鼻咽癌染色体11q13等位基因杂合性缺失的研究

目的 对鼻咽癌中染色体 11q13上的 4个位点进行微卫星多态性分析 ,明确这些位点染色体等位基因杂合性丢失的情况。方法 采用显微切割的方法获取较纯的肿瘤组织 ,然后用PCR的方法以PYGM、D11S4946、D11S44 9和INT 2为引物 ,对 38例鼻咽癌进行微卫星序列分析。结果 38例鼻咽癌组织中 ,至少有一个位点出现杂合性缺失者 36例 ,占 94 7%。其中D11S4946杂合性缺失的频率最高 ,占 78 8% (2 6 / 33) ,其余的引物分别为 :INT 2占 5 1 5 % (17/ 33) ,PYGM占 45 5 % (15 / 33) ,D11S44 9占 45 7% (16 / 35 )。结论 鼻咽癌染色体 11q13区发生高频率杂合性缺失 ,提示缺失区域可能存在与鼻咽癌发生有关的抑癌基因。

一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析

最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC136297~KC136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719^-469 bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.