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线虫核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的相互作用 被引量:7
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作者 赵小庆 李宏 包通拉嘎 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第9期1006-1015,共10页
对线虫核糖核蛋白基因内含子序列与相应编码序列采用Smith-Waterman方法做局域比对分析,探讨两者之间的相互作用机制.发现内含子中部序列确实存在与相应编码序列的相互作用区域.第一内含子的最佳匹配分布在内含子15%~55%的区域内,第二... 对线虫核糖核蛋白基因内含子序列与相应编码序列采用Smith-Waterman方法做局域比对分析,探讨两者之间的相互作用机制.发现内含子中部序列确实存在与相应编码序列的相互作用区域.第一内含子的最佳匹配分布在内含子15%~55%的区域内,第二内含子的最佳匹配分布在内含子30%~80%的区域内.对于长内含子,在与外显子序列比对时,最佳匹配分布在内含子5%~20%区域内,在与整个编码序列比对时,出现了两个峰区,一个位于内含子15%~30%区域内,另一个位于内含子54%~78%区域内.推测第一个峰区与外显子内部序列有关,第二个峰区与外显子-外显子结合区域的序列有关.还发现编码序列上存在多个与内含子序列的相互作用域和一些禁配区域分布.推测这些禁配区域与蛋白质结合区域有关.结论印证了内含子序列与相应编码序列协同进化的观点. 展开更多
关键词 线虫核糖核蛋白基因 内含子 编码序列 局域比对 相互作用
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水稻核糖核蛋白基因片段的结构分析与鉴定
2
作者 忻骅 曹凯鸣 +3 位作者 詹树萱 邢葵益 孙崇荣 杉浦昌弘 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1995年第3期186-191,共6页
利用两个源自于核糖核蛋白(RNP)一致顺序Ⅰ和一致顺序Ⅱ氨基酸顺序的寡核苷酸片段作PCR引物,从水稻(Oryza sativa L.)“广陆矮4号”黄化苗cDNA 中扩增到了一个300 bp长的基因片段.顺序分析显示这个... 利用两个源自于核糖核蛋白(RNP)一致顺序Ⅰ和一致顺序Ⅱ氨基酸顺序的寡核苷酸片段作PCR引物,从水稻(Oryza sativa L.)“广陆矮4号”黄化苗cDNA 中扩增到了一个300 bp长的基因片段.顺序分析显示这个基因片段具有典型的RNP蛋白特征,即两个含RNP一致顺序的RNA 展开更多
关键词 水稻 核糖核蛋白基因 结构 鉴定
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线粒体上核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的相互作用分析 被引量:1
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作者 李宏 赵雯 +2 位作者 陈旭 王荣 赵小庆 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期515-524,共10页
剪切后的内含子对基因的表达调控过程仍发挥着重要的作用,发现内含子通过与相应mRNA的相互作用来实现这些功能的.用改进后的Smith-Waterman算法进行局域比对,对线虫、果蝇、小鼠和人类的线粒体上核糖核蛋白基因的内含子与相应编码序列... 剪切后的内含子对基因的表达调控过程仍发挥着重要的作用,发现内含子通过与相应mRNA的相互作用来实现这些功能的.用改进后的Smith-Waterman算法进行局域比对,对线虫、果蝇、小鼠和人类的线粒体上核糖核蛋白基因的内含子与相应编码序列做匹配性比对分析,发现内含子的中部序列与编码序列存在较强的相互作用,三类内含子上的匹配频率分布显示了各自的特征.在编码序列上有多个最佳匹配区域和禁配区域,推测这些禁配区域可能是蛋白质复合体的结合区域.最佳匹配片段的GC含量分布范围较广,覆盖了其它三类序列分布范围.高等真核生物最佳匹配片段的平均长度比低等真核生物要长一些.结论表明最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用的一般规律,内含子应该是一类调控基因表达的功能片段. 展开更多
关键词 线粒体 核糖核蛋白基因 内含子 编码序列 局域比对 最佳匹配片段 GC含量
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基因外显子连接序列与相应内含子序列的相互作用 被引量:8
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作者 张强 李宏 +1 位作者 赵小庆 许士华 《生物信息学》 2013年第3期172-180,共9页
剪接后的内含子与相应mRNA序列的相互作用在基因表达调控过程中起着非常重要的作用。基于27个物种的核糖核蛋白基因序列,采用Smith-Waterman局域比对方法得到外显子连接序列与相应内含子序列的最佳匹配片段,分析了外显子连接序列上的匹... 剪接后的内含子与相应mRNA序列的相互作用在基因表达调控过程中起着非常重要的作用。基于27个物种的核糖核蛋白基因序列,采用Smith-Waterman局域比对方法得到外显子连接序列与相应内含子序列的最佳匹配片段,分析了外显子连接序列上的匹配频率分布和匹配片段的序列特征。发现一些低等真核生物EJC结合区域的匹配频率明显低于其它区域,所有物种EJC结合区域的序列构成呈现出相对低的结构序。最佳匹配片段的平均长度和配对率分布与siRNA和miRNA的结合特征相同。推测EJC和内含子在与外显子序列结合的过程中存在相互竞争和相互协作的关系,内含子中部序列在基因表达调控过程中起着重要的作用。 展开更多
关键词 核糖核蛋白基因 外显子连接序列 内含子 局域比对 外显子连接复合体
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hnRNPA1基因在消化系统肿瘤组织中的表达及其临床意义 被引量:2
5
作者 乔璐 白玉茹 +2 位作者 谢宁 刘娜 王进海 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1397-1402,共6页
目的:研究核内不均一性核糖核蛋白A1基因(heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A1,hnRNP A1)mRNA水平在消化系统肿瘤组织中的表达及其临床意义。方法:利用TCGA数据库全基因组mRNA测序资料分析hnRNPA1在消化道肿瘤与正常组织间表... 目的:研究核内不均一性核糖核蛋白A1基因(heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A1,hnRNP A1)mRNA水平在消化系统肿瘤组织中的表达及其临床意义。方法:利用TCGA数据库全基因组mRNA测序资料分析hnRNPA1在消化道肿瘤与正常组织间表达的差异,分析其表达水平与临床病理资料的相关性,并进行生存分析判断其预后价值。结果:(1)hnRNPA1在不同消化系统肿瘤组织中表达较正常组织均明显增高(P<0.01),其中结直肠癌、肝癌、胆管癌、胰腺癌更为明显。(2)hnRNPA1在肝癌组织中的表达与肿瘤分化程度(P<0.05)、TNM分期(P<0.05)和浸润深度(P<0.05)相关,与年龄、性别、肝癌危险因素无关联。hnRNPA1在胆管癌、胰腺癌组织中的表达与年龄、性别、TNM分期、浸润深度等不相关。(3)hnRNPA1在胰腺癌组织中的表达高低与总生存期有相关性(P<0.05),且为独立于TNM分期、分化程度而影响患者预后的危险因子;hnRNPA1在结肠、直肠、肝、胆管肿瘤组织中的表达高低与总生存期无相关性。结论:hnRNPA1 mRNA在不同消化系统肿瘤中表达都增高;其高表达是胰腺癌独立预后不良因素,可以作为判断预后的有效生物标志物。 展开更多
关键词 核内不均一性核糖核蛋白基因 消化系统肿瘤 胰腺癌 生物标志物
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基于癌症基因图谱数据库分析SNRPEP2在肝细胞癌中的表达及其临床意义 被引量:2
6
作者 别蓓蓓 周亚明 +1 位作者 严成俊 孙晋 《浙江医学》 CAS 2022年第10期1031-1037,共7页
目的利用癌症基因图谱(TCGA)数据库探讨小核糖核蛋白多肽E假基因2(SNRPEP2)在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床意义。方法从TCGA数据库下载374例HCC组织样本和50例癌旁组织样本的转录组测序数据和临床资料,采用生物信息学方法,分析SNRPEP2... 目的利用癌症基因图谱(TCGA)数据库探讨小核糖核蛋白多肽E假基因2(SNRPEP2)在肝细胞癌(HCC)中的表达及其临床意义。方法从TCGA数据库下载374例HCC组织样本和50例癌旁组织样本的转录组测序数据和临床资料,采用生物信息学方法,分析SNRPEP2在HCC中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系,运用Cox回归分析影响患者预后的危险因素并构建Nomogram预测模型,通过绘制ROC曲线评估SNRPEP2在HCC诊断中的效能。结果HCC组织中SNRPEP2表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.01)。HCC中SNRPEP2高表达与肿瘤的组织学分级(OR=2.539,P<0.01)、血清甲胎蛋白水平(OR=2.966,P<0.01)、血管浸润(OR=1.658,P<0.05)和邻近肝组织炎症(OR=1.703,P<0.05)均有关,且SNRPEP2高表达患者的总生存期(OS)、疾病特异性生存期(DSS)和无进展间隔期(PFI)均低于低表达患者(均P<0.05)。多因素Cox回归分析显示SNRPEP2表达水平是影响HCC患者OS的独立危险因素(HR=1.970,P<0.01)。ROC曲线分析显示SNRPEP2表达水平对于诊断HCC、T_(1)期、M_(0)期、病理分期I期,评估OS、DSS及PFI均具有良好的效能(均AUC>0.50)。结论SNRPEP2高表达是HCC预后不良的独立危险因素且具有良好的诊断效能,有成为HCC诊断和预后判断标志物的潜在应用价值。 展开更多
关键词 核糖核蛋白多肽E假基因2 肝细胞癌 生物信息学 预后 诊断
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线虫核糖核蛋白编码序列与内含子的协同进化分析
7
作者 赵小庆 李宏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第S1期21-22,共2页
已知内含子参与基因的组织特异表达、蛋白质变异、基因转录等多种生物学过程,内含子进化也是基因组进化的重要组成部分。
关键词 线虫 核糖核蛋白基因 内含子 外显子 协同进化
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长链非编码RNA核富集转录体1调节不均一核糖核蛋白A2蛋白对人肝细胞癌进展的研究 被引量:4
8
作者 莽源祎 李立 +7 位作者 冉江华 张升宁 刘静 李来邦 陈奕明 刘剑 高杨 任刚 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期2516-2518,共3页
目的 通过RNA免疫共沉淀寻找长链非编码RNA(lncRNA)核富集转录体1(NEAT1)相关的RNA结合蛋白,验证这些RNA结合蛋白参与NEAT1调节肝癌相关基因核内不均一核糖核蛋白A2(hnRNPA2)表达的分子机制,观察NEAT1调节hnRNP A2的表达对人肝细... 目的 通过RNA免疫共沉淀寻找长链非编码RNA(lncRNA)核富集转录体1(NEAT1)相关的RNA结合蛋白,验证这些RNA结合蛋白参与NEAT1调节肝癌相关基因核内不均一核糖核蛋白A2(hnRNPA2)表达的分子机制,观察NEAT1调节hnRNP A2的表达对人肝细胞癌的进展的影响.方法 查询Starbase 2.0数据,寻找与NEAT1相互作用密切的RNA结合蛋白,通过RNA免疫共沉淀明确能同时与NEAT1和NEAT1所调控基因mRNA相互作用的RNA结合蛋白,RNA pull-down明确RNA结合蛋白与NEAT1作用靶点片段,使用转染试剂Lipofectamine 2000和siRNA NEAT1(终质量浓度100 nmol/L)敲低HepG2细胞NEAT1表达,Western blot、免疫组织化学检测NEAT1对hnRNP A2蛋白的调节,使用逆转录病毒STP-重组逆转录病毒载体作为载体建立hnRNP A2过表达模型并应用于NEAT1低表达的HepG2细胞模型中,细胞计数试剂盒(CCK-8)增殖实验(10 μl/2 000个细胞)和Transwell小室研究NEAT1低表达的HepG2细胞(2×10^5个/孔)过表达hnRNP A2后与对照组的增殖、侵袭功能.HepG2经NEAT1敲低后2×10^6/0.2 ml腋下注射建立裸鼠皮下成瘤模型,与对照组(si-NC)比较肿瘤体积,hnRNP A2表达.结果 U2AF65能够与NEAT1和hnRNP A2 mRNA相互作用(富集度分别为IgG的82.659倍和53.527倍),NEAT1敲低降低了hnRNP A2 mRNA转录和蛋白表达(P<0.01),这种调控作用可能与NEAT1-U2AF65复合物相关,hnRNPA2过表达可以促进NEAT1敲低的HepG2细胞增殖和侵袭功能(P<0.01).结论 NEAT1通过调节hnRNP A2蛋白影响了肝细胞癌细胞的增殖和侵袭能力. 展开更多
关键词 肝细胞 长链非编码RNA 长链非编码RNA核富集转录体1 肝癌相关基因核内不均一核糖核蛋白A2 RNA结合蛋白
原文传递
HnRNPA2/B1shRNA慢病毒载体感染Hela细胞的稳定株筛选 被引量:2
9
作者 刘瑶 石祥 方文 《贵阳医学院学报》 CAS 2016年第6期625-629,共5页
目的:筛选不均一核糖核蛋白A2/B1(hnRNPA2/B1)的短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体感染宫颈癌细胞株Hela细胞的稳定细胞株。方法:利用hnRNPA2/B1 shRNA慢病毒载体转染Hela细胞,采用嘌呤霉素抗性方法筛选稳定转染的Hela细胞系;将Hela细胞分为... 目的:筛选不均一核糖核蛋白A2/B1(hnRNPA2/B1)的短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体感染宫颈癌细胞株Hela细胞的稳定细胞株。方法:利用hnRNPA2/B1 shRNA慢病毒载体转染Hela细胞,采用嘌呤霉素抗性方法筛选稳定转染的Hela细胞系;将Hela细胞分为空白组(Hela)、阴性组(NC-shRNA)、干扰组1(shRNA1)、干扰组2(shRNA2)、干扰组3(shRNA3)和干扰组4(shRNA4),实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测各组细胞hnRNPA2/B1 mRNA表达水平,Western blot检测hnRNPA2/B1蛋白表达水平,筛选干扰沉默效率最高的细胞作为稳定沉默hnRNPA2/B1基因的稳转株。结果:经筛选获得稳定转染的宫颈癌Hela细胞株,干扰组2,干扰组3和干扰组4与空白组比较,hnRNPA2/B1基因和蛋白表达量降低,差异有统计学意义(P<0.05),其中干扰组4沉默效率最高。结论:成功构建hnRNPA2/B1 shRNA慢病毒载体感染的Hela稳定细胞株。 展开更多
关键词 RNA干扰 短发夹RNA 宫颈癌 HELA细胞 慢病毒 不均一核糖核蛋白基因
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人hnRNPA2/B1shRNA慢病毒载体的构建 被引量:1
10
作者 刘瑶 石祥 方文 《贵阳医学院学报》 CAS 2016年第6期630-634,共5页
目的:构建人核内不均一核糖核蛋白A2/B1(hnRNPA2/B1)基因的短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体。方法:根据hnRNPA2/B1基因序列,设计4对hnRNPA2/B1 shRNA的干扰序列和1对阴性对照序列(NCShRNA);合成靶序列双链DNA,与p GMLV-SC5RNAi慢病毒载体连... 目的:构建人核内不均一核糖核蛋白A2/B1(hnRNPA2/B1)基因的短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体。方法:根据hnRNPA2/B1基因序列,设计4对hnRNPA2/B1 shRNA的干扰序列和1对阴性对照序列(NCShRNA);合成靶序列双链DNA,与p GMLV-SC5RNAi慢病毒载体连接,通过测序鉴定阳性克隆;用构建的慢病毒表达载体和包装质粒共转染HEK293T细胞,荧光显微镜下观察转染病毒72 h后细胞中绿色荧光蛋白的表达,以验证共转染是否成功,超滤法浓缩病毒原液并测定病毒滴度。结果:经酶切和BLAST对测序结果比对,重组克隆中插入的序列与设计合成的4对shRNA及1对阴性对照oligo DNA完全一致,提示慢病毒载体构建成功;荧光显微镜下,HEK 293T细胞可见强绿色荧光蛋白表达,慢病毒载体成功共转染入HEK 293T细胞,病毒滴度为5×1011TU/L。结论:成功构建人hnRNPA2/B1基因shRNA慢病毒载体,病毒滴度达5×1011TU/L。 展开更多
关键词 RNA干扰 慢病毒 293T细胞 载体 短发夹RNA 核内不均一核糖核蛋白基因
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Cloning and Expression of Curcin, a Ribosome-Inactivating Protein from the Seeds of Jatropha curcas 被引量:7
11
作者 林娟 陈钰 +3 位作者 徐莺 颜钫 唐琳 陈放 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第7期858-863,共6页
Curcin, a ribosome-inactivating protein with a molecular weight of about 28.2 kD, which strongly inhibits the protein synthesis in rabbit reticulocyte lysate system with an IC50 value of about (0.19 +/- 0.01) nmol/L, ... Curcin, a ribosome-inactivating protein with a molecular weight of about 28.2 kD, which strongly inhibits the protein synthesis in rabbit reticulocyte lysate system with an IC50 value of about (0.19 +/- 0.01) nmol/L, was purified from the seeds of Jatropha curcas L. The protein has the activity of rRNA N-glycosidase. Degenerate primers were designed based on the N-terminal partial sequence from purified curcin. The full-length curcin cDNA by RT-PCR and 5'-RACE was cloned. The deduced amino acids sequence indicates that a preprotein with 20 amino acid residues is first translated and then processed to a mature protein with 251 amino acids. The deduced amino acids sequence shares homology of 33% and 57% to those of type I ribosome-inactivating proteins (RIPs) and A chain of type II RIPs, respectively. The sequence encoding mature curcin was integrated into the pQE-30 vector for expression in Escherichia coli strain M15 (pREP4). The purified recombinant curcin was able to inhibit protein synthesis in rabbit reticulocyte lysate system. 展开更多
关键词 Jatropha curcas CURCIN RNA N-glycosidase CLONING in Escherichia coli expression
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环状RNA FBXO11靶向miR-376a-3p/SNRPB轴调控胃癌SNU-1细胞的增殖与凋亡 被引量:7
12
作者 孟德峰 李长仔 吴春涛 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期370-377,共8页
目的:探讨环状RNA FBXO11(circFBXO11)调控miR-376a-3p/小核糖核蛋白多肽B基因(SNRPB)轴对胃癌细胞增殖与凋亡的影响。方法:选取2018年1月至2019年1月华北理工大学附属医院肿瘤外科30例手术切除的胃癌患者的癌和癌旁组织标本,免疫组化... 目的:探讨环状RNA FBXO11(circFBXO11)调控miR-376a-3p/小核糖核蛋白多肽B基因(SNRPB)轴对胃癌细胞增殖与凋亡的影响。方法:选取2018年1月至2019年1月华北理工大学附属医院肿瘤外科30例手术切除的胃癌患者的癌和癌旁组织标本,免疫组化染色法检测胃癌组织中SNRPB蛋白阳性表达率,qPCR法检测胃癌组织、胃癌细胞系SNU-1、AGS及HS-746T和胃黏膜细胞GES1中circFBXO11、miR-376a-3p和SNRPB mRNA的表达水平。用双荧光素酶报告基因实验验证circFBXO11与miR-376a-3p、miR-376a-3p与SNRPB之间的靶向关系。将si-NC、si-circFBXO11、miR-NC、miR-376a-3p、si-SNRPB、si-circFBXO11+anti-miR-NC、si-circFBXO11+anti-miR-376a-3p、si-circFBXO11+pcDNA-NC、si-circFBXO11+pcDNA-SNRPB等分别转染进SNU-1细胞,用CCK-8法、流式细胞术以及WB法分别检测细胞的增殖活力、凋亡率以及SNRPB、cyclin D1和C-caspase-3蛋白的表达水平。结果:与癌旁组织比较,胃癌组织中circFBXO11表达水平显著升高、SNRPB蛋白阳性率升高、miR-376a-3p表达显著降低(均P<0.01);与GES1细胞比较,胃癌细胞中circFBXO11和SNRPB表达水平显著升高、miR-376a-3p表达水平显著降低(均P<0.01)。circFBXO11靶向负调控miR-376a-3p表达,miR-376a-3p靶向负调控SNRPB表达。抑制circFBXO11表达或过表达miR-376a-3p或抑制SNRPB表达后,SNU-1细胞的增殖活力降低、凋亡率升高(均P<0.01)。抑制miR-376a-3p表达可部分逆转抑制circFBXO11对SNU-1细胞增殖和凋亡的作用(均P<0.01)。过表达SNRPB可部分逆转抑制circFBXO11对SNU-1细胞增殖和凋亡的影响(均P<0.01)。结论:胃癌组织中circFBXO11呈高表达,抑制circFBXO11表达可抑制胃癌细胞增殖并诱导细胞凋亡,其机制与调控miR-376a-3p/SNRPB通路相关。 展开更多
关键词 环状RNA FBXO11 miR-376a-3p 核糖核蛋白多肽B基因 胃癌 SNU-1细胞 增殖 凋亡
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