基于16S核糖体DNA基因测序技术探讨分消走泄法对支气管哮喘大鼠肠道菌群的影响

目的 采用16S核糖体DNA(16S ribo-somal DNA,16S rDNA)基因测序技术,研究白果温胆汤对支气管哮喘大鼠肠道菌群结构的影响。方法 将72只SPF级雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、地塞米松组及白果温胆汤高、中、低剂量组,每组12只。以卵清蛋白致敏并激发制备哮喘大鼠模型。实验过程中观察记录各组大鼠的精神状态、食量、饮水量、呼吸及毛发光泽等情况的变化;观察各组大鼠肺组织HE染色病理改变结果;采用16S rDNA Miseq高通量测序观察肠道菌群情况,通过OTU聚类分析方法、Alpha多样性分析方法、Beta多样性分析方法分析肠道菌群多样性,通过SPSS 25.0分析比较不同干预方法下大鼠肠道菌群结构的差异。结果 (1)行为学观察结果:白果温胆汤高、中、低剂量组及地塞米松组大鼠精神状态、饮食饮水量、毛发、呼吸均有不同程度的改善。(2)模型组大鼠肺气管上皮破损,肺间隔增厚,炎性细胞增多。各治疗组与模型组比较,均有一定改善。(3)造模后,与空白组比较,模型组大鼠肠道菌群丰度Chao1指数及Observed_species指数、Faith’s PD指数、Pielou_e指数、Shannon指数均有下降趋势;地塞米松组大鼠肠道菌群各指数均有明显下降,差异均具有统计学意义(P<0.05)。与地塞米松组比较,白果温胆汤低、中剂量组Pielou_e指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05),白果温胆高剂量组Chao1指数、Observed_species指数、Faith’s PD指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P<0.05);与白果温胆低剂量比较,白果温胆汤高剂量组Faith’s PD指数有明显上升,差异具有统计学意义(P<0.05)。(4)经过Beta多样性分析,造模后大鼠肠道菌群空白组与模型组、空白组与地塞米松组、模型组与各治疗组、地塞米松组与白果温胆汤各剂量组、白果温胆汤低剂量组与白果温胆汤中、高剂量组之间具有差异性(P<0.05)。(5)在科水平上,模型组大鼠乳杆菌科和梭菌科相对比例升高,脱硫弧菌科、消化链球菌科、瘤胃球菌科和拟杆菌门S24-7菌科相对比例降低。结论 白果温胆汤可改善哮喘大鼠肺组织炎症浸润,其作用机制可能与其恢复肠道菌群的多样性、丰富度及调节菌群结构有关。

小麦禾谷胞囊线虫(Heterodera avenae)的核糖体基因(rDNA)限制性片段长度多态性研究

采用PCR技术扩增出中国和摩洛哥禾谷胞囊线虫群体的核糖体基因 (rDNA)的内转录间隔区 (ITS)片段的长度约为 10 6 0bp。用 11种限制性内切酶 (RE)酶切禾谷胞囊线虫ITS扩增产物 ,共产生 2 7个酶切片段。用AluI和RsaI酶切ITS扩增产物证明中国禾谷胞囊线虫ITS属于“B型” ,而摩洛哥禾谷胞囊线虫ITS属于“A型”。用HinfI酶切后 ,7个中国禾谷胞囊线虫群体产生 2个RFLP片段 (86 0和 2 0 0bp) ,而摩洛哥群体产生 3个RFLP片段 (5 2 0、340和 2 0 0bp) ,HinfI揭示出中国与摩洛哥禾谷胞囊线虫ITS之间存在差异。AvaI和HindIII不能酶切禾谷胞囊线虫ITS。用CfoI、Bsh12 36I、MsrFI、ScrFI、HaeIII和MvaI 6种RE酶切中国和摩洛哥禾谷胞囊线虫群体的rDNA ITS ,均分别得到相同类型的RFLP分布型 ,因此这 6种RE不能揭示中国与摩洛哥群体的rDNA ITS的差异。

云贵两省三地牛带绦虫核糖体rDNA-ITS1序列分析

目的：采用PCR克隆测序方法，对采自贵州省都匀、从江及云南省大理三地牛带绦虫，与台湾桃园牛带绦虫亚洲亚种标本进行比较，为贵州都匀、从江及云南大理牛带绦虫标本鉴别提供分子生物学证据，并进一步探讨牛带绦虫亚洲亚种分类学地位。方法：取贵州都匀株、贵州从江株、云南大理株和台湾桃园株成虫节片，抽提DNA，PCR扩增rDNA-ITS1区段，克隆测序；结合GenBank中已知猪带绦虫rDNA-ITS1序列，构建系统发育树。结果：贵州都匀、云南大理牛带绦虫标本、台湾牛带绦虫亚洲亚种标本的ITS1序列基本一致，同源性达98％～99％；贵州从江牛带绦虫标本ITS1序列与前三者有30个碱基差异，与台湾桃园、贵州都匀和云南大理同源性均为97％。系统发育树显示：贵州都匀和云南大理牛带绦虫标本与台湾牛带绦虫亚洲亚种标本的遗传距离最接近，距贵州从江牛带绦虫标本较远，与猪带绦虫则更远。结论：（1）贵州都匀和云南大理牛带绦虫标本属于牛带绦虫亚洲亚种，贵州从江牛带绦虫标本属于传统牛带绦虫。（2）rDNA-ITS1序列分析可以用于牛带绦虫亚洲亚种与传统带绦虫分类学研究。

山东省不同蚊种28S rDNA D3区序列特征分析

目的分析山东地区常见9种蚊虫核糖体DNA 28S第3结构域(28S rDNA D3)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定提供依据。方法在山东济宁北湖地区采集蚊虫并形态学鉴定,提取不同蚊种基因组DNA,PCR扩增其28S rDNA D3基因片段并进行测序分析,基因序列在GenBank中进行同源性比对,ClustalX 1.81、DNAMAN、DNASTAR和Mega6软件分析序列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果成功获得淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊及黄色轲蚊的28S rDNA D3基因,其长度为361~422 bp,GC含量为52.9%~57.4%,包含保守位点297个,96个位点为变异位点,平均发生碱基转换15个,颠换17个,转换与颠换之比为0.90,平均遗传距离为0.073,所有蚊虫的28S rDNA D3基因分子鉴定与形态学鉴定基本吻合。构建系统发育树显示,昆虫纲不同目物种分别为不同的分支,库蚊属和伊蚊属各为一支,常型曼蚊和黄色轲蚊聚为一支,中华按蚊为独立的分支。结论28S rDNA D3基因在蚊科的属和种的分类阶元鉴定中具有一定的意义。

赣南柑桔黄龙病菌16S rDNA、16S/23S rDNA间隔区和核糖体蛋白基因的遗传多样性

为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。

懒猴属的核糖体DNA变异及其种间分化关系

用１５种限制性内切酶和人２８Ｓ、１８ＳｒＤＮＡ探针构建了懒猴属各物种核糖体ＤＮＡ重复单位的限制性内切酶图谱。在进化速率较高的非转录间隔区，在大、中、小懒猴中分别定位了２３、２４、２４个酶切位点。大懒猴与中懒猴有１３个位点不同，与小懒猴有１４个位点不同，而中、小懒猴间则只有一个位点的差异。经过计算，大懒猴与中懒猴的遗传距离值为１２．６５％，与小懒猴的差异为１４．２４％，中、小懒猴间的差异则仅为０．７１％。结合形态学、细胞学、线粒体ＤＮＡ和前人在其它动物类群中ｒＤＮＡ变异的数据表明，懒猴属内似只有两个有效物种，即大懒猴和小懒猴，中懒猴与小懒猴的分化至多到半种级别。

新疆石竹属野生种核糖体DNA的ITS序列与亲缘关系

新疆是我国石竹属植物分布和分化中心 ,种质资源丰富。通过采用PCR直接测序法 ,对新疆石竹属 (Di anthus)植物野生种共 8个种及外类群 (LychniscoronataThunb)rDNA的ITS区 (包括ITS 1、5 .8SrDNA和ITS 2 )进行序列测定。研究结果说明 ,新疆石竹属植物的ITS序列总长度为 6 17～ 6 2 1bp ,长度变异较小 ,仅相差 4bp ,种间序列同源性很高 ,达 97.6 %～ 99.8% ,外类群的序列同源性为 80 %左右。ITS区序列在石竹属内是相当保守的。石竹属物种间序列变异位点基本上是转换多于颠换 ,且转换率较高 ,转换 /颠换率为 1.0～ 3.0。系统地位和亲缘关系分析表明分布于中国的石竹属植物 3个组即齿瓣组 (sect.BarbulatumWilliams)与石竹组 (sect.Dianthus)、瓣组 (sect.Fim briatumWilliams)的亲缘关系较远 ,而sect.Dianthus与sect.FimbriatumWilliams的亲缘关系较近。ITS系统发育树揭示了石竹组起源早于瓣组和齿瓣组 。

用核糖体DNA鉴别PCR区分中华按蚊和嗜人按蚊

目的：建立鉴别中华按蚊和嗜人按蚊的ＰＣＲ检测技术，并对现场标本进行检测。方法：根据中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡＩＴＳ２序列差异，设计种特异引物，用ＰＣＲ技术扩增种特异ＤＮＡ片段（中华按蚊４２５ｂｐ，嗜人按蚊２５３ｂｐ），根据扩增片段的长度对两种按蚊进行鉴别。结果：应用该法检测中华按蚊和嗜人按蚊的３个实验室品系共７０例，经卵鉴定的嗜人按蚊野外标本２０例，均显示单一的种特异扩增带。凉山按蚊、贵阳按蚊和帕氏按蚊对照共９例全部无扩增。检测采自我国１０省１２个不同地点，根据成蚊形态初步鉴定为中华按蚊的标本共４４０例，具中华按蚊种特异扩增带的标本占６６．１％，具嗜人按蚊种特异扩增带的标本占１２．７％，其余２１．１％的标本无扩增带，表明检测样本中混有其他蚊种，仅根据成蚊形态难以鉴别。结论：本研究提供了一种简便、准确和灵敏的中华按蚊和嗜人按蚊的分子鉴别方法。

用核糖体DNA的ITS序列探讨中国柽柳科植物系统分类中的几个问题

采用 PCR直接测序的方法对中国柽柳科 3属 1 0种代表植物的 ITS序列进行了比较研究 ,结果表明 ,属内片段长度、GC含量和位点变异量上均比较一致 ;ITS- 1长度为 2 4 9～2 69,ITS- 2长度为 2 2 4～ 2 53,GC含量 46%～ 63% ,信息位点占总位点的 30 %。运用 PAUP软件分析得到单个最简约树 ,总步长为 395步 ,一致性指数 CI=0 .91 6,保持性指数 RI=0 .886。柽柳属的 6个类群具 1 0 0 %的强支持率聚为一类 ,其中 ,Tamarix elongata和 T.gracilis,T.karelinii和 T.hispida两两结合在一起 ,并分别得到 56%和 83%的 bootstrap支持。前者先和 T.arceuthoides结合 ,而后再与 T.karelinii- T.hispida分支结合。柽柳属 6个类群间的系统学关系与形态学及孢粉学证据相吻合。水柏枝属的 Myricaria laxiflora与 Myricariabracteata也具强的支持率 ( 1 0 0 % )而聚在一起。两大分支之间通过秀丽水柏枝 Myricariaelegans联系。秀丽水柏枝是源于柽柳属与水柏枝属两属的杂交后代 ,但遗传了更多柽柳属的特性。此外 ,探讨了 ITS序列在柽柳科系统学研究中的广阔应用前景。

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文)

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了

栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用(英文)

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。

核糖体DNA ITS序列分析在药用植物研究中的应用

药用植物核rDNA是高度重复的串联序列,由于同步进化的力量,大多数物种中这些重复单位间已发生纯合或接近纯合。5.8SrDNA把核rDNA的内转录间隔区分为ITS1和ITS2两部分。由于ITS序列变异较快,能够提供较丰富的变异位点和信息位点,已在药用植物鉴别、道地性研究、栽培与野生药用植物遗传差异分析、较低分类阶元的系统发育和分类研究中发挥重要作用。

核核糖体DNA在植物系统发育中的应用与研究进展

总结了核核糖体RNA的基因(nrDNA)的结构特点,分析了nrDNA中的内转录间隔区(ITS)、编码区及非编码区序列和5S核糖体RNA在植物系统学上的应用和研究进展,并对它们的前景进行了讨论。

核糖体DNA ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值

本文就近年来国内外有关被子植物核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列在植物属内、近缘属间乃至科内系统发育研究中的应用 ,结合作者在中国姜科山姜属 (AlpiniaRoxb .)上的研究 ,对ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值作一简要综述 。

江苏省小麦禾谷孢囊线虫群体核糖体DNA-ITS区序列分析

对采集自江苏省徐州、宿迁、连云港和盐城4个地区的15个小麦禾谷孢囊线虫群体进行核糖体DNA-ITS区的RFLP分析。结果表明:测定的所有群体均具有相同的酶切图谱,既具有与国外"B"型群体(印度群体)相同的AluⅠ和RsaⅠ酶切图谱,同时也具有中国群体独特的HinfⅠ和Tru9Ⅰ酶切图谱("C"型)。采用Neighbor-Joining法(MEGA4.0)构建的ITS序列系统进化树显示:所有15个江苏群体均聚在小麦禾谷孢囊线虫组(Heterodera avenae group)下的小麦禾谷孢囊线虫复合种群(H.avenae complex)分支内,且多数江苏群体与草地孢囊线虫(H.pratensis)德国和俄罗斯群体的遗传距离相对较近。通过江苏群体与其他近源群体的ITS序列分析比较,河南郑州群体与澳州孢囊线虫(H.australis)的遗传距离较近,青海群体和河南郑州群体在分子遗传水平上具有明显的地域性,而江苏省和我国其他省份的小麦孢囊线虫群体具有丰富的遗传多样性。

从核糖体DNA ITS区序列研究甘蔗属及其近缘属种的系统发育关系

测定了甘蔗属及其近缘属的 13个种共 4 3个个体和 1个橡草 (Pennisetum schumach)外群的核糖体 DNA中的内转录间隔区 (ITS)及 5 .8S r DNA基因的序列。结果表明 :甘蔗属及其近缘属种的 ITS区 (含 ITS1,5 .8S r DNA和ITS2 )序列的长度范围为 5 89～ 5 91bp,变异位点为 14 0个 ,信息位点为 6 0个 ;其中 ,ITS1和 ITS2的长度范围分别为 2 0 5～ 2 0 8bp和 2 16～ 2 2 0 bp,变异位点分别为 6 4和 6 8个 ,信息位点分别为 33和 2 4个 ;5 .8S r DNA长度范围为 16 4 bp,变异位点为 8个 ,信息位点为 3个。以狼尾草属的橡草 (P.schumach)作为外群 ,运用 PAUP4 .0 b软件构建的系统发育 NJ树表明 :浙江果蔗 (R4 5 )应属于热带种 (S. officinarum ) ;河王八属与蔗茅属的亲缘关系较近 ,各自的金猫尾种与蔗茅种、河王八种与滇蔗茅种分别交叉聚在 2个不同的小分支中 ;斑茅 (S.arundinaceum或 E.arundinaceum)具有其他属不同的特异位点 ,是距甘蔗属较远的一个独立分支 ,从分子水平上提出了斑茅并不属于甘蔗属的观点 ,但其是否属于蔗茅属 ,还是应当立为单种属则需进一步的研究论证。

睡莲科的系统发育:核糖体DNA ITS区序列证据

以金鱼藻Ceratophyllum demersum为外类群,使用PAUP4.0b4A软件对睡莲科Nymphaeaceae植物7属11个代表种的ITS区序列进行了系统发育分析。采用最大简约法分析获得了3个最简约树,步长为1125,一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0.7618和0.7214。利用3个最简约树获取严格一致树。结果表明:(1)莲属Nelumbo位于系统树的基部,自展支持率为100%,可从睡莲科中独立出来成立莲科Nelumbonaceae和莲目Nelumbonales;(2)萍蓬草属Nuphar是一单系类群,位于分支Ⅱ的基部,并和睡莲科其他属(不包括莲属)植物聚在一起构成姐妹群,故萍蓬草属仍应置于睡莲科中;(3)水盾草属Cabomba和莼菜属Brasenia聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为99%,说明这两属之间亲缘关系较近;(4)睡莲属和芡实属Euryale、王莲属Victoria聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为94%,说明三者亲缘关系较近,仍应置于睡莲科中。

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。

中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析

核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对形成的柄和21bp的环组成的发夹结构。中华绒螯蟹核糖体DNA序列的揭示将为继续研究不同地理种群间的差异标记和挖掘与生长率相关的核糖体DNA分子特性提供理论基础。