染色质调控因子相关基因在乳癌预后评估中的价值

目的通过构建染色质调控因子(CRs)相关基因预后模型,探讨CRs相关基因在乳癌预后评估中的价值。方法在基因表达综合(GEO)数据库中进行差异性分析,筛选出CRs相关的差异基因。采用单因素Cox回归分析和LASSO回归方法建立CRs相关基因预后模型并进行验证。选取30对临床乳癌及癌旁组织样本,采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)方法对关键CRs相关基因的表达进行临床验证。结果依据差异性分析结果建立基于4个CRs相关基因(MORF4L1、NCOA4、TTK和JMJD4)的乳癌病人预后模型,并根据模型风险评分临界值将病人分为高风险组和低风险组,生存分析显示高风险组预后较差。RT-qPCR结果显示,在乳癌组织中MORF4L1、NCOA4的表达下降,TTK、JMJD4的表达升高,与差异性分析的结果相一致。结论基于上述4个CRs相关基因的预后模型可以有效预测乳癌病人的预后。

基于生物信息学筛选肠易激综合征免疫浸润下的染色质调节因子

目的:通过生物信息学分析,筛选出肠易激综合征(irritable bowel syndrome, IBS)免疫浸润下的潜在染色质调控因子(chromatin regulators, CRs),并阐述其与免疫细胞、免疫功能之间的联系。方法:整合CRs文件和IBS基因表达矩阵,进行加权基因共表达分析和差异性分析,取其交集CRs;基于交集CRs,进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析并构建网络图;利用基因表达矩阵进行免疫浸润的提取和量化,分析免疫细胞之间和免疫功能之间的相关性和差异性,并与PPI网络图中的CRs进行相关性分析;构建风险模型,分析与免疫浸润密切相关的CRs的风险概率,从而筛选出潜在的CRs。结果:PPI分析共确定13个IBS中存在相互作用的CRs;免疫细胞中,B细胞与滤泡辅助性T细胞的相关系数值最高,呈正相关(r=0.90);免疫功能中,检查点与T细胞共抑制的相关系数值最高,呈正相关(r=0.89);与健康受试者相比,IBS患者树突状细胞、未成熟树突状细胞、Th1细胞和抗原呈递共刺激显著增高(P均<0.05);CRs与免疫浸润相关性分析结果显示,SIN3转录调节因子家族成员B(SIN3B)与自然杀伤细胞呈正相关,丝氨酸/精氨酸重复基质蛋白2(SRRM2)与Th1细胞、抗原呈递共刺激呈正相关,而DPY30与辅助性T细胞、Th1细胞呈负相关;风险模型结果显示,SIN3B、SRRM2可能是IBS的独立风险因素。结论:SIN3B、SRRM2为IBS免疫浸润的潜在CRs,其可能通过调控自然杀伤细胞、Th1细胞和抗原呈递共刺激,从而调节IBS的发生发展。

基于染色质调控因子的乳腺癌预后标志物筛选和风险模型构建

染色质调控因子(chromatin regulators, CRs)是肿瘤发展过程中必不可少的上游调控因子。本研究旨在筛选在乳腺癌中与CRs相关的风险标志物并构建相应的预后风险模型,探讨CRs在乳腺癌预后中的作用和价值。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库中下载乳腺癌及癌旁组织样本的转录组数据、临床数据,从FACER数据库中下载染色质调控作用相关的基因集,取交集后进行差异表达分析得到差异CRs基因集;将有效临床样本分为训练集和验证集,在训练集中利用单因素COX回归、 LASSO回归、多因素COX回归进行特征筛选,并构建了预后风险模型,分别进行Kaplan-Meier生存分析、 ROC分析以评价模型,同时在验证集中进行验证,利用单因素及多因素COX回归分析判断其是否为独立预后因素;对风险模型特征进行GO与KEGG功能富集、免疫浸润、药物敏感性等分析。最终筛选到9个含显著性风险的特征因子,分别是ASCL2、EXOSC4、IDH2、IKZF3、MECOM、PRDM12、PRMT8、TDRKH、TFF1,并由这些因子构建预后风险模型,通过生存和预后相关性等分析得到该模型特征因子与临床因素具有显著相关性,其他综合分析得知风险模型因子PRDM12、MECOM的风险特征最为显著。由这9个CRs基因组成的风险模型具有良好的预后预测能力,其特征因子可作为乳腺癌参考风险生物标志物。

SMARCA4在恶性肿瘤中的研究进展

SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖染色质调控因子亚家族a成员4(SMARCA4)基因与恶性肿瘤的关系密切,人类恶性肿瘤中存在SMARCA4的突变、过表达和表观遗传沉默。SMARCA4在肿瘤中具有双重作用,SMARCA4可作为致癌基因促进肿瘤细胞的增殖、迁移、抗细胞凋亡等,影响肿瘤的发生和发展;SMARCA4还可作为抑癌基因在一些肿瘤中失活突变,且SMARCA4缺失型肿瘤的恶性程度很高,分化低,预后差。因此,阐明SMARCA4在肿瘤中的作用及其相关分子机制对肿瘤的诊断和治疗具有重要意义。

肝细胞癌相关分子机制研究新进展

作为原发性肝癌中最常见的一种类型,肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）（下简称肝癌）在全球范围内已经成为影响人们健康的主要问题,每年新发肝癌病例更是达到了626000例[1].其发病率在我国仅次于肺癌,居第二位.我国每年约33万人死于肝癌,死亡率极高.肝癌的恶性程度高,很多情况下确诊时已经是晚期,而手术切除率仅为20％～ 30％,术后5年生存率为30％ ～ 50％,复发转移率超过60％[2].外科手术的低切除率和高复发率,迫使人们深入研究肝癌的发病、转移和侵袭过程中的分子机制,来开发更有效的早期诊断和治疗手段.