核糖蛋白1对非肌层浸润膀胱癌术后复发的预测作用

目的探讨核糖蛋白1(RPN1)对非肌层浸润膀胱癌(NMIBC)术后复发的预测作用。方法运用GEPIA2数据库分析RPN1 mRNA在膀胱癌中的表达差异及其与预后的关系;2018年5月~2021年5月在我院行经尿道肿瘤电切术治疗NMIBC病人的石蜡标本76例为癌症组,32例膀胱镜检的正常组织为正常组。采用免疫组化技术检测76例NMIBC病人RPN1蛋白的表达情况,Cox多因素分析其表达与NMIBC临床病理参数以及术后复发的关系。结果数据库分析发现,RPN1 mRNA在膀胱癌组织中表达水平高于正常膀胱组织;免疫组化结果显示,RPN1蛋白主要表达于细胞质中,RPN1蛋白在NMIBC病人中阳性表达率为64.47%,32例正常组织中阳性表达率为9.37%,RPN1蛋白在癌组织中的表达水平明显高于正常膀胱组织,差异有统计学意义(P<0.05),且RPN1表达与肿瘤直径、组织学分级、病理分期、复发密切相关(P<0.05)。生存分析结果表明,RPN1高表达病人的无复发生存率较低表达病人显著降低,差异有统计学意义(P<0.05)。Cox回归分析显示,RPN1高表达是NMIBC术后复发的独立危险因素。结论RPN1在NMIBC中呈高表达,其表达水平与复发及预后相关。

核糖蛋白替代鱼粉对大菱鲆幼鱼生长性能的影响

该试验旨在研究核糖蛋白替代饵料中鱼粉对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼生长性能的影响,探讨核糖蛋白(Ribosomal protein)替代鱼粉的可行性,并确定最适的替代比例。试验选择体质健壮、体重约为25g的大菱鲆幼鱼400尾,随机分成4组,每组5个重复,每个重复20尾大菱鲆幼鱼。对照组大菱鲆幼鱼投喂基础饵料,试验各组大菱鲆幼鱼分别投喂使用核糖蛋白替代1%、1.5%和2%鱼粉的试验饵料。饲喂8周后,检测各组大菱鲆幼鱼的生长性能。结果表明,在大菱鲆幼鱼饵料中使用核糖蛋白替代1.5%的鱼粉可以显著提高试验末重和增重率,分别比对照组显著提高了5.36%和10.53%(P<0.05);使用核糖蛋白替代1%、1.5%和2%的鱼粉可以使特定生长率分别显著提高7.14%、11.90%、8.73%(P<0.05);使用核糖蛋白替代1.5%的鱼粉可以显著降低大菱鲆幼鱼的饵料系数,显著降低了13.41%(P<0.05)。综上所述,在大菱鲆幼鱼养殖中使用核糖蛋白替代饵料中1.5%的鱼粉对其生长性能效果最优。

异质性细胞核核糖蛋白A2/B1在非小细胞肺癌的表达研究

目的观察异质性细胞核核糖蛋白A2/B1(HeterogeneousnuclearribonucleoproteinA2/B1,hnRNPA2/B1)在非小细胞肺癌的表达,探讨hnRNPA2/B1对非小细胞肺癌的诊断价值及与非小细胞肺癌临床分期、淋巴结转移的关系。方法采用免疫组织化学方法检测83例原发性非小细胞肺癌(肺癌组)、32例肺良性肿瘤(肺良性肿瘤组)及20例正常肺(正常肺组)组织中hnRNPA2/B1的表达。结果肺癌组hnRNPA2/B1表达阳性率79.50%(66/83),肺良性肿瘤组阳性率43.80%(14/32),正常肺组阳性率40.05%(8/20)。肺癌组阳性率显著高于肺良性肿瘤组及正常肺组(均P<0.05);肺良性肿瘤组阳性率与正常肺组无显著性差异(P>0.05)。Ⅰ～Ⅱ期肺癌的hnRNPA2/B1表达阳性率为67.60%(25/37),Ⅲ～Ⅳ期肺癌的阳性率为89.10%(41/46)。Ⅲ～Ⅳ期肺癌的阳性率显著高于Ⅰ～Ⅱ期肺癌(P<0.05)。有淋巴结转移患者的hnRNPA2/B1表达阳性率为88.00%(44/55),无淋巴结转移者的阳性率为66.70%(22/33)。有淋巴结转移患者的阳性率显著高于无淋巴结转移者(P<0.05)。结论hnRNPA2/B1过量表达与非小细胞肺癌的发生、发展和转移密切相关。检测hnRNPA2/B1对非小细胞肺癌的早期诊断、病情预测有重要的临床意义。

异质性细胞核核糖蛋白A2B1与肺癌早期诊断的关系

异质性细胞核核糖蛋白A2 B1(hnRNPA2 B1)在肺癌发生早期广泛过表达于组织化生和恶变的支气管上皮细胞内。对癌细胞、痰标本及支气管肺泡灌洗液 (BAL)中的脱落上皮细胞进行异质性细胞核核糖蛋白A2 B1表达的检测有助于肺癌的早期诊断。

核糖蛋白替代鱼粉对大菱鲆幼鱼生长性能、肠道消化酶活性、免疫能力及血清生化指标影响

本研究旨在评价核糖蛋白替代大菱鲆(Scophthalmus maximus)饲料中鱼粉的潜力。采用单因素实验设计,设6个鱼粉替代水平。对照饲料(D1)中鱼粉含量为45%,通过添加核糖蛋白替代D1组饲料中鱼粉的0.5%(D2)、1%(D3)、2%(D4)、3%(D5)和4%(D6)。实验期间,每天分2次按饱食量投喂初始体重为(24.00±0.30)g大菱鲆幼鱼56 d。结果显示,幼鱼增重率、特定生长率、蛋白质效率随着核糖蛋白替代水平的变化呈先上升后下降趋势,均在D3组达到最高值,显著高于D5和D6组(P<0.05);饲料系数则呈相反趋势,在D3组达到最低值,显著低于D6组(P<0.05)。各替代组幼鱼血清胰岛素生长因子(IGF-1)和生长激素(GH)含量均显著低于对照组(P<0.05);核糖蛋白替代1%~3%的鱼粉后,显著提高了幼鱼肠道胰蛋白酶活性(P<0.05);幼鱼肠道α-淀粉酶活性在D4和D5组显著高于对照组(P<0.05);饲料中添加核糖蛋白替代鱼粉显著降低了幼鱼肠道脂肪酶活性(P<0.05)。各替代组幼鱼血清总蛋白、球蛋白含量和碱性磷酸酶活性均显著高于对照组(P<0.05);D3组溶菌酶活性显著高于D6组(P<0.05);各组间幼鱼血清白蛋白含量和超氧化物歧化酶活性无显著差异(P>0.05),但各替代组均显著提高了幼鱼血清白介素β1(IL-1β)和肿瘤坏死因子(TNF-α)含量(P<0.05);与对照组相比,D4~D6组血清总胆固醇和甘油三酯含量显著降低(P<0.05),低密度脂蛋白在D5和D6组显著降低(P<0.05);高密度脂蛋白在D4组显著升高(P<0.05)。血糖浓度呈先升高后降低的趋势,D3组显著高于对照组(P<0.05)。攻毒实验结果显示,D2组大菱鲆幼鱼48 h累积死亡率最低为56.45%。研究表明,饲料中添加核糖蛋白替代1%鱼粉时,大菱鲆幼鱼生长、消化酶活力及鱼体的免疫能力和抗细菌感染能力均达到最高。

抗核小体、抗双链DNA抗体及抗核内核糖蛋白/Sm抗体定量检测对系统性红斑狼疮的诊断价值

目的探讨联合抗核小体(Nuc)、抗双链DNA(dsDNA)抗体及抗核内核糖蛋白/Sm(nRNP/Sm)抗体定量检测对系统性红斑狼疮(SLE)的早期诊断价值。方法回顾性选取2020年6月至2021年6月景德镇市第二人民医院收治的138例自身免疫疾病患者为研究对象,其中77例SLE患者为SLE组,61例其他自身免疫疾病患者为非SLE组,另选取同期70名健康体检者为对照组。三组研究对象均进行抗Nuc、抗dsDNA、抗nRNP/Sm抗体检测,分析三者及联合检测对SLE的诊断效能。结果SLE组的抗Nuc、抗dsDNA、抗nRNP/Sm抗体水平高于非SLE组、对照组,差异有统计学意义(P<0.05);非SLE组的抗Nuc抗体水平高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。活动组抗dsDNA阳性表达率高于非活动组,差异有统计学意义(P<0.05)。两组的抗Nuc抗体、抗nRNP/Sm抗体阳性表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。抗Nuc、抗dsDNA抗体、抗nRNP/Sm抗体联合检测的灵敏度为93.50%、特异度为81.43%、AUC值为0.986。结论联合抗Nuc、抗dsDNA、抗nRNP/Sm抗体定量检测在SLE诊断中具有较好的补充作用,能够有效提高敏感度从而避免漏检,这对于SLE的早期诊断有较高的临床应用价值。

核糖体蛋白S24在肿瘤中的研究进展

核糖体蛋白S24(RPS24)作为核糖体40S亚基的组成单位,主要参与核糖体的组装和蛋白质的生物合成反应。此外,RPS24还具有转录、细胞周期调控以及影响正常细胞的恶性转化等核糖体外功能。RPS24与胃癌、结直肠癌等多种肿瘤的发生和进展密切相关。RPS24促进肿瘤发生发展的机制多是通过发挥其核糖体外功能实现的,其过程涉及多种复杂的分子机制,但近年来研究多集中于调控p53信号通路的活性,尚缺乏理论研究。因此,了解RPS24在肿瘤中的作用并探究相关的分子机制,可为其作为肿瘤相关生物标志物及治疗靶点提供新思路。

线粒体核糖体蛋白L3与肺癌细胞增殖及迁移能力的关系

目的探讨线粒体核糖体蛋白L3(MRPL3)与肺癌细胞增殖及迁移能力的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和在线网站UALCAN获得MRPL3在各肿瘤组织和癌旁组织中的表达水平。构建过表达MRPL3慢病毒转染H1299细胞株,构建敲低MRPL3慢病毒转染HCC827细胞株。采用定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)验证细胞株是否构建成功。采用CCK-8法检测肺癌细胞的增殖能力,Transwell细胞迁移实验检测细胞迁移能力。结果生物信息学分析显示,MRPL3在肺腺癌组织中的表达水平明显高于邻近正常组织,MRPL3在各肿瘤组织中的表达水平普遍高于癌旁组织。对体外培养肿瘤细胞进行检测,过表达MRPL3肺癌细胞的增殖及迁移能力高于对照组,敲低MRPL3肺癌细胞的增殖及迁移能力低于对照组。结论MRPL3过表达对肺癌细胞的增殖及迁移起到促进作用。

环状核糖核酸转化/转录域关联蛋白和微小核糖核酸-761在冠心病中的表达及临床意义

目的:探究环状核糖核酸转化/转录域关联蛋白(circular RNA transformation/transcription domain associated protein,circTRRAP)和微小RNA-761(microRNA-761,miR-761)在冠心病患者血清中的表达及与心肌损伤的相关性。方法:从2019年12月到2022年12月,在湖南中医药大学第一附属医院接受治疗的80例冠状动脉疾病患者被纳入研究组,同时,80名健康人为对照组。实时荧光定量PCR法用来检测血清中circTRRAP、miR-761表达水平;检测两组心肌损伤相关指标cTnI、cTnT、CK-MB和BNP的水平;采用Person相关性系数分析circTRRAP、miR-761表达与心肌损伤指标的相关性;以ROC曲线探究血清circTRRAP和miR-761水平对冠心病的诊断价值。结果:观察组的circTRRAP水平显著高于对照组,而miR-761水平则远低于对照组(P<0.05)。在心肌损伤指标cTnI、cTnT、CK-MB以及BNP方面,观察组的表达较对照组明显升高(P<0.05)。Pearson法结果显示,冠心病患者血清circTRRAP水平与miR-761呈负相关(r=-0.422,P<0.05)。此外,冠心病患者血清circTRRAP表达水平与cTnI、cTnT、CK-MB和BNP呈显著性的正相关(P<0.05);miR-761表达水平与cTnI、cTnT、CK-MB和BNP呈显著性的负相关(P<0.05)。circTRRAP水平诊断冠心病的曲线下面积(AUC)为0.917,敏感度为78.3%,特异性为95.0%;miR-761水平诊断冠心病的AUC为0.907,敏感度为97.8%,特异性为72.5%;circTRRAP和miR-761联合诊断的AUC为0.991,敏感度为93.5%,特异性为97.5%。结论:冠心病患者血清中circTRRAP的表达水平较高,miR-761的表达水平较低,且血清circTRRAP和miR-761表达水平对冠心病患者早期诊断均有重要作用。

核糖体蛋白L5在Diamond-Blackfan贫血伴发唇腭裂中作用机制的研究进展

核糖体蛋白L5(RPL5)是核糖体大亚基的一部分,携带RPL5基因突变的Diamond-Blackfan贫血患者会伴发多种畸形,包括唇腭裂等颅面畸形以及心脏缺陷等躯体畸形。但是在RPL5突变导致核糖体生物发生缺陷的情况下,唇腭裂发生的机制仍然知之甚少。本文综述了近年对于RPL5的研究,并讨论了突变的RPL5核糖体蛋白与唇腭裂发生的可能机制。

麻疯树核糖体失活蛋白Curcin和Curcin C的RNA N-糖苷酶活性研究

为探究麻疯树核糖体失活蛋白的RNA N-糖苷酶活性,本研究建立了UPLC-MS/MS方法测定麻疯树核糖体失活蛋白Curcin、Curcin C的体外RNA N-糖苷酶脱嘌呤活性.通过单因素实验得到Curcin与RNA32脱嘌呤反应时,反应的最适条件为37℃、pH=4.2、反应时间为4 h.当Curcin C与RNA32脱嘌呤反应时,反应的最适条件为37℃、pH=3.7、反应时间为8 h.Curcin的K_(m)值为8.231μmol/L,Curcin C的K_(m)值为3.302μmol/L,说明Curcin C与底物的亲和力更大.部分金属离子对CurcinC的酶活性具有促进作用,而对Curcin而言均产生了抑制.腺苷浓度达到250μmol/L时,Curcin C酶活性升高,而对于Curcin没有影响.当酶促反应底物为RNA14和RNA32时,Curcin C蛋白的RNA N-糖苷酶活性都显著高于Curcin,表明Curcin C相较于Curcin更具有抗肿瘤药物开发潜力.

线粒体核糖体蛋白12在肾透明细胞癌中的研究进展

肾细胞癌(renal cell carcinoma, RCC)是起源于肾小管上皮的恶性肿瘤,占肾脏恶性肿瘤的80%~90%,最常见的组织病理类型为透明细胞癌。线粒体核糖体蛋白12 (Mitochondrial ribosomal protein L7/L12, MRPL12)是哺乳动物中鉴定出来的第一种线粒体核糖体蛋白。近年来,线粒体作为潜在的癌症治疗靶点受到了广泛关注。MRPL12作为调节线粒体生物合成及能量代谢的关键蛋白,是线粒体核糖体蛋白中目前报道的唯一可以调控线粒体mtDNA转录和生物合成的蛋白。本研究就MRPL12分子对线粒体的调控作用进行讨论,通过生信分析预测评估MRPL12与肾透明细胞癌的相关性,有助于进一步探究MRPL12在肾透明细胞癌中的分子机制和功能。

水稻核糖体失活蛋白家族基因OsRIP8的生物信息学与功能分析

核糖体失活蛋白(RIPs)是一种能使真核细胞核糖体功能被抑制的毒蛋白。OsRIP8是属于该家族的一个功能未知基因。为研究该基因生物学功能,通过数据库对其进行生物信息学分析,利用qRT-PCR验证其表达模式,同时构建OsRIP8-RNAi干涉载体并利用农杆菌转化水稻,采用PCR技术鉴定出转基因阳性植株,分析阳性植株的表达和农艺性状,初步揭示该基因的功能。结果表明,水稻OsRIP8蛋白为不稳定亲水蛋白,不含信号肽及完整的跨膜结构域,蛋白结构以α螺旋为主;在OsRIP8基因启动子区域存在着与植物生长发育、生物与非生物胁迫以及植物激素响应有关的元件;OsRIP8基因的共表达基因富集到多种大分子的生物合成与蛋白代谢等途径;qRT-PCR分析结果表明,OsRIP8基因在发育的小穗及抽穗前1 d的花药中优先表达;RNAi干涉后OsRIP8基因的表达下调造成植株花粉育性和结实率显著降低。暗示该基因对水稻小穗的发育具有重要作用,可能参与调控花粉发育过程。

核糖体蛋白L34和STAT3表达与宫颈癌临床病理特征及预后的关系

目的探讨核糖体蛋白L34(RPL34)和信号转导和转录激活因子3(STAT3)表达与宫颈癌临床病理特征及预后的关系。方法回顾性收集2019年1月至2022年6月台州市中心医院(台州学院附属医院)手术切除的30例宫颈癌和30例正常宫颈(对照)新鲜组织,以及2017年1月至2022年6月手术切除的76例宫颈癌和40例正常宫颈(对照)组织石蜡标本。采用qRT-PCR法检测新鲜组织中RPL34和STAT3 mRNA相对表达量,采用免疫组化法检测石蜡标本中RPL34和STAT3蛋白表达水平,分析RPL34和STAT3在不同临床病理特征宫颈癌患者中的表达差异,采用Spearman秩相关分析RPL34和STAT3表达的相关性,绘制Kaplan-Meier生存曲线分析RPL34和STAT3表达的预后意义。结果宫颈癌组织中RPL34 mRNA相对表达量和蛋白表达水平均显著低于对照组织(均P<0.01),STAT3 mRNA相对表达量和蛋白表达水平均显著高于对照组织(均P<0.01)。不同国际妇产科学联盟(FIGO)分期、浸润深度及淋巴结转移患者宫颈癌组织中RPL34表达水平比较,差异均有统计学意义(均P<0.01),不同FIGO分期、浸润深度、淋巴结转移及分化程度患者宫颈癌组织中STAT3表达水平比较,差异均有统计学意义(均P<0.01)。宫颈癌组织中RPL34表达和STAT3表达呈显著负相关(P<0.05)。与阴性组患者相比,RPL34阳性组患者术后3年总生存率显著升高(P<0.05),STAT3阳性组患者术后3年总生存率显著降低(P<0.05)。结论宫颈癌组织中RPL34 mRNA和蛋白呈低表达,STAT3 mRNA和蛋白呈高表达,RPL34和STAT3表达与宫颈癌的浸润深度、淋巴结转移等临床病理特征有关,并影响患者3年总生存率。RPL34和STAT3有望成为宫颈癌预后判断的标志物。

核糖体蛋白参与的核糖体生物合成在癌症中的研究

核糖体是由核糖核酸(RNA)和核糖体蛋白(RP)组装而成的大分子核糖核蛋白(RNP)复合物,在蛋白质生物合成中起关键作用。核糖体生物合成(RB)对调控细胞的呼吸至关重要,影响细胞的生长和增殖。本文主要以细胞质核糖体蛋白(CRP)和线粒体核糖体蛋白质(MRP)为切入点,介绍细胞内的核糖体生物合成过程,以及其在肿瘤发生发展中的异常调控。

间充质干细胞外泌体调节哺乳动物雷帕霉素靶点/p70核糖体蛋白S6激酶/盘卷肌球蛋白样Bcl-2-相互作用蛋白通路改善糖尿病肾病大鼠肾损伤的机制研究

目的探讨间充质干细胞外泌体(MSC-EVs)通过调节哺乳动物雷帕霉素靶点(mTOR)/p70核糖体蛋白S6激酶(S6K1)/盘卷肌球蛋白样Bcl-2-相互作用蛋白(Beclin 1)通路改善糖尿病肾病(DN)大鼠肾损伤的机制。方法采用高脂饮食联合腹腔链脲佐菌素(STZ)注射的方法建立SD大鼠DN模型,随机分为模型组、MSC-EVs组、MSC-EVs+MHY1485(mTOR激活剂)组,每组12只。另取12只SD大鼠以正常饲料喂养6周后,腹腔注射同等剂量柠檬酸钠溶液作为对照。以MSC-EVs和MHY1485分组处理后,检测大鼠血糖及肾功能指标[血尿素氮(BUN)、血清肌酐(Scr)、尿微量白蛋白(UmALB)]水平。采用苏木精-伊红(HE)染色检测各组大鼠肾组织病理形态;采用免疫组化检测各组大鼠肾组织mTOR/S6K1/Beclin 1通路相关蛋白表达;采用蛋白免疫印迹法检测各组大鼠肾组织mTOR/S6K1/Beclin 1通路及自噬相关蛋白表达。结果与对照组相比,模型组大鼠肾组织形态发生损伤,血糖、BUN、Scr、UmALB、p-mTOR及p-S6K1相对阳性表达、p-mTOR/mTOR、p-S6K1/S6K1显著升高(P<0.05),微管相关蛋白1A/1B轻链3(LC3)Ⅱ/LC3Ⅰ、Beclin 1蛋白表达、Beclin 1相对阳性表达显著降低(P<0.05);与模型组相比,MSC-EVs组大鼠肾组织形态损伤减轻,血糖、BUN、Scr、UmALB、p-mTOR及p-S6K1相对阳性表达、p-mTOR/mTOR、p-S6K1/S6K1显著降低(P<0.05),LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、Beclin 1蛋白表达、Beclin 1相对阳性表达显著升高(P<0.05);与MSC-EVs组相比,MSC-EVs+MHY1485组大鼠肾组织形态损伤加重,血糖、BUN、Scr、UmALB、p-mTOR及p-S6K1相对阳性表达、p-mTOR/mTOR、p-S6K1/S6K1显著升高(P<0.05),LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、Beclin 1蛋白表达、Beclin 1相对阳性表达显著降低(P<0.05)。结论MSC-EVs可增强自噬,降低DN大鼠血糖、SCr、BUN和尿蛋白水平,减轻肾组织损伤,其机制可能与抑制mTOR/S6K1/Beclin 1通路激活有关。

核糖体S6蛋白激酶4基因在多种肿瘤中的表达及其生物信息学分析

目的探讨在不同肿瘤细胞中核糖体S6蛋白激酶4(ribosomal protein S6 kinase 4,RSK4)的表达谱是否存在差异,以及预测可能存在的蛋白亚型及其生物学特性。方法提取神经胶质瘤细胞GL261、卵巢癌细胞ID8、乳腺癌细胞4T1和168FARN、结肠癌细胞mc38和CT26、胃癌细胞MFC和肺癌细胞LLC1的RNA,采用RT-PCR技术检测RSK4的表达及其剪接异构体,生物信息学分析RSK4的生物学特征及其功能。结果RT-PCR结果显示在GL261、4T1、mc38、CT26、MFC和LLC1中均表达RSK4,且不同的肿瘤细胞中表达了多个剪接异构体,开放阅读框分析RSK4可能至少编码11个蛋白亚型;二级结构分析显示,这些剪接异构体编码的蛋白亚型均由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,且保守结构域均相同;蛋白互作网络富集分析显示,RSK4主要通过mTOR信号通路和突触持续增强等信号通路在核质和胞浆中发挥激酶的活性。结论RSK4在不同的肿瘤细胞中存在不同的表达谱,可能产生多种氮端不同的蛋白异构体,能够通过多种信号通路参与不同的生物学途径。

异质性细胞核核糖蛋白A2B1在前列腺癌中的作用及其靶向中药活性成分筛选研究

目的探讨异质性细胞核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)在前列腺癌中的作用,并进一步筛选靶向治疗前列腺癌的中药活性成分。方法通过GEPIA、UALCAN和THPA数据库分析HNRNPA2B1在前列腺癌组织及正常组织中的表达水平及与前列腺癌预后关系,并分析HNRNPA2B1表达水平与前列腺癌患者临床特征关系。使用TIMER数据库分析HNRNPA2B1与前列腺癌免疫细胞浸润的相关性。使用LinkedOmics和DAVID数据库分析HNRNPA2B1基因的正相关基因和KEGG通路。使用比较毒理基因组数据库(CTD)筛选能靶向作用于HNRNPA2B1的中药活性成分。结果HNRNPA2B1在前列腺癌中高表达,与前列腺癌预后相关,且与淋巴结转移及Gleason评分有关。HNRNPA2B1与细胞纯度、B细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞均呈正相关(r=0.197、0.355、0.363、0.114、0.327、0.258,均P<0.05),其参与前列腺癌细胞的免疫浸润。KEGG通路分析HNRNPA2B1及其正相关基因主要参与剪切体通路和泛素介导的蛋白水解通路。进一步通过比较毒理基因组数据库筛选发现槲皮素、白藜芦醇、染料木黄酮等可能是靶向作用于HNRNPA2B1的中药活性成分。结论HNRNPA2B1在前列腺癌中高表达,与前列腺癌预后及免疫浸润有关。槲皮素、白藜芦醇、染料木黄酮等中药活性成分可能通过靶向作用于HNRNPA2B1在前列腺癌中发挥作用。

樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因的克隆及生物信息学分析

【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列,并分析其序列特征及密码子偏好性,为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上,筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物,以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板,应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列,并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数(CAI)、相对密码子使用度(RSCU)、同义密码子第三位核苷酸的GC含量(GCS3)、有效密码子数(ENC)。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列(NCBI:ON637115)和2224 bp基因组DNA序列(NCBI:ON584188),将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子,分别为1616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp,其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守,具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树,RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子(RSCU>1)共有25个、且多以CG结尾,CAI和ENC的值分别为0.29和51.8,故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征,并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子,提高其在樟叶越桔中的表达水平,探究其表达调控及作用机制奠定了基础。

基于生物信息学分析异质性细胞核核糖蛋白A2B1在前列腺癌中的表达及其作用机制探索

目的基于生物信息学分析异质性细胞核核糖蛋白A2B1(HNRNPA2B1)在前列腺癌中的表达及其作用机制探索。方法从癌症基因图谱数据库(TCGA)和人类蛋白组图谱(THPA)获取HNRNPA2B1在前列腺癌组织及正常前列腺组织当中的基因与蛋白水平。分析HNRNPA2B1与前列腺癌患者临床病理特征的相关性及在前列腺癌不同亚组的表达情况,评估HNRNPA2B1在前列腺癌中的诊断及预后价值。通过基因富集分析对HNRNPA2B1在前列腺癌中的作用机制进行初步探索。结果在TCGA和THPA数据库中,HNRNPA2B1mRNA和蛋白水平在前列腺癌组织中明显高于正常前列腺组织。HNRNPA2B1与T分期、N分期及Gleason评分显著相关并显著高表达。HNRNPA2B1的表达情况可以有效区分前列腺癌组织与正常前列腺组织(AUC=0.764)。HNRNPA2B1表达较高患者具有较差的无进展生存。HNRNPA2B1在前列腺癌中可能与钙离子信号通路、氧化磷酸化信号通路、氨基酸及其衍生物代谢信号通路和蛋白质翻译信号通路有关。结论HNRNPA2B1在前列腺癌中高表达,且具有较高的诊断及预后价值,并可能通过参加肿瘤相关信号通路在前列腺癌中发挥作用。