2017-2018年广东省深圳市疱疹性咽峡炎患者肠道病毒分子流行病学研究

目的了解广东省深圳市疱疹性咽峡炎(HA)病原组成与病原体的分子特征,为HA的预防与控制提供科学依据。方法2017—2018年收集了157例HA患者的314份临床样本,其中粪便样本和咽拭子各157份。使用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和基于半巢式RT-PCR扩增的测序方法对肠道病毒(EV)进行检测与分型。使用生物信息学软件对病毒VP1基因进行序列分析。结果在126例(80.30%,126/157)EV阳性的患者中,共检出10种EV,检出率最高的是柯萨奇病毒A组10型(CVA10)(19.70%,31/157),其次是CVA4(17.80%,28/157)、CVA6(15.30%,24/157)和CVA2(10.80%,17/157),其他病原体包括CVA5(4.50%,7/157)、CVA16(3.20%,5/157)、EV-A71(1.30%,2/157)、CVA8(0.60%,1/157)、CVB5(0.60%,1/157)和埃可病毒11(E11)(0.60%,1/157),1例为CVA4与CVA10的混合感染(0.60%,1/157)。2017年检出率最高的两种病原体是CVA2和CVA6,而2018年却是CVA10和CVA4。粪便样本与咽拭子的病原检出率之间的差异没有统计学意义(χ^(2)=0.019,P=0.892)。基于VP1序列的分子系统发育分析表明,本研究CVA10毒株均为C2基因型。CVA4除了1株为C5基因型外,其余均为C2基因型。1株CVA6毒株位于先前未描述的进化分支,其他CVA6毒株均为D3a基因亚型。CVA2毒株均为D2基因型。结论粪便样本与咽拭子都适用于HA的病原体核酸检测。CVA10、CVA4、CVA6和CVA2是2017—2018年深圳市HA的优势病原体,大部分毒株是我国主流基因型,个别毒株处于不常见的基因型或进化分支。