太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文)

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了

山丘疫区杜氏利什曼原虫核糖体基因内转录间隔区的克隆及序列分析

目的 构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。 方法 提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链末端终止法测序。 结果 扩增出约 10 0 0bp的rDNAITS片段。测序结果表明山丘疫区的2株利什曼原虫L .d .SC10和L .d .6分别为 10 2 7bp和 10 2 8bp。序列分析结果表明 ,L .d .SC10和L .d .6有一定差异。 结论 获得了我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株L .d .SC10和L .d .6的前鞭体rDNAITS序列。

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。

我国不同疫区杜氏利什曼原虫ITS片段的克隆及序列分析

为测定我国荒漠、山丘、平原疫区杜氏利什曼原虫分离株ITS序列并分析其序列差异,首先提取杜氏利什曼原虫基因组DNA进行PCR扩增,然后将扩增出ITS片段克隆入PMD18-Tvector上,再用双脱氧链末端终止法测序。结果用PCR成功扩增出约1000bp的ITS片段,测序结果表明:本文报道的荒漠、山丘、平原疫区的3株杜氏利什曼原虫(L.dXJ771,L.dSC10,L.dSD2)的ITS序列大小分别为:1086、1027、1028bp。序列分析表明:我国杜氏利什曼原虫荒漠分离株(L.dXJ771)的ITS序列与平原分离株(L.dSD2)及山丘分离株(L.dSC10)的ITS序列有明显差异,平原分离株(L.dSD2)与山丘分离株(L.dSC10)的ITS序列也存在较明显差异,荒漠分离株(L.dXJ771)与山丘分离株(L.dSC10)的ITS序列差异略小于与平原分离株(L.dSD2)的ITS序列差异。

四种三齿线虫核糖体ITS序列的比较分析及亲缘关系探讨

对短尾三齿线虫（Triodontophorus brevicauda）、锯齿三齿线虫（T.serratus）、小三齿线虫（T.minor）和日本三齿线虫（T.nipponicus）核糖体内转录间隔区（ITS）序列进行扩增、测序和比较分析。基于ITS序列,采用最大似然法（ML）构建系统发生树,分析4种三齿线虫与其他圆线虫的亲缘关系。结果 4种三齿线虫ITS1、5.8S和ITS2序列大小分别为370~376 bp、153 bp和322~334 bp;4种虫体ITS1核苷酸同源性为88.4%~100%,5.8S为100%,ITS2为82.9%~97.8%;进化树中盅口科线虫和圆形科线虫各形成一个大的分支,但盅口科中微小杯环线虫聚集在圆形科这一分支中;小三齿线虫与日本三齿线虫,短尾三齿线虫与锯齿三齿线虫各形成一小的分支,两两亲缘关系较近,4种三齿线虫与盆口属和食道齿属的关系较圆线属近研究结果可为三齿线虫的遗传进化和分子鉴定提供参考。

甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究

目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。

桑树ITS序列测定及特点的初步分析

以蒙桑 (M .mongolicaSchneid)为试验材料 ,采用PCR产物直接测序法测定了其核糖体基因转录内间隔区 (InternalTranscribedSpacer ,IST)的全序列 ,分析了桑树该序列的特点 。

牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫ITS和28S rDNA-LSU序列分析

目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯坦东毕吸虫。抽提成虫基因组DNA,扩增其ITS(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)和28S rDNA-LSU序列,测序并分析以上序列,以及28S rDNA-LSU序列RNA二级结构。结果牛、羊源土耳其斯坦东毕吸虫的ITS-1、5.8S rDNA、ITS-2和28S rDNA-LSU序列分别长384、159、331和1304bp。牛源和羊源的ITS-1和5.8S rDNA序列完全相同;黄牛源、绵羊源和绒山羊源的ITS-2序列完全相同,与山羊源存在1个碱基的差异;绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列完全相同,与牛源和山羊源分别有2个碱基的差异。绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列RNA二级结构相同,与山羊源存在微小差异,但牛源与羊源存在较大差异。结论不同终末宿主源土耳其斯坦东毕吸虫的核糖体序列存在不同程度的差异,羊源28S rDNA-LSU序列的RNA二级结构相同或相似,但与牛源存在较大差异。

根据DNA的序列资料探讨翅子树族的系统位置(英文)

采用DNA分子测序技术对梧桐科5个族30个代表种的rbcL基因及核糖体DNA的内转录间隔区ITS序列包括ITS1、ITS2和5.8srRNA基因进行了序列分析.使用PAUP4.0b10软件对序列进行统计和分支分析,用启发式搜索方法寻找最简约树.从严格一致性树来看,梧桐科的全部代表类群主要被分为4支,一支仅为Sterculieae所构成;一支包括Helictereae的全部代表种;一支由Byttnerieae代表种所构成;最后一支由Dombeyeae和单属族翅子树族Pterospermeae所构成.rbcL和ITS系统树的不同仅表现在族内个别代表类群的位置和族的分支方式上.分析结果表明,与Helictereae相比,翅子树属Pterospermum与Dombeyeae有更近的亲缘关系.然而,在外部形态、内部解剖和胚胎学方面,二者之间又存在诸多差异,故支持将Pterospermum另立为Pterospermeae的观点.

基于ITS和LSU序列对一株野生鹅膏菌的分类鉴定

以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和LSU序列,与测序得到的ITS和LSU序列分别做系统发育树。测序结果表明,ITS序列有666 bp,LSU序列有968 bp;系统发育树结果显示,ITS序列以100%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起,LSU序列以98%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起。结合形态学观察,将山西左权鹅膏菌鉴定为拟橙盖鹅膏菌(Amanita caesareoides)。

云南常见药用红景天的分子鉴定研究

目的:分析大花红景天Rhodiolacrenulata与长鞭红景天R.fastigiata、云南红景天R.yunnanensis等云南常见药用红景天及景天属的长丝景天Sedumbergeri的核糖体内转录间隔区(ITS)基因序列,为药用红景天分子鉴定提供依据。方法:用PCR产物直接测序法测定其核糖体内转录间隔区序列并作同源性分析。结果:构建了大花红景天11个地方居群、长鞭红景天9个地方居群、云南红景天1个地方居群及长丝景天1个地方居群的ITS基因片段序列数据库。序列比较的结果表明红景天属样品的ITS序列与长丝景天有显著差别;红景天属内各种序列差异虽小,却存在显著而稳定的差别,能准确鉴定出各种药用红景天植物。结论:根据rRNAITS区碱基序列差异,能准确鉴别大花红景天及其近源植物及药材。

真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用

核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。

PYTHIUM SYLVATICUM鉴定及其专一性PCR引物

从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1～3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定了该种4个菌株的核糖体内转录间隔区(ITS)的序列,根据与59种腐霉ITS序列的比较,设计了P. sylvaticum种专一性引物PSF1和PSR2.实际结果表明:该引物能从11种共14株腐霉DNA中特异性地扩增P.sylvaticum,从而与其它10种腐霉区分.

重要蚊虫复合组DNA鉴定芯片靶基因的适用性分析

通过分析白纹伊蚊亚组、尖音库蚊复合组和杂鳞库蚊复合组蚊虫核糖体内转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer,ITS2)、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)及Cytb细胞色素b氧化酶基因(cytochrome b,Cytb),为3组蚊虫DNA鉴定芯片研制提供理论依据。提取以上3组蚊虫基因组DNA,PCR扩增COⅠ、ITS2以及Cytb基因,分析3个目的基因在3组蚊虫DNA鉴定芯片研制中的适用性。结果显示共获得8种蚊虫COⅠ、Cytb及ITS2基因序列24条;碱基组成结果显示COⅠ、Cytb的A+T含量高达74%,均高于ITS2;遗传距离显示3组蚊虫复合组的组间进化分歧数均大于0.200;3个基因的系统进化树显示,复合组(亚组)的蚊虫序列聚成一大簇,且可信度均大于98,尖音库蚊复合组内的蚊虫序列无法与各对应的序列聚成一簇。得出结论 COⅠ、ITS2及Cytb基因可联合用于杂鳞库蚊复合组蚊虫、白纹伊蚊亚组及尖音库蚊复合组中部分蚊虫的基因芯片鉴定,为蚊虫复合组的鉴定提供新方向。

神农架大九湖湿地古野生湖北海棠ITS序列分析及鉴定

为了阐明神农架大九湖湿地的古野生湖北海棠的遗传多样性及其进化关系,本研究采集了14株神农架大九湖湿地的野生湖北海棠和2株宜昌区域的湖北海棠品种,通过核糖体转录间隔区(internal translation spacer,ITS)序列分析技术,对16个样品的基因组DNA进行了ITS-PCR扩增,以14个蔷薇科植物的ITS序列作为对照,进行多重对比和系统进化树分析。序列分析结果表明,16个湖北海棠品种的ITS序列长度介于590~596 bp之间,与Gen Bank已公布的ITS序列高度一致,同源性达到98%以上。系统进化树分析表明,DJH2、DJH5、DJH6、DJH7、DJH10同位于一个大的分支,与丽江山荆子亲缘关系较近;DJH8、DJH12、DJH13则处于一个独立的分支;DJH9、DJH11、DJH15、DJH16同位于另一个大的分支,与毛山荆子和三叶海棠亲缘关系较近;DJH3、DJH4与已登录的湖北海棠标准ITS序列最为接近,亲缘关系最近。本项目研究对于神农架大九湖湿地野生湖北海棠的分类和种质资源保护利用具有一定积极意义。

基于LSU和ITS的青藏高原黄绿卷毛菇种群遗传多样性分析

为研究黄绿卷毛菇群体遗传结构,以青海、西藏、四川3个省份的10个地理群共91个样本黄绿卷毛菇为实验材料,采用分子生物学方法测定和分析所有样本的LSU和ITS序列。结果显示:1 995bp的LSU和ITS基因序列共有8个变异位点,得到20个基因型。单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(pi)分别为0.538±0.026和0.00029±0.00002;青海玉树和青海兴海的遗传多样性指数最高。分子变异分析结果表明黄绿卷毛菇群体遗传变异主要来自种群内(75.70%),种群间遗传分化较大。系统进化树结果也表明,10个地理群分成2个支系,黄绿卷毛菇群体存在明显的地理结构。中性检测结果进一步证实,黄绿卷毛菇群体有着复杂的群体历史,曾发生过种群数量扩张,近期种群数量正在衰减。

东方次睾吸虫囊蚴的分子鉴定

为了鉴定淡水鱼体内的囊蚴是否为东方次睾吸虫囊蚴,试验采用PCR方法分别对5尾麦穗鱼的吸虫囊蚴核糖体内转录间隔区（ITS）进行扩增、克隆及序列分析。结果表明：5个样品的ITS序列长度均为1 077 bp,ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为629 bp、160 bp和288 bp,5个样品的ITS核苷酸同源性为99.7%~100%;与Gen Bank中已发表的东方次睾吸虫成虫ITS1和ITS2序列的核苷酸同源性分别为98.7%~98.9%和99.7%~100%;基于ITS2序列构建的进化树显示,除布氏姜片吸虫外,每科均形成一个分支;5个东方次睾吸虫囊蚴与东方次睾吸虫成虫在同一分支上,与华支睾吸虫关系最近。说明麦穗鱼体内的囊蚴为东方次睾吸虫囊蚴。

位点特异性PCR鉴别桃仁中掺入苦杏仁的方法分析

目的:由于中药材传统真伪鉴别方法的局限性,本研究拟通过位点特异性聚合酶链式反应(PCR)建立一种能够快速鉴别桃仁中掺有苦杏仁的方法。方法:通过比对苦杏仁与桃仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)基因序列,寻找单核苷酸多态性(SNP)位点并设计特异性鉴别引物。利用不同的苦杏仁和桃仁样品进行PCR扩增,对影响PCR反应体系的退火温度、引物浓度、循环数等条件进行优化,并对该方法的专属性和检出限进行了考察。另外,利用建立的PCR鉴别方法对不同来源和不同产地桃仁中掺有不同比例苦杏仁的样品进行检测,以验证该方法的稳定性和准确性。结果:建立了桃仁中掺混苦杏仁的特异性PCR鉴别方法,在退火温度63℃和引物循环数30个时仅有苦杏仁能扩增得到432 bp的特异性条带,桃仁样品则无此条带。该方法对苦杏仁的最低检出限为0.2 ng,其对桃仁中掺入苦杏仁的检出限为1%,可用于日常桃仁中掺混苦杏仁的检测。结论:建立的位点特异性PCR方法能够准确地检测桃仁中是否掺有苦杏仁,可为桃仁的质量控制提供实验依据,以保障其临床用药安全。