目的探索柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus group B5,CVB5)分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式。方法在GenBank核苷酸数据库检索CVB5毒株的VP1区全长序列,应用CodonW软件,计算CVB5分离株基因组成和密码子使用偏爱性参数,包括密码...目的探索柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus group B5,CVB5)分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式。方法在GenBank核苷酸数据库检索CVB5毒株的VP1区全长序列,应用CodonW软件,计算CVB5分离株基因组成和密码子使用偏爱性参数,包括密码子和氨基酸含量、同义密码子各碱基含量、同义密码子第3位GC含量(GC_(3))、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU);通过ENC曲线、中性绘图、RSCU和奇偶规则(PR2)分析自然选择和突变对病毒的进化影响。结果共纳入413株CVB5分离株,其VP1区碱基含量由高到低依次为A(29.78%)、C(24.84%)、G(24.16%)、T(21.22%);密码子第3位密码子含量均值分别为A_(3)(25.90%)、T_(3)(23.31%)、C_(3)(26.31%)和G_(3)(24.49%);密码子含量前3位依次为GTG(4.67%)、ACA(3.73%)和CCA(3.70%),氨基酸含量前3位依次为Thr(11.25%)、Ser(8.11%)和Val(7.92%);共有59组密码子,其中29个同义密码子相对使用度(RSCU)均值>1,占49.15%。CVB5毒株VP1区有效密码子数(ENC)值为(55.96±2.40),中性绘图分析显示,GC_(3)和GC_(12)含量有统计学关联,但相关性较弱(b=0.046,r=0.316,P<0.001);PR2分析显示,自然选择对CVB5病毒密码子使用偏爱性作用为95.40%。结论 CVB5分离株总体密码子使用相似、偏爱性较弱,受到自然选择和突变双重影响,病毒进化相对保守。展开更多
为探讨山东慢型克山病与柯萨奇 B 组病毒的关系,用缺口平移法制备生物素标记 CoxB_3病毒的 cDNA 探针与慢型克山病14例尸检心肌组织及10例脑外伤,CO 中毒等意外死亡的正常成人心肌组织及10例非病区7~8个月引产胎儿的心肌组织切片进行...为探讨山东慢型克山病与柯萨奇 B 组病毒的关系,用缺口平移法制备生物素标记 CoxB_3病毒的 cDNA 探针与慢型克山病14例尸检心肌组织及10例脑外伤,CO 中毒等意外死亡的正常成人心肌组织及10例非病区7~8个月引产胎儿的心肌组织切片进行原位杂交,14例慢克中有9例检测到柯萨奇 B 组病毒的 RNA,阳性率达64%,而对照组均为阴性。提示柯萨奇 B 组病毒感染可能是山东慢型克山病发病因素之一。展开更多
文摘为探讨山东慢型克山病与柯萨奇 B 组病毒的关系,用缺口平移法制备生物素标记 CoxB_3病毒的 cDNA 探针与慢型克山病14例尸检心肌组织及10例脑外伤,CO 中毒等意外死亡的正常成人心肌组织及10例非病区7~8个月引产胎儿的心肌组织切片进行原位杂交,14例慢克中有9例检测到柯萨奇 B 组病毒的 RNA,阳性率达64%,而对照组均为阴性。提示柯萨奇 B 组病毒感染可能是山东慢型克山病发病因素之一。
文摘克山病是原因未明的地方性心肌病,慢型克山病有关病毒病因的研究未见有关报道,作者用生物素标记的柯萨奇 B_3病毒的 cDNA 探针与黑龙江病区慢型克山病尸检心肌组织及非正常死亡成人心肌组织和非病区7~8个月引产胎儿心肌组织进行了原位杂交,以检测柯萨奇 B 组病毒 RNA。结果13例慢型克山病中有9例呈现阳性杂交信号,阳性率达69.2%,两对照组均为阴性。表明黑龙江慢型克山病心肌组织中有柯萨奇 B 组病毒 RNA 的存在,提示黑龙江病区慢型克山病与柯萨奇 B 组病毒的感染呈现高度相关。