核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。

柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析

目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法得到遗传距离和系统进化树。结果得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSUrRNA),转录间隔区(ITS),5SrRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSUrRNA)的部分序列。结论柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosemabombycis相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSUrRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。

我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析

通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。

山丘疫区杜氏利什曼原虫核糖体基因内转录间隔区的克隆及序列分析

目的 构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。 方法 提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链末端终止法测序。 结果 扩增出约 10 0 0bp的rDNAITS片段。测序结果表明山丘疫区的2株利什曼原虫L .d .SC10和L .d .6分别为 10 2 7bp和 10 2 8bp。序列分析结果表明 ,L .d .SC10和L .d .6有一定差异。 结论 获得了我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株L .d .SC10和L .d .6的前鞭体rDNAITS序列。

三种库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定与系统进化分析

对广东省野外采集的库蚊属中2个亚属中的3种库蚊,褐尾库蚊Culex fuscanus(Lutzia、路蚊亚属)、二带喙库蚊Cx.bitaeniorhynchus和致倦库蚊Cx.pipiens quinquefasciatus(Culex、库蚊亚属)进行核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定,并与GenBank中已知库蚊属中路蚊亚属、库蚊亚属、新库蚊亚属和黑蚊亚属的11种和伊蚊属1种蚊虫的ITS2进行序列分析。结果表明:褐尾库蚊与同亚属的非洲蚊种(Culex tigripes)亲缘关系最近,基因同源性为65.27%;库蚊亚属的二带喙库蚊与伪杂鳞库蚊基因同源性为75.87%;致倦库蚊与尖音库蚊复合组内淡色库蚊的基因同源性97.13%。在所选库蚊中,黑蚊亚属与伊蚊最接近,其次是新库蚊亚属和路蚊亚属的蚊虫。在库蚊属4个亚属中,路蚊亚属与库蚊亚属有更近的亲缘关系,这也印证了库蚊亚属某些幼虫与路蚊亚属幼虫具有相似习性的遗传基础。系统进化关系分析结果与经典分类学分类系统接近一致,但库蚊亚属的进化可能更具多样性。

不同产地蒺藜核糖体DNA内转录间隔区序列分析

目的通过测定核糖体DNA内转录间隔区(Ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)基因序列,确定不同产地的蒺藜在种质遗传上是否存在差异。方法利用PCR产物直接测序,测定不同产地蒺藜的rDNA-ITS基因序列。结果测得ITS碱基序列742 bp,其中ITS1全部序列267 bp,5.8 S全部序列167bp,ITS2全部序列209 bp。6个产地的蒺藜样品的ITS的碱基序列完全相同。结论不同地区的蒺藜在种质上没有发生变异。

核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用

本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。

放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较

核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。

我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析

本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。

红螯螯虾核糖体DNA-ITS区序列特征

红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)是一种原产于澳大利亚的淡水螯虾,具有良好的养殖前景。为了从多角度提高对红螯螯虾群体遗传多样性的认识,通过PCR扩增了其内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)并进行了克隆测序,采用生物信息学软件对其序列进行了比较分析。结果表明,红螯螯虾ITS序列长度为722~942 bp,ITS1长度短于ITS2,5.8S和ITS2的GC含量较高。其中ITS1长度为157~166 bp,平均GC含量为42.3%~42.9%,是迄今为止甲壳类中发现的最短的ITS1序列;5.8S除了有一条序列长度为159 bp外,其余479条序列均为165 bp,平均GC含量为55.6%~55.9%;ITS2长度为394~614 bp,GC含量为53.6%~54.0%。序列比对显示,整个ITS中微卫星序列(simple sequence repeat,SSR)共有4处,其中ITS1中有1处,为(CAT)n类型;ITS2中有3处,分别为(AGGC)n、(TGC)n和(TAA)n。个体内差异分析表明,红螯螯虾ITS个体内存在SNP位点,而且由于SSR重复数不同在长度上存在个体内差异。相似性分析表明,红螯螯虾ITS1和ITS2与其他甲壳动物相似性较低;5.8S与其他甲壳动物有着极高的相似性,其中与中华绒螯蟹相似性达到88%。基于5.8S构建的NJ树显示,红螯螯虾与中华绒螯蟹亲缘关系最近聚为一支,然后与克氏原螯虾聚为一支。这可能是目前螯虾属ITS序列较少的原因。当采用ITS进行红螯螯虾种质分析时,需要在每个群体中取少量个体测定多个克隆的方法进行预实验。本研究结果补充了螯虾类ITS的序列资源,为ITS在红螯螯虾遗传多样性分析中的应用提供了理论依据。

栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用(英文)

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文)

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明，其同源率为80．2％～93．1％，变异位点主要在ITS1，表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。

帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究(英文)

根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区(ITS1)和第二内转录间隔区(ITS2)序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITS1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61.55%、60.78%、62.48%和64.86%～64.97%,其中ITS1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61.67%、61.03%、63.03%和65.51%～65.62%,江户布目蛤种内ITS1序列有个体差异;ITS2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61.18%、61.29%～61.81%、62.73%和61.48%～61.60%,其中ITS2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65.29%、65.21%～66.06%、67.87%和67.38%～67.62%,青蛤和江户布目蛤种内ITS2序列有个体差异。4种蛤ITS1和ITS2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITS2种间序列相似度73.0%～89.1%,与ITS1的种间序列相似度48.7%～81.5%相比略高。此外,在4种蛤ITS1和ITS2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITS1和ITS2序列的组装获得了4种蛤5.8SrRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57.96%～58.60%,4种蛤5.8SrRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6.0%,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5.8SrRNA基因序列完全相同。以ITS2序列(包含5.8SrRNA和28SrRNA基因部分序列)为标记,调用北极蛤科的Arcticaislandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。

米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域，并用邻接法构建系统进化树，研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻（Karena brevis）、微小卡罗藻（Karlodinium micrum）等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97％～99％，远大于微小原甲藻（Prorocentrum minimum）、海洋原甲藻（P．micans）、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）等在分类学上相距较远的藻种，各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致，18SrDNA序列相对保守，适合进行属以上关系的系统进化分析，而ITS序列变异较大，适合种属间鉴别分析，且ITS1和ITS2是变异很大的区域，适合种间的分子特异性鉴定，这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据，进而为治理赤潮提供帮助。

微小按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异

目的 :比较不同地株微小按蚊核糖体DNA(rDNA)内转录间隔 2区 (ITS2 )序列差异。方法 :通过对PCR扩增rDNAITS2片段测序 ,比较其不同地株差异。结果 :对 6株微小按蚊测序比较 ,存在有微小按蚊A和C型。结论 :rDNAITS2序列差异可用于建立A。

奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼rDNA内转录间隔区序列特征

核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)是经常被用作种和种群水平系统研究的分子序列。本文分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)内转录间隔区,包括部分18S序列,ITS1、5.8S、ITS2全序列及部分28S序列。4尾奥利亚罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其存在长度不同的a、b两种类型ITS1。a型长为536 bp,GC含量为69.96%;b型长为520 bp,GC含量为69.04%～69.42%。4尾尼罗罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其只存在a型ITS1,长为536～540 bp,GC含量为69.42%～70.19%。与b型ITS1相比,a型ITS1在16～31 nt有16 bp片段(GGCCCGCCTGCGGCGC)的插入。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼共20条ITS序列中,5.8S长度均为157 bp,GC含量为56.69%～57.96%;ITS2为408 bp,GC含量为72.79%～74.26%。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼ITS区序列相似性高达98.2%,表明这两种罗非鱼亲缘关系很近。此外,本文对14尾奥利亚罗非鱼、15尾尼罗罗非鱼以及15尾奥尼罗非鱼[O.aureus(♂)×O.niloticus(♀)]ITS1的扩增结果显示,奥利亚罗非鱼均有a、b两种类型ITS1;15尾尼罗罗非鱼中1尾为a、b两类型ITS1,14尾为a型ITS1;15尾奥尼罗非鱼中则有6尾具有a、b两类型ITS1,9尾为单一的a型ITS1。分析表明,奥利亚罗非鱼在ITS1这个位点一致性高,但尼罗罗非鱼中有1尾混杂了奥利亚罗非鱼的基因,同时也说明分子生物学手段应用于种质鉴定比形态学手段更为精确。

小麦纹枯病菌核糖体基因内转录区序列比较

对 7个从江苏省小麦纹枯病样本分离到的丝核菌菌株,进行形态学鉴定、融合群分类和致病性测定,提取病菌的DNA,采用通用引物ITS1(TCCGTAGGTGAACCTGCGG)和ITS4 (TCCTCCGCTTATTGATATGC),扩增病菌的rDNA内转录区(ITS),并对扩增产物进行了测序。用这些序列在NCBI中进行BLAST分析,得到与这些菌株亲缘关系最近的菌株序列,并明确了这些菌株的分类地位。对以上的菌株序列进行Alignment分析,结果表明,病菌的 5. 8SrDNA序列高度保守,而ITS区的可变性则相对较高,在双核和多核丝核菌、双核丝核菌CAG1融合群和非CAG1融合群菌株间存在差异,可用于反映菌株间的进化关系和双核丝核菌种下分类。

利用核核糖体DNA内转录间隔区(ITS)探讨广义羽藓科系统发育

利用核核糖体DNAITS序列 ,探讨了苔藓植物广义羽藓科的系统发育 ,摸索出适于扩增ITS片段的最适反应条件。实验共得到广义羽藓科 6个种的ITS序列 ,它们分别是 :Abieti nellaabietina (AJ4 174 94 ) ,Anomodonminor (AJ344 14 5 ) ,Claopodiumaciculum (AJ315 96 8) ,Thuidiumpristocalyx (AJ4 16 443) ,Thuidiumassimile (AJ4 16 442 ) ,Herpetineurontoccoae(AJ315 96 7) ,其中后 5个种是国际上首次得到的。本文利用ITS序列构建羽藓科 7属、 11种植物的系统发育树 ,据Bootstrap严格一致树表明 :广义的羽藓科为并系发育 ,可分为两个主要的分支 ,牛舌藓属Anomodon ,羊角藓属Herpetineuron和多枝藓属Haplohymenium等为一支 ,而山羽藓属Abietinella ,羽藓属Thuidium ,沼羽藓属Helodium和麻羽藓属Claopodium等为另一主要分支 ,从分子水平上支持了据形态特征把原牛舌藓亚科的牛舌藓属 ,羊角藓属 ,多枝藓属提升为牛舌藓科的结论。