IS6110-限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用

目的评价IS6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）和间隔区寡核苷酸分型技术（spoligotyping）两种方法在结核病流行病学中的应用，探讨我国各地区的结核分枝杆菌菌株特点。方法收集158株结核分枝杆菌临床分离株，分别应用IS6110-RFLP和Spoligotyping两种方法进行鉴定。结果①IS6110-RFLP的分辨力大于spoligotyping分型。②将本次实验结果与国际spoligotype数据库进行比较。结果有14个类型属于共有类型，其中类型1为流行的类型，分布广泛，即所说的北京基因型。③广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义（P〈0．05）。广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论同时应用IS6110-RFLP分型和Spoligotyping两种方法进行结核病流行病学调查研究非常有效，在中国不同地区的菌株具有不同的特点。

用PCR-限制性片段长度多态性分析法检测游泳池肉芽肿中海分枝杆菌

目的:探讨用PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)分析法快速检测游泳池肉芽肿组织中海分枝杆菌。方法:对疑诊为游泳池肉芽肿患者5份皮损组织DNA进行PCR扩增,扩增产物分别用BstEⅡ和HaeⅢ两种限制性内切酶进行酶切,再用琼脂糖凝胶电泳进行RFLP分析,并与培养结果进行比较。结果:5份标本中均检测出海分枝杆菌,与培养结果一致。经过3～7个月治疗,4例患者治愈,1例患者好转。结论:用PCR-RFLP可以快速鉴定海分枝杆菌,有利于该类疾病的早期诊断和及时治疗。

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响.

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展

末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment LengthPolymorphism,T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T-RFLP也有自身的缺陷,本文详细介绍了T-RFLP技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T-RFLP技术在群落分析中的研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法.

现代生物技术在环境微生物学中的应用:Ⅲ.限制性片段长度多态性分析、变性/温度梯度凝胶电泳和报道基因

这是现代生物技术在环境微生物学中的应用系列综述文章的第三篇 ,讨论限制性片段长度多态性 (RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)以及报道基因。

骨科假体相关性感染的末端限制性片段长度多态性分析

背景:随着骨科假体植入的增加,假体相关性感染日益增多。只有深入研究感染中病原菌的分布特点,才能对假体相关性感染的机理和治疗方式有更全面的认识。目的:应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析骨科假体相关性感染的细菌学特征。方法:选取骨科假体相关性感染患者的感染灶样本15例和非假体相关性感染患者的感染灶样本10例,提取样本总DNA,对其16S rDNA进行PCR扩增,应用T-RFLP技术分析样本中微生物群落分布情况。结果:假体相关性感染组检测阳性率为46.7%,非假体相关性感染组检测阳性率为20%;聚类分析结果显示相同解剖部位的感染中细菌群落分布均具有很高的相似性。结论:假体相关性感染检测阳性率高于非假体相关性感染;无论有无假体存在,相同解剖部位的感染中细菌群落的分布具有很高的相似性。

限制性末端片段长度多态性分析技术及其在肠道微生物研究中的应用

限制性末端片段长度多态性分析技术(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)具有高通量,低成本,低劳动力等特点,是微生物生态学家在探索群落结构,功能及其动态变化中的一项实用方便的工具。自2012年至今,T-RFLP在肠道微生物领域研究方向不断拓宽,随后T-RFLP技术被更多的应用于人体相关疾病与肠道微生物关系的研究中。尽管T-RFLP技术仍存在不足,但随着16Sr RNA基因序列数据库和引物的改进,数据生成和分析统计工具的运用,T-RFLP最终将能在各个领域体现其价值,为人类疾病研究事业带来贡献。

限制性片段长度多态性分析酶切条件的优化

目的：对结核分枝杆菌RFLP—DNA分型技术的各个环节进行优化，以提高DNA指纹的清晰度和稳定性。方法：提取结核分枝杆菌DNA，经PvuII酶切后进行琼脂糖凝胶电泳、southern转印，并用经地高辛随机引物标记试剂盒标记IS6110的245bp探针进行杂交。结果：用于结核分枝杆菌DNARFLP分析的最佳DNA浓度是2μg，内切酶浓度为2u／μgDNA，酶切反应时间为4h。结论：RFLP的酶切条件经过合理优化，可以在消耗最低的情况下取得最佳的实验效果。

限制性片段长度多态性聚合酶链反应法检测人细胞色素氧化酶2D6药物代谢相关基因位点多态性

目的建立测定人细胞色素氧化酶2D6(CYP2D6)基因多态性的限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR RFLP)检测方法。方法通过增加PCR扩增体系中DNA模板上样体积、降低引物浓度以及减少限制性内切酶的用量等方法改进、优化实验条件,建立以PCR RFLP法为基础的肝药酶CYP2D6基因型检测方法。结果采用PCR RFLP法能够检测CYP2D6?2、CYP2D6?10和CYP2D6?14基因型,且过程简便,经济实用。结论该方法检测CYP2D6药物代谢相关基因位点基因型具有简便、高效、准确和经济的特点,可在临床及实验室推广使用。

用M13噬菌体作探针进行人的DNA限制性片段长度多态性分析

用M13噬菌体作为探针,可以检测人和动物基因组DNA中高度可变的小卫星区域,其有效顺序是该噬菌体基因Ⅲ中的两组15bp的串联重复。本文介绍的是采用随机引物与PCR过程相结合的方法标记M13噬菌体,得到高比活性的探针,与经HinfⅠ消化的人DNA杂交,产生具有高度多态性的DNA图谱,并与33.15探针杂交的DNA图谱进行了比较,证明M13噬菌体是进行DNA多态性分析的一种非常有用的探针。

单核苷酸多态性与原发性肝癌易感性及临床病理学的相关分析

目的:探讨单核苷酸多态性(SNP)与本地区原发性肝癌(PHC)遗传易感性的关系,并探究SNP位点数目与肝癌患者临床病理学的相关性。方法:采用聚合酶链反应–限制性片段长度多态性技术检测234例肝癌患者和234例阴性对照的27个PHC相关SNP位点基因型和等位基因分布频率,并分析SNP位点与PHC遗传易感性、肝癌患者临床病理学和SNP位点数目的相关性。结果:1) miR-34b/c基因rs4938723位点CC基因型(调整OR = 1.736,95%CI:1.036~2.910,P = 0.036)、EGF基因rs4444903位点GG基因型(调整OR = 1.841,95%CI:1.103~3.071,P = 0.019)具有更高的PHC患病风险;KIF1B基因rs17401966位点GG基因型具有更低的PHC患病风险(调整OR = 0.540,95%CI:0.314~0.930,P = 0.026);分层分析结果显示在男性(P = 0.039)和饮酒(P = 0.025)的人群中EGF基因rs4444903位点基因型GG相比AA + AG基因型PHC发病风险增加;在女性(P = 0.013)、年龄 < 60岁(P = 0.026)及不饮酒(P = 0.039)人群中KIF1B基因rs17401966位点GG基因型相比AA + AG基因型PHC发病风险降低。2) SNP位点数目与门静脉癌栓发生率增加有关(调整OR = 1.122,95%CI:1.005~1.251,P = 0.040)。结论:miR-34b/c基因rs4938723、EGF基因rs4444903、KIF1B基因rs17401966单核苷酸多态性与本地区PHC风险相关,SNP位点数目与肝癌患者临床病理学具有相关性。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析复方川贝散中川贝母成分

目的采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析复方川贝散中川贝母成分。方法研究起止时间为2019年2月至2019年5月。新型快速植物基因组DNA提取试剂盒分别提取复方川贝母和蛇胆川贝液中DNA,PCR扩增后采用SmaⅠ限制性内切酶酶切,并进行琼脂糖凝胶电泳分析。同时,对川贝母含量为0%-40%的样本进行PCR-RFLP检测。结果复方川贝散和蛇胆川贝液PCR扩增后均出现特异性条带,但经SmaⅠ酶切后复方川贝散在100-250 bp出现两条特异性酶切条带,而蛇胆川贝液无特异性条带。川贝母含量为4%时,经PCR-RFLP分析在100-250 bp得到两条特异性DNA条带。结论PCR-RFLP可有效分析复方川贝散中川贝母成分,且对含量超过4%的样本可有效检出。

逆转录—聚合酶链反应结合限制性片段长度多态性分析对我国肾综合征出血热病毒分型的研究

建立准确、快速、灵敏的汉坦病毒基因分型方法，可弥补传统血清学方法的不足，对防治该病毒所致的肾综合征出血热（HFRS）具有重要意义。本试验采用逆转录－聚合酶反应（RT－PCR）和限制性片段长度多态性（RFLP）和限制性片段长度多态性（RFLP）方法，对流行于我国的两型汉坦病毒代表株－汉滩型（HTNV）76－118 和汉城型（SEOV）R22株进行基因分析。根据病毒DNA序列的电脑软件分析。不同HFRSV囊膜糖蛋白编码基因M节段1199－1497间核苷酸序列上RsaI,TaqI和HindⅢ的酶切位点存在差异（Fig.I),可用于进行限制性内切酶基因多态性分析，以确定HFRV的型别。首先，以一对引物扩增该片段（Fig.2)。然后，分析用这三种内切酶（Fig.3,4,5)进行酶切分型，共分析了从我国不同地区，不同宿主分离的毒株18株，及国际标准毒株2株，酶切图谱显示，这些毒株可以被分为三组（Table.a)：9株可定为HTNV型，8株可定为SEOV型，3株无法确定其型别（X型），该法分型结构与血清学经典的空斑减数中和试验分型结构基本一致，说明该酶切分型方法具有一定的可行性。

延吉市土壤中分离的棘阿米巴CJY/S3线粒体DNA限制性片段长度多态性

[目的]观察棘阿米巴土壤分离株CJY/S3的线粒体DNA限制性片段长度多态性.[方法]从棘阿米巴CJY/S3提取线粒体DNA,用EcoRI进行酶切,与广东地区土壤分离株CG/S1进行比较观察限制性片段长度多态性.[结果]延吉市土壤分离株CJY/S3与广东地区土壤分离株CG/S1具有相同的片段模式.[结论]延吉市棘阿米巴土壤分离株CJY/S3与CG/S1具有密切的亲缘关系,而线粒体DNA限制性片段长度多态性分析是棘阿米巴分类简便且有效的方法.

Meta分析系列之十四:Stata实现单核苷酸多态性研究的Meta分析

基因多态性是指在一个生物群体中，同时或经常存在两种或多种不连续的变异型或基因型或等位基因，包括DNA片段长度多态性、DNA重复序列多态性、单核苷酸多态性三类。单核苷酸多态性（single—nucleotide polymorphism，SNP）是最常见的一种，

中国人群醛固酮合成酶基因T-344C位点单核苷酸多态性频率分析

目的研究醛固酮合成酶(CYP11B2)基因T-344C单核苷酸多态性(SNP)在中国人群中的分布。方法采用PCR-RFLP法对中国人群进行醛固酮合成酶(CYP11B2)基因T-344CSNP频率分析比较。结果中国人群的醛固酮合成酶(CYP11B2)基因T-344C基因型频率分布:TT型占64.5%,TC型占30.8%,CC型占4.7%;等位基因频率T占79.9%,C占20.1%。各基因型频率、等位基因频率与西班牙人、德国人、苏格兰人、日本人差异非常显著。结论醛固酮合成酶(CYP11B2)基因T-344CSNP频率的分布有明显的种族差异。

SCN5A基因单核苷酸多态性与壮族原发性癫痫易感性的相关分析

目的探究SCN5A基因单核苷酸多态性(SNP)与壮族原发性癫痫易感性的相关性。方法应用病例对照研究,收集广西百色地区确诊的原发性癫痫患者155例作为研究对象,同期健康体检者200例作为对照组,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术和直接测序法对患者外周血SCN5A基因中rs6599230和rs1805126位点基因多态性检测,评估两组患者不同基因型和等位基因的分布频率与癫痫易感性的关联性。结果 rs6599230和rs1805126位点均检测到CT、TT和CC 3种基因型。癫痫组与对照组相比,rs6599230等位基因分布(χ~2=11.030,P=0.001)和基因型分布(χ~2=11.147,P=0.004)的差异均具有统计学意义;rs1805126等位基因分布(χ~2=0.080,P=0.928)和基因型分布(χ~2=0.786,P=0.675)的差异均无统计学意义。与CC+CT基因型相比,rs6599230位点的TT基因型显著增加了癫痫发病的危险性(OR=1.921,95%CI:1.230～2.998)。结论 SCN5A基因rs6599230位点SNP可能与壮族原发性癫痫易感性有关。

广西肝癌人群IL－23Rrsl1805303位点单核苷酸多态性相关性分析

目的分析白介素23受体（interleukin-23receptor，IL-23R）基因rsl1805303位点单核苷酸多态性（singlenueleo—tidepolymorphisms，SNPs）与广西肝癌人群的相关性。方法将来自广西的研究对象分为肝癌组（270例）和健康对照组（251例），采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（polymerasechainreactiomrestrictionfragmentlengthpolymor—phism，PCR—RFLP）技术检测IL-23Rrsl1805303位点sNPs并分析其与肝癌的关系。结果发现IL-23R基因rsl1805303位点存在三种基因型：CC型、XT型和TT型；在肝癌组与对照组比较中发现IL-23Rrsl1805303位点基因型频率分布差异无统计学意义（χ^2=2．578，P=0．276）；该位点等位基因频率分布差异无统计学意义[（χ^2=2．578，P=0．276，OR（95％CI）：1.164（0．913～1．485）]。结论IL-23Rrsl1805303位点sNPs可能不是广西肝癌人群发病的危险因素。