组织桥接整合因子1、Ⅰ型胶原蛋白基因、核转运蛋白基因2与三阴性乳腺癌术后复发关系

目的探究组织桥接整合因子1(BIN1)、Ⅰ型胶原蛋白基因(COL1A1)、核转运蛋白基因2(KPNA2)表达与三阴性乳腺癌(TNBC)术后复发关系及联合检测意义。方法选取2019年5月至2020年5月上海市第八人民医院行手术治疗的TNBC病人80例,根据术后2年是否复发分为复发组、未复发组,比较两组临床资料、组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达,复发的相关影响因素采用单因素与多因素logistic回归分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达预测术后复发的价值采用受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达与复发时间关系采用Pearson分析,比较不同组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达病人无复发生存期(RFS)。结果复发组T分期、N分期与未复发组比较,差异有统计学意义(P<0.05);复发组组织BIN1mRNA表达为0.24±0.07,低于未复发组的0.35±0.10(P<0.05),复发组组织COL1A1mRNA、KPNA2mRNA表达分别为2.07±0.62、2.91±0.84,高于未复发组的1.48±0.43、1.85±0.60(P<0.05);T分期、N分期、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA均是复发相关独立危险因素,BIN1 mRNA是复发相关独立保护因素(P<0.05);BIN1 mRNA、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA的AUC分别为0.76、0.80、0.78,三者联合的AUC为0.94;BIN1mRNA与复发时间呈负相关(r=-0.79,P<0.001),COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与复发时间呈正相关(r=0.77、0.78,均P<0.001);BIN1mRNA高水平病人RFS长于低水平病人,COL1A1mRNA、KPNA2mRNA高水平病人RFS短于低水平病人(P<0.05)。结论BIN1mRNA、COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与TNBC术后复发风险、复发时间有关,联合检测可作为早期预测术后复发的一个可靠方案,为临床治疗提供重要的参考信息。

核纤层蛋白基因在胶质母细胞瘤恶性生物学行为中的作用

目的:研究核纤层蛋白基因(LMNA)在人类胶质母细胞瘤中的表达特点及该基因在胶质母细胞瘤发病过程中的作用机制。方法:分析公共数据库TCGA中LMNA基因在胶质母细胞瘤中的表达及其与患者预后的关系。构建LMNA基因的敲减慢病毒,构建胶质母细胞瘤细胞系U87的LMNA基因稳定敲减株;进一步对U87的LMNA基因敲减株及其对照细胞株进行克隆形成实验和细胞3D成球实验,检测LMNA基因对细胞增殖与成球能力的影响;通过替莫唑胺加药实验检测LMNA基因敲减细胞株对替莫唑胺的耐药性;最后经裸鼠颅内种瘤实验检测LMNA基因敲减在体内对胶质母细胞瘤生长的抑制作用。结果:TCGA数据显示,LMNA基因在胶质母细胞瘤组织中的表达程度显著高于正常组织,且与患者生存预后呈负相关,与肿瘤细胞恶性程度呈正相关。LMNA基因敲减显著降低了U87细胞株的克隆生成及细胞成球能力,显著增加了U87细胞株对替莫唑胺的敏感性;裸鼠颅内种瘤实验显示,LMNA基因敲减的U87细胞株在裸鼠脑内生成的肿瘤体积显著减小,且小鼠存活时间延长。结论:LMNA基因在胶质母细胞瘤中表达增高,与患者生存呈负相关,LMNA基因敲减可抑制U87胶质母细胞瘤细胞株的增殖,并增加对替莫唑胺的敏感性,是胶质母细胞瘤治疗的潜在靶点。

基于单拷贝核基因的差不嘎蒿谱系地理与遗传结构研究

为揭示我国东北部重要固沙植物差不嘎蒿(Artemisia halodendron)的群体遗传结构与种群历史动态,本研究利用2个直系同源单拷贝核基因对来自呼伦贝尔沙地和科尔沁沙地的8个种群154个个体进行分析。结果表明,2个核基因c7847和c9002分别检测到38和47个单倍型,单倍型多样性(H d)分别为0.9474和0.9158,各种群均在0.8以上,反映出差不嘎蒿有着高的遗传多样性。2个基因的分子变异分析(AMOVA)显示,差不嘎蒿96.524%和96.985%的遗传变异来自种群内,种群间和2个沙地间分化很小;种群遗传分化系数N st均大于G st,但差异不显著,表明差不嘎蒿没有明显的谱系地理结构。中性检验显示,2个核基因的Tajima’s D值均不显著,而Fu’s Fs值显著(P<0.05),结合歧点分布分析,该种在中性模式下经历有限的种群扩张,其中分布区北部的呼伦贝尔沙地的新巴尔虎左旗(DQ)和海拉尔(HLR)种群最为明显。

核基因相关线粒体复合物缺乏症携带者筛查专家共识

核基因相关线粒体复合物缺乏症是一种以常染色体隐性遗传模式为主的,由核基因突变导致的线粒体呼吸链氧化磷酸化功能障碍为特点的一组遗传性疾病。该疾病患者以言语不利、步态异常为主要临床表现,伴有相应线粒体复合物功能障碍所特有的临床表现,具有一定的临床异质性。该文针对目前核基因相关线粒体复合物缺乏症携带者筛查面临的问题,从筛查方法、适用人群、筛查流程、筛查前后咨询等方面进行了阐述,以规范其应用,更好地为临床服务。

肝细胞癌相关的核编码线粒体基因及临床信息的综合预后模型

目的·建立一个基于线粒体基因和临床信息的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)总生存率(overall survival,OS)的预后模型。方法·从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载369例HCC患者和50例肝脏正常对照的基因表达谱和临床数据。核编码的线粒体基因(nuclear encoded mitochondrial gene,NEMG)从MitoCarta3.0数据库获得。使用“DEseq2”R包和单变量Cox分析选择与HCC患者OS相关并参与氧化磷酸化、三羧酸循环和细胞凋亡通路的NEMG[(泛素细胞色素C还原酶铰链蛋白(ubiquinol cytochrome C reductase hinge protein,UQCRH)、腺苷三磷酸柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,PCK2)、Bcl-2同源拮抗剂1(Bcl-2 homologous antagonist/killer 1,BAK1)、Bcl-2相关X蛋白(Bcl-2-associated X protein,BAX)和Bcl-2/腺病毒E1B相互作用蛋白3样(Bcl-2/adenovirus E1B interacting protein 3-like,BNIP3L)]。应用多变量Cox回归来确定HCC OS的独立危险因素。建立一个基于独立危险因素(6个NEMG风险特征和TNM分期)的综合预后模型和预后列线图,计算中位预后评分。以中位预后评分作为分界点,将HCC患者分为高风险组和低风险组。进行Kaplan-Meier生存曲线分析,并进行对数秩检验来评估低风险组和高风险组患者OS的差异。使用“timeROC”软件包计算受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)。用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载HCC队列(GSE14520)验证综合预后模型对1、3、5年OS的预测性能。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)在来自上海交通大学医学院附属新华医院的34例HCC临床样本中验证6-NEMG的相对表达水平。结果·ROC分析结果显示,与仅6-NEMG风险特征(1、3、5年AUC分别为0.77、0.66、0.65)或仅TNM分期(1、3、5年AUC分别为0.66、0.67、0.63)相比,该综合预后模型对1年(AUC,0.78)、3年(AUC,0.73)和5年(AUC,0.69)HCC OS显示出更好的预测性能。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示高风险组患者的OS明显比低风险组差(P=0.001)。此外,在GEO外部队列中发现该预后模型的预测性能较好(1、3、5年AUC分别为0.67、0.66、0.74),高、低风险组患者的预后差异有统计学意义(P=0.001),与TCGA数据的结果一致。在临床HCC队列中,与癌旁肝脏组织相比,除BNIP3L外,其他5个NEMG在肿瘤组织的表达水平上调或者下调。相关性分析显示,在GSE14520与临床HCC队列中预后评分与HCC肿瘤的大小和数量呈正相关。结论·构建并验证了一个将6-NEMG风险特征与TNM分期相结合的HCC预后预测模型。该模型可能有助于HCC患者的预后预测。

核纤层蛋白A基因通过MAPK通路调控胃癌细胞HGC27的增殖、迁移及凋亡

目的探究敲低核纤层蛋白A基因(LMNA)对人胃癌细胞HGC27的增殖、迁移及凋亡的影响和可能的作用机制。方法通过生信分析LMNA基因在胃正常组织与胃癌组织中的表达情况;取对数生长期的人胃癌细胞HGC27,根据是否敲低LMNA基因分为敲低LMNA组(si-1、si-2、si-3组)和对照组(si-NC组)共4组,取瞬时转染率最高的si-2组为si-LMNA组;采用CCK-8实验检测细胞活力,Transwell和划痕实验检测细胞的侵袭迁移能力,流式检测细胞凋亡和细胞周期,Western blot检测凋亡相关蛋白Bax、Caspase3、Bcl-2和丝裂源活化蛋白激酶(MAPK)通路中的p38、p-p38、ERK1/2及pERK1/2的表达;在si-LMNA组加入MAPK通路的特异性激活剂Chicoric acid,进一步验证LMNA的表达情况。结果生信分析结果提示LMNA基因在胃癌组织中高表达,LMNA低表达患者生存率更高;与si-NC组相比,si-LMNA组细胞活力下降(P<0.05),凋亡蛋白Bax、Caspase3表达升高、抗凋亡蛋白Bcl-2降低及细胞凋亡率增加(P<0.05),细胞周期阻滞在G0/G1期、S期细胞减少(P<0.05),侵袭与迁移能力降低(P<0.05),p38、ERK1/2磷酸化水平降低(P<0.05);加入激活剂后,LaminA/C表达量增高,p38、ERK1/2磷酸化水平升高,凋亡相关蛋白的表达被逆转,侵袭迁移能力被促进(P<0.05)。结论敲低LMNA基因后能促进胃癌细胞的凋亡,细胞周期被阻滞在G0/G1期,增殖、侵袭及迁移能力被抑制,其作用机制可能与MAPK信号通路密切相关。

HMGN3基因表达状态在骨肉瘤患者中的预后价值

目的:探讨高迁移率族核小体结合蛋白3(HMGN3)基因在骨肉瘤(OS)患者中的表达状态,探讨其预后价值。方法:通过GEO数据库检索OS相关的数据集,应用生物信息学方法分析HMGN3基因在不同GEO数据集中的差异表达状态,并在包含临床信息的GEO数据集中进行预后分析。生存分析采用比例风险回归模型(Cox模型),并采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:共获得3个GEO数据集用于数据分析,包括GSE12865、GSE14359、GSE21257。HMGN3基因在GSE12865、GSE14359中的差异表达分析结果分别为LogFC值=1.704,t=7.071,P<0.001和logFC值=1.318,t=3.430,P=0.004,均呈现高表达。以GSE21257作为预后分析数据集,HMGN3基因高表达组1年、3年、5年生存率分别为89.66%、50.98%、45.90%,而低表达组分别为95.83%、83.33%、74.56%,差异具有统计学意义(P<0.05)。HMGN3基因高表达患者死亡风险为HR=2.58,95%CI=(1.07,6.22),差异有统计学意义(P<0.05)。结论:HMGN3基因在骨肉瘤中呈高表达状态,而且HMGN3基因高表达对骨肉瘤患者的预后具有显著影响,但其具体机制还需要进一步探索。

一个新的水稻黄绿叶突变体ygl-9108的鉴定与基因定位

本研究旨在对水稻黄绿叶突变体ygl-9108进行表型分析和基因定位,为后续图位克隆该叶色相关基因奠定基础。以黄绿叶突变体ygl-9108为试材,利用突变体ygl-9108和‘五山丝苗’杂交的F2群体进行基因定位。结果表明,与野生型相比,突变体的株高、有效穗数、穗长、每穗粒数、结实率、粒宽、千粒重和单株谷重均显著下降,下降比例分别为21.5%、21.2%、14.6%、19.2%、11.0%、10.2%、12.9%和52.2%。透射电镜观察显示,突变体叶肉细胞的叶绿体数量大量减少,类囊体结构异常。遗传分析表明,突变体的表型由一个隐性核基因控制。利用图位克隆方法,ygl-9108被定位于水稻第11号染色体两InDel标记11Y39和11Y45之间,物理距离约为147 kb,该区间内未见有叶色相关基因的报道,表明ygl-9108是一个新的黄绿叶调控基因。本研究结果为ygl-9108的克隆和功能分析奠定了坚实的基础。

丝状真菌分生孢子及其核型相关基因的研究进展

分生孢子是曲霉、青霉等丝状真菌无性繁殖的主要生殖细胞,分生孢子的核型具有多样性,其多核特性对丝状真菌的生长发育、遗传调控产生诸多影响。分生孢子的形成及其核型变化受到多种基因的调控。通过对丝状真菌分生孢子发育过程及其核型变化调控相关基因的功能进行归纳综述,为更好地利用丝状真菌资源,开展相关物种的遗传操作提供理论基础。

食药用菌的基因组学研究进展

以食药用菌为研究对象,概述了食药用菌的基因组测序现状及基于基因组测序的基因挖掘和改造等方面的应用。据NCBI数据,担子菌基因组测序数据有980条记录;子囊菌基因组测序数据有3850条记录,目前有130余种食药用菌已经完成基因组测序工作。比较基因组学在灵芝、香菇、樟芝等部分真菌中的应用,为研究该物种的遗传多样性、进化和次生代谢物的生物合成奠定了基础。CRISPR/Cas9基因编辑技术可以快速高效地实现食药用菌基因的精准编辑,包括基因敲除、点突变和基因插入等操作。基因组学的研究将有助于改善食药用菌的品质、提高其营养价值,甚至开发新品种,并促进食药用菌产业的可持续发展。

儿童2型神经纤维瘤并肝豆状核变性一例报告并文献复习

目的探讨1例2型儿童神经纤维瘤并肝豆状核变性的临床特点及基因突变情况。方法收集分析2型神经纤维瘤并肝豆状核变性患儿的临床资料及基因结果。结果患儿,男,5岁11个月龄,因不自主左眼睑下垂4天就诊,既往有眼球震颤、左侧内斜和视力下降。DNA测序显示ATP7B基因存在复合杂合突变,该变异为已知致病突变,其中16号外显子上的c.3443T>C错义突变,遗传自表型正常母亲;12号外显子上的c.2804C>T错义突变,遗传自表型正常父亲。NF2基因存在c.1009C>T(p.Gln337*)无义突变,该变异未见文献报道。结论确诊了1例2型神经纤维瘤并肝豆状核变性儿童,丰富了人类基因突变数据库,同时临床医生需提高对基因报告解读的重视和认识。

基于G1894核基因对海蛇分子系统学初步研究

为研究海蛇亚科Hydrophiinae亲缘进化关系,本研究从GenBank网站获取30个物种的G1894基因序列,利用MEGA6.05软件计算遗传距离,采用最大似然法(ML)构建无根系统发育树。结果表明:剑尾海蛇属Aipysurus基本呈单系,只有食卵龟头海蛇Em.annulatus位于其中;真海蛇属Hydrophis呈单系;青环海蛇H.cyanocinctus与黑尾海蛇H.viperinus、细颈海蛇H.coggeri与兹韦费尔海蛇H.zweifeli、沙捞越海蛇H.brookii与斯里兰卡海蛇H.lapemoides 4对物种亲缘关系较近。得出结论:核基因建树法在眼镜蛇科中的运用,具有创新性;在海蛇亚科中,具有可行性;后期应尝试多基因联合建树,以建立有根树,增加说服力。仅从本研究看,平颏海蛇、长吻海蛇2个单属单种夹杂在真海蛇属分支中,建议归于真海蛇属并更新《中国动物志》。

香菇L808细胞核与线粒体基因组注释分析

对香菇品种L808细胞核与线粒体基因组进行注释分析,结果表明,L808核基因组中含有29.48%的重复序列,以长末端逆转录重复序列(LTRs)为主,其中Gypsy超家族占到基因组的19.07%,Copia超家族仅占2.22%。经结构预测,核基因组中有11490个编码基因,转录本平均长度1854.69 bp,基因编码区平均长度1418.70 bp,基因外显子平均为6.19个,基因内含子平均为84.02个。共有11227个基因得到具体注释,其中碳水化合物活性酶相关基因共660个。L808线粒体基因组全长121411 bp,编码44个基因,包括18个蛋白质编码基因,1个核糖体基因和26个转运RNA基因,其中cox1、cox3、nad1、nad5、cob等5个基因中存在内含子。

BMAL1基因在心血管疾病中的研究进展

生物钟基因及其编码翻译的蛋白质通过转录翻译反馈回路调控机体24 h昼夜节律,许多临床心血管生理病理现象存在一定的昼夜节律变化。脑和肌肉芳烃受体核转录因子样蛋白-1(BMAL1)基因是转录翻译反馈回路中的重要环节,BMAL1基因缺失可能破坏机体的正常昼夜节律,从而导致各种心血管疾病的发生发展,如缺血性心脏病、心力衰竭、心律失常、各种心肌病、高血压、高脂血症等。研究BMAL1基因与各类心血管疾病之间的内在联系有助于探究其发挥作用的分子机制及信号通路,且有望在未来寻找到新的有效的基因治疗靶点。

LSG1基因在乳腺癌患者癌组织中表达水平

目的:探讨60S大亚基出核转运GTP酶1(LSG1)基因在乳腺癌患者癌组织中的表达水平。方法:选取2021年3月-2023年11月某院术前未接受任何治疗的乳腺癌患者67例为研究对象,术中采集患者癌组织与癌旁组织标本。采用实时荧光定量多聚核苷酸链式反应(qRT-PCR)检测LSG1 mRNA水平,比较不同组织和不同特征乳腺癌患者LSG1 mRNA水平;采用蛋白质印迹法(Western blot)测定LSG1蛋白表达。结果:乳腺癌患者癌组织LSG1 mRNA表达水平高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05)。组织学分级Ⅲ级、肿瘤直径≥2 cm及TNM分期Ⅲ期的乳腺癌患者癌组织LSG1 mRNA水平分别高于组织学分级为I~II级、肿瘤直径<2cm及TNM分期I~II期的乳腺癌患者,差异均有统计学意义(P<0.05);乳腺癌患者癌组织LSG1蛋白、β-actin(3.04)表达水平高于癌旁组织(β-actin为0.44),差异有统计学意义(P<0.05)。结论:乳腺癌患者癌组织中LSG1 mRNA和蛋白水平呈高表达,且不同组织学分级、肿瘤直径及TNM分期的乳腺癌患者癌组织中LSG1 mRNA表达水平不同,可为临床新的诊疗方案制定提供参考。

甘蓝显性核基因雄性不育与胞质雄性不育系的选育及制种

利用甘蓝显性核基因雄性不育材料DGMS79-399-3(79-399-3Ms)和引进的CMSR3625等改良胞质雄性不育材料作不育源,以优良自交系作转育父本,育成了一批不育性稳定、生长发育正常、配合力好的雄性不育系,配制出中甘16等6个甘蓝新品种。用雄性不育系进行规模化制种,每667m2生产杂交种种子40～50kg。不育系亲本可在隔离网棚用蜜蜂授粉繁殖,成本较低。杂交率比用自交不亲和系制种的高5%～8%。

白菜核基因雄性不育系转育研究

以大白菜核基因雄性不育系‘1NA’转育成的白菜核不育系00S107为不育源,根据大白菜核基因雄性不育“复等位基因遗传假说”设计转育方案,向白菜可育品系‘青梗奶油白菜’中转育核不育基因,经过3年5个世代杂交转育,获得了新的白菜核基因雄性不育系及其相应的甲型“两用系”和临时保持系。

水稻光温敏核不育系B06S不育基因的遗传研究

利用混合分布理论对水稻新资源光温敏核不育系B0 6S不育性状的主基因进行了分析 ,结果表明 :B0 6S受一对主效核基因控制 。

大白菜显性核基因雄性不育性向紫菜薹的转育初报

根据复等位基因遗传假说 ,利用大白菜核不育系 9810 7 1作为不育源 ,以紫菜薹ZB3 为目标亲本 ,经过杂交、自交、兄妹交等转育手段 ,将雄性不育基因转育到紫菜薹中 ,获得紫菜薹“甲型”两用系。

甜椒隐性核基因雄性不育性的转育及利用

以甜椒核型雄性不育系AB91为不育源 ,以甜 (辣 )椒优良自交系为目标亲本 ,经过杂交、自交、姊妹交等转育手段 ,将AB91隐性核基因雄性不育性转育到优良甜 (辣 )椒自交系中 ,获得不育性稳定、恢复系广泛、配合力高、农艺性状优良的系列甜 (辣 )椒雄性不育两用系 ,为今后根据市场需求培育不同类型的杂交种奠定基础。目前 ,利用转育成的两用系已育成通过审定的甜椒品种冀研 6号和两个正在参加区试的杂交种。