全反式维甲酸诱导小鼠碱性磷酸酶基因启动子区染色体重构

背景:碱性磷酸酶基因是成骨细胞分化和骨形成的重要标志。在C3H10T1/2细胞中,全反式维甲酸可通过核受体上调小鼠碱性磷酸酶的表达,与MAPK通路无关。目的:从染色体结构调控方面揭示全反式维甲酸上调碱性磷酸酶表达的分子机制。方法:10-6mol/L全反式维甲酸处理C3H10T1/2细胞0,1,6,12h,DNA酶Ⅰ超敏感实验确定全反式维甲酸调控区域的位置,染色质免疫共沉淀实验检验全反式维甲酸处理细胞后一系列转录相关因子与全反式维甲酸调控区域结合的量效关系以及时相分布。结果与结论:DNA聚合酶Ⅰ超敏感实验表明,小鼠碱性磷酸酶启动子转录起始位点上游约520bp附近为潜在的全反式维甲酸调控区域;染色质免疫共沉淀实验表明,全反式维甲酸对小鼠碱性磷酸酶的上调作用是通过一系列转录相关因子的时序性共同作用来实现。表明全反式维甲酸诱导小鼠碱性磷酸酶基因转录的过程中伴随着染色质重构和组蛋白的修饰作用。

柚子基因组比较分析以及祖先染色体重构

柚子(Citrus grandis Osbeck)全基因组测序完成为柑橘植物乃至整个芸香科植物提供了研究机会。本研究通过对柚子基因组结构分析,鉴定柚子基因组中存在的由多倍化产生的重复基因,构建了葡萄基因组和柚子基因组之间与多倍化、物种分化相关联的同源共线性基因列表,为柚子基因组进化和基因功能演化提供了重要的比较基因组学数据资源;通过与外类群葡萄保留的同源染色体区域进行比较,发现柚子基因组在多倍化之后发生了大量的片段化重组;利用葡萄基因组保留有较完整的染色体结构相对于真双子叶六倍体(ECH),结合葡萄和柚子基因组之间的同源关系,推断出柚子祖先基因组结构。本研究对理解柚子基因组乃至柑橘植物基因组以及其进化提供了重要的比较基因组学的基础。

融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构

通过卷积神经网络建模,利用染色体的原始相互作用频率(IF)矩阵中的值推断矩阵邻近区域,以降低矩阵的稀疏程度形成相对稠密矩阵;将相对稠密矩阵转换为距离矩阵,构建加权无向图,计算图中任意两个顶点之间的最短路径,以补全矩阵剩余未知部分的值,形成完整距离矩阵;运用多维缩放方法在完整距离矩阵上推断出染色体三维结构.在高通量染色体构象捕获(Hi-C)数据上的实验结果表明,相较于已有的代表性同类算法,本文给出的算法能够获得更小的均方根误差值、更大的Pearson相关系数值,所重构的染色体三维结构与真实结构更相似.

Chromatin remodeling regulated by steroid and nuclearreceptors

Coactivators and corepressors regulate transcriptionby controlling interactions between sequence-specific transcription factors, the basal transcriptional machinery andthe chromatin environment. This review consider the access of nuclear and steroid receptors to chromatin, theiruse of corepressors and coactivators to modify chromatinstructure and the implications for transcriptional control.The assembly of specific nucleoprotein architectures andtargeted histone modification emerge as central controlling elements for gene expression.

转录反式激活因子对DNA—PKcs启动子的调控作用

目的检测人类免疫缺陷病毒转录反式激活因子（TAT）对DNA依赖蛋白激酶催化亚单位（DNA—PKcs）基因启动子活性的影响。方法用PCR方法克隆DNA—PKcs基因启动子的系列截短体，通过DNA重组构建pGL3-basic—DNA—PKcs启动子报告质粒载体，通过双荧光素酶报告基因检测DNA—PKcs基因的启动子活性，采用基于乳糖抑制子和乳糖操纵子并结合绿色荧光蛋白分子荧光的大规模染色质松弛报告系统观察染色质的重构活性，并研究了电离辐射对TAT参与染色体重构的影响。结果构建了DNA—PKcs启动子（全长区域为-939hp--1bp）的系列截短体的报告质粒载体，鉴定出其核心区域为-64hp--1bp。TAT能够抑制DNA—PKcs基因启动子的转录活性。TAT具有大规模的染色体松弛活性，电离辐射能抑制TAT参与染色体重构的作用。结论TAT能抑制DNA修复基因DNA—PKcs的肩动子活性，电离辐射能抑制TAT参与染色体重构的作用。