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三种库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定与系统进化分析 被引量:1
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作者 金立群 骆建民 +2 位作者 郭衍 谢霖崇 傅玉才 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2007年第1期29-33,共5页
对广东省野外采集的库蚊属中2个亚属中的3种库蚊,褐尾库蚊Culex fuscanus(Lutzia、路蚊亚属)、二带喙库蚊Cx.bitaeniorhynchus和致倦库蚊Cx.pipiens quinquefasciatus(Culex、库蚊亚属)进行核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定,并... 对广东省野外采集的库蚊属中2个亚属中的3种库蚊,褐尾库蚊Culex fuscanus(Lutzia、路蚊亚属)、二带喙库蚊Cx.bitaeniorhynchus和致倦库蚊Cx.pipiens quinquefasciatus(Culex、库蚊亚属)进行核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定,并与GenBank中已知库蚊属中路蚊亚属、库蚊亚属、新库蚊亚属和黑蚊亚属的11种和伊蚊属1种蚊虫的ITS2进行序列分析。结果表明:褐尾库蚊与同亚属的非洲蚊种(Culex tigripes)亲缘关系最近,基因同源性为65.27%;库蚊亚属的二带喙库蚊与伪杂鳞库蚊基因同源性为75.87%;致倦库蚊与尖音库蚊复合组内淡色库蚊的基因同源性97.13%。在所选库蚊中,黑蚊亚属与伊蚊最接近,其次是新库蚊亚属和路蚊亚属的蚊虫。在库蚊属4个亚属中,路蚊亚属与库蚊亚属有更近的亲缘关系,这也印证了库蚊亚属某些幼虫与路蚊亚属幼虫具有相似习性的遗传基础。系统进化关系分析结果与经典分类学分类系统接近一致,但库蚊亚属的进化可能更具多样性。 展开更多
关键词 系统进化分析 核糖体内转录间隔区
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广州地区桑椹菌核病病原鉴定 被引量:3
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作者 黄志君 易辉玉 +1 位作者 李荣俏 李林山 《广东农业科学》 CAS 2017年第7期91-95,F0003,共6页
桑椹菌核病是目前危害桑椹的主要真菌性病害,在广州地区桑园一直都有发生,由多年前主要发生的肥大性菌核病变成小粒性菌核病,其菌核表面为大量的分生孢子和一些分生孢子梗,里面为相互交叉致密的菌丝,培养后的菌核周围形成一层白色半透... 桑椹菌核病是目前危害桑椹的主要真菌性病害,在广州地区桑园一直都有发生,由多年前主要发生的肥大性菌核病变成小粒性菌核病,其菌核表面为大量的分生孢子和一些分生孢子梗,里面为相互交叉致密的菌丝,培养后的菌核周围形成一层白色半透明的菌圈。使用真菌通用引物,由桑椹菌核病病果的菌核DNA扩增ITS,测序后进行NucleotideBLAST和进化分析,发现其与4种桑椹菌核病病原菌中的肉阜状杯盘菌(Ciboria carunculoides)序列相似度最高、亲缘关系最近,确认该小粒性桑椹菌核病病原为肉阜状杯盘菌。 展开更多
关键词 桑椹菌核病 桑椹小粒性菌核病 形态鉴定 核糖体内转录间隔区
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四种三齿线虫核糖体ITS序列的比较分析及亲缘关系探讨 被引量:6
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作者 段红 高俊峰 +4 位作者 刘泽轩 刘宇婷 齐珊珊 李荣 王春仁 《黑龙江八一农垦大学学报》 2015年第4期54-57,共4页
对短尾三齿线虫(Triodontophorus brevicauda)、锯齿三齿线虫(T.serratus)、小三齿线虫(T.minor)和日本三齿线虫(T.nipponicus)核糖体内转录间隔区(ITS)序列进行扩增、测序和比较分析。基于ITS序列,采用最大似然法(ML)构建... 对短尾三齿线虫(Triodontophorus brevicauda)、锯齿三齿线虫(T.serratus)、小三齿线虫(T.minor)和日本三齿线虫(T.nipponicus)核糖体内转录间隔区(ITS)序列进行扩增、测序和比较分析。基于ITS序列,采用最大似然法(ML)构建系统发生树,分析4种三齿线虫与其他圆线虫的亲缘关系。结果 4种三齿线虫ITS1、5.8S和ITS2序列大小分别为370~376 bp、153 bp和322~334 bp;4种虫体ITS1核苷酸同源性为88.4%~100%,5.8S为100%,ITS2为82.9%~97.8%;进化树中盅口科线虫和圆形科线虫各形成一个大的分支,但盅口科中微小杯环线虫聚集在圆形科这一分支中;小三齿线虫与日本三齿线虫,短尾三齿线虫与锯齿三齿线虫各形成一小的分支,两两亲缘关系较近,4种三齿线虫与盆口属和食道齿属的关系较圆线属近研究结果可为三齿线虫的遗传进化和分子鉴定提供参考。 展开更多
关键词 三齿属线虫 核糖体内转录间隔区序列 序列分析 进化分析
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橡胶树炭疽病菌的鉴定及rDNA-ITS序列分析 被引量:7
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作者 李继锋 刘先宝 +2 位作者 蔡吉苗 林春花 黄贵修 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第12期221-226,共6页
从中国海南和云南橡胶主产区分离到22株橡胶炭疽病菌,生物学特性和形态学观察表明其中存在尖孢炭疽菌,ITS序列分析进一步证明侵染中国海南和云南橡胶的炭疽菌为胶孢炭疽和尖孢炭疽。ITS序列多样性分析表明,15株尖孢炭疽菌之间遗传差异较... 从中国海南和云南橡胶主产区分离到22株橡胶炭疽病菌,生物学特性和形态学观察表明其中存在尖孢炭疽菌,ITS序列分析进一步证明侵染中国海南和云南橡胶的炭疽菌为胶孢炭疽和尖孢炭疽。ITS序列多样性分析表明,15株尖孢炭疽菌之间遗传差异较小,7株胶孢炭疽菌之间差异较大。 展开更多
关键词 橡胶 炭疽病 核糖体内转录间隔区
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PYTHIUM SYLVATICUM鉴定及其专一性PCR引物 被引量:6
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作者 楼兵干 张炳欣 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期356-365,共10页
从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1~3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定... 从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1~3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定了该种4个菌株的核糖体内转录间隔区(ITS)的序列,根据与59种腐霉ITS序列的比较,设计了P. sylvaticum种专一性引物PSF1和PSR2.实际结果表明:该引物能从11种共14株腐霉DNA中特异性地扩增P.sylvaticum,从而与其它10种腐霉区分. 展开更多
关键词 核糖体内转录间隔区序列 腐霉种 菌丝膨大体 雄器 卵孢子 PCR引物
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牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫ITS和28S rDNA-LSU序列分析 被引量:1
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作者 仇建华 李利 +3 位作者 王春仁 陈佳 陈爱华 翟延庆 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期183-186,190,共5页
目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯... 目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯坦东毕吸虫。抽提成虫基因组DNA,扩增其ITS(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)和28S rDNA-LSU序列,测序并分析以上序列,以及28S rDNA-LSU序列RNA二级结构。结果牛、羊源土耳其斯坦东毕吸虫的ITS-1、5.8S rDNA、ITS-2和28S rDNA-LSU序列分别长384、159、331和1304bp。牛源和羊源的ITS-1和5.8S rDNA序列完全相同;黄牛源、绵羊源和绒山羊源的ITS-2序列完全相同,与山羊源存在1个碱基的差异;绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列完全相同,与牛源和山羊源分别有2个碱基的差异。绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列RNA二级结构相同,与山羊源存在微小差异,但牛源与羊源存在较大差异。结论不同终末宿主源土耳其斯坦东毕吸虫的核糖体序列存在不同程度的差异,羊源28S rDNA-LSU序列的RNA二级结构相同或相似,但与牛源存在较大差异。 展开更多
关键词 土耳其斯坦东毕吸虫 核糖体内转录间隔区 5.8S核糖体DNA 28S核糖体DNA大亚基序列 序列分析
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山东省小麦禾谷孢囊线虫的分布及其rDNA-ITS分析 被引量:1
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作者 刘崇俊 黄文坤 +2 位作者 崔江宽 彭德良 李红梅 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期55-60,共6页
采用随机抽样的方法,对中国山东省7个地区19个乡(镇)的小麦孢囊线虫的分布和发生情况进行调查,并根据形态和rDNA-ITS分子特征对病原线虫种类进行鉴定。结果表明:在山东省临沂、莱芜、淄博、潍坊、东营、威海、烟台等7个地区发生的孢囊... 采用随机抽样的方法,对中国山东省7个地区19个乡(镇)的小麦孢囊线虫的分布和发生情况进行调查,并根据形态和rDNA-ITS分子特征对病原线虫种类进行鉴定。结果表明:在山东省临沂、莱芜、淄博、潍坊、东营、威海、烟台等7个地区发生的孢囊线虫均为禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae Wollenweber),其检出率为70.9%,且以东营市和潍坊市的孢囊数及卵量最高,烟台市的孢囊数及卵量最低。 展开更多
关键词 禾谷孢囊线虫 分布 小麦 核糖体内转录间隔区
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不同方法鉴定临床常见念珠菌性能评价 被引量:2
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作者 曹楠楠 林雅慧 +1 位作者 司徒博 罗文凡 《广东医学》 CAS 2021年第8期914-919,共6页
目的评估表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析、真菌核糖体内转录间隔区序列测序三种方法鉴定念珠菌株的性能。方法收集分离自临床标本的63株念珠菌,采用表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析、真菌核糖体内转... 目的评估表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析、真菌核糖体内转录间隔区序列测序三种方法鉴定念珠菌株的性能。方法收集分离自临床标本的63株念珠菌,采用表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析、真菌核糖体内转录间隔区序列分析三种方法进行念珠菌鉴定,以序列分析作为参考方法,比较表型鉴定与质谱分析对于念珠菌的鉴定性能。结果(1)真菌表型鉴定与测序鉴定结果一致率93.44%(57/61)。(2)基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱与测序鉴定结果一致率96.7%(59/61)。(3)表型鉴定与质谱分析鉴定结果差异无统计学意义。结论念珠菌生化表型鉴定可作为临床念珠菌株的常规鉴定方法,满足临床需要。当临床念珠菌株生化表型鉴定结果不确定时,应直接进行真菌rDNA ITS测序,不应加做质谱鉴定。有条件的实验室应首选MALDI-TOF MS质谱分析方法鉴定念珠菌以获得最大的鉴定效率,并可作为疑难菌种鉴定确诊方法。当质谱鉴定的结果不确定时,应直接进行真菌rDNA ITS测序,不应再用表型鉴定的方法确认鉴定结果。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 真菌核糖体内转录间隔区测序 生化表型 念珠菌 真菌鉴定
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贝氏贝诺孢子虫巢式PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 王文涛 仇建华 +4 位作者 段红 常巧呈 路义鑫 王春仁 彭博 《黑龙江八一农垦大学学报》 2016年第2期45-49,共5页
根据Gen Bank上发表的贝氏贝诺孢子虫核糖体内转录间隔区(ITS)序列,在传统PCR方法的基础上设计一对特异性内引物,提取病牛血液中贝氏贝诺孢子虫基因组DNA,建立了贝氏贝诺孢子虫巢氏PCR检测方法并进行临床样品检测。结果表明,建立的巢式... 根据Gen Bank上发表的贝氏贝诺孢子虫核糖体内转录间隔区(ITS)序列,在传统PCR方法的基础上设计一对特异性内引物,提取病牛血液中贝氏贝诺孢子虫基因组DNA,建立了贝氏贝诺孢子虫巢氏PCR检测方法并进行临床样品检测。结果表明,建立的巢式PCR检测方法能检测到贝氏贝诺孢子虫DNA的最低浓度为24.3 ag·μL-1,刚地弓形虫、犬新孢子虫、牛巴贝斯虫、环形泰勒虫、边缘无浆体DNA检测均为阴性。196份临床血液样本,检测出3份阳性,阳性率为1.53%。由此可见,研究所建立的巢氏PCR检测方法具有较高的特异性和敏感性,可用于牛贝诺孢子虫病的早期临床诊断。 展开更多
关键词 贝氏贝诺孢子虫 巢氏PCR 检测 核糖体内转录间隔区
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云南常见药用红景天的分子鉴定研究 被引量:12
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作者 倪念春 王卫华 《山西中医学院学报》 2004年第3期48-52,共5页
目的:分析大花红景天Rhodiolacrenulata与长鞭红景天R.fastigiata、云南红景天R.yunnanensis等云南常见药用红景天及景天属的长丝景天Sedumbergeri的核糖体内转录间隔区(ITS)基因序列,为药用红景天分子鉴定提供依据。方法:用PCR产物直... 目的:分析大花红景天Rhodiolacrenulata与长鞭红景天R.fastigiata、云南红景天R.yunnanensis等云南常见药用红景天及景天属的长丝景天Sedumbergeri的核糖体内转录间隔区(ITS)基因序列,为药用红景天分子鉴定提供依据。方法:用PCR产物直接测序法测定其核糖体内转录间隔区序列并作同源性分析。结果:构建了大花红景天11个地方居群、长鞭红景天9个地方居群、云南红景天1个地方居群及长丝景天1个地方居群的ITS基因片段序列数据库。序列比较的结果表明红景天属样品的ITS序列与长丝景天有显著差别;红景天属内各种序列差异虽小,却存在显著而稳定的差别,能准确鉴定出各种药用红景天植物。结论:根据rRNAITS区碱基序列差异,能准确鉴别大花红景天及其近源植物及药材。 展开更多
关键词 大花红景天 长鞭红景天 云南红景天 长丝景天 分子鉴定 降落式多聚酶链式反应 核糖体内转录间隔区基因片段序列
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豫皖闽浙4省溪蟹并殖吸虫囊蚴核糖体ITS2和线粒体CO1基因序列分析 被引量:5
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作者 胡坤敏 陈韶红 +1 位作者 艾琳 郑彬 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期87-94,共8页
目的分析我国豫皖闽浙4省5地区溪蟹并殖吸虫囊蚴核糖体内转录间隔区2 (ITS2)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (CO1)基因序列,鉴定并殖吸虫囊蚴虫种。方法 2018年10月至2019年9月,于安徽省休宁县蓝田镇、浙江省永嘉县、河南省济源市邵原镇... 目的分析我国豫皖闽浙4省5地区溪蟹并殖吸虫囊蚴核糖体内转录间隔区2 (ITS2)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (CO1)基因序列,鉴定并殖吸虫囊蚴虫种。方法 2018年10月至2019年9月,于安徽省休宁县蓝田镇、浙江省永嘉县、河南省济源市邵原镇、福建省政和县及漳州市等5个调查点采集溪蟹,分离溪蟹中并殖吸虫,提取囊蚴基因组DNA,PCR扩增核糖体ITS2和线粒体C01基因,测序。采用DNA Star拼接各基因测序结果,并进行各序列间的比对,同时与GenBankTM中并殖吸虫基因进行BLAST比对。基于ITS2、CO1序列,以肝片吸虫为外群,采用邻接法构建系统进化树。结果安徽省休宁县蓝田镇、浙江省永嘉县、河南省济源市邵原镇、福建省政和县及漳州市等5个调查点的溪蟹并殖吸虫囊蚴阳性率分别为82%(49/60)、41%(29/70)、55%(41/74)、65%(41/63)和45%(32/71)。ITS2、CO1扩增长度依次约为500 bp、450 bp。安徽省休宁县蓝田镇和浙江省永嘉县溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2、CO1与卫氏并殖吸虫(KC417492.1,AF219379.2)的相似性最高,分别为99%~100%、96%~99%,均与卫氏并殖吸虫聚为一支;河南省济源市邵原镇溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2、CO1与斯氏并殖吸虫(KX129924.1、MK568551.1)的相似性最高,分别为98%~100%、95%~99%,均与斯氏并殖吸虫聚为一支;福建省政和县溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2与斯氏并殖吸虫(KX129924.1)的相似性最高,为98%~100%,与斯氏、宫崎并殖吸虫聚为一大支(两虫种分支不明显),CO1与宫崎并殖吸虫(AY618823.1、AY618834.1)的相似性最高,为91%~94%,与宫崎并殖吸虫聚为一支,与斯氏并殖吸虫分支明显;福建省漳州市溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2与卫氏并殖吸虫(KC417492.1)的相似性最高,达100%,CO1与三平正并殖吸虫(AF159595.1)的相似性最高,为97%~99%,与三平正并殖吸虫聚为一支。结论 4省5地区溪蟹并殖吸虫囊蚴PCR扩增检出CO1与卫氏、斯氏、宫崎和三平正并殖吸虫高度同源。并殖吸虫CO1可作为并殖吸虫虫种鉴别的潜在分子标记。 展开更多
关键词 并殖吸虫 囊蚴 溪蟹 核糖体内转录间隔区2 线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ
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重要蚊虫复合组DNA鉴定芯片靶基因的适用性分析
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作者 林诗颖 吴金枝 +3 位作者 郭舒乐 余思宸 郑爱萍 黄恩炯 《中国口岸科学技术》 2023年第2期72-80,共9页
通过分析白纹伊蚊亚组、尖音库蚊复合组和杂鳞库蚊复合组蚊虫核糖体内转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer,ITS2)、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)及Cytb细胞色素b氧化酶基因(cytochrome b,Cytb),为... 通过分析白纹伊蚊亚组、尖音库蚊复合组和杂鳞库蚊复合组蚊虫核糖体内转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer,ITS2)、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)及Cytb细胞色素b氧化酶基因(cytochrome b,Cytb),为3组蚊虫DNA鉴定芯片研制提供理论依据。提取以上3组蚊虫基因组DNA,PCR扩增COⅠ、ITS2以及Cytb基因,分析3个目的基因在3组蚊虫DNA鉴定芯片研制中的适用性。结果显示共获得8种蚊虫COⅠ、Cytb及ITS2基因序列24条;碱基组成结果显示COⅠ、Cytb的A+T含量高达74%,均高于ITS2;遗传距离显示3组蚊虫复合组的组间进化分歧数均大于0.200;3个基因的系统进化树显示,复合组(亚组)的蚊虫序列聚成一大簇,且可信度均大于98,尖音库蚊复合组内的蚊虫序列无法与各对应的序列聚成一簇。得出结论 COⅠ、ITS2及Cytb基因可联合用于杂鳞库蚊复合组蚊虫、白纹伊蚊亚组及尖音库蚊复合组中部分蚊虫的基因芯片鉴定,为蚊虫复合组的鉴定提供新方向。 展开更多
关键词 蚊虫复合组 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ) 核糖体内转录间隔区Ⅱ(ITS2) 细胞色素b氧化酶基因(Cytb) 鉴定
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用ITS序列识别牧草种质资源 被引量:6
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作者 姚娜 谭嘉力 +2 位作者 赖志强 韦锦益 徐海雄 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期141-144,共4页
DNA条形码技术能够快速、准确地识别物种,对于开展基础性的分类学研究和应用性的生物多样性研究极为重要。本文以广西畜牧研究所牧草种质资源圃的8个物种共22个品种为材料,进行植物条形码ITS测序。PCR结果显示ITS的扩增成功率达到100%,... DNA条形码技术能够快速、准确地识别物种,对于开展基础性的分类学研究和应用性的生物多样性研究极为重要。本文以广西畜牧研究所牧草种质资源圃的8个物种共22个品种为材料,进行植物条形码ITS测序。PCR结果显示ITS的扩增成功率达到100%,同源性的分析表明各物种中的ITS序列变异显著,共找到99个可以用来区分物种的变异位点,系统进化树的结果表明利用ITS序列进行物种水平鉴定成功率达100%,能够作为DNA条形码识别植物物种。 展开更多
关键词 DNA条形码 核糖体内转录间隔区(ITS) 物种鉴别
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东方次睾吸虫囊蚴的分子鉴定 被引量:2
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作者 李荣 邵志辉 +5 位作者 李超 刘书浩 鲁昌明 段红 高俊峰 王春仁 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第4期153-155,共3页
为了鉴定淡水鱼体内的囊蚴是否为东方次睾吸虫囊蚴,试验采用PCR方法分别对5尾麦穗鱼的吸虫囊蚴核糖体内转录间隔区(ITS)进行扩增、克隆及序列分析。结果表明:5个样品的ITS序列长度均为1 077 bp,ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为629 bp、... 为了鉴定淡水鱼体内的囊蚴是否为东方次睾吸虫囊蚴,试验采用PCR方法分别对5尾麦穗鱼的吸虫囊蚴核糖体内转录间隔区(ITS)进行扩增、克隆及序列分析。结果表明:5个样品的ITS序列长度均为1 077 bp,ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为629 bp、160 bp和288 bp,5个样品的ITS核苷酸同源性为99.7%~100%;与Gen Bank中已发表的东方次睾吸虫成虫ITS1和ITS2序列的核苷酸同源性分别为98.7%~98.9%和99.7%~100%;基于ITS2序列构建的进化树显示,除布氏姜片吸虫外,每科均形成一个分支;5个东方次睾吸虫囊蚴与东方次睾吸虫成虫在同一分支上,与华支睾吸虫关系最近。说明麦穗鱼体内的囊蚴为东方次睾吸虫囊蚴。 展开更多
关键词 东方次睾吸虫 囊蚴 核糖体内转录间隔区(ITS)序列 核苷酸同源性 序列分析 进化分析 淡水鱼
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神农架大九湖湿地古野生湖北海棠ITS序列分析及鉴定 被引量:4
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作者 涂万富 张志麒 +6 位作者 汪迎春 段真珍 吴运才 贾国华 王文华 何正权 姚伟 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1484-1491,共8页
为了阐明神农架大九湖湿地的古野生湖北海棠的遗传多样性及其进化关系,本研究采集了14株神农架大九湖湿地的野生湖北海棠和2株宜昌区域的湖北海棠品种,通过核糖体转录间隔区(internal translation spacer,ITS)序列分析技术,对16个样品... 为了阐明神农架大九湖湿地的古野生湖北海棠的遗传多样性及其进化关系,本研究采集了14株神农架大九湖湿地的野生湖北海棠和2株宜昌区域的湖北海棠品种,通过核糖体转录间隔区(internal translation spacer,ITS)序列分析技术,对16个样品的基因组DNA进行了ITS-PCR扩增,以14个蔷薇科植物的ITS序列作为对照,进行多重对比和系统进化树分析。序列分析结果表明,16个湖北海棠品种的ITS序列长度介于590~596 bp之间,与Gen Bank已公布的ITS序列高度一致,同源性达到98%以上。系统进化树分析表明,DJH2、DJH5、DJH6、DJH7、DJH10同位于一个大的分支,与丽江山荆子亲缘关系较近;DJH8、DJH12、DJH13则处于一个独立的分支;DJH9、DJH11、DJH15、DJH16同位于另一个大的分支,与毛山荆子和三叶海棠亲缘关系较近;DJH3、DJH4与已登录的湖北海棠标准ITS序列最为接近,亲缘关系最近。本项目研究对于神农架大九湖湿地野生湖北海棠的分类和种质资源保护利用具有一定积极意义。 展开更多
关键词 湖北海棠 核糖体内转录间隔区序列 系统进化 资源保护
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乌头霜霉病病原物分子检测方法的建立 被引量:2
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作者 胡亮 王婷 +2 位作者 李娜 欧洪 王光志 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期65-69,共5页
目的:建立乌头霜霉病病原菌快速分子检测方法,为乌头种苗检疫及栽培环境土壤安全性评价提供依据。方法:使用真菌DNA提取试剂盒提取病原菌DNA,采用真菌核糖体内转录间隔区(ITS)通用引物ITS1/ITS4,对病原菌的r DNA-ITS区间序列进行扩... 目的:建立乌头霜霉病病原菌快速分子检测方法,为乌头种苗检疫及栽培环境土壤安全性评价提供依据。方法:使用真菌DNA提取试剂盒提取病原菌DNA,采用真菌核糖体内转录间隔区(ITS)通用引物ITS1/ITS4,对病原菌的r DNA-ITS区间序列进行扩增,将聚合酶链式反应(PCR)产物回收纯化并进行序列测定,并将测得的ITS序列同Gene Bank中搜索到的相关ITS序列进行比较,运用DNAMAN比对出特异序列片段,利用特异序列片段通过Primer Premier 5.0设计并筛选特异性引物,建立乌头霜霉病病原菌快速PCR检测方法。结果:从Primer Premier 5.0设计的8对引物中筛选出了灵敏度高、特异性强的引物对L1A/L1B,该引物能够从乌头霜霉病病原菌DNA扩增出670 bp的具有检测价值的明亮条带,利用该引物也能够检测出乌头种苗、成株以及栽培土壤是否存在乌头霜霉病原菌。结论:筛选出的引物对L1A/L1B能够快速、简便、有效地检测出乌头霜霉病病原菌,建立的方法能用于对乌头种苗霜霉病的提前检测或检疫。 展开更多
关键词 乌头 霜霉病 分子检测 真菌核糖体内转录间隔区 聚合酶链式反应
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