基于16S核糖体DNA基因测序技术探讨分消走泄法对支气管哮喘大鼠肠道菌群的影响

目的 采用16S核糖体DNA(16S ribo-somal DNA,16S rDNA)基因测序技术,研究白果温胆汤对支气管哮喘大鼠肠道菌群结构的影响。方法 将72只SPF级雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、地塞米松组及白果温胆汤高、中、低剂量组,每组12只。以卵清蛋白致敏并激发制备哮喘大鼠模型。实验过程中观察记录各组大鼠的精神状态、食量、饮水量、呼吸及毛发光泽等情况的变化;观察各组大鼠肺组织HE染色病理改变结果;采用16S rDNA Miseq高通量测序观察肠道菌群情况,通过OTU聚类分析方法、Alpha多样性分析方法、Beta多样性分析方法分析肠道菌群多样性,通过SPSS 25.0分析比较不同干预方法下大鼠肠道菌群结构的差异。结果 (1)行为学观察结果:白果温胆汤高、中、低剂量组及地塞米松组大鼠精神状态、饮食饮水量、毛发、呼吸均有不同程度的改善。(2)模型组大鼠肺气管上皮破损,肺间隔增厚,炎性细胞增多。各治疗组与模型组比较,均有一定改善。(3)造模后,与空白组比较,模型组大鼠肠道菌群丰度Chao1指数及Observed_species指数、Faith’s PD指数、Pielou_e指数、Shannon指数均有下降趋势;地塞米松组大鼠肠道菌群各指数均有明显下降,差异均具有统计学意义(P<0.05)。与地塞米松组比较,白果温胆汤低、中剂量组Pielou_e指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05),白果温胆高剂量组Chao1指数、Observed_species指数、Faith’s PD指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05);与白果温胆低剂量比较,白果温胆汤高剂量组Faith’s PD指数有明显上升,差异具有统计学意义(P<0.05)。(4)经过Beta多样性分析,造模后大鼠肠道菌群空白组与模型组、空白组与地塞米松组、模型组与各治疗组、地塞米松组与白果温胆汤各剂量组、白果温胆汤低剂量组与白果温胆汤中、高剂量组之间具有差异性(P<0.05)。(5)在科水平上,模型组大鼠乳杆菌科和梭菌科相对比例升高,脱硫弧菌科、消化链球菌科、瘤胃球菌科和拟杆菌门S24-7菌科相对比例降低。结论 白果温胆汤可改善哮喘大鼠肺组织炎症浸润,其作用机制可能与其恢复肠道菌群的多样性、丰富度及调节菌群结构有关。

基于16S核糖体RNA基因测序的苯丙酮尿症患儿肠道菌群分析

目的 基于16S核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid,16S rRNA)基因高通量测序,探讨苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)患儿与正常儿童肠道菌群的差异。方法 于2020年选取云南省新生儿疾病筛查中心管理的儿童为研究对象,根据儿童是否患有PKU进行分组,每入组1例PKU患儿(该组患儿均接受特殊饮食治疗),招募1~2例与PKU患儿具有相近年龄、相同居住地和户籍的正常儿童入组对照组。共纳入PKU组儿童11例,对照组儿童16例。采集两组儿童的新鲜粪便,并提取粪便DNA对16S rRNA基因V3~V4区进行高通量测序。利用BGI微生物扩增子分析平台对测序数据进行分析,并对两组儿童的肠道菌群情况进行比较。结果 PKU组和对照组儿童肠道菌群的α多样性的比较差异无统计学意义(P> 0.05),但β多样性的比较差异有统计学意义(R=0.084,P <0.05)。在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门为PKU组和对照组肠道菌群的优势菌门。在属水平上,拟杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、芽殖菌属等菌属为PKU组和对照组肠道菌群的优势菌属。对照组中拟杆菌属和粪杆菌属的相对丰度均高于PKU组,且差异具有统计学意义(P=0.011,P=0.007)。PKU组中普氏菌属的相对丰度高于对照组(P=0.012)。结论 PKU患儿与正常儿童的肠道菌群的种类和相对丰度存在差异,该差异可能与PKU患儿接受特殊饮食治疗有很大关系,并可能影响PKU患儿的生长发育。

基于16S核糖体RNA测序研究健脾方对绝经后骨质疏松症小鼠肠道菌群的影响

目的:探讨健脾方对绝经后骨质疏松症(osteoporosis,OP)小鼠肠道菌群的影响。方法:将30只雌性C57BL/6小鼠随机分为假手术组、模型组和健脾方组,每组10只。模型组和健脾方组小鼠通过双侧卵巢摘除术进行OP造模,假手术组小鼠打开腹腔后切除卵巢附近的一团脂肪组织,保留卵巢。造模后第7天,假手术组和模型组小鼠以生理盐水灌胃,健脾方组以健脾方药液灌胃(中药配方颗粒用量为54mg·kg^(-1)),3组小鼠均每天灌胃1次,每次0.2mL,连续灌胃28d。药物干预结束后,测定小鼠体质量,获取各组小鼠粪便样本、左侧股骨,切取子宫并称重,进行小鼠肠道菌群16S核糖体RNA测序分析及小鼠股骨病理学观察。结果:①一般情况。实验期间各组均无小鼠死亡。药物干预前,3组小鼠体质量的差异无统计学意义[(20.88±0.83)g,(20.65±0.74)g,(20.59±0.47)g,F=0.484,P=0.622]。药物干预结束后,模型组小鼠的体质量高于假手术组和健脾方组[(26.96±1.63)g,(23.42±0.84)g,P=0.000;(26.96±1.63)g,(24.62±1.55)g,P=0.001],假手术组和健脾方组小鼠体质量的差异无统计学意义(P=0.063)。假手术组小鼠的子宫质量高于模型组和健脾方组[(0.66±0.05)g,(0.24±0.05)g,P=0.000;(0.66±0.05)g,(0.28±0.06)g,P=0.000],模型组和健脾方组小鼠子宫质量的差异无统计学意义(P=0.053)。②小鼠肠道菌群丰度分析结果。假手术组与模型组含有499个共同操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)数据;除共同OTUs数据外,假手术组有87个特异性OTUs数据,模型组有74个特异性OTUs数据。模型组与健脾方组含有489个共同OTUs数据;除共同OTUs数据外,模型组有84个特异性OTUs数据,健脾方组有54个特异性OTUs数据。偏最小二乘法判别分析结果显示,3组小鼠肠道菌群丰度差异明显。③小鼠肠道菌群结构分析结果。物种累计曲线随样本量增加逐渐趋于平缓,说明样品中的物种已经基本被测序覆盖,测序数据量充足。3组小鼠肠道菌群相对丰度在门水平处于前4位的依次为拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门、脱硫菌门,相对丰度在属水平处于前5位的依次为Muri菌属、乳杆菌属、拟普雷沃菌属、梭菌属、粪杆菌属。3组小鼠厚壁菌门、脱硫菌门相对丰度比较,总体差异均无统计学意义。假手术组和健脾方组拟杆菌门相对丰度均高于模型组(23.19±2.09,17.12±3.87,P=0.016;23.58±2.46,17.12±3.87,P=0.012)、放线菌门相对丰度低于模型组(0.32±0.29,0.79±0.31,P=0.027;0.26±0.07,0.79±0.31,P=0.014);其余各组间两两比较,组间差异均无统计学意义。3组小鼠Muri菌属、乳杆菌属、粪杆菌属相对丰度比较,总体差异均无统计学意义。假手术组拟普雷沃菌属相对丰度高于模型组(4.96±1.77,1.33±0.37,P=0.009)、梭菌属相对丰度低于模型组(0.45±0.17,1.41±0.18,P=0.000),健脾方组梭菌属相对丰度低于模型组(0.62±0.30,1.41±0.18,P=0.001);其余各组间两两比较,组间差异均无统计学意义。④健脾方组与模型组差异菌群KEGG分析结果。健脾方组与模型组有明显差异的代谢途径有维生素B6代谢、硫化物代谢、硒化物代谢、硫氨基酸代谢、硫胺素代谢、钙离子通道。⑤小鼠股骨病理学观察结果。模型组小鼠的骨小梁厚度、骨小梁数量均低于假手术组[(50.13±7.72)mm,(71.87±6.20)mm,P=0.000;(1.87±0.92)个·mm^(-1),(4.40±1.24)个·mm^(-1),P=0.000],骨小梁分离度高于假手术组[(344.60±41.32)mm,(205.80±27.21)mm,P=0.000]。健脾方组小鼠的骨小梁厚度、骨小梁数量均低于假手术组[(60.53±6.38)mm,(71.87±6.20)mm,P=0.000;(3.13±0.92)个·mm^(-1),(4.40±1.24)个·mm^(-1),P=0.002],健脾方组与假手术组小鼠骨小梁分离度的差异无统计学意义。健脾方组小鼠的骨小梁厚度、骨小梁数量均高于模型组[(60.53±6.38)mm,(50.13±7.72)mm,P=0.000;(3.13±0.92)个·mm^(-1),(1.87±0.92)个·mm^(-1),P=0.002],骨小梁分离度低于模型组[(221.40±33.16)mm,(344.60±41.32)mm,P=0.000]。结论:健脾方能够调节绝经后OP小鼠肠道菌群结构,改变代谢途径,这可能是其治疗OP的作用机制之一。

16S核糖体DNA宏基因组测序中细菌核酸提取方法的比较研究

目的：探究细菌核酸提取方法对16S核糖体DNA（r DNA）宏基因组测序的影响。方法：分别采用TRIzol提取、试剂盒提取、溶葡酶＋试剂盒提取、超声波＋试剂盒提取、超声波＋溶葡酶＋试剂盒提取、匀浆＋试剂盒提取、匀浆＋溶葡酶＋试剂盒提取共7种方法对模拟样本进行细菌核酸提取,特异性地扩增16S r DNA的V1~V2高变区,测序后分析模拟样本中各种细菌的含量和相对分布。结果：超声波处理结合试剂盒提取方法中不同细菌数据分布及含量都相对均匀,是一种广谱、高效的细菌核酸提取方法。结论：超声波处理结合试剂盒提取方法适用于细菌宏基因组测序中样本核酸的提取。

胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探

对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。

油菜内生细菌16S核糖体DNA的RFLP分析

植物内生细菌定殖在植物组织内部但不引起明显的病害症状。从健康油菜植株的不同器官中分离到大量内生细菌,这些细菌菌落形态存在明显的差异,表明油菜组织中存在大量内生细菌,且类群丰富。分离到的122株内生细菌根据菌落形态可以划分为35类;利用细菌通用引物对16S核糖体DNA进行扩增,获得约1.5kb片段,分别用内切酶HaeⅢ和MspⅠ对扩增产物进行限制性酶切,产生不同的酶切图谱,根据酶切图谱聚类分析结果,所有供试菌株被归为39类,这一结果从遗传上显示油菜内生细菌类群的多样性。两种方法归类结果比较发现菌落特征所反映的信息量有限,只能作为初步的参考指标,核糖体DNA的限制性片段长度多态性分析快速、准确,可以作为油菜内生细菌多样性分析的一种有效方法。

16S核糖体RNA基因和RNA聚合酶β亚基基因及基质辅助激光解析／电离飞行时间质谱鉴定海洋副溶血性弧菌及其同源性分析的研究

目的评价16S核糖体RNA基因（16SrRNA）、RNA聚合酶β亚基基因（rpoB）及基质辅助激光解析／电离飞行时间质谱（MALDI-TOFMS）技术对海洋副溶血性弧菌的鉴定及同源性分析的性能。方法将50株海洋副溶血性弧菌以及与其亲缘关系相近的30株海洋溶藻弧菌、8株海洋坎贝式弧菌、11株海洋哈维氏弧菌、3株海洋需钠弧菌、2株海洋创伤弧菌分别用16SrRNA、rpoB和MALDI-TOFMS技术3种方法进行鉴定并做系统进化树、聚类分析，比较分析结果。结果50株海洋副溶血性弧菌用16SrRNA鉴定出5株，rpoB鉴定出41株，MALDI-TOFMS技术鉴定出41株。16SrRNA系统进化树的结果不能将海洋副溶血性弧菌和海洋溶藻弧菌、海洋坎贝式弧菌、海洋需钠弧菌、海洋创伤弧菌分开。rpoB和MALDI．TOFMS可以准确地做出同源性分析。rpoB鉴别来自不同地域的海洋副溶血性弧菌的能力优于MALDI-TOFMS。而MALDI-TOFMS在海洋副溶血性弧菌的环境株和临床株的鉴别上优于rpoB。结论rpoB和MALDI．TOFMS技术鉴定海洋副溶血性弧菌准确，二者相结合是进行海洋副溶血性弧菌鉴定和同源性分析的适宜技术。

16S核糖体DNA Amplicon测序法分析2型糖尿病患者口腔微生物多样性

目的探讨2型糖尿病患者口腔微生物多样性及结构的差异。方法采集23例2型糖尿病患者与23名正常人的唾液与龈上菌斑样本,提取口腔菌群的总DNA,利用16S核糖体DNA(16S ribosome DNA,16Sr DNA)Amplicon测序法进行测序,使用Pandaseq、Qiime等软件分析菌群多样性及结构。结果 2型糖尿病患者和正常人口腔菌群丰度及优势菌属差异无统计学意义(P>0.05)。2型糖尿病患者样本中布雷德菌属、瘤胃菌科、幽门螺杆菌科丰度较高,正常人样本中韦荣菌科、Selenomonadales目、Negativicutes纲、月形单胞菌属、丁酸弧菌属、Anaeroglobus属、Candidatus-Saccharibacteria门、Saccharibacteria_genera_incertae_sedis属、诺卡菌科、气微菌属丰度较高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论用16Sr DNA Amplicon测序法分析2型糖尿病患者与正常人口腔菌群结构具有相似性,幽门螺杆菌与2型糖尿病之间的关系还有待于进一步的研究。

脑脊液细菌16S核糖体RNA基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值

目的探讨脑脊液细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值。方法选择化脓性脑膜炎患儿60例,在抗生素使用早期及后期采集脑脊液标本,同时进行16S rRNA基因检测及细菌培养,比较两种方法的检测阳性率,分析抗生素应用时间对两种检测方法结果的影响。结果脑脊液16S rRNA基因检测阳性21例(35.0%),脑脊液细菌培养阳性9例(15.0%),16S rRNA基因检测阳性率高于细菌培养(P<0.05)。抗生素应用早期16S rRNA基因检测阳性率略高于抗生素应用后期,但差异无统计学意义(P>0.05);抗生素应用早期脑脊液细菌培养检测阳性率高于抗生素应用后期(P<0.05)。结论对于抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿,脑脊液16S rRNA基因检出阳性率高于脑脊液细菌培养,且可能更少受抗生素应用时间的影响。

基于1H-NMR和16S rDNA测序技术探讨针与灸不同刺激方法对大鼠结肠代谢物和肠道菌群的影响

目的:观察针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群调节作用的差异。方法:将33只健康SD大鼠随机分为空白组、针刺组和艾灸组,每组各11只。空白组大鼠仰卧固定在治疗台上,不予任何干预,连续7 d;针刺组以不锈钢针灸针针刺大鼠双侧上巨虚穴和天枢穴,留针15 min,连续干预7 d;艾灸组采用温和灸,将艾条置于大鼠双侧上巨虚穴和天枢穴上方3~5 cm处,使皮肤温度维持在(45±5)℃之间,每次15 min,连续干预7 d。干预结束后,取各组大鼠结肠组织和粪便样品,运用质子核磁共振(proton nuclear magnetic resonance,1H-NMR)技术检测各组大鼠结肠组织代谢物,分析并筛选大鼠结肠组织差异代谢物;16S核糖体DNA(ri-bosomal DNA,rDNA)测序技术检测各组大鼠肠道菌群丰度和多样性的变化情况,并比较差异菌群。结果:代谢组学检测结果显示,与空白组相比,针刺组大鼠结肠组织中代谢物组氨酸、缬氨酸和丁酸含量显著上升(P<0.05),艾灸组大鼠结肠组织中代谢物胆碱和肌醇含量显著上升(P<0.05或P<0.01);与针刺组相比,艾灸组大鼠结肠组织中代谢物甲酸和乙酸含量显著上升(P<0.05)。菌群多样性分析显示,与空白组相比,针刺组和艾灸组大鼠肠道菌群的Chao1指数和基于丰度的覆盖估计值(abundance-based coverage estimator,ACE)均显著上升(P<0.05);在菌群门和属水平上,针、灸干预后部分有益菌丰度上升,部分条件致病菌丰度下降。结论:针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群的调节存在差异性:针刺更擅长调节酸类代谢失衡所导致的胃肠道疾病,艾灸更适用于脂质代谢异常引发的代谢类疾病;针刺与艾灸对肠内微生态环境具有良性调节作用;针刺能通过影响肠道菌群的结构和丰度缓解胃肠道疾病。

基于16S rRNA基因测序的黄褐斑病人肠道菌群差异研究

目的:利用新一代16S rRNA测序技术比较黄褐斑病人与健康人的肠道菌群多样性和细菌表型差异。方法:纳入30例黄褐斑病人为研究组,以20名正常人作为健康对照,测序分析粪便样品中细菌群落的结构组成和表型特征。结果:研究组肠道微生物群落丰度、多样性相对降低。研究组拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、普雷沃菌科、拟杆菌科、普雷沃氏菌、拟杆菌属等丰度显著降低,而厚壁菌门、放射菌门、放线菌纲、乳杆菌目、双歧杆菌目、毛螺菌科、布劳特氏菌等升高,差异均有统计学意义(P<0.05~P<0.01)。结论:黄褐斑病人与健康人肠道菌群存在一定差异。

败血支原体16S rRNA基因的克隆与核酸序列分析

从败血支原体Ｄ９６０４株培养物中直接快速提取染色体ＤＮＡ；构建了ＭＧ基因文库，以ＰＣＲ扩增１６ＳｒＲＮＡ基因全长片段，并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明，Ｄ９６０４株与Ａ５９６９株只有５个核苷酸的差异，同源性为９９．６７％。

水环境细菌16S rDNA限制性片段长度多型性及群落结构分析

用细菌１６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）限制性片段长度多型性描述了水环境细菌群落结构。从环境水样中直接分离 ＤＮＡ，以细菌特异的引物扩增 １６５ ｒＤＮＡ，构建质粒文库，随机分离重组质粒，用限制性内切酶消化获得 １６Ｓ ｒＤＮＡ基因型，用基因型的种类及频率描述特定水体生境的细菌群落结构。该方法在分析水体隐含遗传多样性、揭示污染的生物学效应和评价水环境质量等方面具有重要的应用价值。

土壤细菌16SrRNA基因变异型及其与植被的相关研究

绕过细菌的分离培养 ,直接提取土壤DNA ,扩增、克隆土壤细菌群体的 16S核糖体RNA基因 (16SrD NA) .根据该基因各种变异类型的限制性片段长度多型性 ,分析土壤细菌分子遗传多样性及其与植被的相互关系 .植被的改变影响土壤养分 ,进而改变土壤细菌群落结构 .土壤细菌遗传多样性和分化能反映植被的变化 .

16S rRNA基因及16S～23S rRNA基因间区在微生物鉴定中的应用

目前临床上引起感染的病原菌种类繁多,抗菌药物的不正规使用导致细菌培养阳性率进一步降低[1]。因此,传统分类方法的不足随着新型微生物菌株的分离的增多而越来越明显,亟需一种能快速准确鉴定出微生物种类的新技术以便及时指导抗菌药物的合理使用从而控制临床感染疾病的进展。文章综述了16SrRNA及16S～23SrRNA基因间区快速鉴定微生物的基本原理、方法、存在的问题及进一步解决方案等。

16S rRNA在医学微生物鉴定中的应用

随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用,16S rRNA作为微生物分类依据已得到广泛认同,本文就其基因特征、技术步骤、临床应用及注意事项的新进展作一简要综述。

福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定

目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。

16S rDNA测序在儿童血流感染细菌性病原菌分布中的应用

目的探讨PCR方法在分析血流感染病原菌分布中的作用,为儿童细菌性血流感染的流行病学调查提供新的思路。方法从儿科重症监护病房(PICU)收集100份疑似血流感染患儿的外周静脉血进行血培养,同时扩增并测序细菌16S rDNA,比较培养结果与PCR结果。结果 100份血液标本中11份细菌培养阳性,阳性率为11%;PCR法23份阳性,阳性率为23%,二者比较差异具有统计学意义(χ2=10.08,P<0.05);在23例PCR阳性标本中,革兰氏阳性球菌占65.2%,其中表皮葡萄球菌最多(6例,26.1%),革兰氏阴性菌占34.8%,以大肠埃希菌为主(4例,17.4%)。结论 16S rDNA-PCR结合测序的方法可以很好地鉴定血流感染病原菌,与血培养相比能更客观地反映病原菌分布,可作为一种新的流行病学方法在临床应用;儿科重症监护病房血流感染病原菌以革兰氏阳性球菌为主,尤以表皮葡萄球菌最常见。

慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和前列腺组织中的细菌16SrRNA基因检测

目的:探讨细菌在慢性非细菌性前列腺炎病因中的作用,评估细菌 16S 核糖体核糖核酸(16SrRNA)基因在前列腺液标本和前列腺组织标本中检出的差异。方法:应用 PCR方法检测 38 例慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和前列腺组织中细菌 16SrRNA基因,同时对照检测尿道拭子和直肠拭子以及穿刺枪头拭子的细菌 16SrRNA 基因。结果:细菌 16SrRNA 基因的检出率在前列腺液中和前列腺组织中分别为78.9%和81.5%(P > 0.05)。细菌基因信号在前列腺液标本中和尿道拭子中各有 30 例(78.9%)和 4 例(10.5%)呈阳性(P<0.01);在前列腺组织中和直肠拭子中各有 31 例(81.5%)和 6 例(15.8%)呈阳性(P<0.01),无一例穿刺枪头拭子阳性。结论:慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和前列腺组织中均有细菌16SrRNA基因的检出,其病因可能与细菌感染有关。细菌 16SrRNA基因的检出在前列腺液标本和前列腺组织标本中差异无统计学意义。

16SrDNA测序在儿童自发性细菌性腹膜炎病原学诊断中的作用

目的探讨Sanger法测序用于快速鉴定儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌的价值。方法用临床常见的16种细菌和3种真菌及人类基因组DNA验证一对新的16S rDNA通用引物PSL/P13P的特异性和敏感性;收集86例疑似自发性细菌性腹膜炎儿童的腹水标本5 ml,其中4 ml常规细菌培养,剩余1 ml用于提取细菌DNA进行16S rDNA-PCR;对阳性扩增产物进行测序并通过BLAST比对鉴定菌种,与培养鉴定结果进行比较。结果 3种真菌及人类基因组PCR均为阴性,16种细菌PCR阳性,PSL/P13P的检测下限为102CFU/ml。86例标本培养阳性率26.7%（23/86）,PCR阳性率45.3%（39/86）,二者差异具有统计学意义（χ~2=14.06,P〈0.05）。在37例PCR及测序阳性标本中,革兰阴性杆菌占73.0%（27/37）,以大肠埃希菌为主（14/37,占37.8%）,革兰阳性球菌占27.0%（10/37）,其中肠球菌最多（7/37,占18.9%）。结论通用引物PSL/P13P具有良好的特异性和敏感性,检出率较常规培养方法高,结合测序能很好地鉴定自发性细菌性腹膜炎病原菌,可作为一种新的检测技术和流行病学方法在临床应用;儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌以革兰阴性杆菌为主,尤以大肠埃希菌最常见。