宁夏手足口病患者柯萨奇病毒A14型VP1区序列分析

目的了解宁夏手足口病(HFMD)患者中柯萨奇病毒A14型(CVA14)分离株的基因特征。方法收集2013年实时荧光PCR法检测非EV71和非CVA16肠道病毒核酸阳性标本280份,用RD和Hep-2细胞进行肠道病毒分离培养,分离到的毒株采用RT-PCR法扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定,测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为CVA14的毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果从280份标本中共分离到肠道病毒36株,其中有2株鉴定为CVA14。2株CVA14宁夏分离株相互间核苷酸同源性为99.4%,氨基酸同源性为99.3%;与原型株G14的核苷酸同源性为82.3%~82.5%,氨基酸同源性为96.6%。系统进化显示,2株CVA14宁夏株与国内其他省份CVA14毒株处于同一分支。结论引起手足口病的病原除了优势病毒株EV71和CVA16外,同时还存在着CVA14等一些较少见、易忽略的肠道病毒共同循环的现象,因此应不断加强HFMD监测,以全面了解HFMD的流行趋势和抗原变异。

2009-2019年中国大陆柯萨奇病毒A14型基因特征分析

柯萨奇病毒A14型属于肠道病毒A组,可引起手足口病和无菌性脑膜炎等疾病,但目前全球对CVA14的分子流行病学研究较少,尚无对CVA14基于全长VP1区进行明确分型的相关研究。因得到中国手足口病监测网络的技术支持,本研究获得2009-2019年在中国大陆分离到的15株CVA14,应用RT-PCR对其全长VP1区进行扩增、测序和分析,并与GenBank中下载的22条CVA14全长VP1序列共同构建系统发育树。结果显示,2009-2019年中国大陆分离的15株CVA14与原型株G-14的核苷酸与氨基酸相似性分别为81.8%~82.9%与95.6%~96.9%,15株CVA14之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%~99.7%与98.3%~100%。中国大陆所有的22条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%~100.0%与98.3%~100.0%。中国大陆所有的CVA14与国外8条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为80.7%~86.0%与94.9%~97.9%。基于全长VP1系统发育树,全球CVA14可划分为A-G七个基因型,目前全球范围内流行的CVA14的基因型主要为G基因型,中国大陆流行的基因型全部为G基因型。本研究建立了全球CVA14基于全长VP1的基因分型方法,揭示了CVA14在中国大陆及全球范围内的分子流行特征,为CVA14的致病机制研究提供了分子流行病学方面的基础。