放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较

核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。

柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析

目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法得到遗传距离和系统进化树。结果得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSUrRNA),转录间隔区(ITS),5SrRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSUrRNA)的部分序列。结论柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosemabombycis相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSUrRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。

赫坎按蚊种群近缘种核糖体基因内转录第二间隔区序列分析

目的 分析赫坎按蚊种群内 4个近缘种核糖体基因内转录第二间隔区 (rDNAITS2 )特征。 方法 采用特异性ITS2 引物对中华按蚊和嗜人按蚊江苏实验株、辽宁省沈阳市和朝鲜开城现场捕获的嗜人按蚊、八代按蚊和雷氏按蚊rDNAITS2 进行PCR扩增、基因测序和限制性内切酶酶切位点图谱分析。 结果与结论 赫坎按蚊种群近缘种中华按蚊、嗜人按蚊、八代按蚊和雷氏按蚊rDNAITS2 分别为 472、45 2、45 6和 45 6bp 。

山丘疫区杜氏利什曼原虫核糖体基因内转录间隔区的克隆及序列分析

目的 构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。 方法 提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链末端终止法测序。 结果 扩增出约 10 0 0bp的rDNAITS片段。测序结果表明山丘疫区的2株利什曼原虫L .d .SC10和L .d .6分别为 10 2 7bp和 10 2 8bp。序列分析结果表明 ,L .d .SC10和L .d .6有一定差异。 结论 获得了我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株L .d .SC10和L .d .6的前鞭体rDNAITS序列。

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文)

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了

真菌核糖体基因间隔区研究概况

真菌基因组核糖体基因间隔区是分子生物技术研究的重要片段。本文综述了PCR:RFLP技术。

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。

我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析

通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。

利用核核糖体DNA内转录间隔区(ITS)探讨广义羽藓科系统发育

利用核核糖体DNAITS序列 ,探讨了苔藓植物广义羽藓科的系统发育 ,摸索出适于扩增ITS片段的最适反应条件。实验共得到广义羽藓科 6个种的ITS序列 ,它们分别是 :Abieti nellaabietina (AJ4 174 94 ) ,Anomodonminor (AJ344 14 5 ) ,Claopodiumaciculum (AJ315 96 8) ,Thuidiumpristocalyx (AJ4 16 443) ,Thuidiumassimile (AJ4 16 442 ) ,Herpetineurontoccoae(AJ315 96 7) ,其中后 5个种是国际上首次得到的。本文利用ITS序列构建羽藓科 7属、 11种植物的系统发育树 ,据Bootstrap严格一致树表明 :广义的羽藓科为并系发育 ,可分为两个主要的分支 ,牛舌藓属Anomodon ,羊角藓属Herpetineuron和多枝藓属Haplohymenium等为一支 ,而山羽藓属Abietinella ,羽藓属Thuidium ,沼羽藓属Helodium和麻羽藓属Claopodium等为另一主要分支 ,从分子水平上支持了据形态特征把原牛舌藓亚科的牛舌藓属 ,羊角藓属 ,多枝藓属提升为牛舌藓科的结论。

植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用

目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用。本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述。

黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析

黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。

小麦纹枯病菌核糖体基因内转录区序列比较

对 7个从江苏省小麦纹枯病样本分离到的丝核菌菌株,进行形态学鉴定、融合群分类和致病性测定,提取病菌的DNA,采用通用引物ITS1(TCCGTAGGTGAACCTGCGG)和ITS4 (TCCTCCGCTTATTGATATGC),扩增病菌的rDNA内转录区(ITS),并对扩增产物进行了测序。用这些序列在NCBI中进行BLAST分析,得到与这些菌株亲缘关系最近的菌株序列,并明确了这些菌株的分类地位。对以上的菌株序列进行Alignment分析,结果表明,病菌的 5. 8SrDNA序列高度保守,而ITS区的可变性则相对较高,在双核和多核丝核菌、双核丝核菌CAG1融合群和非CAG1融合群菌株间存在差异,可用于反映菌株间的进化关系和双核丝核菌种下分类。

基于核糖体DNA第二内转录间隔区基因的9种蚊虫分子鉴定

目的分析常见9种蚊虫核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定方法探讨提供依据。方法在山东省济宁市采集淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色柯蚊成蚊,形态学种类鉴定后,提取上述9种蚊虫DNA,PCR扩增rDNA-ITS2基因并测序;在GenBank中进行同源性比对,采用Bioedit 7.0软件及DNAMAN软件对测序结果进行比对分析,通过DNASTAR、ClustalX 1.81和Mega6软件分析列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果9种蚊虫的rDNA-ITS2长度在343 bp与577 bp之间,共有59个保守位点、449个变异位点、235个简约信息位点和191个单态位点,9种蚊虫种间序列同源性为28.21%~53.76%;所有蚊虫的rDNA-ITS2基因分子鉴定与形态学鉴定吻合率100%,库蚊属的淡色库蚊、三带喙库蚊和二带喙库蚊聚成一类,伊纹属的白纹伊蚊和刺扰伊蚊聚成一类,不同种蚊虫为独立分支。结论核糖体DNA第二内转录间隔(rDNA-ITS2)基因可用于蚊虫属和种的鉴定。

不同产地蒺藜核糖体DNA内转录间隔区序列分析

目的通过测定核糖体DNA内转录间隔区(Ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)基因序列,确定不同产地的蒺藜在种质遗传上是否存在差异。方法利用PCR产物直接测序,测定不同产地蒺藜的rDNA-ITS基因序列。结果测得ITS碱基序列742 bp,其中ITS1全部序列267 bp,5.8 S全部序列167bp,ITS2全部序列209 bp。6个产地的蒺藜样品的ITS的碱基序列完全相同。结论不同地区的蒺藜在种质上没有发生变异。

核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用

本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。

棉花疫病菌和辣椒疫病菌核糖体基因ITS区域的克隆和序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 174和 432个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ITS1和ITS2的同源性均高达 10 0 % ,而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ITS1同源性为 70 9% ,其中中间区域 5 2～ 178bp在两种间变异丰富 ,同源性只有 5 4 3% ;ITS2在两种疫霉菌间的同源性为 70 9% 。

西瓜炭疽菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析。结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为1101、061、181、47,GC含量为55.1%。用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbicu-lare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1I、TS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据。

黄瓜黑星病菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,其中ITS1长154bp,5.8S rDNA长159bp,ITS2长150bp,各碱基的个数分别为G 119个、C 118个、A 120个、T 106个,GC含量为51.2%。利用MEGA4软件中的NJ法和ME法,对3个样品序列以及GenBank中登陆的枝孢霉属其他25个种构建ITS聚类分析树状图,NJ法和ME法构建的结果基本相同,枝孢霉属可以分为5个聚类组,所测的3个样品和Cladosporium cucumerinum在一个聚类组中。