肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型

目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的基因表达谱和临床数据。核编码的线粒体基因(nuclear encoded mitochondrial gene,NEMG)从MitoCarta3.0数据库获得。使用“DEseq2”R包和单变量Cox分析选择与HCC患者OS相关并参与氧化磷酸化、三羧酸循环和细胞凋亡通路的NEMG[(泛素细胞色素C还原酶铰链蛋白(ubiquinol cytochrome C reductase hinge protein,UQCRH)、腺苷三磷酸柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,PCK2)、Bcl-2同源拮抗剂1(Bcl-2 homologous antagonist/killer 1,BAK1)、Bcl-2相关X蛋白(Bcl-2-associated X protein,BAX)和Bcl-2/腺病毒E1B相互作用蛋白3样(Bcl-2/adenovirus E1B interacting protein 3-like,BNIP3L)]。应用多变量Cox回归来确定HCC OS的独立危险因素。建立一个基于独立危险因素(6个NEMG风险特征和TNM分期)的综合预后模型和预后列线图,计算中位预后评分。以中位预后评分作为分界点,将HCC患者分为高风险组和低风险组。进行Kaplan-Meier生存曲线分析,并进行对数秩检验来评估低风险组和高风险组患者OS的差异。使用“timeROC”软件包计算受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)。用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载HCC队列(GSE14520)验证综合预后模型对1、3、5年OS的预测性能。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)在来自上海交通大学医学院附属新华医院的34例HCC临床样本中验证6-NEMG的相对表达水平。结果·ROC分析结果显示,与仅6-NEMG风险特征(1、3、5年AUC分别为0.77、0.66、0.65)或仅TNM分期(1、3、5年AUC分别为0.66、0.67、0.63)相比,该综合预后模型对1年(AUC,0.78)、3年(AUC,0.73)和5年(AUC,0.69)HCC OS显示出更好的预测性能。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示高风险组患者的OS明显比低风险组差(P=0.001)。此外,在GEO外部队列中发现该预后模型的预测性能较好(1、3、5年AUC分别为0.67、0.66、0.74),高、低风险组患者的预后差异有统计学意义(P=0.001),与TCGA数据的结果一致。在临床HCC队列中,与癌旁肝脏组织相比,除BNIP3L外,其他5个NEMG在肿瘤组织的表达水平上调或者下调。相关性分析显示,在GSE14520与临床HCC队列中预后评分与HCC肿瘤的大小和数量呈正相关。结论·构建并验证了一个将6-NEMG风险特征与TNM分期相结合的HCC预后预测模型。该模型可能有助于HCC患者的预后预测。

人釉原蛋白编码区基因真核表达载体PsecTaq2A-AMG的构建

目的 构建人釉原蛋白 (AMG)编码区基因真核表达载体PsecTaq2A_AMG。方法 采用PCR技术体外扩增AMG完整分泌肽编码区。将扩增产物与PsecTaq2A分别用BamHI和XholI行双酶切 ,将获取的AMG目的基因片段连接到双酶切后的PsecTaq2A ,构建重组质粒PsecTaq2A_AMG ,并对重组质粒进行鉴定。结果 ①PCR扩增产物经 1 5 %琼脂糖凝胶电泳 ,可见大小约 5 19bp的特异性条带 ,与预期结果一致。②重组克隆PsecTaq2A_AMG酶谱分析与预期结果一致 ,序列测定结果与GenBank中的人釉原蛋白序列完全一致。结论 用此方法可成功构建AMG编码区基因真核表达载体PsecTaq2A_AMG。

核基因突变导致儿童线粒体病的分子遗传学进展

线粒体病是由线粒体基因或核基因突变引起线粒体代谢酶功能缺陷,导致ATP合成障碍、能量产生不足所引起的一组多系统性疾病。基因诊断是目前诊断线粒体病的金标准^（[1^3]）。线粒体蛋白组包含约1 500种蛋白质,线粒体基因仅编码其中的13种,大部分由核基因编码,其突变引起的线粒体病占75%~95%^（[4,5]）。核基因突变可分为10种类型：呼吸链复合物亚基及组装因子突变,

A型核纤层蛋白编码基因LMNA调控IOP1表达机制的初步研究

目的探讨A型核纤层蛋白编码基因(LMNA)与唯铁脱氢酶编码基因1(IOP1)在细胞自噬中潜在的调控关系。方法在人胚胎肾细胞(HEK293T)中分别转染靶向LMNA基因和IOP1基因的siRNA,首先通过RT-PCR和Western Blotting检测LMNA基因和IOP1基因的表达水平,进而检测自噬相关标志物的表达水平,包括LC3BⅡ/LC3BⅠ蛋白比值、p62蛋白、ATG5-ATG12复合体、ATG5、ATG12和FOXO3a。结果在HEK293T中干扰LMNA基因的表达,IOP1基因的mRNA和蛋白水平表达水平下降,自噬标志物LC3BⅡ/LC3BⅠ蛋白比值上调;在HEK293T中下调IOP1的表达,不影响LMNA基因的表达水平,自噬标志物LC3BⅡ/LC3BⅠ蛋白比值、FOXO3a、ATG5、ATG12、ATG5-ATG12复合体水平升高,p62蛋白水平略有降低。结论LMNA基因可以调控IOP1基因的表达,进而参与调控细胞自噬过程。

叶绿体基因组结构研究新进展

众所周知,叶绿体是重要的光能转换、光合作用细胞器,它能将光能转换成化学能、生物能,用于固定空气中的二氧化碳,合成各种有机物。以前我们对叶绿体的遗传控制、进化历史及其与核基因的关系都了解不多,关键的问题就是不了解叶绿体的基因组。最近,两组日本科学家分别测定了两种叶绿体基因组的完整DNA序列,这一工作无疑是叶绿体生物学的重大进展。所测出的DNA完整序列。

中国科研人员找到控制植物光合作用关键基因

植物生长离不开光合作用,而叶绿体是植物进行光合作用的关键,控制叶绿体发育的研究一直是植物界的热点。5月13日,东北林业大学对外发布消息称,该校程玉祥研究小组发现核基因编码的核酸切酶YbeY是控制叶绿体发育的关键。据介绍,叶绿体形成之前,其核糖体以一个链状形式存在,而YbeY可以将其链条切割,让链条上的核糖各司其职,经过装配生成可以形成叶绿体的蛋白质。

植物细胞核与叶绿体光合基因及其调控

光合作用被称为地球上最重要的化学反应。它是由相互协调的基因、调控元件、信号因子和代谢过程组成的网络途径。文章首先介绍了光合基因的分类及其调控元件,重点讨论了叶绿体编码基因和核编码基因的调控及两者之间的协调表达。光合基因不是受某一单一水平上的调控,而是受各种信号分子的影响。未来将通过系统生物学研究方法如蛋白质组学、基因芯片和深度测序研究不同基因、不同细胞器和不同细胞类型之间的信号相互作用,最终将通过全基因组表达图谱和生物学信息学,揭示光合基因信号通路并调控作物光合产量,并为人工模拟光合系统奠定基础。

线粒体延长因子G1突变及与之相关的氧化磷酸化缺陷

尽管核基因编码大部分线粒体翻译序列结构,但众所周知,线粒体DNA(mtDNA)突变可致线粒体翻译受损,从而导致相关分子缺损,本文研究两例患严重线粒体翻译缺陷的同胞病例,其体内包含线粒体DNA已编码亚基的氧化磷酸化复合物浓度降低,而肝性脑病呈进行性加重。

肺静脉闭塞病/肺毛细血管瘤病的临床特征及诊治进展

肺毛细血管瘤病(pulmonary angiomatosis,PCH)是一种罕见的肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension,PAH),其特征是肺泡间隔毛细血管增生。肺静脉闭塞病(pulmonary veno-occlusive disease,PVOD)组织学表现与PCH有明显的重叠,被认为是同一种疾病的不同表现,归属于PCH。基因检测可使PVOD/PCH更早得到确诊,但其病程进展快,治疗无循证医学证据,预后也更差,靶向治疗部分可能导致危及生命的肺水肿,肺移植仍然是符合条件的患者唯一首选治疗方法。进一步了解PVOD/PCH的分子机制和探索新的治疗靶点是今后的研究方向。

牛肉质性状候选基因研究进展

牛肉品质是消费者最看重的指标,通过测定肉质嫩度、背膘厚、眼肌面积、大理石纹分值、肉色等进行评定,影响牛肉肉质的功能基因筛选对分子标记辅助选育有重要意义。该文介绍候选基因法筛选到的影响肉牛肉质性状的相关基因,主要分为核内编码的线粒体基因、钙蛋白酶家族基因和脂肪代谢相关基因三类,部分基因与牛肉肉质不同指标有显著关联。并提出目前候选基因应用于分子选育存在的问题,也对今后的发展趋势作初步探讨,旨在为牛肉肉质性状遗传改良提供参考。

miR-199a和lncRNA SNHG12在宫颈癌中的表达水平、相关性及临床意义

目的研究微小RNA 199a (miR-199a)和长链非编码RNA小核宿主基因12 (lncRNA SNHG12)在宫颈癌中的表达水平、相关性及临床意义.方法选取2012年6月-2014年12月该院病理存档的220例宫颈组织标本及病理资料为研究对象,其中宫颈炎75例(对照组),宫颈上皮内瘤变(CIN) 71例(CIN组),宫颈癌74例(CC组).采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测各宫颈组织中miR-199a和lncRNA SNHG12表达,并分析其与宫颈癌临床病理参数的关系;采用Pearson法分析宫颈癌组织中二者表达关系;采用Kaplan-Meier生存曲线法分析宫颈癌患者5年生存率;采用COX分析影响宫颈癌患者预后的危险因素.结果对照组、CIN组、CC组患者宫颈组织中miR-199a表达水平依次降低,lncRNA SNHG12表达水平依次升高(均P>0.05).miR-199a、lncRNA SNHG12表达水平与宫颈癌患者病理类型、FIGO分期、淋巴结转移有关(均P<0.05),与患者年龄、分化程度、浸润深度无关(均P>0.05).宫颈癌患者癌组织中miR-199a、lncRNA SNHG12表达水平呈负相关(r=-0.518,P<0.05).miR-199a低表达组宫颈癌患者5年生存率为9.52%,显著低于miR-199a高表达组(75.47%),差异有统计学意义(x2=35.09,P<0.05);lncRNA SNHG12高表达组宫颈癌患者5年生存率为21.74%,显著低于lncRNA SNHG12低表达组(72.00%),差异有统计学意义(x2=17.45,P<0.05).COX多因素分析显示,miR-199a、lncRNA SNHG12表达水平及淋巴结转移是影响宫颈癌患者预后的独立危险因素(均P>0.05).结论宫颈癌组织中miR-199a低表达,lncRNA SNHG12高表达,二者呈负相关,且与宫颈癌患者5年生存率及预后有关,是影响宫颈癌患者预后的独立危险因素,有潜力成为监测宫颈癌病情发展及预后评估的有效指标.