应用荧光标记PCR对散发性结直肠癌进行微卫星不稳定性检测

目的检测散发性结直肠癌微卫星情况并探讨其临床意义。方法对41例散发性结直肠癌患者,应用荧光标记PCR检测国际通用的5个微卫星位点,分析微卫星不稳定性(MSI)与临床病理参数的关系。结果 MSI检出率为24.39%(10/41),其中MSI-H为9.76%(4/41),荧光标记PCR与多重荧光PCR检出率接近;散发性结直肠癌MSI与TNM分期、性别、年龄、肿瘤部位、CEA状态无关(P>0.05)。结论荧光标记PCR是检测MSI有效快速的方法之一;散发性结直肠癌MSI与临床病理因素无关,但与预后的关系还不明确。

毛细管电泳结合标记PCR检测Y染色体AZF缺失

目的：探讨毛细管电泳结合标记PcR检测Y染色体AzF缺失的方法。方法：男性不育患者120例作为观察组，另选择同期体检具有正常生育能力的120例男性作为对照组，两组均同时采用传统方法和毛细管电泳结合标记PcR进行检查。结果：本次两种方法检测结果相同，均显示观察组中AzFc缺失类型6例，包括无精症和少精症各3例；AzF（b＋c）2例，均表现为无精症。结论：毛细管电泳结合标记PcR具有较高的准确率，而且相当节省时间和工作量，对于AzF缺失筛查的推广很有意义，对生物学和医学检测方面具有重要的参考价值。

小麦Wx-A1和Wx-D1位点的PCR分子标记

为了获得筛选低直链淀粉含量的分子标记,根据已知小麦Waxy基因序列设计PCR引物,通过在基因水平和蛋白质水平进行分离群体验证,建立分别专一检测Wx-A1位点和Wx-D1位点的PCR标记MAG264和MAG269。在分离群体中,MAG264标记能清楚地区分Wx-A1位点的三种不同基因型,呈共显性遗传。MAG269标记引物在野生型中扩增片段为1 400 bp,在突变型(Wx-D1bWx-D1b)中的扩增片段为800bp。但在分离群体中没有出现杂合体带型,从而使本应该表现为共显性的标记表现为显性遗传。MAG264和MAG269引物对DNA的扩增稳定性、重复性好。这些结果表明,本研究获得的Waxy基因分子标记可以用于小麦Waxy基因缺失类型的鉴定和糯质专用小麦的分子标记辅助选育。

水稻抗白叶枯病基因Xa-4的PCR标记研究

根据与水稻抗白叶枯病基因Ｘａ－４紧密连锁的分子标记Ｍ５５的序列设计引物，通过对国际水稻研究所育成的抗白叶枯病近等基因系和基因累加系的叶片ＤＮＡ、半粒种子提取物及Ｘａ－４基因的杂合体ＤＮＡ的ＰＣＲ特异扩增，初步建立了Ｘａ－４的ＰＣＲ标记体系。进而用该标记体系对我国籼型杂交水稻常用的亲本材料进行分析，揭示出了Ｘａ－４在这些材料中的分布情况。

小麦抗白粉病基因Pm6的PCR标记鉴定

为了筛选出与小麦抗白粉基因Pm6连锁的PCR标记,选择位于小麦染色体2BL上的52个SSR和STS标记合成特异引物,对Pm6基因载体品种Timgalen和感病品种豫麦13及其F2代分离群体进行PCR分析,发现3个STS标记(Xwg996、KSUK948和XksuF37)和1个SSR标记(Xgwm47)与Pm6基因连锁,XksuF37、KSUK948、Pm6、Xwg996和Xgwm47五个位点之间的遗传距离分别为31.1、17.7、12.4和19.7cM。用标记Xwg996分析17个含其他抗白粉病基因的载体品种,结果表明,这个标记对Pm6基因有很强的专一性,可以应用于Pm6基因的分子鉴定和分子标记辅助育种。

水稻抗白叶枯病基因Xa23的PCR分子标记定位及辅助选择

用Xa2 3的近等基因系CBB2 3及其感病轮回亲本JG30构建了包含 2 5 6 2个单株的F2 作图群体。通过分析 5 71个感病单株 ,找到 2个新的与Xa2 3基因连锁的SSR标记RM187和RM2 0 6 ,它们与Xa2 3之间的遗传图距分别为 7 1cM和 1 9cM。通过筛选 12 0 0个RAPD引物 ,获得 2个与Xa2 3基因连锁的RAPD标记RpdH5和RpdS1184 ,与Xa2 3之间的遗传图距分别为 7 0cM和 7 6cM。利用丰富占 /CBB2 3、绿油占 /CBB2 3两个实际育种F2 群体 ,结合抗病性人工接种鉴定 ,测算了RpdS1184、RM2 0 6和RpdH5用于分子标记辅助选择 (MAS)的可能性。结果表明 ,对于丰富 2 3群体 ,RpdH5和RpdS1184的MAS准确率分别为 91 0 %和 87 3% ,如果同时使用这两个标记 ,可使MAS的准确率达 99%。对于绿油 2 3群体 ,RpdH5、RpdS1184和RM2 0 6的MAS准确率分别为 77 1%、81 1%和 80 8%。同时使用RpdH5、RpdS1184标记的MAS准确率为 90 3% ;同时使用RpdH5、RM2 0 6的准确率为 91 3% ;同时使用RpdH5、RM2 0 6、RpdS1184标记的准确率为 90 8%。

源于L1的小麦抗黄矮病基因的特异PCR标记及辅助育种的研究

以小麦 -中间偃麦草附加系 L1为抗源 ,选育出抗黄矮病小麦异源易位系 HW6 4 2 ,YW4 4 3,YW2 4 3,Y9910 2 9等。本文以上述易位系及其抗源、小麦亲本作供试材料 ,鉴定出一个微卫星 (Simple sequence repeat,SSR)标记gwm37- 450 ,可跟踪、检测源于 L1的抗黄矮病基因。将难以分辨、稳定性差的 gwm37- 450 特异带分离、克隆、测序 ,根据测序结果重新设计 1对特异 PCR引物 ,转化为扩增产物有无的 SCAR(sequence characterizied amplified region)标记SC- W374 50 。利用 HW6 4 2 /中 86 0 1的 F2 群体 ,对 gwm 37- 450 和 SC- W374 50 进行分析 ,结果表明 ,二者均与抗黄矮病基因紧密连锁 ,后者较前者稳定。利用 SC- W374 50 跟踪抗黄矮病基因 ,将抗黄矮病基因、抗白粉病基因向优良小麦品种中麦 16、宛 710 7转育 ,快速选育出兼抗黄矮病、白粉病的回交植株 2 7个。实践了分子标记辅助抗黄矮病小麦育种的技术路线。

簇毛麦基因组特异性PCR标记的建立和应用

以普通小麦中国春、簇毛麦、中国春 簇毛麦二体附加系和代换系为材料进行RAPD分析 ,筛选出一个簇毛麦基因组特异性RAPD片段OPF0 2 757,该片段分布于簇毛麦所有染色体上。在对OPF0 2 757进行克隆、测序的基础上 ,设计一对PCR引物 ,建立了簇毛麦基因组特异性PCR标记。用这对PCR引物对不同普通小麦品种、不同硬粒小麦品种、不同居群的簇毛麦、中国春 簇毛麦二体附加系、中国春 簇毛麦二体代换系、普通小麦 簇毛麦双二倍体、硬粒小麦 簇毛麦双二倍体等材料进行扩增 ,凡具有簇毛麦染色体的材料都能扩增出一条长为 6 77bp的DNA片段 ,而不具簇毛麦染色体的材料包括大麦、黑麦、长穗偃麦草、中间偃麦草等不能扩增出该片段。所以 ,该特异性PCR标记可用于快速跟踪检测小麦背景中的簇毛麦染色体。

番茄抗番茄花叶病毒和斑点萎凋病毒病基因PCR标记的同时鉴定

利用同一PCR反应体系,对分别与番茄的抗番茄花叶病毒病的Tm22基因和抗斑点萎凋病毒病的Sw-5基因紧密连锁的SCAR标记进行了同时扩增筛选,扩增的特异性片段与单引物扩增片段完全吻合,其中与Tm22基因紧密连锁的SCAR1标记为共显性标记,抗感试材均产生800bp的特异片段,杂合抗病基因型和感病基因型有HindIII酶切位点,酶切结果为:纯合抗病RR:950bp;杂合抗病Rr:950bp+500bp+300bp+150bp;感病的rr:500bp+300bp+150bp,纯合抗病基因型无HindIII酶切位点。与Sw-5基因紧密连锁的SCAR2标记为显性标记,只有抗病试材扩增出400bp的特异性片段。经反复验证,结果稳定、准确可靠,可用于在同一PCR反应体系中对2个抗病基因进行同时筛选鉴定。该体系的建立不仅省时、省工、节省费用,而且可用于苗期早期辅助选育,加快番茄育种进程。

一种快速低廉的PCR探针标记方法

【研究目的】探针标记技术是分子生物学和基因工程研究中常用实验技术,需要发展高效、快速、低成本、安全、简捷的DNA探针标记方法;【方法】利用普通的Taq酶进行PCR探针标记,电泳和Southern杂交检测探针标记结果;【结果】电泳检测发现标记产物在电泳时相对非标记的对照表现明显滞后,表明探针标记成功;电泳条带清晰明亮,表明探针标记效率高;Southern杂交条带清晰,说明该方法标记的探针可用于Southern等分子杂交实验;【结论】利用普通的Taq酶进行PCR探针标记,是一种低成本、高效、快速的DNA探针标记方法。

运用PCR-RFLP标记检测南瓜疫病菌

用 1对特异引物对南瓜疫霉菌 (Phytophthora capsici)及疫霉属 (Phytophthora)部分真菌和常见土传真菌12个种的 14个菌株的 18s r DNA(即 Small Subunit Ribosom al DNA)进行扩增 ,用 4种限制性内切酶 (Eoo R 、Hae 、Hha 、Hinf )酶切 PCR扩增产物 ,分析各菌株间的 DNA限制性片段多态性 ,首次建立了南瓜疫霉菌的PCR- RFL P检测程序。并运用该 PCR- RFL P检测程序对染病南瓜植株进行检测 ,成功地在南瓜植株发病茎病健交界处、发病叶病健交界处、发病果病健交界处、接种 2 4 h的叶和接种 P.capsici 12 h的茎上快速、准确地检测到了南瓜疫病菌的存在。

绿豆抗豆象基因PCR标记的构建与应用

采用PCR分子标记技术,对16个绿豆品种(系)进行了遗传分析。在选用的56个随机引物中,发现抗豆象品种与感豆象品种间有一定差异。根据聚类分析结果将它们分成抗豆象野生种(TC1966)、抗豆象栽培种(V2709)、抗豆象杂交后代(VC3890A2/TC1966-23)和混合类型4个大组。以绿豆抗豆象和感豆象品种及抗豆象品种×感豆象品种组合的F2群体为试验材料,利用BSA法,对抗(感)豆象品种池和一个组合F2的抗(感)豆象池进行了鉴定,获得一个共显性标记。经F2分析,在抗豆象个体中扩增出约1.79kb的特异片段或2个特异片段(1.79kb/1.03kb);在感豆象个体中仅扩增出约1.03kb的特异片段。初步认为此标记与TC1966的抗豆象基因位点紧密联锁,可用于绿豆抗豆象种质鉴定和遗传育种的分子标记辅助选择。

小麦高分子量谷蛋白1Dx5亚基特异PCR标记

本研究为 1Dx5亚基基因 (Glu -D1- 1b )设计了一对特异引物 ,对HMW -GS在Glu -Dx1位点已知的 11个小麦品种进行了PCR扩增 ,以检测PCR标记的准确性。结果表明 ,凡具有 1Dx5亚基的 4个品种都能扩增出一条 4 5 0bp的特异带 ,而其它品种则不能扩增出这一特异带 ,与HMW -GS的蛋白质电泳结果一致。用这一特异标记对山东省推广种植面积较大的 35个品种进行PCR检测 ,发现仅有 9个品种携带 1Dx5基因 ,占待测材料总数的 2 5 .7% ,明显低于北美小麦品种。研究发现 ,与蛋白质的HMW -GS标记相比 ,PCR标记更快速、简便、准确。

滇1型水稻质核雄性不育恢复基因的PCR分子标记

用混合品集分析方法 (Bulked L ine Analysis简称 BL A) ,在保持系和测交父本中的 DNA各取 2 0个样等量混合 ,对PMRF、OSR- 33、RM2 94、RG30 4、RG2 5 7五对引物进行筛选 ,结果发现 PMRF和 OSR- 33俩对 PCR引物在保持系和恢复系之间有遗传差异。用这俩对引物分别对 4 0个保持系和 6 0个测交父本 DNA样品进行扩增。另外 ,用滇 1型杂交粳稻的保持系 4 0份和测交父本 6 0份与不育系进行测交 ,杂种 F1 花粉的育性经 1 %的 I- KI染色。用扩增出的带型与 F1 花粉的育性进行相关分析 ,结果表明扩增出带型与花粉的育性呈显著正相关 ,两种带型对应的花粉可育率均值经 t测验差异极显著 ,表明 PMRF和 OSR- 33标记与滇 1型细胞质雄性不育育性恢复基因连锁 ,由于 PMRF和 OSR- 33PCR引物是设计在第 1 0染色体长臂的中部 ,所以 ,滇 1型细胞质雄性不育育性恢复的一个基因可初步定位于第 1

基于PCR标记的陕西省部分地方小麦品种(系)糯蛋白基因的多样性分析

利用3个优化的STS标记对陕西省1960年以来引进和自育的99份小麦品种(系)的Waxy蛋白基因的变异情况进行了鉴定。结果表明,Wx-A1位点的标记在Wx-A1a和Wx-A1b基因型内分别扩增出336 bp和317 bp特异片段;Wx-B1a基因型内扩增出425 bp特异产物,Wx-B1b基因型内不扩增出此产物;Wx-D1a和Wx-D1b基因型内分别扩增出867 bp和279 bp特异产物。检测出除陕糯1号基因型为Wx-A1b+Wx-B1b+Wx-D1b外,Wx-B1b基因缺失突变材料12份,无Wx-A1b基因和Wx-D1b基因缺失突变材料。这3个标记可以用于分子标记辅助育种,并提供了部分品种的缺失类型。

甘蓝型油菜核不育基因的PCR标记初报

用Operon公司OPA - 0 1～OPJ- 2 0 2 0 0个 1 0碱基对随机序列引物对甘蓝型油菜隐性核不育涪优AB ,显性核不育 37AB ,广恢系 98- 80 2 6 ,98- 3749及F1材料基因组DNA进行RAPD扩增的结果 ,共获得 1 334条扩增带 ,平均每引物扩增带约 6 .7条 ,表明油菜存在较为丰富的遗传多样性。引物OPA - 0 5 ,OPA - 0 9,OPA - 1 2 ,OPA - 1 3,OPA - 2 0等分别扩增出了大小不同的多态性带 ,初步认为OPA - 1 2 950 是 37A ,OPA - 2 0 750 是涪优A的不育基因分子标记 ,OPA - 0 5 150 0 ,OPA - 1 33 550 是与育性基因有关的带 ,OPA - 1 32 3 0 0 是甘蓝型油菜材料的一条特征带。

部分山东小麦高分子量谷蛋白1Bx14亚基特异PCR标记分析

在1Bx14亚基的基因序列的基础上,选取不同位点设计特异引物,从中筛选出了一对引物,对HMW-GS在Glu-Bx1位点已知的10个小麦品种进行了PCR扩增。结果表明:凡具有1Bx14亚基的4个品种都能扩增出一条1256bp左右的特异带,而不具该亚基的品种则未能扩增出这一特异带。用这一特异标记对山东省种植面积较大的40个品种进行PCR检测,发现仅有5个品种携带1Bx14亚基。该标记可用于检测小麦品种在这一位点的亚基组成,与SDS-PAGE相比,可显著提高检测的准确性和效率。

洋葱Ms位点多重PCR标记的开发与优化

以本课题组已获得的洋葱Ms位点侧翼序列为基础,设计、筛选引物获得了一个兼容的多重PCR分子标记,并对其反应体系和反应程序进行了优化。优化后的扩增体系:10×PCR buffer(Mg2+free)2.5μL、25 mmol/L MgCl24μL、2.5 mmol/L dNTP 6μL、DNA模板1μL(约50 ng)、10μmol/L引物各1μL、5 U/μL rTaq聚合酶0.6μL、用灭菌双蒸水补齐至25μL;反应程序:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,65.4℃退火45 s,72℃延伸1 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。优化后的体系和程序可以检测到清晰的目的条带,通过一次PCR反应即可鉴定Ms位点的3种基因型(MsMs、Msms、msms),操作简单,稳定性好。

植物AFLP标记转化为特异PCR标记的研究进展

综述植物AFLP标记转化为特异PCR标记的研究进展。

簇毛麦HMW-GS基因的位点特异PCR(AS-PCR)标记及其多态性

簇毛麦含有丰富的HMW-GS基因变异。本研究旨在建立簇毛麦HMW-GS基因的位点特异PCR(AS-PCR)标记,并对18个居群簇毛麦HMW-GS基因遗传多样性进行系统评价,为开发和利用簇毛麦HMW-GS改良普通小麦品质奠定基础。根据先前克隆的3个簇毛麦HMW-GS基因序列(1Va、1Vb和1Vc)和已发表的普通小麦HMW-GS基因序列,经过同源性比较后设计了簇毛麦HMW-GS基因的位点特异性引物P6+P7。对中国春及其簇毛麦附加系、6个不同来源簇毛麦的扩增结果表明,该对引物能在普通小麦背景下特异扩增簇毛麦HMW-GS基因,可以鉴别簇毛麦之间的HMW-GS等位基因变异,且其长度变异主要存在于中部重复结构区。利用该标记对来自美国国家种质库的18份材料的108个单株进行了研究,结果发现,每个单株均能扩增出1条或2条片段,共检测出7种等位基因变异的类型。不同等位基因类型的频率也不一样,等位基因b存在于除W6 7288外的所有簇毛麦居群中,占检测单株总数的59.55%,其次为等位基因d,占25.19%,等位基因a和等位基因f频率最低,仅出现在1个单株中。说明由于簇毛麦为异花受粉植物,同一居群不同单株间出现了不同的等位基因。