我国4种白蛉的核糖体内转录间隔2区PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP方法对我国内脏利什曼病传播媒介中华白蛉(Phlebotomus chinensis)、吴氏白蛉(Ph.wui)、长管白蛉(Ph.longiductus)和亚历山大白蛉(Ph.alexandri)等4种白蛉的核糖体内转录间隔2区(ITS2)进行分型。PCR-RFLP结果显示,以限制性内切酶DraⅠ酶切ITS2片段,可分出4种RFLP带型,即A为450 bp,B为154 bp/127 bp/93 bp/66 bp/10 bp,C为311 bp/80 bp/60 bp,D为353 bp/300 bp/160 bp/58 bp。结果显示,4种白蛉均只有1种RFLP带型,中华白蛉为AA型,亚历山大白蛉为BB型,吴氏白蛉为CC型,长管白蛉为DD型。利用PCR-RFLP方法可区分我国4种内脏利什曼病传播媒介的种类。

我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析

通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。

三种库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定与系统进化分析

对广东省野外采集的库蚊属中2个亚属中的3种库蚊,褐尾库蚊Culex fuscanus(Lutzia、路蚊亚属)、二带喙库蚊Cx.bitaeniorhynchus和致倦库蚊Cx.pipiens quinquefasciatus(Culex、库蚊亚属)进行核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定,并与GenBank中已知库蚊属中路蚊亚属、库蚊亚属、新库蚊亚属和黑蚊亚属的11种和伊蚊属1种蚊虫的ITS2进行序列分析。结果表明:褐尾库蚊与同亚属的非洲蚊种(Culex tigripes)亲缘关系最近,基因同源性为65.27%;库蚊亚属的二带喙库蚊与伪杂鳞库蚊基因同源性为75.87%;致倦库蚊与尖音库蚊复合组内淡色库蚊的基因同源性97.13%。在所选库蚊中,黑蚊亚属与伊蚊最接近,其次是新库蚊亚属和路蚊亚属的蚊虫。在库蚊属4个亚属中,路蚊亚属与库蚊亚属有更近的亲缘关系,这也印证了库蚊亚属某些幼虫与路蚊亚属幼虫具有相似习性的遗传基础。系统进化关系分析结果与经典分类学分类系统接近一致,但库蚊亚属的进化可能更具多样性。

放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较

核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。

微小按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异

目的 :比较不同地株微小按蚊核糖体DNA(rDNA)内转录间隔 2区 (ITS2 )序列差异。方法 :通过对PCR扩增rDNAITS2片段测序 ,比较其不同地株差异。结果 :对 6株微小按蚊测序比较 ,存在有微小按蚊A和C型。结论 :rDNAITS2序列差异可用于建立A。

柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析

目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法得到遗传距离和系统进化树。结果得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSUrRNA),转录间隔区(ITS),5SrRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSUrRNA)的部分序列。结论柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosemabombycis相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSUrRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。

兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析

为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。

利用核核糖体DNA内转录间隔区(ITS)探讨广义羽藓科系统发育

利用核核糖体DNAITS序列 ,探讨了苔藓植物广义羽藓科的系统发育 ,摸索出适于扩增ITS片段的最适反应条件。实验共得到广义羽藓科 6个种的ITS序列 ,它们分别是 :Abieti nellaabietina (AJ4 174 94 ) ,Anomodonminor (AJ344 14 5 ) ,Claopodiumaciculum (AJ315 96 8) ,Thuidiumpristocalyx (AJ4 16 443) ,Thuidiumassimile (AJ4 16 442 ) ,Herpetineurontoccoae(AJ315 96 7) ,其中后 5个种是国际上首次得到的。本文利用ITS序列构建羽藓科 7属、 11种植物的系统发育树 ,据Bootstrap严格一致树表明 :广义的羽藓科为并系发育 ,可分为两个主要的分支 ,牛舌藓属Anomodon ,羊角藓属Herpetineuron和多枝藓属Haplohymenium等为一支 ,而山羽藓属Abietinella ,羽藓属Thuidium ,沼羽藓属Helodium和麻羽藓属Claopodium等为另一主要分支 ,从分子水平上支持了据形态特征把原牛舌藓亚科的牛舌藓属 ,羊角藓属 ,多枝藓属提升为牛舌藓科的结论。

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。

山丘疫区杜氏利什曼原虫核糖体基因内转录间隔区的克隆及序列分析

目的 构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。 方法 提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链末端终止法测序。 结果 扩增出约 10 0 0bp的rDNAITS片段。测序结果表明山丘疫区的2株利什曼原虫L .d .SC10和L .d .6分别为 10 2 7bp和 10 2 8bp。序列分析结果表明 ,L .d .SC10和L .d .6有一定差异。 结论 获得了我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株L .d .SC10和L .d .6的前鞭体rDNAITS序列。

不同产地蒺藜核糖体DNA内转录间隔区序列分析

目的通过测定核糖体DNA内转录间隔区(Ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)基因序列,确定不同产地的蒺藜在种质遗传上是否存在差异。方法利用PCR产物直接测序,测定不同产地蒺藜的rDNA-ITS基因序列。结果测得ITS碱基序列742 bp,其中ITS1全部序列267 bp,5.8 S全部序列167bp,ITS2全部序列209 bp。6个产地的蒺藜样品的ITS的碱基序列完全相同。结论不同地区的蒺藜在种质上没有发生变异。

核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用

本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。

我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析

本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。

基于核糖体DNA第二内转录间隔区基因的9种蚊虫分子鉴定

目的分析常见9种蚊虫核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定方法探讨提供依据。方法在山东省济宁市采集淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色柯蚊成蚊,形态学种类鉴定后,提取上述9种蚊虫DNA,PCR扩增rDNA-ITS2基因并测序;在GenBank中进行同源性比对,采用Bioedit 7.0软件及DNAMAN软件对测序结果进行比对分析,通过DNASTAR、ClustalX 1.81和Mega6软件分析列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果9种蚊虫的rDNA-ITS2长度在343 bp与577 bp之间,共有59个保守位点、449个变异位点、235个简约信息位点和191个单态位点,9种蚊虫种间序列同源性为28.21%~53.76%;所有蚊虫的rDNA-ITS2基因分子鉴定与形态学鉴定吻合率100%,库蚊属的淡色库蚊、三带喙库蚊和二带喙库蚊聚成一类,伊纹属的白纹伊蚊和刺扰伊蚊聚成一类,不同种蚊虫为独立分支。结论核糖体DNA第二内转录间隔(rDNA-ITS2)基因可用于蚊虫属和种的鉴定。

栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用(英文)

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。

帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究(英文)

根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区(ITS1)和第二内转录间隔区(ITS2)序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITS1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61.55%、60.78%、62.48%和64.86%～64.97%,其中ITS1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61.67%、61.03%、63.03%和65.51%～65.62%,江户布目蛤种内ITS1序列有个体差异;ITS2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61.18%、61.29%～61.81%、62.73%和61.48%～61.60%,其中ITS2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65.29%、65.21%～66.06%、67.87%和67.38%～67.62%,青蛤和江户布目蛤种内ITS2序列有个体差异。4种蛤ITS1和ITS2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITS2种间序列相似度73.0%～89.1%,与ITS1的种间序列相似度48.7%～81.5%相比略高。此外,在4种蛤ITS1和ITS2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITS1和ITS2序列的组装获得了4种蛤5.8SrRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57.96%～58.60%,4种蛤5.8SrRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6.0%,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5.8SrRNA基因序列完全相同。以ITS2序列(包含5.8SrRNA和28SrRNA基因部分序列)为标记,调用北极蛤科的Arcticaislandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。

米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）核糖体18SrDNA及其转录间隔（ITS）区序列PCR扩增并测序，获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析，分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域，并用邻接法构建系统进化树，研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻（Karena brevis）、微小卡罗藻（Karlodinium micrum）等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97％～99％，远大于微小原甲藻（Prorocentrum minimum）、海洋原甲藻（P．micans）、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）等在分类学上相距较远的藻种，各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致，18SrDNA序列相对保守，适合进行属以上关系的系统进化分析，而ITS序列变异较大，适合种属间鉴别分析，且ITS1和ITS2是变异很大的区域，适合种间的分子特异性鉴定，这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据，进而为治理赤潮提供帮助。

内部核糖体进入位点(IRES)调控多种癌细胞系中尾型同源盒转录因子2的翻译

尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'untranslated region,5'-UTR)存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES),并通过IRES在HEK293细胞以及肝癌、肠癌和卵巢癌等肿瘤细胞株中介导翻译起始。IRES介导的翻译机制与经典的帽依赖翻译途径(cap-dependent translation)不同,在一些IRES反式作用因子(IRES trans-acting factors,ITAFs)的作用下,不需要帽状结构,IRES可以直接招募核糖体小亚基,起始翻译。同时,肿瘤细胞内IRES介导的翻译方式可能是引起蛋白质异常表达的原因之一。通过Western印迹检测CDX2在4种肿瘤细胞系中的表达,发现CDX2的IRES活性与其在肿瘤细胞中蛋白质表达量正相关,其活性在耐药型卵巢肿瘤细胞株中最高。此外,CDX2 IRES元件的5'端截短及报告酶活性分析证明,CDX2 5'-UTR的活性中心位于68~147碱基之间,而位于5'末端的67个碱基形成一个远端茎环,抑制全长IRES的活性。定点突变68~147活性区域的实验结果揭示,3个茎环结构域(68GCCGGC73,88GCCAG92和114CUCUG118)是IRES元件中不可或缺的部分。上述结果证明,CDX2 5'-UTR具有IRES活性,其活性依赖于二级茎环结构。因此,可以针对特殊的茎环结构域进行研究,使之成为肿瘤药物作用靶点。

河南省溪蟹体内并殖吸虫内转录间隔区2与环氧化酶1基因序列分析

目的分析河南省溪蟹体内并殖吸虫囊蚴内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)和环氧化酶1(cyclooxygenase 1,COX1)基因序列,鉴定并殖吸虫虫种,并分析其与国内其他省份并殖吸虫间的遗传学关系。方法2016—2021年,从河南省郑州市、洛阳市、平顶山市、南阳市及济源市等5个市8个调查点采集溪蟹,检出溪蟹中并殖吸虫囊蚴,计算溪蟹囊蚴感染率;提取囊蚴DNA进行PCR扩增并测序。使用DNASTAR软件拼接测序结果、进行基因序列比对,同时与GenBank数据库中并殖吸虫基因序列进行BLAST比对。以肝片吸虫为外群,使用MEGA 6.0软件,采用邻接法构建基于ITS2、COX1基因序列的系统进化树。结果河南省郑州市、洛阳市、平顶山市、南阳市及济源市等5个市8个调查点溪蟹并殖吸虫囊蚴感染率分别为6.83%(11/161)、50.82%(31/61)、18.52%(5/26)、8.76%(12/137)、14.29%(9/63)、17.76%(19/105)、18.50%(32/173)和42.71%(41/96),平均阳性率为19.46%(160/822),平均感染度为0.57个/g。PCR扩增结果显示,并殖吸虫ITS2、COX1基因片段长度分别约为500、450 bp。河南省8个调查点溪蟹并殖吸虫囊蚴ITS2基因序列与斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:MW960209.1)同源性最高,为99.8%~100.0%;基因进化树中与四川省(GenBank登录号:AY618747.1)、广西壮族自治区(GenBank登录号:AY618729.1)、湖北省斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618751.1)以及福建(GenBank登录号:AY618741.1)和日本宫崎并殖吸虫(GenBank登录号:AB713405.1)聚为1个大分支。COX1基因序列与斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618798.1)同源性最高,为90.0%~100.0%;在进化树中与所有斯氏并殖吸虫聚为1个大分支,且与湖北省斯氏并殖吸虫(GenBank登录号:AY618782.1、AY618764.1)聚为1个小支。结论河南省溪蟹体内并殖吸虫虫种均为斯氏并殖吸虫,且与湖北省斯氏并殖吸虫基因序列同源性最高。本研究结果可望为河南省以及全国并殖吸虫研究提供参考。