基于染色质免疫共沉淀的高通量测序数据集的顺式调控模体发现算法

针对新一代测序(NGS)的染色质免疫共沉淀的高通量测序(ChIP-Seq)数据集的模体发现问题,提出一种基于费舍尔(Fisher)精确检验的模体发现算法——Fisher Net。首先运用费舍尔精确检验计算所有k长短序的P值并筛选出模体的种子;然后,构建初始模体的位置赋权矩阵;最后,用位置赋权矩阵扫描所有k长短序形成最终模体。通过小鼠胚胎干细胞(m ESC)和红细胞、人类淋巴母细胞系的ChIP-Seq数据集以及ENCODE数据库的数据进行验证,结果表明所提算法精度和计算速度均高于其他常见的模体发现算法,并且能够发现超过80%的已知转录因子核心模体及其辅调控因子模体。该算法在保证高精度的同时可以应用到大规模测序数据集。

非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序技术建库方法的优化

目的优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据。方法裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DNA纯化,染色质免疫共沉淀(ChIP)产物用Tn5转座酶建库与传统建库两种方法进行文库构建并测序。结果与传统建库方法相比,Tn5转座酶建库经过Tn5片段化后直接进行目的DNA的扩增,操作简单,更加省时,效率更高;IGV可视化信号分布峰图显示两种建库方式获得的富集峰基本相同;两种建库方法获得的测序数据中,Tn5转座酶建库比传统建库获得更多的富集峰;Tn5转座酶建库后结果显示重复性良好,信噪比达到50%以上。结论Tn5转座酶建库能提高建库效率并得到更好的数据质量,适用于组蛋白修饰的检测,为表观遗传研究提供更好的技术选择。

人支气管上皮样细胞中苯并[a]芘代谢物-DNA加合物图谱:基于染色质免疫共沉淀测序技术

[背景]苯并[a]芘(BaP)的活性代谢产物7,8-二羟-9,10-环氧苯并[a]芘(BPDE)可与DNA加合,但BPDE-DNA加合物图谱尚不明确。[目的]采用染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-Seq),在全基因组水平上鉴定BPDE加合位点分布及加合基因,为深入研究BaP的毒作用机制提供依据。[方法]人支气管上皮样细胞16HBE培养至第四代达对数生长期。收获细胞并加入染色质免疫共沉淀裂解缓冲液,将裂解产物等分为实验组和对照组,实验组添加终浓度20μmol·L^(–1)的BPDE溶液,对照组添加相同体积的二甲基亚砜溶液,在37℃环境下孵育24 h。超声获得100~500 bp的染色质小片段。使用BPDE特异性抗体(anti-BPDE 8E11)富集与BPDE加合的DNA片段,高通量测序检测BPDE加合位点,使用MEME和DREME软件对前1000个峰序列进行模体分析,注释BPDE在全基因组水平的加合靶基因,并通过生物信息学技术对BPDE加合靶基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。[结果]高通量测序共检测出842个BPDE结合位点,在各染色体上均有分布。BPDE可以与基因编码区和非编码区共价结合,73.9%的结合位点分布在基因间区,19.6%分布在内含子区,上游2千碱基区域、外显子区、下游2千碱基区域及5′非翻译区也有少量分布。对前1000个峰序列进行分析,寻找到4条可靠的模体,发现富含鸟嘌呤(G)和腺嘌呤(A)的位点易于结合。对结合位点进行富集,共鉴定出199个BPDE加合靶基因,大多分布在1号、5号、7号、12号、17号和X染色体上。GO分析显示,靶基因主要富集于核酸和蛋白质结合,参与调节催化活性、转运活性、翻译延伸因子活性,在细胞分裂、分化、运动、物质运输和信息传递方面发挥重要作用。KEGG分析显示靶基因主要富集于心血管疾病、癌症、免疫炎症反应等相关通路。[结论]利用ChIP-Seq在全基因组水平上共鉴定出199个BPDE加合靶基因,主要影响细胞分裂、分化、运动、物质运输和信息传递等生物学功能,与心血管疾病、肿瘤及免疫炎症反应密切相关。

基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达

目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。

利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱

为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验、Western印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate,FDR)小于0.0001.EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素(EPO)诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索.

利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs

长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在细胞内广泛结合lncRNAs对其发挥调节作用,仍需进一步证实。本研究通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术联合高通量测序(RNA binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing,RIP-Seq)的方法在人肝癌细胞株HepG2中,鉴定与人抗原R(human antigen R,HuR)蛋白相结合的lncRNA分子,并进行了初步的验证。首先,通过HuR-RIP实验分离与HuR蛋白结合的RNA分子,然后高通量测序及生物信息学分析。根据分析结果,鉴定出HepG2细胞中361条与HuR蛋白结合的lncRNAs分子,包括基因间lncRNA(large intergenic noncoding RNA,LincRNA)、内含子lncRNA、与编码基因正义链有重叠的lncRNA和与编码基因反义链有重叠lncRNA(antisense lncRNA)等。并进一步通过RIP-qPCR技术,对其中20条LincRNA分子进行了定量检测,验证测序结果。在HepG2细胞中敲低HuR基因表达,发现这些LincRNA分子中,11条LincRNA分子表达水平显著降低(P<0.05),2条LincRNA显著升高(P<0.05),剩余7条LincRNA表达量未发生变化(P>0.05)。本研究结果说明,HuR在细胞内可以广泛结合lncRNA分子,并且可能对结合的lncRNA分子的表达量产生影响,这也为进一步研究这些lncRNA的功能和HuR调控网络的研究提供了基础。

基于高通量测序技术的黄芩提取物对热证模型大鼠肠道菌群多样性的影响

目的探究黄芩Scutellaria baicalensis提取物对热证模型大鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨中医“热者寒之”思想的科学内涵。方法雄性SD大鼠随机分为对照组、模型组、黄芩提取物(3 g/kg)组。除对照组外,其余各组大鼠于每日上午ig左甲状腺素钠混悬液(0.12 g/kg),造模1 h后,黄芩提取物组ig黄芩提取物(10 mL/kg),对照组与模型组ig等体积的饮用水,连续15 d。采用高通量测序技术对大鼠盲肠内容物的肠道菌群多样性进行测序;取大鼠血清测定神经-内分泌-免疫系统中关键性指标,并构建差异菌属与神经-内分泌-免疫系统的互作体系。结果黄芩提取物可显著回调热证模型大鼠神经-内分泌-免疫系统中关键性的12个指标,明显改善肠道内分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)数量和α、β多样性的失调,降低菌群生物丰度与多样性指数,对热证模型大鼠的6种差异菌门与25种差异菌属的相对丰度起到调节作用。柯林斯菌属Collinsella、苍白杆菌属Ochrobactrum、普雷沃菌属Prevotella与神经-内分泌-免疫系统具有强相关作用。结论黄芩提取物可改善热证模型大鼠神经-内分泌-免疫系统和肠道菌群多样性的异常,柯林斯菌属、苍白杆菌属、普雷沃菌属可能是热证模型大鼠肠道的潜在标志菌属。

在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组中受Notch-1胞内结构域和CBF-1转录共调控的靶基因特征分析

目的在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组水平上寻找受Notch-1胞内结构域和CBF-1共同转录调控的靶基因;分析它们的类型、功能和在基因组中的分布等特征值;并以此为基础预测Notch信号通路的潜在生物学功能和调控模式。方法染色质免疫共沉淀联合基于Illumina/Solexa平台的高通量测序。结果 1)Notch-1胞内结构域和CBF-1两组样本有效read数分别为14 287 722和14 289 280个,与人类参考基因组唯一匹配的read数分别为11 782 027和11 711 920个;2)两组样本的peak数分别为385和492个,peak区域分别为318 344 bp和383 768 bp,都占全基因组的约0.01%;3)两组样本的peak区域几乎集中于基因间区和内含子区,只有不到5%位于外显子区;4)两组样本的peak对应基因数分别为150和287个,其中共有基因93个;5)通过基因聚类分析和数据库比对可以查到这些基因的名称、分类、基本功能和在基因组中的位置等具体信息。结论在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组范围内找到了更多在转录水平上受CBF-1和Notch-1胞内结构域共同调控的未知靶基因;初步明确了它们的类型、分布和功能等特征值;这些数据可以为进一步分析Notch信号通路潜在的生物学功能和调控模式奠定基础。

单细胞基因组学分析的技术前沿

基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。

Hemin诱导K562细胞分化前后PU.1全基因组结合位点探测

目的探讨K562细胞分化前后全基因组上的PU.1结合位点图谱及靶基因。方法用hemin对K562细胞诱导分化72 h,诱导分化前后的细胞利用PU.1抗体进行染色质免疫共沉淀实验,并进行高通量测序,利用生物信息学分析K562细胞分化前后PU.1在基因组上的结合位点,并进行基因注释、基因功能分析、KEGG通路分析及靶基因预测。结果发现K562细胞分化前PU.1结合位点有3107个,分化后的结合位点有1897个,共有的结合位点有843个。KEGG通路分析结果显示,分化后PU.1结合位点特有的信号通路有NF-κB信号通路,生长激素合成、分泌和运输通路,MAPK信号通路。K562细胞分化前后有1210个差异的PU.1结合位点,对应179个靶基因,其中分化相关的PU.1靶基因包括球蛋白基因、自噬相关基因、microRNA、非编码RNA以及转录因子。Motif分析结果显示,PU.1倾向于去结合ACTTCC特定序列。结论PU.1的基因组结合位点在K562细胞分化前后发生了显著变化,此研究结果为进一步揭示PU.1在血细胞中的功能及作用机制提供了依据。

对于核小体定位检测方法的比较研究

在真核细胞中,核小体是组成染色质的基本结构单位,是由DNA紧密缠绕在组蛋白八聚体上所形成的一个复合体结构。而DNA与组蛋白的结合并不是固定不变的,没有核小体结合的DNA区域易于各种调节蛋白的接近与结合。因此人们怀疑核小体的定位与基因的转录调节之间存在某种内在联系。对现行的核小体定位的检测方法进行了归类,并对其优缺点进行了分析整理。对更深入的探索核小体定位检测方法的应用有一定意义。

三维基因组染色质构象捕获及其衍生技术

线性染色质经过多重折叠凝缩到真核生物的细胞核中,染色质的三维构象直接决定了真核生物的基因表达,因此染色质可以在局部或远程空间上发生互作调控基因转录。折叠成环状构象的染色质可以借助染色质构象捕获(Chromosome conformation capture,3C)技术来研究,基于3C技术扩展的4C/5C/Hi-C从单个位点延伸到全基因组捕捉三维构象,在此基础上,染色质构象核心技术可以与免疫共沉淀、核酸分子杂交、单细胞、基因组测序等技术偶联而产生新的衍生技术和应用,这极大地推动了染色质构象技术在基因时空特异性表达调控上的研究。文中将以3C和Hi-C等三维基因组核心技术为基础,重点介绍染色质构象捕获及其衍生技术的原理和前沿应用。

高雄激素调控颗粒细胞系全基因组靶基因及通路的初步探讨

目的:全基因组范围内探索高雄激素调控卵巢颗粒细胞的直接效应基因及通路,为高雄激素参与多囊卵巢综合征(PCOS)的发病机理提供数据支持。方法:以人卵巢颗粒细胞系KGN为研究对象,用高浓度睾酮(10^(-5)mol/L)处理,应用雄激素受体的抗体进行染色质免疫共沉淀,构建DNA文库,进行高通量测序及生物信息学分析。结果:高浓度睾酮处理后,KGN细胞中雄激素受体结合的Peak区域与对照组明显不同。高雄激素诱导其受体结合的Peak为1823个,大部分集中于基因间区与内含子。Peak关联靶基因富集到细胞凋亡、铁死亡、细胞黏附分子、磷脂酶D信号途径、cAMP信号通路、磷脂酰肌醇信号系统、磷酸肌醇代谢、神经活性配体-受体相互作用8个信号通路,涉及基因43个。结论:研究揭示了高雄激素诱导的卵巢颗粒细胞发生改变的重要信号通路,有助于从源头上阐明雄激素参与PCOS发病机理的机制,并为PCOS的治疗提供潜在的靶点。

ChIP-Seq技术在研究转录因子调控干细胞分化中的应用

研究胚胎发育进程中的转录因子调控及其相关网络,是全面揭示胚胎分化机制需要阐明的首要问题。ChIP-Seq技术凭借其对DNA分子序列及丰度的双重解析能力,已广泛应用于转录因子分子调控机制方面的研究。该文对ChIP-Seq技术和高通量测序技术的发展和更新及其在转录因子调控胚胎发育分化中的研究进展进行了综述,重点论述了ChIP-Seq相关技术在胚胎干细胞和特定肝向分化领域内的最新研究进展。

利用ChIP-seq/双荧光素酶报告基因技术验证PPARγ2的靶向基因MYH7

为验证2型过氧化物酶体增殖激活受体γ(peroxisome proliferator-activated receptorγ_(2),PPARγ_(2))对编码β-肌球蛋白重链(β-myosin heavy chain,β-MHC)基因MYH7的靶向调控机制及其结合位点,本研究将pTT5空载体和pTT5-3flag-PPARγ_(2)质粒分别转染小鼠心肌细胞(mouse cardiac myocytes,MCM),RT-qPCR和Western blot检测MYH7和PPARγ_(2)的表达情况;利用染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipita-tion,ChIP)特异性富集并纯化MCM中可与PPARγ_(2)结合的DNA片段,通过高通量测序技术(high-throughput sequencing,HiSeq)检测和分析可直接与PPARγ_(2)结合的基因。采用生物信息学软件预测PPARγ_(2)结合于靶标基因MYH7的启动子区,并将预测到的转录因子结合位点和相应的突变位点分别插入pgl3-basic载体的萤火虫荧光素酶基因上游,构建野生型和突变型荧光素酶报告质粒,再分别与pcDNA3.1载体、pcDNA3.1-PPARγ_(2)质粒和海肾荧光素酶基因载体pRL-TK共转染293T细胞,检测荧光素酶相对活性。实验结果表明:ChIP-seq初步验证了MYH7是PPARγ_(2)直接调控的可能靶向基因;经基因测序验证MYH7野生型和突变型荧光素酶质粒(pgl3-basic-MYH7-WT、pgl3-basic-MYH7-mut)构建成功;双荧光素酶报告基因检测显示,与MYH7-WT+pcDNA3.1组的相对荧光素酶活(0.366±0.021)相比,MYH7-WT+pcDNA3.1-PPARγ_(2)组的相对荧光素酶活性(2.477±0.212)增强,差异具有统计学意义(P<0.001);与MYH7-WT+pcDNA3.1-PPARγ_(2)的相对荧光素酶活(2.477±0.212)相比,MYH7-mut+pcDNA3.1-PPARγ_(2)组的相对荧光素酶活性(2.677±0.201)无明显变化(P>0.05)。本研究通过ChIP-seq/双荧光素酶报告基因技术初步验证PPARγ_(2)能够直接结合MYH7的启动子区域并靶向正调控MYH7基因的表达。

前列腺癌细胞核内雄激素受体靶基因的筛选

目的筛选雄激素依赖性前列腺癌(PC)和雄激素非依赖性PC细胞核内的雄激素受体靶基因。方法取雄激素依赖性PC细胞株LNCaP和雄激素非依赖性PC细胞株LNCaP-AI进行培养,使用染色质免疫共沉淀技术在全基因组水平上筛选LNCaP、LNCaP-AI细胞中的雄激素受体结合位点,联合高通量测序技术寻找雄激素受体靶基因。采用RT-PCR法检测并比较LNCaP、LNCaP-AI细胞中雄激素受体差异靶基因表达水平。结果LNCaP、LNCaP-AI细胞中分别发现9021、4949个基因组测序数据富集区域,其中4143、2380个落在雄激素受体结合位点,将这些位点定位到基因组后分别得到2796、1854个雄激素受体相关基因(相同的基因有789个)。多数靶基因集中在肌动蛋白细胞骨架的调节、紧密连接、血管平滑肌收缩信号通路;LNCaP与LNCaP-AI细胞的差异靶细胞通路为黏着斑通路。从LNCaP与LNCaP-AI细胞测序得到的雄激素受体差异靶基因中筛选出富集程度较高的雄激素受体差异靶基因2个,即LIFR、PSMA6。LNCaP-AI细胞中LIFR、PSMA6 mRNA表达水平均明显高于LNCaP细胞(均P<0.05)。结论LIFR、PSMA6为PC细胞核内雄激素受体靶基因。

转录因子THAP1在人肺泡Ⅱ型上皮细胞中结合靶基因的谱系分析

目的 :确定转录因子THAP1的靶基因,为新生儿肺损伤的治疗寻找新策略。方法 :利用THAP1抗体进行染色质免疫共沉淀实验(chromatin immuno-precipitation,Ch IP),将富集到肺泡Ⅱ型上皮细胞来源的肺腺癌细胞A549上的DNA样品进行高通量测序,对得到的核苷酸序列进行生物信息学分析。结果:共得到20 417个THAP1结合位点的核苷酸序列片段,对应9 688个结合的靶基因,THAP1结合的主要区域分布在基因间区、内含子区和启动子区。其中包含1 051个基因的启动子区。将THAP1结合于启动子区的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明THAP1参与包括蛋白质二聚化、同源蛋白质结合、蛋白质磷酸化调节、类固醇激素受体的激活等多种细胞生物学过程。THAP1结合的基因主要涉及9个代谢路径,以胞吞作用、多糖降解、硫酸软骨素或硫酸皮肤素的生物合成等路径为主。结论:初步确定了转录因子THAP1在肺泡Ⅱ型上皮细胞中的靶基因结合序列,提示THAP1广泛参与了多种生物学过程,为研究THAP1的功能及作用机制研究提供了线索,从而为新生儿肺损伤的治疗奠定了基础。

利用ChIP-seq/SILAC技术筛选KLF15的靶向基因SUMO1

目的利用ChIP-seq和SILAC-LC/MS技术寻找Krupple样因子(KLF15)的靶向基因及其结合位点。方法 (1)利用染色质免疫沉淀技术(ChIP)特异性富集并纯化人原代肾系膜细胞(HRMC)中可与KLF15结合的DNA片段,通过高通量测序技术(Hi Seq)检测和分析,得到直接与KLF15结合的基因;(2)利用稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC),重链和轻链同位素标记的培养HRMC,分别对重链实验组(HK)转染KLF15质粒,轻链对照组(LC)转染空载体对照,收集蛋白进行液质谱(LC/MS)检测,得到过表达KLF15后的差异蛋白;(3)对ChIP-seq及SILAC结果进行GO和Pathway分析,同时将二者进行交集筛选出KLF15的靶向基因,而后利用http://meme.edi.edu.au/网站获得靶基因的Modifs并对候选基因小泛素样修饰因子1(SUMO1)进行ChIP-PCR及双荧光素酶验证。以SPSS 17.0统计软件进行统计学分析。结果 ChIP-seq获取了2 478个KLF15直接调控的可能靶向基因,SILAC-LC/MS检测到KLF15过表达后有1 357个差异蛋白,综合ChIP和SILAC结果,我们分析得到52个共同差异表达的基因和(或)蛋白及其3个modifs,其中5个蛋白参与细胞增殖相关进程;结合GO和Pathway分析结果,最终筛选出SUMO1作为KLF15调控系膜细胞增殖的靶向基因。Motif分析发现SUMO1启动子区存在KLF15的结合序列;利用ChIP-PCR和双荧光素酶报告基因验证KLF15转录因子可以直接结合SUMO1的启动子区并发挥作用。结论 KLF15通过结合SUMO1的启动子区,调节SUMO1的表达。

维甲酸诱导小鼠神经管畸形胚脑中H2BK120ub1的全基因组状态变化

目的 利用染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)分析E10.5 d正常小鼠胚脑组织与维甲酸(RA)诱导神经管缺陷(NTDs)小鼠胚脑组织H2BK120单泛素化(H2BK120ub1)修饰的全基因图谱,以期发现H2BK120ub1修饰与神经管发育通路基因表达的关系,为NTDs的诊断及治疗提供生物学靶点及依据。方法 孕鼠分为随机对照组和RA诱导的NTDs组,利用ChIP-seq技术对获得的H2BK120ub1特异结合DNA片段进行序列鉴定,获取比对Reads,进行全基因组的Peak分析、基因注释(GO)以及功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果 E10.5 d正常小鼠脑组织和RA诱导神经管畸形小鼠脑组织两组间有306个基因有显著的H2BK120ub1差异,根据GO富集的基因个数进行统计:在cellular component中前三位为别为Cell(82个基因), Cell part(82个基因),Organelle part(52个基因);在biological process中前三位为别为celluar process(68个基因),metabolic process(47个基因),biological regulation(40个基因);KEGG通路分析的结果主要富集于刺猬因子(HH)信号通路、TGF-beta信号通路、Wnt信号通路等参与调控神经管发育的关键信号通路,有显著统计学意义(P<0.05)。结论 H2BK120ub1修饰的差异可作为NTDs的一个潜在的诊断及治疗靶点。