2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型病毒分子流行病学研究

目的了解2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型（Coxsackievirus A6,CVA6）病毒的流行特点及其基因特征。方法对2013年收集的795份手足口病患者的咽拭子样本进行肠道病毒检测,对非EV71、非CVA16型病毒阳性样本进行CVA6荧光定量PCR检测,选取CVA6阳性样本进行VP1片段（794bp）序列扩增与测序,运用Clustalx软件和MEGA4.0软件对本地区CVA6的VP1片段序列与从NCBI下载的CVA6的VP1参考序列进行聚类分析。结果肠道病毒通用型核酸阳性样本共计382例（48.1%,382/795）,其中非EV71、非CVA16型病毒236例（61.8%,236/382）;非EV71、非CVA16型病毒阳性样本中有CVA6型病毒样本185例（78.4%,185/236）。基于VP1片段的聚类分析,结果显示2013年该地区的CVA6型病毒与中国地区的参考序列明显聚为一类;CVA6在系统进化树中形成A、B和C等3个基因型,C基因型又可分为C1和C2两个基因亚型;两个基因亚型间的核苷酸序列差异度为10.8%-13.2%。朝阳区所有的CVA6都位于C基因型,C1亚型包括了大部分该地区序列。结论 2013年该地区的CVA6已经超过了EV71和CVA16,首次成为北京市朝阳区手足口病的主要病原体。该地区存在CVA6的C1和C2两个基因亚型的共循环,其中C1亚型对该地区2013年CVA6的暴发流行起关键作用。

福州地区2012年柯萨奇A6型肠道病毒分子特征分析

目的对2012年福州地区分离的其他肠道病毒CVA6进行分子鉴定，并对其VP1部分序列进化分析。方法肛拭子标本采用RD细胞进行病毒分离，通过RT—PCR对分离株的VP1部分序列进行扩增、克隆和测序；经过Blast程序比对来确定病毒的基因型；通过Mega4．0软件对不同病毒株VP1部分序列的差异进行比较。结果从10份其他肠道病毒患者的肛拭子标本中分离到6株CVA6病毒。测序结果显示，该6株CVA6病毒核苷酸序列具有高度一致性，但与福州周边国家或地区CVA6的核苷酸一致性为91．8％～97．3％。结论2012年福州市HFMD的病源除Ev71和CVA16外，还包含CVA6病毒。序列分析表明，因此，应加强对手足口病例中其他肠道病原体的检测，并掌握其流行以及病毒遗传进化特征，为HFMD的防控提供科学依据。

柯萨奇A6型病毒致重症手足口病危险因素分析

目的探讨柯萨奇A6型病毒(CVA6)感染所致重症手足口病的危险因素。方法采用1∶1匹配的病例对照研究方法,收集深圳市宝安人民医院2015年5月-2016年11月实验室确诊的CVA6感染所致重症和轻症手足口病例各101例,采用向后逐步回归的多因素logistic回归方法筛选影响因素。结果出现丘疹、患儿经常咬玩具、照看人文化程度高中以下和发热最高体温≥39℃为CVA6感染所致重症的危险因素,母乳喂养和发病诊断时间间隔较短为保护因素。结论及早诊断和母乳喂养可降低CVA6所致重症手足口病风险,丘疹和高热可作为手足口病重症早期识别指征。

银川市2016-2022年手足口病柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析

目的 分析银川市2016-2022年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)VP1的基因特征,为手足口病的防治工作提供有效的参考依据。方法 收集2016-2022年银川市手足口病所有CV-A6核酸呈阳性的标本进行病毒分离培养,应用一步法聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增其VP1区完整基因核酸片段进行核苷酸序列测定,利用测序结果进行系统发育树构建、同源性分析及氨基酸突变位点分析。结果 2016-2022年银川市共分离到手足口病CV-A6型毒株90株,测序后成功获得CV-A6 VP1区全长序列的毒株83株。完整VP1区基因均由915个核苷酸组成,编码305个氨基酸。系统发育分析显示,2016-2022年银川市83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支;同源性分析表明,银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株(AY421764-USA-1949)之间核苷酸相似性为82.1%~84.1%,氨基酸相似性为76.2%~80.5%,遗传距离较远;银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株的VP1区氨基酸序列比较发现32个氨基酸位点出现变异。结论 2016-2022年银川市手足口病83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支。加强对CV-A6的持续监测及基因特征分析,对科学防控CV-A6引起的手足口病及其疫苗研发具有重要意义。

柯萨奇A6型手足口病耦合脊髓灰质炎疫苗衍生株感染一例调查

目的调查广州市1例柯萨奇A6型（CA6）手足口病合并脊髓灰质炎病毒（VV）Ⅱ型疫苗衍生株（VDPVⅡ）感染病例，明确其感染病原及特征。方法通过现场调查获取病例相关流行病学资料，收集病例标本及其密切接触者粪便标本共16份进行肠道病毒（Ev）分离鉴定。对病例就诊医院当月收集手足口病病例标本共21份，采用实时荧光RT-PCR检测手足口病相关病原，并用RT-PCR方法检测PV，CA6及PV阳性标本用RT-PCR方法扩增其VP1区基因片段进一步测序分析。结果该病例临床仅表现为手足口病症状，无急性弛缓性麻痹（AFP）。16份病例及其密切接触者粪便标本均未检出EV，入户主动搜索调查未发现类似病例。在该病例当月就诊医院收集的手足口病病例标本中，EV71阳性4例，CA16阳性2例，包括该病例在内的其余15例均为CA6阳性，但仅该病例同时检出VDPVⅡ。对包括该病例在内的9例CA6阳性标本的VPl区扩增测序并进行同源性分析，9株病毒核苷酸同源性为98．9％。100．0％，推导的氨基酸同源性为96．0％。100．0％。遗传进化分析显示该9株属于同一分支。对该病例VDPV株VP1区扩增测序分析，与SabinⅡ相比，有包括U2909A在内的6个位点发生突变，其中2个位点发生氨基酸突变。遗传进化分析显示，该病例VDPV分离株不同于以往发现的VDPV。结论该病例为CA6手足口病合并VDPVⅡ感染，其手足口病症状由CA6感染引起，推测该病例无AFP症状可能是接种脊髓灰质炎疫苗所致。分离的VDPV为当地新发现毒株，但未造成VDPV循环。

2013～2014年杭州地区手足口病柯萨奇病毒A6型和A10型VP1基因特征分析

目的了解2013-2014年杭州地区手足口病病原谱的分布,并对其病原基因特征进行分析。方法采集2013年3月至2014年4月手足口病患儿标本1 340例,提取病毒核酸,通过逆转录和PCR扩增肠道病毒VP1序列并测序,经Blast比对确定病毒基因型。对柯萨奇病毒A6型（CA-A6）和A10型（CA-A10）VP1全长序列进行同源性比对分析,并构建系统进化树。结果1 340例手足口病患儿标本中,肠道病毒检出阳性率为81.43%（1 090/1 340）。其中,CV-A6阳性率为41.04%,取代EV-71（14.48%）成为杭州地区检出阳性率最高的肠道病毒;CV-A10检出率（8.51%）也高于CV-A16（3.81%）,列于第三位。同源性比对及系统进化分析显示,2013-2014年的25株CV-A6病毒核苷酸同源性为89.0%-99.7%,主要分布于G、H基因亚型;15株CV-A10病毒核苷酸同源性为95.3%-99.9%,分布于F、G基因亚型。结论 2013-2014年杭州地区儿童手足口病的主要病原体发生重大变化,CV-A6病毒成为最主要病原,CV-A10病毒也存在潜在威胁,需加强对其他肠道病毒的持续监测和分子特征分析。

2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析

目的对2020年云南省曲靖地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法(1)直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒(human enteroviruses,EVs)RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应(Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction,RT-PCR)和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,按测序定型标准对EVs进行VP1区定型;(2)按文献下载基因库中CVA6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果2020年共从曲靖地区HFMD病例500份标本中检测到49株EVs,EVs阳性率为9.80%(49/500)。49株EVs中,A组病毒(enterovirus species A,EV-A)48份,占阳性总数的97.96%(48/49),B组病毒(enterovirus species B,EV-B)1份,占2.04%(1/49)。A组病毒共4个血清型,其中CV-A43株,占6.12%(3/49);CV-A636株,占73.47%(36/49);CV-A105株,占10.20%(5/49);CV-A164株,占8.16%(4/49)。B组病毒只检测到1株,一个血清型(CV-B4)。用MEGA 5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915bp)和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析,曲靖地区36株均为D3a亚型。结论2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6(占73.47%)为主。基因进化分析表明,跟以往中国内地的情况一样,云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型,加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作。

福州市柯萨奇A6型流行情况及VP1区基因特征分析

目的了解福州市柯萨奇病毒A6型(Cox A6)的流行情况及VP1区基因特征及种系进化分布。方法采集临床诊断为手足口病患者的咽试子或肛拭子标本,通过real-time PCR法选取部分重症患者柯萨奇病毒A6型阳性标本,采用RD细胞分离病毒,RT-PCR扩增VP1基因片段并测序,利用DNAStar和Mega 5. 1软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析并构建亲缘进化树。结果检出的3 237份肠道病毒阳性样本中,肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)、Cox A6的阳性率分别为22. 0%、14. 4%、23. 9%,不同肠道病毒阳性率差异有统计学意义(P <0. 05)。福州市CVA6型分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96. 3%～100%和97. 4%～100%,与原型株CV-A6/Gdula的同源性分别为81. 6%～83. 5%和94. 1%～95. 7%。进化树的分析结果显示,福州市Cox A6分离株属于D基因型。结论 Cox A6是引起福州市手足口病的主要病原体之一,本次分离得到的Cox A6病毒株均属于D基因型。

阜阳地区2018-2019年柯萨奇病毒A6型感染手足口病临床特征及病原学分析

目的:分析阜阳地区2018~2019年柯萨奇病毒A6(Cox-A6)型手足口病(HFMD)住院患儿的临床与病原学特征。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月阜阳地区确诊的700例HFMD患儿的临床资料,采用实时荧光定量PCR法对标本进行EV71、Cox-16A、Cox-A6等分型检测,分析Cox-A6型患儿临床特征、并发症,构建Cox-A6分子进化树。结果:共检出Cox-A6阳性143例(20.43%),其中男性91例(63.64%);年龄3岁以内120例(83.92%);主要症状:皮疹(100%)、发热(97.20%)、咳嗽(42.66%)、扁桃体肿大(38.46%)、精神差(35.66%)、脱屑(36.36%)、脱甲(32.87%)、惊厥(27.27%)、纳差(22.38%);实验室检查结果以白细胞升高(77.62%)、血小板升高(41.26%)、谷草转氨酶升高(21.68%)、肌酸肌酶同工酶升高(34.27%)、C反应蛋白升高(56.64%)、乳酸脱氢酶升高(53.85%)为主;并发症总发生率17例(11.89%),包括病毒性脑炎6例(4.20%)、神经源性肺水肿1例(0.70%)、肺炎3例(2.10%)、心肌炎4例(2.80%)、心律失常2例(1.40%)、循环衰竭1例(0.70%)。分子进化树显示24株流行毒株均分布在E2分支。结论:阜阳地区2018-2019年Cox-A6型HFMD占较高比例,患儿集中在3岁以内,皮疹、发热、咳嗽、扁桃体肿大、脱甲等为主要症状,大多数预后良好,少数可伴病毒性脑炎、循环衰竭等严重并发症;E2亚群是Cox-A6流行优势株。

一起由柯萨奇病毒A6型引起的疱疹性咽峡炎暴发疫情调查分析

目的了解北京市某中学一起疱疹性咽峡炎暴发疫情的流行特征,为疱疹性咽峡炎的防控提供科学依据。方法对病例开展个案调查,采集咽拭子标本进行检测,采用描述性流行病学方法对疫情的流行病学特征和临床特点进行分析。结果2017年10月11日-11月2日,北京市某中学累计报告疱疹性咽峡炎病例92例,罹患率2.39%。临床表现以口腔疱疹(92.39%)、咽痛(71.74%)、发热(69.56%)为主。共采集43例病例咽拭子标本进行检测,24例柯萨奇病毒A6型阳性,6例肠道病毒未分型阳性。结论本起暴发疫情是由柯萨奇病毒A6型感染引起,学生交叉上课、共用餐厅等公共场所导致疫情的传播,探索一套适应教育改革后传染病的防控方案势在必行。

柯萨奇病毒A6型所致手足口病流行特征分析

目的:探讨柯萨奇病毒A6型所致手足口病流行特征。方法:选择2017年1月—12月在我院诊断为柯萨奇病毒A6型所致的手足口病90例患者进行分析,观察其流行特征。结果:患者发病平均年龄为(3.0±1.6)岁,发热率为77.8%,齿龈部疱疹率7.8%。口腔疱疹发生部位最常见咽峡部、上腭以及颊黏膜。所有患者均有皮疹,皮疹发生部位最常见为手、足以及臀部。患者白细胞数异常,对症治疗后症状明显改善。结论:柯萨奇病毒A6型是手足口病最常见的一种流行病原,临床上需要及早发现、及早诊断、及早治疗,促进患儿的健康发育。

2013年西安地区柯萨奇病毒A6流行情况及基因特征

目的 研究2013年西安地区普通手足口病（HFMD）病例中柯萨奇病毒A6型（CA6）的流行情况及其基因特征.方法 从2013年采集的普通HFMD病例标本中随机挑选250份非肠道病毒71型（EV71）非柯萨奇病毒A16型（CA16）的其他肠道病毒核酸阳性者,利用实时荧光逆转录酶联聚合反应检测CA6,扩增部分阳性标本VP1 （viral protein,VP）基因,并测定序列,与CA6其他参考序列比对,进行进化分析.结果 在250份样本中CA6阳性者共191份,阳性率为76.4％.进化分析显示西安地区2013年CA6与近年来流行于世界各地的CA6新变种同源性较高,而与原型株进化距离较远.序列比对发现本地毒株VP1与CA6新变种核苷酸序列相似性在89.7％～97.5％,编码氨基酸相似性为96.0％～99.7％;与CA6原型株及2006年以前中国大陆分离株核苷酸相似性为82.3％～83.8％,氨基酸相似性为93.8％～94.9％.结论 2013年西安地区HFMD普通病例病原以CA6为主,流行株为近年来流行于全球各地的CA6新变种.

2020—2022年青岛地区手足口病病原谱及柯萨奇病毒A6型青岛株VP1区基因特征分析

目的了解2020—2022年青岛市手足口病病原学特征和柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)的VP1基因进化特征,为手足口病的防控工作提供依据。方法利用荧光RT-PCR对青岛地区2020—2022年的手足口病患者咽拭子样本进行总肠道病毒(EV)、肠道病毒71型(EV71)、CVA16、CVA6和CVA10检测,并对CVA6阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定,以MEGA-X软件进行系统发育及分子特征分析。结果1645份手足口病患者样本中肠道病毒总阳性率为80.73%(1328/1645)。EV71、CVA16、CVA6、CVA10及其他肠道病毒构成比分别为0.08%(1/1328)、19.65%(261/1328)、68.15%(905/1328)、0.98%(13/1328)、11.14%(148/1328),5岁以下儿童占全部病例的75.68%(1245/1645),占重症病例的100%(2/2)。获得的45株CVA6 VP1区基因测序绘制了基因树,属于D3a亚型,基因进化分析其VP1区蛋白质发生了10处氨基酸的非同义突变。结论2020—2022年青岛地区手足口病以CVA6 D3a亚型为主要流行株,且在5岁以下高发。

柯萨奇病毒A6引起的一起手足口病暴发疫情感染情况和排毒时长研究

目的:了解柯萨奇病毒A6(coxsackievirus A6,CV-A6)感染情况和排毒时长,指导科学制定防控策略和措施。方法:制定病例定义,搜索病例。经过知情同意,采集某幼儿园所有病例和罹患率较高的小1班、中2班全体儿童的咽拭子和肛拭子标本,RT-PCR检测肠道病毒核酸,对检测阳性的儿童,每间隔1周再次采集标本开展检测,直至连续两次均为阴性时终止采样。结果:儿童罹患率为8.2%(17/208),发现隐性感染者17例。小1班和中2班流行曲线都呈现单峰分布,卫生学调查排除饮食和饮水传播。病原检测显示为CV-A6型肠道病毒核酸阳性。检测阳性者中隐性感染比例为52%(95%CI:34%~69%)。排毒时长中位数为18 d(95%CI:16~25 d),最短为1周内(4 d),最长为5.5周(39 d),Log-rank检验显示病例与隐性感染者、男性与女性、咽部与肠道排毒时长差异无统计学意义(P> 0.05)。结论:此轮由CV-A6肠道病毒引起的手足口病暴发疫情中,CV-A6隐性感染比例高,排毒时间长。建议提高监测敏感性,病例解除隔离返园(校)、班级复课后应开展持续的健康监测和防控措施。

2019—2022年广西壮族自治区柳州市手足口病病原学监测及柯萨奇病毒A6型VP1基因特征

目的描述2019—2022年柳州市手足口病病原学监测结果,并对鉴定为柯萨奇病毒A6型(Cox A6)的VP1基因特征进行分析,以掌握本地区手足口病的病原组成以及Cox A6的分子流行病学特征。方法采集2019—2022年柳州市手足口病监测哨点医院诊断为手足口病患儿的肛拭子、咽拭子、疱疹液标本,采用荧光定量PCR的方法对病例标本进行病原学检测和分型检测,并对2019年部分重症病例中鉴定为Cox A6病毒分离株进行VP1基因测序并分析。结果2019—2022年柳州市共检测手足口病例标本1432份,病原学检测阳性1224份,阳性率为85.47%,其中Cox A6阳性547份(44.69%)、Cox A16阳性428份(34.97%)、EV71阳性22份(1.80%)、Cox A10阳性60份(4.90%)、其他肠道病毒阳性167份(13.64%)。6株2019年柳州市重症手足口病Cox A6毒株主要有3支,一支与2017年广东病毒分离株有较近的基因亲缘性关系,一支与2018年上海病毒分离株有较近的基因亲缘性关系,另一支则与2019年江西病毒分离株有较近的基因亲缘性关系。结论2019—2022年柳州市手足口病的病原体主要有Cox A6、Cox A16、Cox A10、其他肠道病毒,其中Cox A6已经成为柳州市手足口病的优势毒株。VP1基因之间核苷酸同源性为93.5%~100.0%,氨基酸同源性为98.3%~100.0%,均属于D基因型的D3基因亚型,应进一步加强病原监测,为落实综合性防控手足口病预防措施提供依据。

2022年绵阳市柯萨奇病毒A6型基因特征分析

目的调查2022年绵阳市手足口病病例的感染情况,分析柯萨奇病毒A6型(CVA6)的进化特征。方法采集2022年绵阳市手足口病患者咽拭子,采用实时荧光定量PCR检测样本中的肠道病毒。对肠道病毒阳性样本使用肠道病毒分型引物进行巢式PCR扩增部分VP1基因,进一步鉴定病毒型别。通过PCR对所有CVA6阳性样本的VP1编码区和部分样本的全基因组进行扩增及测序。对绵阳市流行株进行系统进化、基因同源性、氨基酸变异和基因重组分析。结果共采集2022年绵阳市手足口病患者咽拭子151份,实时荧光定量PCR检测肠道病毒阳性样本104份,总检出率为68.87%(104/151)。分型结果显示CVA6有77例,阳性率为50.99%(77/151)。本研究扩增测序并成功拼接了77株CVA6 VP1基因全长,系统发育分析表明77株均为D3基因型,与参考株相比,绵阳市流行株存在多处氨基酸变异位点。扩增测序并成功拼接了20条全基因组序列,经同源性分析,20条阳性序列之间核苷酸同源性为97.0%~99.9%。进行系统进化和基因重组分析显示,本次研究流行株在各编码区均未发生基因重组现象。结论2022年绵阳市手足口病病例中主要病原体为CVA6 D3亚型,与2022年全国流行情况一致。

2020—2021年咸阳市手足口病病原构成及柯萨奇病毒A6型序列分析

目的了解咸阳市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原谱构成情况,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)VP1基因序列特征。方法对2020—2021年收集的HFMD病例样本进行反转录实时荧光定量聚合酶链式反应(reverse transcription real time PCR,RT-qPCR)检测分型,分析病原学监测结果;选取部分CVA6阳性样本,采用半巢式RT-PCR法扩增病毒VP1片段全长,扩增产物经测序后进行序列相似性和基因进化分析。结果2020—2021年共收集咸阳所辖县(区)HFMD样本615例,经RT-qPCR检测肠道病毒(enterovirus,EV)阳性率为72.20%(444/615)。其中CVA6样本占阳性样本总数的61.94%(275/444),其次是其他EV型22.07%(98/444)、CVA16型13.51%(60/444)、CVA10型2.48%(11/444)。2020年CVA6为主要流行毒株,2021年其他EV、CVA6与CVA16共同流行。EV阳性病例的发病时间在2021年呈双峰分布(5—7月为主高峰和9—11月为次高峰),2020年发病高峰为9—11月。秦都区、旬邑县和三原县EV阳性样本最多,总占比超过50%。与2008年芬兰株(KM114057)相比,本研究中的35条VP1序列核苷酸相似性为92.0%~94.4%,氨基酸序列相似性97.4%~98.7%,存在7个主要突变位点,其中A5T、S27N、V30A、S137N突变率接近100.00%。VP1基因进化分析显示,咸阳市2020—2021年CVA6型均属于D3a分支。结论2020—2021年咸阳市HFMD病原谱变化显著,CVA6为优势毒株,属于D3a基因亚型,需加强CVA6及其他EV分子病原学监测。

2018年盐城市CVA6型肠道病毒全基因组分子特征分析

目的掌握盐城市肠道病毒CVA6型基因进化特征。方法对盐城市鉴定为CVA6型的肠道病毒,通过反转录聚合酶链式反应的方法扩增全基因组序列,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对、分子进化树构建以及重组分析。结果盐城市2018年共检测疑似疱疹性咽峡炎病例107例,肠道病毒核酸阳性率73.83%,其中CVA6、CVA16、其他肠道病毒分别占50.63%、5.06%、44.30%,未检出EV71。选取3株2018年疱疹性咽峡炎、3株2018年手足口病(流行月峰前、峰中、峰后)、1株2017年手足口病CVA6型代表株进行全基因组测序,遗传进化树显示:7株盐城株位于B进化分支B2基因亚群分支,3株疱疹性咽峡炎CVA6型代表株与2株2018年手足口病CVA6型毒株聚集成簇构成一进化小分支,2株手足口病毒株(2017年、2018年各1株)形成独立的进化小分支,形成2条传播链。选取2个进化小分支中疱疹性咽峡炎、手足口病CVA6型各1株,进行分子进化重组分析,均未发现明显的重组来源。结论2018年盐城市疱疹性咽峡炎的病原谱呈现遗传多样性,CVA6型肠道病毒为优势流行株,与手足口病的CVA6型肠道病毒可能有着共同的来源,盐城株未发现基因重组。

2016—2018年南京地区柯萨奇病毒A6型流行情况及基因特征

了解南京地区手足口病中柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)的流行情况以及VP1区基因特征及3D区的重组形式。收集2016—2018年南京地区手足口病监测样本,使用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析流行情况。对CV-A6阳性样本针对VP1全长及3D区部分进行基因测序分析,使用Mega 5.2软件进行进化树分析,并使用Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果显示,2016—2018年南京地区手足口病高发季为5—7月,呈单峰流行。CV-A6阳性690例(41.62%),全部处于D3亚型分支,核苷酸同源性为90.8%~100.00%。CV-A6存在3种重组形式,分别为RF-A、J、L。氨基酸分析显示,在VP1区有13个位点替换,3D区有24个位点替换。CV-A6已取代EV-A71,是南京地区手足口病的优势病原,属于D3亚型;存在3种不同形式的重组。持续开展CV-A6监测,对于南京地区手足口病防控有重要意义。

山东省潍坊市柯萨奇病毒A6型VP1区基因进化特征分析

目的 探讨2015-2020年山东省潍坊市柯萨奇病毒A6(CV-A6)VP1区核苷酸进化特征,明确潍坊市CV-A6的基本流行状况及VP1区毒力相关的氨基酸位点。方法 收集2015-2020年山东省潍坊市手足口病患者CV-A6核酸阳性标本,进行VP1区全长序列扩增及核苷酸序列测定,根据GenBank中CV-A6原型株及参考序列(含重症、轻症)进行基因分型、选择性压力分析、重症及轻症间氨基酸位点差异对比分析。结果 共获得15条915 bp VP1轻症全长序列,15条序列均位于D3a分支中,且分别与不同地域序列处于不同分支中。与轻症序列相比,重症序列VP1区的5个氨基酸替代位点S5A(χ^(2)=13.37,P=0.001)、A30V(χ^(2)=6.79,P=0.009)、N137S(χ^(2)=5.40,P=0.02)、V242I(χ^(2)=14.41,P=0.000)、A283T(χ^(2)=14.26,P=0.000)差异均有统计学意义(P<0.05)。潍坊市CV-A6 VP1区序列中,有4条序列在两个位点与重症序列突变一致(I174V、A283T)。所有VP1序列只存在负选择压力,Ka/Ks>1,3个碱基A410G、A520G、G724A发生非同义突变,分别位于三个氨基酸替代位点N137S、I174V、V242I的密码子中,突变率与氨基酸替代率一致。结论 2015-2020年山东省潍坊市手足口病CV-A6 VP1区为轻症序列,均位于D3a分支中D3a基因亚型。重症序列中的N137S、I174V、V242I三个氨基酸位点可能与CV-A6致病性相关。