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3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析
被引量:
2
1
作者
刘连为
陈新军
+2 位作者
许强华
王从军
余为
《广东海洋大学学报》
CAS
2013年第6期24-29,共6页
为准确检测柔鱼(Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼( Dosidicus gigas)与阿根廷滑柔鱼( IIIex argentinus ) 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b(Cytb)与编码核糖体大亚基的基因(28SrDNA)片段序列进 行测定。经比对获...
为准确检测柔鱼(Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼( Dosidicus gigas)与阿根廷滑柔鱼( IIIex argentinus ) 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b(Cytb)与编码核糖体大亚基的基因(28SrDNA)片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A+T含量(16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ) 均明显高于C+C含量(16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ),而在28SrDNA 基因片段上的A+T含量(37.16%、36.74%、38.29% )明显低于C+C含量(62.84%、63.26%、61.71 %)0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。
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关键词
柔鱼
线粒体
基因
核核糖体基因
序列分析
分歧时间
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职称材料
植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用
被引量:
12
2
作者
王川易
郭宝林
《武汉植物学研究》
CSCD
北大核心
2008年第4期417-423,共7页
目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分...
目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用。本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述。
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关键词
核
基因
组
核糖体
DNA
5S
rDNA
基因
间隔区
IGS
系统发育
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职称材料
题名
3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析
被引量:
2
1
作者
刘连为
陈新军
许强华
王从军
余为
机构
上海海洋大学海洋科学学院
上海海洋大学大洋生物资源开发和利用上海市高校重点实验室
上海海洋大学大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室
出处
《广东海洋大学学报》
CAS
2013年第6期24-29,共6页
基金
国家自然科学基金(41276156)
上海市科委重大项目(12231203900)
国家发改委产业化专项(2159999)
文摘
为准确检测柔鱼(Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼( Dosidicus gigas)与阿根廷滑柔鱼( IIIex argentinus ) 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b(Cytb)与编码核糖体大亚基的基因(28SrDNA)片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A+T含量(16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ) 均明显高于C+C含量(16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ),而在28SrDNA 基因片段上的A+T含量(37.16%、36.74%、38.29% )明显低于C+C含量(62.84%、63.26%、61.71 %)0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。
关键词
柔鱼
线粒体
基因
核核糖体基因
序列分析
分歧时间
Keywords
Ommastrephidae
mitochondria DNA
nuclear ribosomal DNA
sequence analysis
divergence time
分类号
Q754 [生物学—分子生物学]
Q959.216 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用
被引量:
12
2
作者
王川易
郭宝林
机构
中国医学科学院中国协和医科大学药用植物研究所
出处
《武汉植物学研究》
CSCD
北大核心
2008年第4期417-423,共7页
文摘
目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用。本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述。
关键词
核
基因
组
核糖体
DNA
5S
rDNA
基因
间隔区
IGS
系统发育
Keywords
Nuclear ribosomal DNA
5S rDNA spacer
IGS
Phylogeny
分类号
Q949 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析
刘连为
陈新军
许强华
王从军
余为
《广东海洋大学学报》
CAS
2013
2
下载PDF
职称材料
2
植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用
王川易
郭宝林
《武汉植物学研究》
CSCD
北大核心
2008
12
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
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