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一个基于同位素标记实验的代谢通量估计高效率算法 被引量:2
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作者 陈久生 郑浩然 娄慧 《北京生物医学工程》 2007年第4期352-355,共4页
基于碳同位素标记实验的代谢通量分析(13CMFA)是代谢工程中的重要方法,它可以对微生物中心代谢网络中的所有代谢通量进行精确量化分析。13CMFA通过逐步拟合同位素标记状态测量数据对胞内的代谢通量进行估计,这对应于一个测量结果和计算... 基于碳同位素标记实验的代谢通量分析(13CMFA)是代谢工程中的重要方法,它可以对微生物中心代谢网络中的所有代谢通量进行精确量化分析。13CMFA通过逐步拟合同位素标记状态测量数据对胞内的代谢通量进行估计,这对应于一个测量结果和计算结果之间误差平方和极小化的优化问题,该优化问题具有非线性、带有众多约束条件和存在多个局部极小点等特点,如何高效地求解是13CMFA中的难点,也是实现通量精确估计的关键。论文在对目标问题解空间的特性分析基础上,将空间知识引入到搜索过程中,针对通量估计问题提出了一个进化优化算法。实验结果和分析表明,该算法较普通进化算法具有更快的收敛速度和更好的全局寻优能力。 展开更多
关键词 代谢通量分析 碳同位素标记实验 进化优化 凸集 大肠杆菌
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互联网上机械设计虚拟实验室设计型实验研究 被引量:8
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作者 张慧 《机械设计与研究》 CSCD 北大核心 2008年第4期114-116,共3页
互联网上机械设计虚拟实验是机械设计课程课堂教学过程的有益补充。设计型实验项目的实现需要建立基于XML的机构及其各零部件三维参数化数据库,并基于XML在几何数据描述表达上及VRML在产品可视化上的特点和优点,构造一个基于B/W/D(浏览... 互联网上机械设计虚拟实验是机械设计课程课堂教学过程的有益补充。设计型实验项目的实现需要建立基于XML的机构及其各零部件三维参数化数据库,并基于XML在几何数据描述表达上及VRML在产品可视化上的特点和优点,构造一个基于B/W/D(浏览器/网络/设计)结构的、能提供交互功能的三维虚拟实验系统。实践表明方法切实可行。 展开更多
关键词 机械设计 虚拟实验XML(可扩展标记语言) VRML(网络虚拟现实建模语言)
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分布式光纤在相似模型实验中的铺装与定位研究 被引量:2
3
作者 黄森林 王正帅 柴敬 《能源与环保》 2018年第3期11-15,共5页
为了解决分布式光纤在相似模型实验中的铺装方法以及光纤位置与被测模型的对应关系问题,提高测量结果的准确性,通过描述一个完整的分布式光纤测量相似模型变形的实验实例,给出了一种相似材料模型实验中分布式光纤的铺装方法,详细表述了... 为了解决分布式光纤在相似模型实验中的铺装方法以及光纤位置与被测模型的对应关系问题,提高测量结果的准确性,通过描述一个完整的分布式光纤测量相似模型变形的实验实例,给出了一种相似材料模型实验中分布式光纤的铺装方法,详细表述了铺装前光纤标记方法和整个铺装过程。给出了温度标记定位实验的详细步骤,并对定位实验结果及误差进行了详细分析,确定了光纤在模型中的实际位置,且定位误差不超过5 cm,定位精度较高。为采用分布式光纤测量模型实验内部变形的研究者提供了一种可借鉴的分布式光纤铺装、定位及分析方法。 展开更多
关键词 分布式光纤 相似模型实验 温度标记定位实验 光纤标记方法 定位误差
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CaO固硫过程中Ca^(2+)在CaSO_4产物层内扩散的研究 被引量:9
4
作者 杨海波 武增华 +3 位作者 邱新平 王军民 刘金权 郭峰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第9期1410-1415,共6页
应用标记实验技术 ,研究CaO固硫反应过程中产物层扩散控制阶段的反应机理 .利用扫描电镜和反射式光学显微镜 ,对压制烧结并带有Pt标记的CaO样品在固硫反应前后的形貌变化观察 ,结果表明 :经过较长时间的固硫反应后 ,在Pt标记层外表面形... 应用标记实验技术 ,研究CaO固硫反应过程中产物层扩散控制阶段的反应机理 .利用扫描电镜和反射式光学显微镜 ,对压制烧结并带有Pt标记的CaO样品在固硫反应前后的形貌变化观察 ,结果表明 :经过较长时间的固硫反应后 ,在Pt标记层外表面形成一层覆盖物 ,XRD分析结果证明该覆盖物是CaSO4.利用电化学综合测试仪测量了CaO及CaSO4在高温下的电导率 ,结果表明在 10 0 0℃时CaSO4的电导率达到了 10 -3 数量级 ,说明在高温下CaSO4内Ca2 + 有较高的离子迁移特性 .根据标记实验、电导率测试的结果和CaO掺杂体系的固硫动力学数据的分析认为 :CaO固硫反应在后期的扩散层控制阶段的主要反应是Ca2 + 通过CaSO4产物层扩散至CaSO4外表面与SO2 和O2 进行反应 ,生成CaSO4,而不是SO2 和O2 气体通过CaSO4产物层向内扩散 ,在颗粒内部与CaO发生固硫反应 . 展开更多
关键词 CAO 固硫剂 CA2+ CASO4 产物层 标记实验 离子扩散 应用模型
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内流性钾通道2.1蛋白在大鼠脊髓和小脑的分布 被引量:4
5
作者 潘爱华 严进 +1 位作者 张阳德 罗学港 《解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期519-522,共4页
目的:内流性钾通道(Kir)2.1蛋白在大鼠脊髓和小脑的分布。方法:免疫荧光组织化学和免疫荧光双标记。结果:在脊髓灰质前角的运动神经元和白质的星形胶质细胞呈现 Kir2.1免疫反应活性强阳性。少数少突胶质细胞呈现Kir2.1和GS共存。在小脑... 目的:内流性钾通道(Kir)2.1蛋白在大鼠脊髓和小脑的分布。方法:免疫荧光组织化学和免疫荧光双标记。结果:在脊髓灰质前角的运动神经元和白质的星形胶质细胞呈现 Kir2.1免疫反应活性强阳性。少数少突胶质细胞呈现Kir2.1和GS共存。在小脑蒲肯野氏细胞及纤维呈Kir2.1免疫活性强阳性。双标记显示近蒲肯野氏细胞旁的少突胶质细胞的Kir2.1蛋白和GS蛋白共存。结论:脊髓和小脑灰质和白质中的Kir2.1表达不一,这种分布可能与保持细胞外的K^+平衡、促进K^+的内流维持细胞兴奋性有重要关系。 展开更多
关键词 内流性钾通道 2.1蛋白 免疫荧光组织化学 免疫荧光双标记实验
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DNA半保留复制和半不连续复制的提出与确立 被引量:3
6
作者 向义和 《自然杂志》 北大核心 2010年第4期229-235,共7页
笔者介绍了DNA的半保留复制和半不连续复制提出与确立的过程:沃森和克里克提出DNA半保留复制的思路;Meselson和Stahl的实验验证;冈崎提出不连续复制的思路,并通过步步深入的实验证实。
关键词 半保留复制 半不连续复制 密度梯度离心法 脉冲标记实验 冈崎片段 尿嘧啶片段
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免疫电子显微技术载网处理方法
7
作者 傅洪兰 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期835-836,共2页
关键词 免疫电子显微技术 载网 清洁处理 免疫细胞化学标记实验
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螺旋藻全蛋白与家族分类 被引量:4
8
作者 王娜 向清豪 +2 位作者 赵肖荣 李博生 聂中良 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第16期201-207,共7页
采用相对和绝对定量同位素标记实验的方法对螺旋藻全蛋白进行定性分析,并选用合理的统筹归类方法对其进行实用性归类。结果表明,共定性检测到螺旋藻蛋白质数为2 085个,其中已知蛋白1 562个;通过序列分类法将869个蛋白共分成233个蛋白超... 采用相对和绝对定量同位素标记实验的方法对螺旋藻全蛋白进行定性分析,并选用合理的统筹归类方法对其进行实用性归类。结果表明,共定性检测到螺旋藻蛋白质数为2 085个,其中已知蛋白1 562个;通过序列分类法将869个蛋白共分成233个蛋白超家族与87个(均为已知蛋白)蛋白家族;根据蛋白的性质、结构和功能可分成7大类,发现蛋白超家族在抗氧化、抗癌、抗肿瘤、免疫调节等方面具有重要功能,可被广泛应用于食品、保健和医药等领域。由此可见,螺旋藻活性蛋白具有极大的开发前景。 展开更多
关键词 螺旋藻 全蛋白 家族分类 相对和绝对定量同位素标记实验(iTRAQ) 功能分析
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基于强连通分量的^13C MFA计算模型稳定性判断 被引量:1
9
作者 周宏 郑浩然 +1 位作者 李毅 李恒 《北京生物医学工程》 2009年第1期34-38,共5页
基于碳同位素标记实验的代谢通量分析,是代谢工程中一种强大的定量分析工具。^13C MFA在进行定量分析时,需要给定代谢网络及其对应的碳原子转移网络,同时为了保证计算的正确性和可靠性,要求所给定的碳原子转移网络中不能含有陷阱(t... 基于碳同位素标记实验的代谢通量分析,是代谢工程中一种强大的定量分析工具。^13C MFA在进行定量分析时,需要给定代谢网络及其对应的碳原子转移网络,同时为了保证计算的正确性和可靠性,要求所给定的碳原子转移网络中不能含有陷阱(trap)。本文基于有向图中强连通分量的概念,给出了trap的一种形式化定义,并利用一种基于深度优先搜索的图论算法,实现了对trap的自动检测。实验结果表明,该算法能够得到正确可靠的结果。 展开更多
关键词 代谢流量分析 碳同位素标记实验 陷阱 有向图 强连通分量
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一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法 被引量:2
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作者 曹隽喆 顾宏 贺建军 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期884-889,共6页
设计了一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法.该方法针对传统预测方法缺乏足够的实验标记数据的问题,基于主动学习策略从非实验标记蛋白质数据中主动选择有效数据,并与原有的实验标记数据共同训练预测模型,以提高基准分类器的预... 设计了一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法.该方法针对传统预测方法缺乏足够的实验标记数据的问题,基于主动学习策略从非实验标记蛋白质数据中主动选择有效数据,并与原有的实验标记数据共同训练预测模型,以提高基准分类器的预测精度.结合支持向量机分类器,该方法在病毒蛋白质独立测试集上进行了预测实验,测试结果表明,该方法能够有效地提高基准分类器的预测能力,性能优于现有的病毒蛋白质预测系统. 展开更多
关键词 生物信息学 机器学习 蛋白质亚细胞定位 实验标记数据 主动学习
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生物芯片研究现状及应用前景 被引量:15
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作者 吴明煜 郭晓红 +3 位作者 王万贤 柯文山 杨毅 吴燕 《科学技术与工程》 2005年第7期421-426,430,共7页
生物芯片(Biochip)是以预先设计的方式将大量的生物讯息密码(寡核苷酸、cDNA、基因组DNA、蛋白质等)固定在玻片、硅片等固相载体上组成的密集分子阵列,可分为基因芯片、蛋白质芯片、芯片实验室三类。生物芯片技术的本质是生物信号的平... 生物芯片(Biochip)是以预先设计的方式将大量的生物讯息密码(寡核苷酸、cDNA、基因组DNA、蛋白质等)固定在玻片、硅片等固相载体上组成的密集分子阵列,可分为基因芯片、蛋白质芯片、芯片实验室三类。生物芯片技术的本质是生物信号的平行分析,它利用核酸分子杂交、蛋白分子亲和原理,通过荧光标记技术检测杂交或亲和与否,再经过计算机分析处理可迅速获得所需信息。在医学、分子生物学等领域,生物芯片技术以其高效、高信息量的优势,显现出巨大的应用价值和商业市场,其发展前景非常乐观。 展开更多
关键词 生物芯片 基因芯片 蛋白质芯片 芯片实验室荧光标记技术
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Magnetic Resonance Imaging and Biological Markers in Pituitary Adenomas with Invasion of the Cavernous Sinus Space
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作者 潘力雄 刘运生 +1 位作者 赵继红 陈忠平 《The Chinese-German Journal of Clinical Oncology》 CAS 2005年第1期30-35,67,共7页
Objective: To investigate the predictability of MRI and the possiblebiological markers of cavernous sinus invasion of pituitary adenomas associated with fourphenomenas: angiogenesis, cell proliferation, apoptosis and ... Objective: To investigate the predictability of MRI and the possiblebiological markers of cavernous sinus invasion of pituitary adenomas associated with fourphenomenas: angiogenesis, cell proliferation, apoptosis and matrix metalloproteinase. Methods: Weevaluated 45 patients with pituitary adenoma according to the MRI, surgical findings and theimmunohistochemistry staining of tumor tissues. Results: The results have shown that the sensitivityof MRI for predicting cavernous sinus invasion in this prospective study was 60%, its specificity85%, its positive predictive value 83.33%, negative predictive value 62.96%. 45 specimens ofpituitary adenomas were analyzed for expression of F8, VEGF, Ki-67, c-myc, Bcl-2, nm23 and MMP-9immunoreactivity using immunoperoxidase staining. MVD was assessed using F8-related antigen. Theresults have shown that MVD of invasive pituitary adenomas was significantly higher than that ofnoninvasive (P 【 0.001). There was an association between the invasion of pituitary adenomas andKi-67 LI (P = 0.039) or the expression of VEGF (P 【 0.001) and MMP-9 (P 【 0.001). But c-myc LI andBcl-2 expression have no association with invasiveness of pituitary adenomas (P = 0.061 versus P =0.201). On the other hand, there is an inverse relationship between nm23 expression and tumorinvasion (P 【 0.001). Conclusion: Parasellar extension of pituitary adenomas through the medial wallof the cavernous sinus is diagnosed at surgery, and with sensitive gadolinium-enhanced MRI, itsextent can be partly determined by radiology. Although our study has shown that MVD and theexpression of VEGF, Ki-67, nm23 and MMP-9 have associations with invasiveness of pituitary adenomas,they are lack of specificity. These markers can only provide some useful information. 展开更多
关键词 MRI biological markers invasion of cavernous sinus pituitary adenoma
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我国牧草育种水平大幅提高
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《北方牧业》 2003年第24期20-20,共1页
关键词 中国 牧草 育种水平 分子标记实验
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胆道闭锁早期诊断的研究进展 被引量:1
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作者 吕艳关 刘颖颖 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第7期867-871,共5页
胆道闭锁(BA)是以肝内外胆管进行性纤维化为特征的小儿外科常见严重疾病,如能在早期明确诊断并且施行手术可显著改善患儿预后,否则预后大多不良,因此胆道闭锁的早期诊断尤为重要。术中胆道造影是诊断BA的金标准,但是创伤性较大,目前仍... 胆道闭锁(BA)是以肝内外胆管进行性纤维化为特征的小儿外科常见严重疾病,如能在早期明确诊断并且施行手术可显著改善患儿预后,否则预后大多不良,因此胆道闭锁的早期诊断尤为重要。术中胆道造影是诊断BA的金标准,但是创伤性较大,目前仍然需要非损伤性的、特异性和敏感性高的指标来筛查诊断BA。本文将从血液、尿液来源的实验室标记物、粪便比色卡和超声检查进行综述。 展开更多
关键词 胆道闭锁 实验标记 早期诊断
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典型抗生素对湿地反硝化甲烷厌氧氧化的影响
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作者 杨玉琦 赵悦文 +2 位作者 张秋兰 刘长礼 文萌托 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第2期631-637,共7页
选取甲烷排放通量较高并且受喹诺酮类抗生素(QNs)污染较严重的白洋淀湿地为研究对象,通过开展13C标记的微宇宙实验,研究典型QNs包括:氧氟沙星(OFL)、诺氟沙星(NOR)和氟甲喹(FLU)对白洋淀湿地DAMO过程的短期影响.结果表明:3种QNs均促进... 选取甲烷排放通量较高并且受喹诺酮类抗生素(QNs)污染较严重的白洋淀湿地为研究对象,通过开展13C标记的微宇宙实验,研究典型QNs包括:氧氟沙星(OFL)、诺氟沙星(NOR)和氟甲喹(FLU)对白洋淀湿地DAMO过程的短期影响.结果表明:3种QNs均促进了微生物DAMO过程,且对DAMO的促进效果表现为OFL>NOR>FLU;除添加2ng/g的OFL对DAMO反应速率潜势的影响基本可以忽略外,添加其他浓度(20,200,2000ng/g)的OFL均促进了白洋淀湿地的DAMO过程,并且这种促进作用总体呈现出剂量效应;进一步分析QNs对NO_(2)^(-),NO_(3)^(-)分别驱动的DAMO的影响发现,200ng/g的NOR抑制了由细菌驱动的以NO_(2)^(-)为电子受体的DAMO过程(nitrite-DAMO),但更大程度地促进了由古菌驱动的以NO_(3)^(-)为电子受体的DAMO过程(nitrate-DAMO),最终表现为QNs对NO_(3)^(-)和NO_(2)^(-)共同驱动的总体的DAMO过程的促进作用. 展开更多
关键词 白洋淀湿地 喹诺酮类抗生素 甲烷 反硝化甲烷厌氧氧化 13C标记的微宇宙实验
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The Experimental Research on the Frameless Registration of DSA/CT Images
16
作者 黄永锋 李雯 +1 位作者 曾培峰 赵俊 《Journal of Donghua University(English Edition)》 EI CAS 2006年第3期136-138,共3页
DSA images show vessels with clarity and CT images show bones distinctly. In this paper, we present an experimental research on the frameless registration of DSA/CT images based on localization algorithm. With four ex... DSA images show vessels with clarity and CT images show bones distinctly. In this paper, we present an experimental research on the frameless registration of DSA/CT images based on localization algorithm. With four external markers, the vessels and bones in human brain can be integrated. The mean accuracy of simulated experiment is about 2.0 mm. The experiment proved that the 3D images composed cerebral anatomy and vasculature could help neurosurgeons perform accurate diagnosis and make right operation planning. 展开更多
关键词 flameless registration MARKERS LOCALIZATION fusion.
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Computational prediction and experimental validation of novel markers for detection of STEC O157:H7
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作者 Guo-Qing Wang Ying-Ying Su +3 位作者 Fan Li Feng-Feng Zhou Victor Olrnan Ying Xu 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2011年第14期1910-1914,共5页
AIM:To identify and assess the novel makers for detection of Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) O157:H7 with an integrated computational and experimental approach. METHODS:High-throughput NCBI blast (E-valu... AIM:To identify and assess the novel makers for detection of Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) O157:H7 with an integrated computational and experimental approach. METHODS:High-throughput NCBI blast (E-value cutoff e-5) was used to search homologous genes among all sequenced prokaryotic genomes of each gene encoded in each of the three strains of STEC O157:H7 with complete genomes,aiming to find unique genes in O157:H7 as its potential markers. To ensure that the identified markers from the three strains of STEC O157:H7 can serve as general markers for all the STEC O157:H7 strains,a genomic barcode approach was used to select the markers to minimize the possibility of choosing a marker gene as part of a transposable element. Effectiveness of the markers predicted was then validated by running polymerase chain reaction (PCR) on 18 strains of O157:H7 with 5 additional genomes used as negative controls. RESULTS:The blast search identified 20,16 and 20 genes,respectively,in the three sequenced strains of STEC O157:H7,which had no homologs in any of the other prokaryotic genomes. Three genes,wzy,Z0372 and Z0344,common to the three gene lists,were selected based on the genomic barcode approach. PCR showed an identification accuracy of 100% on the 18 tested strains and the 5 controls. CONCLUSION:The three identified novel markers,wzy,Z0372 and Z0344,are highly promising for the detection of STEC O157:H7,in complementary to the known markers. 展开更多
关键词 Shiga toxin producing Escherichia coli O157:H7 DIAGNOSIS Marker genes Infectious diseases
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Special Marking of 3D Networks' Points for the Monitoring of Modern Constructions
18
作者 Evangelia Lambrou George Pantazis Konstantinos Nikolitsas 《Journal of Civil Engineering and Architecture》 2011年第7期643-649,共7页
In order to monitor the deformations of modern constructions a local 3D network was usually being established at the surrounding area. The centering error, of both the instrument and targets, causes significant uncert... In order to monitor the deformations of modern constructions a local 3D network was usually being established at the surrounding area. The centering error, of both the instrument and targets, causes significant uncertainties in the determination of the x, y, z coordinates of the network's points. In order to assure precise centering for both the instrument and targets, not only for the accessible but also for the inaccessible network's points, a prototype way of marking is being implied. A special semi-permanent portable metallic stand (Photo 1) was manufactured for marking the accessible points. The stand provides forced instrument centering of the order of_+0, lmm. It is light enough to carry, it accelerates and facilitates the centering and leveling of the instrument as well as it eliminates the time needed for the measurements. The applied laboratory checks in order to certify the suitability of its use and the provided accuracy are being described. For the inaccessible points special targets were used. The targets were put in permanent attachments (Photos 7-8), which were also manufactured. Useful conclusions were drawn when these special accessories were used in to a 3D network, which was established for the monitoring of a new football stadium. Two measurement phases were carried out. The first one is with the stadium empty and the second one is when it was crowded (about 32000 people) during a significant football match. 展开更多
关键词 Precise centering point marking geodetic control networks monitoring modern constructions.
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基因实验可以改善乳腺癌治疗
19
《抗癌之窗》 2006年第5期53-53,共1页
一项国际性研究表明,与乳腺癌有关的70个基因表达检查可以帮助医生确定患者乳腺癌复发或死亡的危险。研究涉及了307例高危险组和低危险组的乳腺癌患者,分组是基于患者70个基因标记实验和制定危险评估标准的软件程序所取得的评分,研究人... 一项国际性研究表明,与乳腺癌有关的70个基因表达检查可以帮助医生确定患者乳腺癌复发或死亡的危险。研究涉及了307例高危险组和低危险组的乳腺癌患者,分组是基于患者70个基因标记实验和制定危险评估标准的软件程序所取得的评分,研究人员对这些患者随访了13.6年。研究人员发现,这项基因标记实验比那套软件程序能更准确地预测癌的复发和死亡。这项研究也推断出基因实验可以涵盖更多的预测信息提供给传统的癌风险分类。阿姆斯特丹荷兰癌症研究所的科学家报告显示。 展开更多
关键词 乳腺癌患者 基因标记 基因表达 标记实验 软件程序 癌复发 研究人员 风险分类 实验结果 危险
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NCI资助17个中心进行生物标记发现
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《生物技术世界》 2005年第04M期91-91,共1页
美国国家癌症研究所(NCI)颁发980万美元给属于早期检测研究网络(EDRN)的17个生物标记开发实验室,作为他们第一年的经费资助。新资助实验室的任务是发现与主要癌症相关的新生物标记,以及鉴定什么样的生物标记的制品能最好的检测癌症的... 美国国家癌症研究所(NCI)颁发980万美元给属于早期检测研究网络(EDRN)的17个生物标记开发实验室,作为他们第一年的经费资助。新资助实验室的任务是发现与主要癌症相关的新生物标记,以及鉴定什么样的生物标记的制品能最好的检测癌症的存在或风险。EDRN的其他部门包括生物标记验证实验室、临床和流行病学中心及数据管理和综合中心。鉴于癌症是一种日益威胁人类生命安全和健康的危险疾病, 展开更多
关键词 美国国家癌症研究所 生物标记开发实验 经费 早期检测研究网络
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