一种微小染色质免疫共沉淀方法的建立

染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是目前研究蛋白与DNA相互作用的强有力的技术之一。然而传统的ChIP实验方法的最大缺陷是要求大量的细胞数,这限制了它应用于少量细胞数的样品。在传统ChIP实验的基础上综合国外文献建立了一种能在少量细胞样品中进行的染色质免疫共沉淀实验,称之为微小染色质免疫共沉淀(miniChIP)。并通过对诱导前后的MEL细胞中表达的β珠蛋白基因簇组蛋白H4乙酰化(acH4)的研究,证实了其可靠性和特异性。结果显示:高敏位点HS2和活跃基因β-maj的启动子区域存在一定的组蛋白H4乙酰化水平,DMSO诱导后显著增加,而不活跃基因Ey的启动子区域则检测到极低水平的组蛋白H4乙酰化,且诱导后无明显变化。

乳腺组织染色质免疫共沉淀方法的改进

作为研究基因表达调控的重要方法,近年来染色质免疫共沉淀(ChIP)得到了越来越广泛的应用,但有关将乳腺组织作为ChIP材料的研究及其方法尚未见报道。采用传统的组织ChIP试剂盒处理乳腺组织时,存在样品回收率低、乳脂/乳蛋白影响杂交效率和超声积热等问题,针对以上问题对乳腺组织ChIP方法进行改进。新方法省略组织均一化步骤、用酶切-超声法代替超声法进行染色质片段化、在细胞裂解和酶切步骤间增加洗涤步骤。结果显示,与脾脏组织相比,乳腺组织不适合进行组织均一化处理。酶切-超声法比超声法更适于对乳腺组织进行染色质片段化。采用改进后的ChIP方法获得的DNA样品中,靶序列得到显著的富集,所得的DNA样品能够满足测序(ChIP-Seq)要求。结果说明,改进后的方法适用于乳腺组织染色质免疫共沉淀,并为研究乳腺组织基因表达调控奠定了基础。

Reverse ChIP:研究DNA-蛋白质相互作用的新方法

反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的.其可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定,特别是寻找已知DNA元件相应的调节蛋白.在发现、鉴定靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA-蛋白质相互作用中有重要应用价值.

急性感染期猪伪狂犬病病毒部分基因组染色质状态

为探究急性感染期猪伪狂犬病病毒(PRV)在宿主细胞内基因组染色质的状态,首先建立PRV实时荧光定量PCR(qPCR)方法并测定0.1 MOI PRV感染Neuro-2a细胞后病毒基因组的复制动态,然后收集PRV感染Neuro-2a细胞的样品进行染色质免疫共沉淀试验(CHIP),并通过qPCR测定病毒部分DNA与组蛋白H3结合形成的染色质状态。结果显示,PRV急性感染Neuro-2a细胞后,部分基因组以染色质结构存在,并与病毒复制有一定相关性。本研究成功建立用于研究PRV基因组染色质状态的CHIP试验方法,为PRV急性感染期表观遗传学研究提供依据。

C-myc上调TCRP1表达与舌癌细胞对顺铂耐受相关

我们先前曾报道了舌癌耐药相关蛋白1(tongue cancer-resistant protein 1,TCRP1)的cDNA克隆,及其在平阳霉素诱导的舌癌耐药细胞系Tca8113/PYM中高表达,而该细胞同时也对顺铂耐受,提示TCRP1可能参与舌癌细胞对顺铂的耐受,但是具体机制目前尚不清楚.本研究证明,TCRP1依赖c-myc的激活机制与舌癌细胞对顺铂耐受相关.生物信息学预测显示,TCRP1启动子存在原癌基因c-myc的结合位点;染色质免疫共沉淀(ChIP)技术证实,c-myc能通过其转录因子结合位点(transcription factor binding site,TFBS)与TCRP1启动子结合;利用半定量RT-PCR、蛋白质免疫印迹和MTS实验检测发现,将c-myc质粒导入舌癌细胞Tca8113中过表达,能显著上调TCRP1的mRNA和蛋白表达水平,且细胞对顺铂的耐受性增强;使用c-myc抑制剂或者siRNA沉默Tca8113/PYM细胞中c-myc,TCRP1的mRNA和蛋白表达水平均下降,且细胞对顺铂的敏感性增强.上述结果提示,转录因子c-myc可与TCRP1基因启动子特异性结合,上调TCRP1的表达,且该基因的表达上调与舌癌细胞对顺铂的耐受相关.

核仁素蛋白调节嗅觉介导素4mRNA表达的研究

目的:探讨核仁素(nucleolin,NCL或C23)蛋白与嗅觉介导素4(olfaetomedin 4,OLFM4)mRNA之间是否存在相互作用,以及NCL对OLFM4转录水平的调控。方法:本研究利用RNA染色质免疫共沉淀(RNA chromatin immunoprecipitation assay,RNA chip)结合RT-PCR确定NCL是否能与OLFM4 mRNA相互作用,以及双荧光素酶报告基因试验检测NCL对OLFM4报告基因的影响。结果:在SGC-7901细胞内,NCL能与OLFM4 mRNA结合,且过表达NCL质粒的相对荧光素酶活性约为对照质粒的1.15倍,敲低NCL质粒的相对荧光素酶活性约为对照质粒的0.8倍,NCL对OLFM4具正向调节作用。结论:NCL与OLFM4mRNA可以相互结合,且NCL可以通过增加OLFM4转录水平和延长OLFM4 mRNA的半衰期来增加OLFM4 mRNA的稳定性。