以水稻 (OryzasativaL .ssp .indica)“中籼 30 37”成套端三体为材料 ,通过制备不同染色体两个端三体的等量DNA膜 ,并与待定位的分子标记或DNA序列杂交 ,成功地将严重偏分离的零等位标记RG6 84、多拷贝标记G10 73的不同片段 ,以及着丝点相关重复序列RCS1定位到相应的染色体臂上。说明在水稻中 ,不同染色体臂的端三体可以弥补连锁定位方法的一些不足。

西藏小麦地方品种“棒型小麦”并列小穗基因的染色体臂定位

三联小穗小麦 (TriticumaestivumL .concv .tripletum)是一种特殊穗型的普通小麦 ,是混生在西藏小麦地方品种中的一种特殊小麦类型 ,遗传性稳定。它是连接大麦亚族与小麦亚族的例证标本。西藏小麦地方品种“棒型小麦”就是典型的三联小穗小麦 ,有稳定的三联小穗特征。对三联小穗小麦“棒型小麦”并列小穗基因进行染色体臂定位研究 ,发现 :(1)正常穗型与并列小穗相比遗传呈显性。小麦中国春遗传背景中存在抑制并列小穗表达的基因 ;(2 )控制并列小穗的基因定位在 5AL、4BL、6BS、7BL、7DL染色体臂上 ;(3)分枝麦与正常小麦杂交后代出现并列小穗这一现象可能受 5AL和 4BL染色体臂控制。

簇毛麦1V染色体臂的EST-STS标记的开发与应用

为了给小麦远缘亲本的研究和利用提供参考,根据已定位于普通小麦1DS和1BL上的EST序列设计96对STS引物,对中国春、簇毛麦、中国春-簇毛麦的1V附加系和易位系进行多态性分析,开发出4个簇毛麦1V染色体臂的STS标记。其中,BE499250-STS和BE591682-STS/RsaⅠ为共显性标记,可以扩增出1条1VS片段,同时还可以扩增出1条1DS片断,能将1DS和1AS、1BS区分开来;BE581358-STS/HaeⅢ和BE585781-STS/RsaⅠ是显性标记,能分别扩增出2条和1条1VL片段,但扩增的小麦染色体片段不能区分1DL和1A、1B。这些标记已成功地应用于小麦-簇毛麦整臂互补易位系T1DL.1V#3S和T1DSo1V.3L的筛选。

小麦种质N9134抗白粉病基因的染色体臂定位

明确来源于野生二粒小麦的抗白粉病基因PmAS846所在的染色体臂。采用端体和SSR标记对普通小麦种质N9134携带的PmAS846基因进行了遗传分析。中国春(Chinese Spring,CS)、CS5BL双端体系与N9134杂交F1高抗白粉病,CS/N9134的F2和CS5BL双端体系/N9134//CS BC1F1抗病植株和感病植株比例分别符合期望比例3∶1和1∶1。CS 5BL双端体系/N9134//CS BC1F1 64个植株的根尖染色体核型和白粉病抗性鉴定发现,12个植株在5B染色体着丝点和抗性基因间发生了交换。PmAS846的SSR标记Xgwm67在CS第五部分同源群的缺体-四体系和双端体系的扩增,该标记在CSN5BT5D系中缺失,而在CSDt5BL系中存在。结果表明:PmAS846位于小麦5B染色体长臂上,该基因距5B染色体着丝点18.75个交换单位。

9号染色体臂间倒位与生殖异常之探讨

目的探讨9号染色体臂间倒位inv(9)携带者与不良生育史之间的关系。方法采用外周淋巴细胞染色体培养技术对患者进行分析核型。结果从46名均有流产、死胎、畸胎等不良生育史患者核型分析中,发现染色体核型异常11例,其中9号染色体臂间倒位5例。结论5例全部都有临床效应,不可忽视9号染色体臂间倒位与生育问题有关的可能性。

普通小麦-野生二粒小麦染色体臂置换系的种子萌发和幼苗生长特性

为了挖掘野生二粒小麦的优异基因资源,选择以普通小麦品种Bethlehem(BLH)和中国春(Chinese Spring,CS)为背景的两套野生二粒小麦染色体臂置换系(chromosome arm substitution lines,CASLs)为材料,开展种子萌发与幼苗生长特性的研究。结果表明,无论在BLH还是在CS背景下,不同CASL之间发芽率、发芽势、发芽指数等种子萌发性状以及主根长、根数、苗高、平均根长等幼苗生长特性均存在一定的差异。两个遗传背景中,5BS和7BS置换系的种子发芽率、发芽势和发芽指数均显著高于亲本,而5AS和6AS置换系却显著低于亲本,推测在这些置换系相应染色体臂上至少各带有一个调控小麦发芽特性的QTL。4BL和6BL置换系的苗高、主根长和平均根长均大于亲本;2BS和3AL置换系的主根长和根数都大于亲本;5BS、6AL、2AS和1AS置换系的主根长和平均根长均大于亲本。1BS置换系的苗高、主根长和平均根长均比亲本小;4AL置换系的平均根长和根数小于亲本。由此推测,在1AS、2AS、3AL、6AL、2BS和5BS染色体上可能存在控制小麦幼苗叶片和根系生长的相关基因。

粗穗披碱草1H^(t)S染色体臂特异标记开发

粗穗披碱草1H^(t)S染色体臂上含有抗叶锈病基因Lr55和一个暂未被命名的抗条锈病基因,是改良小麦的优异基因源。为了开发1H^(t)S特异分子标记用于辅助小麦抗病育种,本研究对不同小麦染色体第一同源群短臂上的基因序列进行生物信息学分析,选取同一基因的长度差异大且扩增长度适宜的同一内含子,在其两侧的外显子区分别设计上、下游引物。以中国春-粗穗披碱草1H^(t)S·1BL易位系和中国春为材料,对开发及合成的引物进行PCR筛选,获得可以在二者中扩增出多态性带的引物。利用筛选出的引物对一套中国春-粗穗披碱草染色体系进行扩增,验证其特异性。进而对相应的杂交分离群体进行扩增,验证其可用性。结果共建立了1H^(t)S染色体臂特异标记18个,为小麦背景中1H^(t)S染色质检测和小麦-粗穗披碱草1H^(t)S染色体小片段易位系的易位断点判定提供了方法。

转录组测序技术在鉴定小麦染色体臂置换系染色体组成上的应用

为给染色体片段置换系的快速鉴定提供新的技术手段,用3个以普通小麦品种中国春(Chinese Spring,CS)为背景的野生二粒小麦(TTD140)染色体臂置换系(chromosome arm substitution line,CASL)进行转录组测序,并结合SNP分析,获得纯合的SNP,用于鉴定CASL材料中TTD140的置换区段。结果发现,CASL3AL的SNP主要分布在染色体3A的108~750 Mb区段;CASL7BS的SNP分布于染色体7B的0~536 Mb和5A的22~482 Mb区段;CASL4AL的SNP分布比较复杂,除集中在4A的40~745 Mb、7B的0~570 Mb以及5B的410~675 Mb外,还在1A、2A、3A、7A、2B、2D、5D、6D和7D染色体上成簇分布,表明该材料除在预期的染色体4A上保留TTD140的大片段外,还在其他染色体上残留许多TTD140小片段。通过97对多态性SSR标记验证CASL3AL的染色体组成,发现84对标记能检测到TTD带型,其分布范围与转录组数据鉴定结果基本一致。对SNP富集区域的320 bp PCR产物直接测序,发现CASL3AL与CS之间存在7个SNP位点,但与TTD140以及Zavitan参考序列一致。因此,本研究利用转录组测序技术能够有效鉴定小麦染色体片段置换系材料的染色体组成,且比传统的分子标记技术准确、方便、快捷。

不同环境温度下普通小麦-野生二粒小麦染色体臂置换系的农艺性状差异分析

以普通小麦品种中国春(chinese spring,简称CS)为遗传背景的野生二粒小麦染色体臂置换系(chromosome arm substitution lines,简称CASLs)为材料,在小麦全生育期内利用大棚模拟气温升高,以大田栽培环境为对照,研究温度升高对不同置换系穗部和籽粒性状形成的影响。结果表明:在2个生长环境对比下,各置换系材料的性状均有不同变化,材料间存在着显著的差异。各置换系的籽粒性状对温度的敏感性不同,粒长和千粒质量受大棚环境的影响较大,以2BS和4AL置换系的千粒质量增幅最大,分别为23.9%、30.6%;对于穗部性状,各置换系穗长和小穗数受温度的影响变化较大,所以小穗密度也呈现出较大的变化幅度,其中2BS置换系的增幅最大,高达42.5%,1AL置换系次之,为15.0%。因此可见不同置换系材料的籽粒和穗部性状对不同环境温度的敏感性不同。

等臂双着丝粒Y染色体胎儿的产前诊断、遗传咨询与随访

目的分析5例等臂双着丝粒Y染色体[idic(Y)]胎儿的产前诊断、遗传咨询与随访结果,为idic(Y)胎儿的临床处理提供参考依据。方法选择2018年1月至2022年8月7347例有产前诊断指征的孕妇,采用常规G显带核型及染色体微阵列分析(CMA)技术检测胎儿羊水,并用荧光原位杂交(FISH)技术验证,亲代染色体核型溯源检测。遗传咨询后跟踪随访妊娠结局。结果共诊断新发的idic(Y)胎儿5例,其中例1胎儿为单纯的idic(Yq),例2~5均为idic(Yq)与X单体的嵌合体。产前超声提示5例胎儿均为男性,除例1胎儿伴双侧马蹄内翻足可能外,其余4例均未见明显结构畸形。结合超声结果并予以个性化咨询后,例1~2选择继续妊娠,例3~5均终止妊娠。随访例1患儿至4周岁,足内翻手术效果良好,轻度发育迟缓经康复训练后好转;随访例2患儿至2周岁,暂未见异常表型;例3已再次受孕并分娩1名健康女婴;例4~5仍在备孕中。结论细胞与分子遗传学技术的联合应用有助于产前诊断idic(Y)胎儿,合理的遗传咨询及长期随访可为其后续的临床诊疗提供重要依据。

嵌合型Y染色体等臂双着丝粒致胎儿主动脉狭窄1例报告及文献复习

目的:通过对先天性主动脉狭窄(AS)胎儿产前诊断结果进行遗传学分析,明确其可能的致病原因。方法:1例孕25周孕妇,因“胎儿AS”行羊膜腔穿刺术采集羊水,行染色体G显带核型分析联合单核苷酸多态性微阵列(SNP-array)检测。同时采集胎儿父母外周血,行染色体核型分析。结果:胎儿核型分析,为嵌合型Y染色体等臂双着丝粒;SNP-array分析,胎儿染色体Yp11.31q11.21区段存在11.2 Mb片段的重复,同时Yq11.21q11.23区段存在14.8 Mb片段的缺失。胎儿父母均为正常核型,考虑其为新发变异。经充分遗传咨询后,孕妇及家属选择回当地引产。结论:嵌合型Y染色体等臂双着丝粒的染色体核型可能是男性胎儿表型为AS的原因,羊水细胞染色体核型分析联合SNP-array检测有助于该病的早期诊断。

水稻第5染色体短臂端四体在染色体臂微分离中的应用

端着丝点染色体变异是识别和分离染色体臂的理想材料 .研究选用水稻中籼 30 37第 5染色体短臂端四体材料 ,从其根尖有丝分裂前中期分裂相中分离了该短臂 .采用LA_PCR方法 ,对分离染色体臂的DNA进行了扩增 ,扩增片段长度在 0 2～ 3kb之间 .进一步利用水稻染色体图谱上已定位的STS及微卫星标记等序列扩增方法 ,证实该扩增产物确来自水稻第

一例7号染色体长臂部分缺失的遗传学研究

对1例智力发育迟滞患儿的染色体核型进行了分析,并对染色体核型结果与临床症状的相关性进行了讨论。方法培养外周血淋巴细胞,常规400带G显带分析染色体核型。通过全外显子测序和染色体微阵列技术准确确定缺失片段,进一步明确致病基因。结果该患者的核型为46,XX,del(7)(q36)。全外显子测序和染色体微阵列结果显示,7号染色体上有约15Mb的片段缺失,9号染色体上有2.5Mb的片段重复。患者母亲的染色体核型如下:46,XX,t(7;9)(q34;p24);父亲的染色体核型结果为:46,XY。该患者临床体征符合Currarino三联征。结论 7号染色体长臂部分缺失,与Currarino三联征密切相关,该患儿智力低下,发育迟缓的主要原因。

水稻第6染色体短臂产量性状QTL簇的分解

【目的】将水稻第6染色体短臂上产量性状QTL分解到更小的区间中。【方法】从珍汕97B/密阳46重组自交系群体筛选到针对第6染色体短臂RM587-RM19784区间的剩余杂合体,衍生了一个由221个株系组成的F2:3群体,种植于海南和浙江两地,考察每株穗数、每穗实粒数、每穗总粒数、千粒重、结实率和单株产量,建立SSR标记连锁图,应用Windows QTL Cartographer2.5检测QTL。【结果】在所分析的6个性状中,除穗数外在第6染色体短臂上的目标区间均检测到QTL,分别座落于目标区域中3个以上的不同区间中,单个QTL对群体性状表型变异的贡献率为6.3%～35.2%;控制产量构成因子的QTL基本以加性作用为主,但3个单株产量QTL的显性度分别为1.65、0.84和0.42。【结论】目标区间存在3个以上的产量性状QTL,且同一区间控制不同性状的QTL、不同区间控制同一个性状的QTL在遗传作用模式、效应方向和效应大小上存在一定差异。

免疫组化染色及FISH检测12号染色体短臂捕获对Ⅱ型睾丸生殖细胞肿瘤的诊断意义

目的:分析Ⅱ型睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)的各亚型病理形态以及免疫组化特点、分子生物学改变,探讨免疫组化染色(IHC)及荧光原位杂交(FISH)检测在TGCT诊断分型中的意义。方法:收集97例TGCT(含有精原细胞瘤成分75例,胚胎癌成分17例,卵黄囊瘤成分11例,成熟性畸胎瘤16例,未成熟畸胎瘤3例,表皮囊肿1例),正常睾丸组织20例,以及非生殖细胞肿瘤的睾丸肿瘤6例。通过IHC检测TGCT各亚型对于不同抗体的阳性表达情况,并运用FISH技术检测各亚型中12号染色体短臂等臂和扩增的发生率。结果:TGCT各亚型的免疫表型各有不同,人类婆罗双树样基因-4(SALL4)及胎盘碱性磷酸酶(PLAP)最广谱、敏感性高,CD117及人八聚体结合转录因子4(OCT4)在浸润性精原细胞瘤和原位生殖细胞瘤(GCNIS)中强阳性表达,而在正常生精小管不表达。卵黄囊瘤显著表达人磷脂酰肌醇蛋白聚糖3(GPC3),表达范围和强度均优于人调节T细胞特异转录因子3(GATA3)和甲胎蛋白(AFP)。胚胎癌表达人广谱细胞角蛋白(CKpan)、OCT4、CD30。绒癌表达人绒毛膜促性腺激素(h CG)。浸润性TGCT中12号染色体短臂发生等臂和扩增的阳性率为96.7%(29/30)。结论:临床病理工作中,绝大部分病例单凭组织形态观察即可诊断TGCT,IHC检测利于更精确的分型,对于个体化治疗选择和预后评估意义重大。12号染色体短臂捕获是Ⅱ型TGCT的特异性分子改变,有助于排除其他病变。

胃癌7号染色体长臂的杂合性缺失分析

目的:检测胃癌患者7号染色体长臂微卫星位点的杂合性缺失(lossofheterozygosity,LOH),以初步确定7号染色体长臂上与胃癌相关基因连锁最密切的微卫星多态位点及LOH的临床意义。方法:在70例原发性胃癌中应用多重PCR技术扩增覆盖整个7号染色体长臂的9个微卫星位点(平均遗传距离为10cm),聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物,用GeneScan、Genotyper软件进行分析。结果:9个微卫星位点的LOH均可发生于原发性胃癌,总的LOH频率为34.3%(24/70),其中D7S486和D7S798位点的LOH频率较高,分别为24.0%(12/50)和19.2%(5/26);总的LOH频率随临床分期而显著增高(P=0.046),D7S486位点的LOH频率在淋巴结转移者显著高于无淋巴结转移者(P=0.015)。结论:在7号染色体长臂D7S486和D7S798位点附近,可能存在与胃癌发展相关的抑癌基因。

非小细胞肺癌6号染色体长臂的杂合性缺失的微卫星扫描分析

为探讨 6号染色体长臂上与非小细胞肺癌发生相关的微卫星位点 ,应用多重PCR对 41例非小细胞肺癌中 6号染色体长臂上的 36个微卫星位点进行扩增。PCR产物应用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,电泳结果用GeneScanTM、GenotyperTM软件进行分析。结果发现各个位点有明显不同的LOH频率 ,除D6S1 5 79在 41例非小细胞肺癌中未发现杂合性缺失外 ,其余 35个位点均有至少一个位点发生突变 ,LOH频率从 3.5 7%到 75 %不等 ,总LOH频率为 78% ( 32 /41 ) ,其中D6S30 2位点的LOH频率最高 ( 75 % )。LOH频率超过 2 0 %的位点共有 1 4个 ,主要分布在 2个区域。其中有 6个位点 :D6S45 8( 2 1 .43% )、D6S1 694( 2 6.92 % )、D6S1 71 7( 35 .71 % )、D6S1 5 65 ( 4 0 % )、D6S30 2 ( 75 % )、D6S1 70 6( 36.36% )分布在 6q2 1附近 ,具体区域是 6q1 6.3 q2 1 ;有 5个位点 :D6S1 5 5 0 ( 38.46% )、D6S2 64( 2 0 % )、D6S1 5 85 ( 2 5 % )、D6S446( 33.33% )、D6S2 81( 30 .77% )分布在 6q2 7附近 ,具体区域是 6q2 6～q2 7。因此 6q2 1、q2

人X染色体长臂(Xq)和短臂(Xp)基因组学比较分析(英文)

X染色体发生X染色体失活 ,但是Xp基因有 30 %表现为逃逸 ,而Xq仅不到 3%。为了研究X染色体基因失活和表达逃逸发生和维持的分子机制 ,比较了Xq和XpDNA序列的RNA模拟结合强度。X染色体的核苷酸序列被分为 5 0kb一段 ,对每一段DNA做 7碱基 (7nt)字符串组合分析 (共有 4 7=16 384种组合 ) ,记录每段 5 0kbDNA中每种 7nt字符串的频率。选择生发中心B细胞中的 12 0个高表达基因 ,计算这些基因的内含子 7nt字符串的出现频率 ,称为intron 7nt,以此作为RNAs(RNA群 ,模拟细胞中RNA在小片段的总和 )。已知一段DNA序列的 7nt频率值和intron 7nt,即可以计算该DNA段与intron 7nt的结合强度。每段 5 0kbDNA与intron 7nt的结合强度取决于该DNA段与intron 7nt互补核苷酸的频率 ,互补的核苷酸序列越多 ,结合强度就越大。DNA段与intron 7nt的模拟结合强度称为RNA结合强度 ,试图模拟该段DNA可以结合的RNA小片段的总量。之所以采用 7nt字符串组合分析是考虑到连续 7个核苷酸互补则可以形成相对稳定的结合。研究发现 :1)Xp各DNA段的RNA结合强度均值显著大于Xq (P <0 0 0 1) ;2 )Xp上高结合RNA的DNA段数目显著高于Xq (P <0 0 0 1) ;3)RNA高结合DNA段形成的簇与X染色体基因表达逃逸区关联。有证据表明 。

世界首报18号染色体缺失与18号染色体短臂缺失嵌合体1例

患者男，年龄28岁，结婚6年。有正常性生活，因不育而来就诊，欲行辅助生育妊娠。