基于核糖体基因分析的中华血吸虫分子种系发生研究

目的 测定中华血吸虫细胞核核糖体基因 r DNA- ITS2和 L SU序列 ,并根据这些序列 ,构建基因树 ,探讨中华血吸虫在裂体属内的系统发生位置。 方法 以 GNT- K法抽提基因组 DNA后 ,用特异引物 ,PCR扩增目的基因。扩增后的 PCR产物经纯化后克隆于载体质粒 p T- adv中再次扩增后 ,提取并纯化质粒 DNA,并以此作模板 ,使用通用测序引物 M13 (F/ R)于 L icor测序仪上进行测序。检索 Gen Bank,查找曼氏血吸虫相关血吸虫两基因序列 ,将有关血吸虫同一基因排序、比较分析后 ,以毛毕吸虫和杜氏小裂体吸虫作为外群 ,使用 PHYL IP和 MEGA以邻接法和最大简约法绘制系统发生树。 结果 克隆并测定了中华血吸虫的 r DNA - ITS2和 L SU ,毛毕吸虫的r DNA- ITS2序列 ,以及根据这些序列构建系统发生树。 结论 中华血吸虫 ITS2和 L SU基因的系统发生树结果一致 ,均提示中华血吸虫归属于亚洲血吸虫种群 。

猪核糖体蛋白基因RPLP0的cDNA全长、染色体定位和多态性分析(英文)

RPLP0基因编码酸性核糖体磷蛋白大亚基P0, 是核糖体60S亚基的组成成分之一。从本室构建的猪胚胎骨骼肌cDNA文库中分离得到猪RPLP0基因的全长cDNA,并提交 GenBank 数据库。比较猪 RPLP0 基因和人及小鼠同源基因的cDNA序列和蛋白质序列,结果表明该基因在 3 个物种中具有高的相似性。用 PCR-RFLP 方法在猪 RPLP0基因cDNA 545处检测到 C→A 的单碱基突变,为 Csp6Ⅰ的酶切位点。统计分析结果表明 3 种基因型 (AA,AC,CC)在外来品种杜洛克,大约克, 长白和中国地方品种通城猪,小梅山,玉山猪中的分布各不相同。同时使用体细胞杂种板(SCHP)和辐射杂种板(IMpRH) 对 RPLP0 基因进行染色体定位,该基因被定位于 SSC 14q22-q24 并且和SW1321微卫星标志紧密连锁 (25cR, LOD = 14.54)。

RPL3可作为低级别胶质瘤的预后标志物且与免疫细胞浸润相关

目的 研究核糖体大亚基蛋白3(ribosomal protein L3,RPL3)在低级别胶质瘤(low-grade glioma, LGG)中的表达、潜在的预后价值及其对免疫细胞浸润的影响。方法 提取肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression, GTEx)、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource, TIMER)数据库中LGG相关数据集,应用多种生物信息学分析,探讨RPL3与LGG预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫检查点表达等相关性。结果 与正常组织相比,LGG肿瘤组织中RPL3的mRNA水平和蛋白水平升高。单变量和多变量Cox分析发现,RPL3是LGG的独立预后因素,且RPL3低表达与LGG预后不良相关。RPL3表达与CD8^(+)T细胞、B细胞、树突状细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平显著负相关。RPL3也被证实与免疫检查点CD274、PDCD1、CTLA4、TIGIT、SIGLEC15、PDCD1LG2及LAG3显著共表达。结论 RPL3在LGG中表达增加,且低表达与预后不良相关。RPL3可能通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞浸润影响肿瘤的发展,RPL3可能作为LGG免疫治疗的潜在靶点。

福建东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻的分子系统分类和遗传多样性研究

本研究利用核糖体大亚基5′端序列PCR-RFLP以及转录单元内间隔区(Internal TranscribedSpacer,ITS)序列分析相结合的方法,首次对福建东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻进行了分子系统分类和遗传多样性研究.PCR-RFLP分析发现东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻都属于C系群共生藻,而ITS序列的序列分析结果表明东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻都属于C1亚系群.研究结果表明ITS序列进化速度快,适合于造礁石珊瑚共生藻属亚系群水平的鉴定.而东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻的多样性低,暗示东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻共生系统面对外界环境压力的适应能力较低.

高产紫杉醇内生真菌J11的鉴定

从南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)的幼茎中分离出一株产紫杉醇内生真菌J11.菌株J11的发酵提取物经高分辨质谱分析,证实J11菌株可产紫杉醇.提取该菌株的基因组DNA,扩增核糖体internal transcribed spacer(ITS)和28S核糖体large subunit rRNA gene(LSU)序列,经测序获得该菌的ITS序列和LSU序列.序列比对和检索结果表明,J11菌株为葡萄座腔菌(Botryosphaeria ssp.)属中的一个新菌株.形态学鉴定符合葡萄座腔菌属特征,高效液相色谱分析表明,J11菌株的紫杉醇含量约为615.1μg/L.本研究首次证实葡萄座腔菌J11是一株高产紫杉醇野生型菌株,具有潜在的应用前景.

基于28S rDNA序列的鞘藻目系统发育研究

作者进行了较广泛的样品采集,通过实验分离纯化培养得到多个鞘藻目种类的株系,并采用PCR技术新获得鞘藻目2属8个种类的部分28S rDNA序列,连同GenBank中的另两条序列,分析的物种涵盖了鞘藻目中的每个属。通过比较分析绿藻纲中包括此10条序列的共36个种类的同一基因序列,并选取Trebouxiophyceae中的椭圆小球藻(Chlorella ellipsoidea)和Fusochloris perforata作外类群,运用多种方法构建分子系统树,包括邻接法(Neighbor-Joining)、最大简约法(Maximum Parsimony)和Bayesian方法。3种方法所得的结果非常相似,在形态上就在整个绿藻中界限分明的鞘藻目从分子水平上再次证明为单系起源的类群;构建的系统发育树还在一定程度上表明毛鞘藻属处于鞘藻目内三个属中较分离的位置,而枝鞘藻属与鞘藻属植物并无明显界限。

片形吸虫“中间型”核糖体大小亚基序列多态位点的解析

为了分析片形吸虫"中间型"核糖体rDNA大小亚基中是否存在多态位点,试验通过经典分子生物学方法对采自青海省、广西壮族自治区和黑龙江省的片形吸虫进行准确鉴定,扩增3个地区片形吸虫rDNA的18S和28S序列,通过比对序列分析可能存在的多态位点,最后对可能存在的多态位点片段进行克隆验证。结果表明:采自青海省、广西壮族自治区和黑龙江省的片形吸虫分别是肝片吸虫、大片吸虫和片形吸虫"中间型",片形吸虫"中间型"18S的第653位和28S的第371,575,1422,2981位为多态位点。说明片形吸虫"中间型"rDNA 18S和28S序列存在5个新的多态位点,丰富了片形吸虫分子分类的标记基因。

我国代表地区须癣毛癣菌复合体的分子鉴定与分型研究

目的对我国代表地区的须癣毛癣菌菌株进行分子再鉴定和分型研究。方法选取我国南北方8个省市地区经表型鉴定的须癣毛癣菌菌株47株,通过再培养形态观察、生理试验;PCR扩增核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和核糖体大亚基(LSU)D1-D2区,测序后利用数据库进行序列比对,对须癣毛癣菌复合体进行再鉴定;PCR扩增rDNA非转录间隔区(NTS)的三个串联重复亚单位S0、S1和S2区,进行种内分型,并比较不同部位来源菌株型别的差异性。结果我国南北方8个省市地区47株须癣毛癣菌中3株鉴定为断发毛癣菌,6株鉴定为无性型苯海姆节皮菌,其余均鉴定为万博节皮菌中的亲人型趾间毛癣菌;三对不同引物扩增38株趾间型毛癣菌和2株苯海姆节皮菌NTS区,共产生28种特征性带型。带型和菌株来源及发生部位无相关性。结论我国分离自人类须癣毛癣菌复合体的主要组成菌种为趾间毛癣菌;ITS区结合LSU D1-D2区测序有助于鉴定须癣毛癣菌复合体至种水平;NTS区的三个串联重复亚单位所产生的特征性指纹图提供了一种快速、稳定的分子生物学种内分型方法,可应用于趾间毛癣菌感染的流行病学研究。

基于nLSU rDNA序列分析探讨侧耳属系统发育关系

以PCR产物直接测序分析了侧耳属(Pleurotus)27个种41个菌株的nLSU rDNA序列,以Hohenbuehelia serotina和Lentinula edodes为外群,运用MEGA3.1软件中的邻接法(neighbor-joining)和最大简约法(maximums parsimony)分别构建侧耳属的系统发育树。分子系统发育树表明:Coremiopleurotus组和Pleurotus属内单、二系菌丝系统均为多系起源;P. rattenburyi,刺芹侧耳种族群(P. eryngiispecies-complex)与被划分在Lepiotarii组的栎侧耳P. dryinus能与侧耳属其他成员明显分开;红侧耳P. djamor、桃红侧耳P. salmoneostramineus、扇形侧耳P. flabellatus与贝盖侧耳P. calyptratus关系密切;金顶侧耳P. citrino-pileatus与P. euosmus聚在一起,而与黄白侧耳P. conucopiae为不同的分类单元;肺形侧耳P. pulmonarius与P. abieticale亲缘关系较近。

贝盖侧耳的系统发育地位——基于nrDNA-LSU和ITS序列分析的研究

通过同时对细胞核编码的核糖体大亚基DNA(nrDNA LSU)和内转录间隔区(ITS)两个片段序列进行测定,分析了贝盖侧耳的系统发育地位.结果显示:贝盖侧耳与幕盖菇属亲缘关系较远,而与侧耳属成员关系密切,担子果侧生和具有菌幕并不能作为与幕盖菇属同源的依据.在侧耳属中,贝盖侧耳与同样能产生菌幕的栎侧耳和Pleurotuslevis亲缘关系并不密切,而与不产生菌幕的红侧耳关系最近.

DNA条形码基因ITS和LSU在红曲菌分类鉴定中的比较分析

为评估DNA条形码基因核糖体内转录间隔区(ITS)和核糖体大亚基(LSU)在红曲菌分类鉴定中的有效性,从NCBI的GenBank数据库中下载现阶段红曲菌属所有物种的ITS和LSU基因序列,采用系统发育和遗传距离的方法对其进行分析,并用该研究所保存的部分红曲菌株的DNA序列进行验证。结果表明,同种红曲菌的不同菌株在基于ITS序列的邻接树中分别聚为单系;紫色红曲菌(Monascus purpureus)、佛罗里达红曲菌(Monascus floridanus)和蜂蜜红曲菌(Monascus mellicola)的同种不同菌株在基于LSU序列的邻接树中分别聚为单系。新月红曲菌(Monascus lunisporas)的ITS和LSU序列以及红色红曲菌(Monascus ruber)和累西腓红曲菌(Monascus recifensis)的LSU序列的条形码间隙不明显,其他红曲菌的ITS和LSU序列条形码间隙明显。同种红曲菌ITS序列的最小及最大种间遗传距离均高于LSU序列。研究表明ITS基因在红曲菌的分类鉴定中具有高效性,LSU基因在红曲菌分类鉴定中的分辨力有限。

两种巢式PCR法检测实验大鼠卡氏肺孢子虫的灵敏度评价

目的对ITS1-5.8S rRNA-ITS2巢式PCR法与mtLSUrRNA巢式PCR法检测大鼠卡氏肺孢子虫的敏感性进行评价。方法把大鼠随机分为7组（6组实验组,1组对照组）,每组10只,采用地塞米松免疫抑制法诱导实验组大鼠感染肺孢子虫;自第3周开始每周剖杀1组实验鼠,收集第3周至第8周实验组大鼠肺组织（LT,lung tissue）和支气管肺泡灌洗液（BALF,bronchoalveolar lavage fluid）标本。同时采用镜检法、ITS1-5.8S rRNA-ITS2巢式PCR法和mtLSUrRNA巢式PCR法对大鼠LT和BALF标本进行检测,并对结果进行统计学分析。结果采用GMS染色镜检法于第5周开始检出肺孢子虫包囊,第6、7周包囊数最多。采用ITS1-5.8S rRNA-ITS2-巢式PCR法和mtLSUrRNA巢式PCR法对实验感染大鼠LT和BALF进行检测,前者卡氏肺孢子虫阳性率分别为第3周20%（2/10）和0（0/10）;第4周70%（7/10）和10%（1/10）;第5周90%（9/10）和30%（3/10）;第6周90%（9/10）和80%（8/10）;第7周100%（10/10）和80%（8/10）;第8周40%（5/8）和40%（5/8）。后者卡氏肺孢子虫阳性率分别为第3周100%（10/10）和100（10/10）;第4周100%（10/10）和80%（8/10）;第5周100%（10/10）和50%（5/10）;第6周90%（9/10）和100%（10/10）;第7周100%（10/10）和80%（8/10）;第8周100%（8/8）和87.5%（7/8）。经？2？检验,在大鼠无明显症状阶段（3~4w）时,两种巢式PCR方法检测敏感性差异有统计学意义。有明显症状阶段（5~8w）时,其敏感性差异无统计学意义;同时统计学分析显示不同来源的标本对不同方法敏感性不同,采用mt-LSU巢式PCR检测时,LT和BALF标本敏感性差异无统计学意义,采用ITS-巢式PCR检测时,对LT检测的敏感性更高。结论 mtLSU-巢式PCR法检测实验大鼠中检出卡氏肺孢子虫敏感性高于ITS1-5.8S rRNA-ITS2-巢式PCR法。

阿克苏红富士苹果采后腐烂病原真菌的分离与鉴定

为了明确阿克苏红富士苹果采后腐烂的主要病原菌种类。通过对阿克苏红富士苹果采后常温和低温条件下自然发病的果实进行病原菌的分离筛选,采用经典微生物分离筛选方法,结合形态学观察、基因间隔序列(Internal transcribed spacer,ITS)、28S核糖体大亚基序列(large subunit r DNA,r DNA-LSU)及微管蛋白B(Beta tubulin,β-tubulin)序列的测定方法,并进行系统进化树的构建;同时,进行菌株的回接及病斑形态的验证。最终从腐烂的阿克苏红富士苹果病斑中分离出2类真菌,由形态学观察初步确定为链格孢霉(Alternaria sp.)和青霉(Penicillium sp.),通过进一步的多基因序列分析及菌株的回接及病斑的观察鉴定2种真菌分别为交链格孢霉(Alternaria alternata)和扩展青霉(Penicillium expansum)。本研究结果可为新疆阿克苏红富士采后病原真菌的快速鉴定及病害的防治提供理论依据。

小字海链藻双卫变种,海链藻属一新变种

采用毛细管复洗技术建立海链藻属(Thalassiosira)物种的单克隆培养株系,结合形态学和分子系统学研究,对小字海链藻原变种(Thalassiosira minuscula var.minuscula Krasske)的形态特征进行观察,并报道了1个新变种:小字海链藻双卫变种(T.minuscula var.bicustodis X.H.Guo,Y.Q.Guo&Y.Li)。双卫变种与原变种的形态特征基本一致,区别仅在于唇形突的伴生支持突数目不同,双卫变种具有2个,原变种只有1个。基于对多个株系生活史的连续观察,确认其伴生支持突的数目稳定,具有分类学意义。

基于ITS和LSU序列对一株野生鹅膏菌的分类鉴定

以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和LSU序列,与测序得到的ITS和LSU序列分别做系统发育树。测序结果表明,ITS序列有666 bp,LSU序列有968 bp;系统发育树结果显示,ITS序列以100%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起,LSU序列以98%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起。结合形态学观察,将山西左权鹅膏菌鉴定为拟橙盖鹅膏菌(Amanita caesareoides)。

异角毛藻和平滑角毛藻的分类学修订

为了澄清异角毛藻和平滑角毛藻的分类学疑问,在广东南澳岛海域建立了单克隆培养株系,利用光学显微镜和电子显微镜技术,开展了基于生活史的连续形态学观察,发现粗大角毛的延伸方向易变,是不稳定特征,不宜继续赋予分类学价值。对核糖体大亚基编码基因的D1～D3区序列进行扩增和分析,结果异角毛藻和平滑角毛藻的目标基因序列基本一致,仅有1个平滑角毛藻株系存在2个差异碱基。因此,两者具有一致的系统学位置,属于同一物种,平滑角毛藻应该是异角毛藻的同种异名。

基于rDNA PCR-RFLP分析的侧耳属分子系统学研究(英文)

对侧耳属18个种52个菌株以及双孢蘑菇、香菇和亚侧耳各1个菌株的28S rDNA 5’端、ITS和IGS1进行PCR扩增,扩增4个属的28S rDNA 5’端均得到一长度为1.46 kb的片段,侧耳属ITS扩增片段长680 bp,亚侧耳700 bp,双孢蘑菇和香菇720 bp,侧耳属IGS1扩增片段长度发生变异,红平菇和桃红侧耳为1.1 kb,其他侧耳为1.0 kb,亚侧耳700 bp,双孢蘑菇和香菇1.3 kb。对扩增片段分别用7种限制性内切酶酶切后进行聚类分析,结果表明双孢蘑菇、香菇和亚侧耳可与侧耳分开,18种侧耳分为五大类:具核侧耳,红平菇和桃红侧耳,鲍鱼菇和囊盖侧耳,金顶侧耳,其他侧耳聚为一类,鲍鱼菇和囊盖侧耳,红平菇和桃红侧耳都只代表1个种。

LMP1调节鼻咽上皮与鼻咽癌组织中p27与RPLP0蛋白的表达

目的:观察p27和核糖体磷酸化蛋白大亚基P0(RPLP0)蛋白在潜伏膜蛋白1(LMP1)阳性鼻咽癌细胞中的表达,揭示蛋白质之间的相互作用规律及临床病理学意义。方法:采用Western blotting分析p27和RPLP0蛋白表达与LMP1表达之间的关系,S-P免疫组织化学染色检测LMP1、p27和RPLP0蛋白在30例鼻咽上皮组织和60例鼻咽低分化鳞状细胞癌中表达,并分析其临床病理学意义。结果:(1)LMP1在鼻咽上皮和鼻咽低分化鳞状细胞癌中的阳性表达率分别为73.3%和90.0%;(2)与LMP1(-)组织比较,p27蛋白在LMP1(+)的鼻咽上皮和鼻咽低分化鳞状细胞癌中表达降低,而RPLP0蛋白表达与之相反;(3)p27蛋白和RPLP0蛋白表达与鼻咽癌患者年龄、LMP1蛋白的表达、淋巴结转移及TNM分期有关(P<0.05),患者年龄小、LMP1(-)、无淋巴结转移、TNM I期和II期时,p27蛋白表达阳性率较高,而RPLP0蛋白表达则反之(P<0.05)。结论:LMP1在鼻咽上皮和鼻咽低分化鳞状细胞癌中下调p27和上调RPLP0蛋白的表达;鼻咽癌患者年龄小、LMP1(-)、无淋巴结转移、TNM I期和II期时,p27蛋白表达阳性率较高,而RPLP0蛋白表达则与之相反。

28S rDNA PCR-RFLP分析在侧耳属系统发育研究中的应用

对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9～ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ .

牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫ITS和28S rDNA-LSU序列分析

目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯坦东毕吸虫。抽提成虫基因组DNA,扩增其ITS(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)和28S rDNA-LSU序列,测序并分析以上序列,以及28S rDNA-LSU序列RNA二级结构。结果牛、羊源土耳其斯坦东毕吸虫的ITS-1、5.8S rDNA、ITS-2和28S rDNA-LSU序列分别长384、159、331和1304bp。牛源和羊源的ITS-1和5.8S rDNA序列完全相同;黄牛源、绵羊源和绒山羊源的ITS-2序列完全相同,与山羊源存在1个碱基的差异;绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列完全相同,与牛源和山羊源分别有2个碱基的差异。绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列RNA二级结构相同,与山羊源存在微小差异,但牛源与羊源存在较大差异。结论不同终末宿主源土耳其斯坦东毕吸虫的核糖体序列存在不同程度的差异,羊源28S rDNA-LSU序列的RNA二级结构相同或相似,但与牛源存在较大差异。