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题名褐飞虱EST资源的微卫星信息分析
被引量:20
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作者
刘玉娣
侯茂林
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机构
中国农业科学院植物保护研究所
广东省野生动物保护与利用公共实验室
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出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期239-247,共9页
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基金
广东省野生动物保护与利用公共实验室基金资助项目(2008-003)
国家自然科学基金项目(30700537)
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文摘
表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是开发微卫星标记的一个重要的资源。褐飞虱Nilaparvata lugens(Sta°l)EST序列的公布为开发EST-SSRs提供了宝贵的数据资源,本研究利用生物信息学对NCBI公共数据库中的37398条褐飞虱ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,得到全长为7619.324kb的无冗余EST9852条。按照3个不同的查找标准在这些序列中搜索SSR。查找结果显示:褐飞虱EST-SSRs主要重复基元以1~3碱基为主,占总EST-SSR的95%以上。在单碱基重复基元中,A/T是占优势的重复基元,在二相重复类型中,AG/CT重复基元出现的频率最多,而AAG/CTT是三相重复中占绝对优势的重复基元。在褐飞虱EST-SSRs中未查找到GC重复基元。以100bp为参照,在3种查找标准下含有SSR的EST序列中两端侧翼序列均≥100bp的序列分别为738,89和42个。通过分析褐飞虱EST-SSRs标记可以为褐飞虱和近缘种的SSR标记的开发提供信息,同时通过分析褐飞虱EST-SSRs的分布频率和分布特征可以为昆虫EST-SSRs的研究提供借鉴和参考。
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关键词
褐飞虱
生物信息学
表达序列标签
EST-SSRS
查找标准
重复基元
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Keywords
Nilaparvata lugens
bioinformatics
EST
EST-SSRs
search qualification
repeat motif
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分类号
Q966
[生物学—昆虫学]
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