新型核序列自相关函数用于非同源蛋白质结构类预测

从天然氨基酸的50个性质参数中经主成分分析得出1种新的氨基酸描述子:氨基酸特征性质得分。并在此基础上通过定义基于向量形式的自相关函数以及引入Mercer核技术将该函数运算空间进行非线性变换,最终提出了1种新的蛋白质序列表征方法:核序列自相关函数。采用该函数对632个已知晶体结构的非同源蛋白分类研究结果表明:KSACF能够恰当提取蛋白质一级序列特征以及氨基酸残基之间隐含的内在联系,从而对不同蛋白质结构类进行准确预测。