柯萨奇病毒A组6型中国株的分子进化和时空传播分析

柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)是手足口病的主要病原体,可引起非典型手足口病和中枢神经系统疾病,对儿童造成严重的疾病负担,尚无上市的疫苗和抗病毒药物.基于3288条CV-A6中国株VP1序列,利用Nextstrain平台的augur病原体生物信息分析包,构建了CV-A6的时间尺度分子进化树,确定了进化分支和分支突变,分析了分支突变与抗原表位之间的联系.进一步分析了CV-A6中国株各分支在中国七大地理区域的时空分布和优势分支,绘制了主要分支的时空传播路线.结果发现,CV-A6中国株主要分为B、C和D三个进化分支以及D2、D3a和D3b三个子分支,抗原表位处的突变形成了新的进化分支,促进了病毒的流行.华南和华东是CV-A6中国株的主要起源地,华南和华东相互输出、华东输出全国是中国株的主要传播模式.对CV-A6中国株的分子进化和时空传播分析,为CV-A6引起的手足口病等疫情的监测、预警和防控提供了重要支持.

2018年盐城市CVA6型肠道病毒全基因组分子特征分析

目的掌握盐城市肠道病毒CVA6型基因进化特征。方法对盐城市鉴定为CVA6型的肠道病毒,通过反转录聚合酶链式反应的方法扩增全基因组序列,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对、分子进化树构建以及重组分析。结果盐城市2018年共检测疑似疱疹性咽峡炎病例107例,肠道病毒核酸阳性率73.83%,其中CVA6、CVA16、其他肠道病毒分别占50.63%、5.06%、44.30%,未检出EV71。选取3株2018年疱疹性咽峡炎、3株2018年手足口病(流行月峰前、峰中、峰后)、1株2017年手足口病CVA6型代表株进行全基因组测序,遗传进化树显示:7株盐城株位于B进化分支B2基因亚群分支,3株疱疹性咽峡炎CVA6型代表株与2株2018年手足口病CVA6型毒株聚集成簇构成一进化小分支,2株手足口病毒株(2017年、2018年各1株)形成独立的进化小分支,形成2条传播链。选取2个进化小分支中疱疹性咽峡炎、手足口病CVA6型各1株,进行分子进化重组分析,均未发现明显的重组来源。结论2018年盐城市疱疹性咽峡炎的病原谱呈现遗传多样性,CVA6型肠道病毒为优势流行株,与手足口病的CVA6型肠道病毒可能有着共同的来源,盐城株未发现基因重组。

银川市2016-2022年手足口病柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析

目的 分析银川市2016-2022年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)VP1的基因特征,为手足口病的防治工作提供有效的参考依据。方法 收集2016-2022年银川市手足口病所有CV-A6核酸呈阳性的标本进行病毒分离培养,应用一步法聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增其VP1区完整基因核酸片段进行核苷酸序列测定,利用测序结果进行系统发育树构建、同源性分析及氨基酸突变位点分析。结果 2016-2022年银川市共分离到手足口病CV-A6型毒株90株,测序后成功获得CV-A6 VP1区全长序列的毒株83株。完整VP1区基因均由915个核苷酸组成,编码305个氨基酸。系统发育分析显示,2016-2022年银川市83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支;同源性分析表明,银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株(AY421764-USA-1949)之间核苷酸相似性为82.1%~84.1%,氨基酸相似性为76.2%~80.5%,遗传距离较远;银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株的VP1区氨基酸序列比较发现32个氨基酸位点出现变异。结论 2016-2022年银川市手足口病83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支。加强对CV-A6的持续监测及基因特征分析,对科学防控CV-A6引起的手足口病及其疫苗研发具有重要意义。

2013-2022年江苏省柯萨奇病毒A6型全基因组序列特征分析

目的 研究江苏省2013-2022年分离到的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析,以期从分子流行病学特征的角度解释CV-A6取代肠道病毒A71和柯萨奇病毒A16成为江苏省引起手足口病(HFMD)主要病原的原因。方法 选取2013-2022年间江苏省地区流行的35株CV-A6毒株进行全基因组测序,采用DNASTAR、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等软件对获取的全基因组序列进行比对、相似性分析、系统进化分析和基因重组分析,对P1编码区和3D区主要氨基酸变异位点进行分析。结果 35株CV-A6江苏毒株的全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为87.5%~99.6%和97.0%~99.8%,与CV-A6原型株Gdula/USA/1949的全基因组核苷酸序列相似性仅为80.3%~81.0%,氨基酸序列相似性为94.7%~95.3%。基于VP1序列的系统进化树结果显示,2013-2022年江苏省有34株CV-A6分离毒株分属于D3a基因亚型,1株分属于D2基因亚型;基于3D区进化树划分不同重组模式,2013-2022年江苏省流行的CV-A6出现过4个重组进化分支:RF-A、RF-L、RF-K和RF-C型。重组分析结果显示:江苏省流行的CV-A6毒株与CV-A6原型株Gdula/USA/1949在结构蛋白序列上具有较高的相似性。而在非结构蛋白和非编码区则与其他EV-A原型株序列相似性更高。而氨基酸突变位点分析结果显示,与原型株Gdula/USA/1949相比,P1区和3D区多个氨基酸位点变异频繁,可能会使得衣壳蛋白的结构、潜在的受体结合位点产生变化。结论 通过对2013-2022年江苏省CV-A6的全基因组序列分析,有助于了解江苏省CV-A6基因重组及遗传进化关系,解释了近年来CV-A6成为手足口病的主要病原体的可能原因,对CV-A6的防控工作提供了基础资料。

柯萨奇病毒A组6型与肠道病毒71型感染所致的手足口病临床特点比较

目的探讨柯萨奇病毒A组6型（CA6）和肠道病毒71型（EV71）感染所致手足口病（HFMD）的临床特点。方法回顾性分析2013年9月至2014年8月在重庆医科大学附属儿童医院住院的HFMD患儿的临床资料,纳入病原学确诊为EV71和CA6感染的病例,分为EV71组和CA6组,分析两组的临床特点、流行特征和预后。结果共确诊HFMD住院患儿887例,其中EV71组438例（49.4%）,CA6组43例（4.8%）。1EV71组和CA6组平均年龄分别为（17.6±8.7）和（27.2±18.2）月龄,差异有统计学意义（P〈0.001）。2两组流行时间不同,CA6组以1~3月所占比例最大,EV71组主要集中于4~7月。3发热、神经系统受累症状（呕吐、惊跳及肢体抖动）在CA6组发生率明显低于EV71组（P均〈0.05）,且意识障碍仅见于EV71组。4CA6和EV71组主要表现为手足疱疹、口腔疱疹和臀部皮疹,CA6组还更表现为躯干、四肢和口周皮疹。CA6组疱疹比例（23/43,53.5%）明显高于EV71组（49/438,11.2%）（P〈0.001）。5CA6组均痊愈,并完成随访;EV71组428例（97.7%）痊愈,1例（0.2%）死亡,347/437例（79.4%）完成随访。CA6组后期脱甲和脱屑的发生率均较EV71组明显增高（P均〈0.001）。CA6组均无后遗症;EV71组肢体瘫痪8/437例（1.8%）,癫1/437例（0.2%）。结论EV71和CA6感染所致的HFMD好发于不同季节,与EV71感染相比,CA6感染患儿年龄偏小,皮疹广泛,形态多样,脱甲及脱屑发生率高,神经系统受累较轻,预后较好。

2011-2016年上海地区手足口病病原谱及柯萨奇病毒A组6型不同基因型感染细胞的差异研究

本文旨在分析2011—2016年上海地区手足口病病原谱的构成和主要病原体流行规律,为手足口病的疫情防控和重症预警提供参考。采集2011—2016年哨点医院临床诊断为手足口病的患儿标本,首先进行肠道病毒通用型核酸和分型检测,其次对2012—2016年核酸检测为柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CA6)阳性样本进行基因型重组检测,分离重组型和非重组型CA6株,比较两者生物学特性。结果显示,2011—2012年秋季上海地区手足口病主要致病原为肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)和CA16;2012年秋季起CA6成为主要病原体;2013—2014年重组型CA6(recombinant CA6,R CA6)占一定比例;2015—2016年非重组型CA6(non-recombinant CA6,NR CA6)成为优势流行株。R CA6和NR CA6代表株在RD细胞中增殖良好,在KB、MRC-5和HEp-2细胞中未见明显增殖。比较R CA6与NR CA6代表株接种于RD细胞后细胞活性下降的动态变化,未见显著差异。本研究证实,CA6为近年来上海地区手足口病的主要病原体,R CA6和NR CA6的构成比逐年变化,提示持续监测手足口病主要病原体并了解其生物学特性,对上海地区手足口病的防控预警及疫苗研发具有重要意义。

2型糖尿病与柯萨奇B组病毒感染及IL-6、TNF-α的相关性

目的探讨2型糖尿病(T2DM)与柯萨奇B组病毒感染关系,分析T2DM并柯萨奇B(CoxB)组病毒感染患者血清肿瘤坏死因子α(TNF-α)及白细胞介素6(IL-6)的水平意义。方法随机收集40例T2DM及38例健康对照组,检测CoxBIgM、CoxB中和抗体,测定IL-6、TNF-α、空腹胰岛素(FINS)、血糖(BG),计算胰岛素抵抗指数(HOMA-IR),比较上述指标在糖尿病患者与正常人群之间、T2DM并柯萨奇B组病毒感染与无柯萨奇B组病毒感染的T2DM的差异,分析TNF-α、IL-6与胰岛素抵抗的关系。结果T2DM患者中CoxBIgM、CoxB中和抗体明显高于对照组;T2DM并CoxB感染患者BG、HOMA-IR、TNF-α、IL-6明显高于无CoxB感染的T2DM。结论CoxB感染在T2DM的发生发展有一定作用,可能与TNF-α、IL-6作用相关。

柯萨奇病毒A组16型与小鼠病毒性心肌炎的关联性及其药物干预研究

目的研究柯萨奇病毒A组16型(CVA16)与小鼠病毒性心肌炎的关联性,以及利巴韦林药物干预后的结果。方法将获取的临床标本分离后在非洲绿猴肾细胞中进行大量培养,选用致病性强的一株进行纯化、鉴定,培养出有一定毒力的致病株,以腹腔注射的方式感染刚出生的小鼠,小鼠共分为5组,每组10只,其中A组为正常对照组,B组为模型对照组,C组为低剂量的利巴韦林干预组,D组为中剂量的利巴韦林干预组,E组为高剂量的利巴韦林干预组,记录小鼠每日体质量、四肢活动情况、死亡情况,分别于感染后第3、7、11、15天获取小鼠的血清及心脏组织,采用酶联免疫吸附法(ELASA)试剂盒检测血清中的白细胞介素-6(IL-6),将心脏组织一部分用于病理切片,一部分用于提取RNA,进行反转录PCR(RT-PCR)实验。结果 B组小鼠的血清IL-6值明显升高,与A组比较,差异有统计学意义,并且RT-PCR的结果表明病毒在感染后的小鼠心肌细胞中存在,同时病理切片中可见明显的心肌炎性病变,利巴韦林药物干预之后,D组小鼠的体质量、病理切片炎性病变好转。结论 CVA16与病毒性心肌炎的发生有一定关联性,一方面病原本身对心肌有损伤,另一方面免疫内环境也参与其中,利巴韦林在治疗CVA16有关的心肌炎中有一定的临床意义。

柯萨奇病毒A组6型TaqMan一步法实时荧光定量PCR方法的建立

目的建立一种灵敏、特异的一步法实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR),用于快速、准确地检测柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)。方法利用MEGA7.0软件比对GenBank数据库中15条CV-A6 VP1序列,选择高保守区域设计特异性引物和探针;以体外转录获得的RNA为标准品,绘制标准曲线,建立检测CV-A6病毒的RT-qPCR方法;对该方法的灵敏度、特异度、重复性进行评估;并利用该方法对CV-A6病毒感染后的乳鼠组织进行病毒载量的检测。结果该方法在102~1011 copy/μL模板范围内出现良好的扩增曲线,检测极限约为102 copy/μL,标准曲线中R2系数为0.999,扩增效率为109.6%;且该方法对肠道病毒71型(EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)和柯萨奇病毒A组10型(CV-A10)均无交叉反应;另外,该方法在组间重复试验中,变异系数(CV)值小于2.0%。结论本实验建立的方法具有较强的灵敏度、特异度和重复性,可用于CV-A6病毒的日常检测、实验室诊断和定量分析。

检测柯萨奇病毒A组6、10、16型的多重荧光RT-PCR建立及应用

目的建立检测手足口病(HFMD)肠道病毒的多重荧光RT-PCR方法。方法用多重荧光RT-PCR技术对引起HFMD的3种常见人肠道病毒[柯萨奇病毒A组(CVA)6、10、16型]进行检测,用基因测序法进行验证,并以灭活的CVA6、CVA10、CVA16病毒标准株以及引起临床相似症状的病原体样本进行特异性和灵敏度分析。结果 322例临床疑似HFMD标本,经本多重荧光RT-PCR法检测出CVA16、CVA10和CVA6型阳性样本分别为81、16和9份(总阳性率32.9%),且与基因测序法结果完全符合。将多重PCR体系中c-MMLV逆转录酶的量增至5 U,Hot-Taq酶的量增至8.5 U,可使其扩增效率提升至单重PCR扩增水平。优化后的体系可扩增出CVA6、CVA10和CVA16型阳性病毒标准RNA的检测下限分别是10,5和1 TCID50/mL。结论建立了一种灵敏、特异、高效和高通量的检测HFMD肠道病毒的多重荧光RT-PCR法,为其快速诊断提供了新的实验方法。

2018-2019年吉安市柯萨奇病毒A组6型和10型的病原学检测和流行特征分析

目的通过吉安市近年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)标本中通用型肠道病毒核酸(EV-RNA)阳性中的非柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CA16)和非肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)肠道病毒标本做柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CA6)和10型(Coxsackievirus A10,CA10)病原学检测,回顾性分析CA6、CA10的流行规律,探讨吉安地区手足口病例的病毒谱的变化情况,为制定、调整吉安市HFMDR防控策略提供科学依据。方法使用RT-PCR法对2018-2019年吉安市收集的1433份手足口病病例标本进行EV、CA16和EV71核酸检测,对其中EV阳性的非CA16和非EV71型标本做CA6、CA10核酸检测并做流行病学特征分析。结果437份非CA16和非EV71肠道病毒标本中CA6型266份(60.87%),CA10型23份(5.26%),其他未分出型别148份(33.87%)。病原流行高峰期主要集中在7~10月份,检出226份(51.72%)。男女比例1.93:1;病例主要集中在3岁及以下幼儿(97.48%)。各县(市、区)病例分布有统计学意义。标本类型以肛拭子(268份,61.33%)和粪便(118份,27.00%)为主;疱疹液中检出阳性率最高(25/25,100.00%)。结论近年来吉安市手足口病病原体由EV71型、CA16型为主转变为其他肠道病毒型别为主,其中以CA6型等为主要病原,提示应加强对CA6、CA10等其他肠道病毒的监测和分型,并制定切实可行的防控措施。

柯萨奇病毒A组6型研究进展

手足口病是我国目前发病率最高、死亡病例数最多的丙类传染病,已经严重影响我国儿童的健康。手足口病可由多种肠道病毒(EV)引起,其中EV71型和柯萨奇病毒A组16型是引起手足口病的优势病原体。近年来,柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)已逐渐成为全球多个国家和地区引起手足口病的主要病原体。而目前关于CV-A6的基因结构和分型以及感染的发病机制等方面的研究资料均较少,影响了对CV-A6所致手足口病的防控。基于此,本文对CV-A6的病原学、流行病学、临床症状、实验室诊断及疫苗相关的研究进展加以综述,以期为手足口病的防控提供新线索。

2013～2014年杭州地区手足口病柯萨奇病毒A6型和A10型VP1基因特征分析

目的了解2013-2014年杭州地区手足口病病原谱的分布,并对其病原基因特征进行分析。方法采集2013年3月至2014年4月手足口病患儿标本1 340例,提取病毒核酸,通过逆转录和PCR扩增肠道病毒VP1序列并测序,经Blast比对确定病毒基因型。对柯萨奇病毒A6型（CA-A6）和A10型（CA-A10）VP1全长序列进行同源性比对分析,并构建系统进化树。结果1 340例手足口病患儿标本中,肠道病毒检出阳性率为81.43%（1 090/1 340）。其中,CV-A6阳性率为41.04%,取代EV-71（14.48%）成为杭州地区检出阳性率最高的肠道病毒;CV-A10检出率（8.51%）也高于CV-A16（3.81%）,列于第三位。同源性比对及系统进化分析显示,2013-2014年的25株CV-A6病毒核苷酸同源性为89.0%-99.7%,主要分布于G、H基因亚型;15株CV-A10病毒核苷酸同源性为95.3%-99.9%,分布于F、G基因亚型。结论 2013-2014年杭州地区儿童手足口病的主要病原体发生重大变化,CV-A6病毒成为最主要病原,CV-A10病毒也存在潜在威胁,需加强对其他肠道病毒的持续监测和分子特征分析。

柯萨奇病毒A6型VP1蛋白的生物信息学分析

目的：预测柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CVA6）的衣壳蛋白VP1的基本理化性质、结构功能及线性B细胞表位。方法：应用Bioedit软件、Sub Loc、Target P和生物信息学资源门户Ex PASy中的多种在线工具对CVA6 VP1的氨基酸序列进行分析。结果：CVA6 VP1为一亲水性蛋白,其相对分子量为33.6 k D,等电点为7.92,含有24个可能的磷酸化位点,没有信号肽、跨膜区和可能的脂酰化位点;其二级结构中以无规则卷曲居多,有48.52%的氨基酸残基暴露于溶液界面;该分子内存在多个潜在的线性B细胞表位,其中的155～165位氨基酸残基区域的抗原指数最高。结论：成功预测到CVA6 VP1的基本理化性质、结构功能特征及可能的线性B细胞表位,为该蛋白的进一步研究及疫苗和免疫诊断试剂的研制打下基础。

福州地区2012年柯萨奇A6型肠道病毒分子特征分析

目的对2012年福州地区分离的其他肠道病毒CVA6进行分子鉴定，并对其VP1部分序列进化分析。方法肛拭子标本采用RD细胞进行病毒分离，通过RT—PCR对分离株的VP1部分序列进行扩增、克隆和测序；经过Blast程序比对来确定病毒的基因型；通过Mega4．0软件对不同病毒株VP1部分序列的差异进行比较。结果从10份其他肠道病毒患者的肛拭子标本中分离到6株CVA6病毒。测序结果显示，该6株CVA6病毒核苷酸序列具有高度一致性，但与福州周边国家或地区CVA6的核苷酸一致性为91．8％～97．3％。结论2012年福州市HFMD的病源除Ev71和CVA16外，还包含CVA6病毒。序列分析表明，因此，应加强对手足口病例中其他肠道病原体的检测，并掌握其流行以及病毒遗传进化特征，为HFMD的防控提供科学依据。

柯萨奇A6型病毒致重症手足口病危险因素分析

目的探讨柯萨奇A6型病毒(CVA6)感染所致重症手足口病的危险因素。方法采用1∶1匹配的病例对照研究方法,收集深圳市宝安人民医院2015年5月-2016年11月实验室确诊的CVA6感染所致重症和轻症手足口病例各101例,采用向后逐步回归的多因素logistic回归方法筛选影响因素。结果出现丘疹、患儿经常咬玩具、照看人文化程度高中以下和发热最高体温≥39℃为CVA6感染所致重症的危险因素,母乳喂养和发病诊断时间间隔较短为保护因素。结论及早诊断和母乳喂养可降低CVA6所致重症手足口病风险,丘疹和高热可作为手足口病重症早期识别指征。

2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型病毒分子流行病学研究

目的了解2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型（Coxsackievirus A6,CVA6）病毒的流行特点及其基因特征。方法对2013年收集的795份手足口病患者的咽拭子样本进行肠道病毒检测,对非EV71、非CVA16型病毒阳性样本进行CVA6荧光定量PCR检测,选取CVA6阳性样本进行VP1片段（794bp）序列扩增与测序,运用Clustalx软件和MEGA4.0软件对本地区CVA6的VP1片段序列与从NCBI下载的CVA6的VP1参考序列进行聚类分析。结果肠道病毒通用型核酸阳性样本共计382例（48.1%,382/795）,其中非EV71、非CVA16型病毒236例（61.8%,236/382）;非EV71、非CVA16型病毒阳性样本中有CVA6型病毒样本185例（78.4%,185/236）。基于VP1片段的聚类分析,结果显示2013年该地区的CVA6型病毒与中国地区的参考序列明显聚为一类;CVA6在系统进化树中形成A、B和C等3个基因型,C基因型又可分为C1和C2两个基因亚型;两个基因亚型间的核苷酸序列差异度为10.8%-13.2%。朝阳区所有的CVA6都位于C基因型,C1亚型包括了大部分该地区序列。结论 2013年该地区的CVA6已经超过了EV71和CVA16,首次成为北京市朝阳区手足口病的主要病原体。该地区存在CVA6的C1和C2两个基因亚型的共循环,其中C1亚型对该地区2013年CVA6的暴发流行起关键作用。

一例澳门手足口病病例柯萨奇病毒A6全基因组序列特征分析

目的了解1例从广西口岸入境的澳门手足口病病例的病毒基因组序列特征。方法提取待测鼻咽拭子样本的病毒RNA,采用实时荧光RT-PCR方法检测肠道病毒核酸,同时将扩增产物进行测序,通过MEGA 7.0软件使用邻位相接法构建进化树分析。结果本次澳门手足口病病例为柯萨奇病毒A组6型,与CV-A6的Gdula原型株的核苷酸同源性为81%。基因型为D3a分支,与2018年的济南株(MK357084、MK357085)、2017年的广西株(MK839021)、2017年的青岛株(MN689954)具有较高的遗传同源性。结论本研究提示,目前澳门手足口病可能以CV-A6的D3a进化分支为流行株。

对2013年长春市柯萨奇病毒A6型手足口病的临床分析

目的:探讨2013年长春市柯萨奇病毒A6型小儿手足口病(HFMD)的临床特点。方法:用荧光定量RT-PCR技术对100例手足口病患儿的粪便标本进行人肠道病毒通用型(EV)、肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)及柯萨奇病毒A组6型(CVA6)检测,同时分析临床资料。结果:CVA6阳性51例(51%),EV71阳性9例(9%),CVA16阳性3例(3%)。CVA6阳性病例主要表现为发热、皮疹、进食减少,可累及神经系统、呼吸系统、循环系统。经抗病毒、对症、支持治疗后均痊愈或好转,无死亡或留有后遗症病例。结论:CVA6为2013年长春地区HFMD新流行的主要病原型;CVA6感染可侵犯多器官,经系统治疗预后良好。

2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析

目的对2020年云南省曲靖地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法(1)直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒(human enteroviruses,EVs)RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应(Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction,RT-PCR)和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,按测序定型标准对EVs进行VP1区定型;(2)按文献下载基因库中CVA6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果2020年共从曲靖地区HFMD病例500份标本中检测到49株EVs,EVs阳性率为9.80%(49/500)。49株EVs中,A组病毒(enterovirus species A,EV-A)48份,占阳性总数的97.96%(48/49),B组病毒(enterovirus species B,EV-B)1份,占2.04%(1/49)。A组病毒共4个血清型,其中CV-A43株,占6.12%(3/49);CV-A636株,占73.47%(36/49);CV-A105株,占10.20%(5/49);CV-A164株,占8.16%(4/49)。B组病毒只检测到1株,一个血清型(CV-B4)。用MEGA 5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915bp)和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析,曲靖地区36株均为D3a亚型。结论2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6(占73.47%)为主。基因进化分析表明,跟以往中国内地的情况一样,云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型,加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作。