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柯萨奇病毒A组16型TaqMan一步法荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立
被引量:
3
1
作者
蔡丽娟
陈瑶
+2 位作者
杜红延
陈骊嘉
李明
《广东医学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第5期598-600,共3页
目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核...
目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核苷酸区域polyprotein基因,设计特异性引物和TaqMan探针;构建重组质粒作为阳性标准品,建立检测CoxA16的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评价。结果成功建立了CoxA16的FQ-PCR检测方法和定量标准曲线,该方法最低检测限为101个拷贝/μL,与常规PCR相比,敏感性提高100倍。组内和组间重复性实验的变异系数小于2%。该检测方法特异性强,与肠道病毒71型、柯萨奇病毒B组5型、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒75型、登革热病毒、霍乱弧菌O1、霍乱弧菌O139、大肠杆菌O157均不发生交叉反应。结论本实验建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于CoxA16感染的日常检测和实验室早期快速诊断。
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关键词
柯萨奇病a组16型
TAQMAN探针
一步法荧光定量RT-PCR
检测
下载PDF
职称材料
吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析
被引量:
1
2
作者
魏雷雷
沈博
+4 位作者
赵庆龙
杨显达
郭琪
王艺儒
刘思含
《中国卫生工程学》
CAS
2023年第3期329-331,334,共4页
目的探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基...
目的探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果60株CVA16分离株中有15株为B1a基因亚型,45株为B1b基因亚型;CVA16分离株氨基酸序列的14、23、164、235、251及266位点发生了氨基酸突变。结论CVA16为吉林省手足口病的主要病原体之一,15株CVA16分离株为B1a基因亚型,45株CVA16分离株为B1b基因亚型,与2008年青海株相比共发生了6处氨基酸位点突变。
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关键词
手足口
病
柯萨奇
病
毒
a组
16
型
手足口
病
VP1编码区
氨基酸位点变异
原文传递
题名
柯萨奇病毒A组16型TaqMan一步法荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立
被引量:
3
1
作者
蔡丽娟
陈瑶
杜红延
陈骊嘉
李明
机构
南方医科大学生物技术学院
出处
《广东医学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第5期598-600,共3页
基金
国家科技重大专项课题资助项目(编号:2009ZX10004-106)
文摘
目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核苷酸区域polyprotein基因,设计特异性引物和TaqMan探针;构建重组质粒作为阳性标准品,建立检测CoxA16的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评价。结果成功建立了CoxA16的FQ-PCR检测方法和定量标准曲线,该方法最低检测限为101个拷贝/μL,与常规PCR相比,敏感性提高100倍。组内和组间重复性实验的变异系数小于2%。该检测方法特异性强,与肠道病毒71型、柯萨奇病毒B组5型、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒75型、登革热病毒、霍乱弧菌O1、霍乱弧菌O139、大肠杆菌O157均不发生交叉反应。结论本实验建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于CoxA16感染的日常检测和实验室早期快速诊断。
关键词
柯萨奇病a组16型
TAQMAN探针
一步法荧光定量RT-PCR
检测
分类号
R733.7 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析
被引量:
1
2
作者
魏雷雷
沈博
赵庆龙
杨显达
郭琪
王艺儒
刘思含
机构
吉林省疾病预防控制中心(吉林省公共卫生研究院)病毒所
出处
《中国卫生工程学》
CAS
2023年第3期329-331,334,共4页
基金
吉林省卫生与健康技术创新项目(2020J096)
吉林省卫生健康委员会科技能力提升项目(2021GW014)。
文摘
目的探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果60株CVA16分离株中有15株为B1a基因亚型,45株为B1b基因亚型;CVA16分离株氨基酸序列的14、23、164、235、251及266位点发生了氨基酸突变。结论CVA16为吉林省手足口病的主要病原体之一,15株CVA16分离株为B1a基因亚型,45株CVA16分离株为B1b基因亚型,与2008年青海株相比共发生了6处氨基酸位点突变。
关键词
手足口
病
柯萨奇
病
毒
a组
16
型
手足口
病
VP1编码区
氨基酸位点变异
Keywords
Coxsackievirus A-
16
Hand,foot and mouth disease
VP1 coding region
Amino acid mutation locus
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柯萨奇病毒A组16型TaqMan一步法荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立
蔡丽娟
陈瑶
杜红延
陈骊嘉
李明
《广东医学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
3
下载PDF
职称材料
2
吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析
魏雷雷
沈博
赵庆龙
杨显达
郭琪
王艺儒
刘思含
《中国卫生工程学》
CAS
2023
1
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