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三维分子结构检索系统的柔性构象检索 被引量:4
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作者 陈海峰 姚建华 +6 位作者 袁身刚 荔建锋 杨铄 郑崇直 范波涛 A.PANAYE J.P.DOUCET 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 1999年第2期101-104,110,共5页
介绍了MonteCarlo法和遗传算法两种柔性构象检索方法,并对4种药效团进行了柔性构象检索,经过对比发现遗传算法可以在比较合理的时间内得得到较多的命中结构,比MonteCarlo法更适用于柔性构象检索。
关键词 柔性构象检索 三维分子结构 分子结构 检索
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胰岛素六聚体在水溶液中的构象柔性研究
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作者 王维宴 卢本卓 +1 位作者 陈慰祖 王存新 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期35-40,共6页
用分子动力学(MD)模拟方法设计了两个模拟时间为600 ps的对比计算机模拟实验,研究了R6态的胰岛素六聚体在水溶液中的构象柔性。通过对MD模拟所得到的轨迹的分析发现,包含锌离子和苯酚的胰岛素六聚体体系的构象柔性弱于不含锌离子和苯酚... 用分子动力学(MD)模拟方法设计了两个模拟时间为600 ps的对比计算机模拟实验,研究了R6态的胰岛素六聚体在水溶液中的构象柔性。通过对MD模拟所得到的轨迹的分析发现,包含锌离子和苯酚的胰岛素六聚体体系的构象柔性弱于不含锌离子和苯酚的胰岛素六聚体体系,对于不包含锌离子和苯酚的体系,胰岛素六聚体的构象柔性表现得较为突出,特别是在实验研究认为与胰岛素和受体结合位点有关的每个单体的B链羧端的β折叠部分,发生了快速而显著的构象变化,表现出了很大的构象柔性。这些模拟结果与实验观测结果相吻合。 展开更多
关键词 胰岛素六聚体 分子动力学模拟 构象柔性
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Ordered Toroid Structures of Nanoparticles in Self-attractive Semiflexible Polymer/Nanoparticle Composites
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作者 杨志勇 柴爱华 +1 位作者 李萍 杨雍福 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2016年第3期381-388,I0002,共9页
By employing dynamic Monte Carlo simulations, we investigate a coil-to-toroid transition of self-attractive semiflexible polymers and the spatial distributions of nanoparticles in self- attractive semiflexible polymer... By employing dynamic Monte Carlo simulations, we investigate a coil-to-toroid transition of self-attractive semiflexible polymers and the spatial distributions of nanoparticles in self- attractive semiflexible polymer/nanoparticle composites. The conformation of self-attractive semiflexible polymers depends on bending energy and self-attractive interactions between monomers in polymer chains. A three-stage process of toroid formation for self-attractive semiflexible chains is shown: several isolated toroids, a loose toroid structure, and a compact toroid structure. Utilizing the compact toroid conformations of self-attractive semiflexible chains, we can control effectively the spatial distributions of nanoparticles in self-attractive semiflexible polymer nanocomposites, and an unconventional toroid structure of nanoparti- cles is observed. 展开更多
关键词 Self-attractive semiflexible polymer NANOPARTICLES Toroidal structure
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手性双氮氧配体及其金属配合物不对称催化 被引量:5
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作者 曹伟地 刘小华 冯小明 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第27期2941-2951,共11页
不对称催化是获得手性物质最高效的方法之一.针对效率和选择性的核心问题,发展高效高选择性的手性配体和催化剂是关键.不对称催化经过几十年的发展,其中手性金属配合物催化最受关注,应用也最广泛,但优势手性配体极其有限.因此,创制高效... 不对称催化是获得手性物质最高效的方法之一.针对效率和选择性的核心问题,发展高效高选择性的手性配体和催化剂是关键.不对称催化经过几十年的发展,其中手性金属配合物催化最受关注,应用也最广泛,但优势手性配体极其有限.因此,创制高效高选择性的优势手性配体是不对称催化领域最重要和最具挑战性的目标.在过去20年里,冯小明团队一直潜心催化不对称合成方面的研究,设计、合成了一类全新的具有柔性构象的手性双氮氧-酰胺化合物,被公认为一类优势手性配体和催化剂,打破了传统优势配体刚性构象的要求.建立了手性双氮氧-金属配合物催化剂库,高效高选择性实现了50多类重要的不对称反应,尤其是一些不对称催化新反应,为多个手性药物分子和天然产物的合成提供了简单、高效、精准、绿色途径.本文介绍了该类配体和催化剂的设计、合成以及手性双氮氧金属配合物催化的代表性不对称反应.这些原创性和系统性的研究工作,为手性科学的快速发展作出了重要贡献. 展开更多
关键词 不对称催化 手性金属配合物 优势手性配体 手性双氮氧 柔性构象
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新型嘧啶-水杨酸类抑制剂的设计、合成及其生物活性研究 被引量:1
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作者 曲仁渝 严耀超 +2 位作者 杨景芳 陈琼 杨光富 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2303-2310,共8页
乙酰羟酸合成酶(Acetohydroxyacid synthase,AHAS)是一类重要的除草剂靶标,但是靶向AHAS的抑制剂是所有除草剂类型中抗性最为严重的一类,因此设计具有反抗性的AHAS抑制剂显得尤为必要.本工作基于前期低抗性AHAS抑制剂结构,利用“构象柔... 乙酰羟酸合成酶(Acetohydroxyacid synthase,AHAS)是一类重要的除草剂靶标,但是靶向AHAS的抑制剂是所有除草剂类型中抗性最为严重的一类,因此设计具有反抗性的AHAS抑制剂显得尤为必要.本工作基于前期低抗性AHAS抑制剂结构,利用“构象柔性度分析”的设计策略合理增加分子柔性,设计并合成了13个含“双氧桥”结构的嘧啶水杨酸类抑制剂.目标分子均经过氢谱(1H NMR)、碳谱(13C NMR)和高分辨质谱(HRMS)确证.酶水平活性结果显示,部分化合物对P197L突变体表现出了微摩尔水平的抑制作用,特别是2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(2-氟-4-硝基苯氧基)-4-甲基苯甲酸(6l)对P197L突变体表现出了良好的反抗性.盆栽除草活性结果表明,个别化合物对抗性杂草播娘蒿具有一定的除草活性,其中2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(2-氟苯氧基)-4-甲基苯甲酸(6b)在150 g ai/ha浓度下,对敏感生物型播娘蒿和抗性播娘蒿均达到80%的除草防效,具有进一步深入研究的价值. 展开更多
关键词 乙酰羟酸合成酶 反抗性 P197L突变体 构象柔性 抗性杂草
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烷氧基取代的嘧啶水杨酸衍生物的设计、合成及生物活性研究
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作者 曲仁渝 蔡卓梅 +5 位作者 杨景芳 刘玉超 陈琼 牛聪伟 席真 杨光富 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3953-3962,M0014,共11页
为寻找新型乙酰羟酸合成酶(EC2.2.1.6,AHAS)抑制剂以克服由靶标突变(P197L突变)所引起的杂草抗性问题,利用"构象柔性度分析"策略设计、合成了一系列烷氧基取代的嘧啶水杨酸衍生物.其中, 9个化合物对P197L突变型AHAS的抗性倍数... 为寻找新型乙酰羟酸合成酶(EC2.2.1.6,AHAS)抑制剂以克服由靶标突变(P197L突变)所引起的杂草抗性问题,利用"构象柔性度分析"策略设计、合成了一系列烷氧基取代的嘧啶水杨酸衍生物.其中, 9个化合物对P197L突变型AHAS的抗性倍数(RF值)均小于等于1,在酶水平上具有良好的反抗性.特别是2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(2-氟乙氧基)苯甲酸(5l),被进一步确定为该系列最有效的反抗性AHAS抑制剂(RF=0.31),不仅与氯磺隆(RF=2060)和双草醚(RF=4.57)相比抗性程度大幅降低,并且对野生型At AHAS和P197L突变体的抑制活性均达到了亚微摩尔水平,优于双草醚.此外,在150gai/ha的施用剂量下,2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(2-(甲氧基)乙氧基)苯甲酸(5a)、2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(3-(甲氧基)丙氧基)苯甲酸(5f)、2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(2-氟乙氧基)苯甲酸(5l)和2-((4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)氧基)-6-(2,2-二氟乙氧基)苯甲酸(5m)对敏感型和抗性(P197L-AHAS)播娘蒿同时表现出优异的除草活性.值得注意的是,即使在最低剂量37.5 g ai/ha下,化合物5l对这两种杂草的除草防效仍超过85%,表现出良好的活体反抗性,具有深入研究的价值. 展开更多
关键词 乙酰羟酸合成酶 P197L突变体 反抗性 构象柔性 抗性杂草
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