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基于核糖核酸测序探讨马尔尼菲篮状菌感染致小鼠脑皮层损伤的机制
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作者 韦雪芹 袁宗祥 +8 位作者 张君涵 李炫蓉 韦吴迪 蒋俊俊 王凤仪 莫初叶 康旖雯 梁浩 叶力 《广西医学》 CAS 2023年第3期289-295,共7页
目的应用核糖核酸测序(RNA-seq)技术探讨马尔尼菲篮状菌(TM)致小鼠脑皮层损伤的可能机制。方法(1)将10只C57/BL6小鼠随机分为TM感染组和健康对照组(5只/组)后,分别经尾静脉注射TM分生孢子悬液、生理盐水。将BV2细胞和N2a细胞均随机分为T... 目的应用核糖核酸测序(RNA-seq)技术探讨马尔尼菲篮状菌(TM)致小鼠脑皮层损伤的可能机制。方法(1)将10只C57/BL6小鼠随机分为TM感染组和健康对照组(5只/组)后,分别经尾静脉注射TM分生孢子悬液、生理盐水。将BV2细胞和N2a细胞均随机分为TM感染组和空白对照组,TM感染组加入TM分生孢子悬液,空白对照组加入等量培养液。(2)建模成功后,取小鼠脑皮层组织进行RNA-seq后分析差异表达基因(DEGs);采用R 4.1.2软件对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体论(GO)功能富集分析等。取两组小鼠脑皮层组织及两组BV2细胞、N2a细胞,采用实时荧光定量PCR对富集通路相关DEGs、促炎因子进行体内体外验证。结果(1)共获得871个DEGs,其中上调基因373个、下调基因498个。KEGG通路富集分析结果显示,显著性最大的通路为氧化磷酸化通路(Q=9.60×10^(-3)),基因数目比例最大的通路为神经退行性病变-多种疾病通路;GO功能富集分析结果显示,DEGs主要涉及细胞因子产生的正向调节、突触组织等生物学过程和组织。(2)体内体外验证结果表明,与对应对照组相比,TM感染组小鼠脑皮层组织和N2a细胞中Atp4a、Abcg3的mRNA表达水平均上调,Med8 mRNA表达水平下调,N2a细胞中Ifi47、AA388235的mRNA表达水平上调(均P<0.05),TM感染组小鼠脑皮层组织及BV2细胞中白细胞介素6、白细胞介素1β和肿瘤坏死因子α的mRNA表达水平均上调(均P<0.05),均与RNA-seq结果一致。结论TM感染可能通过直接改变神经元细胞糖代谢,或间接激活小胶质细胞炎症反应,从而导致脑皮层损伤。 展开更多
关键词 马尔尼菲篮状菌 脑皮层损伤 核糖核酸测序 氧化磷酸化 炎症反应 小鼠 细胞实验
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核酸测序法与荧光PCR法测定HBV基因分型比对试验分析 被引量:3
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作者 王凌冰 周晓彬 +1 位作者 罗孝芬 何冰 《临床和实验医学杂志》 2013年第20期1630-1631,共2页
目的对核酸测序方法和荧光PCR法用于乙型肝炎病毒(HBV)分型检测的灵敏度、特异度和分型准确性进行比对分析。方法核酸测序方法作为金标准与荧光PCR法检测结果进行分析,计算乙型肝炎病毒(HBV)分型检测的灵敏度、特异度和分型准确性。结果... 目的对核酸测序方法和荧光PCR法用于乙型肝炎病毒(HBV)分型检测的灵敏度、特异度和分型准确性进行比对分析。方法核酸测序方法作为金标准与荧光PCR法检测结果进行分析,计算乙型肝炎病毒(HBV)分型检测的灵敏度、特异度和分型准确性。结果 200例样本中,金标准检测结果阳性78例;在这78例中,荧光PCR法检测结果阳性78例,荧光PCR法用于乙型肝炎病毒(HBV)检测的灵敏度为100.00%;金标准检测结果阴性122例,荧光PCR法检测结果阴性121例,荧光PCR法用于乙型肝炎病毒(HBV)检测的特异度为99.18%。荧光PCR法用于乙型肝炎病毒(HBV)分型检测的分型准确性为100%。荧光PCR法和金标准方法的分型检测结果,无统计学差异。结论荧光PCR法具有高灵敏度、高特异度、防污染能力强、自动化程度高、速度快等优点,适合用于传染病监测和临床使用的乙型肝炎病毒(HBV)的分型快速检测。 展开更多
关键词 HBV 基因分型 核酸测序 荧光PCR 比对分析
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仙台病毒核酸测序检测方法的建立 被引量:2
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作者 张欢欢 余陈欢 +4 位作者 戴方伟 马月 郎秋蕾 王瑜 应华忠 《实验动物与比较医学》 CAS 2017年第3期204-208,共5页
目的建立仙台病毒(SeV)的核酸测序检测方法。方法根据SeV序列设计覆盖不同毒株的通用引物,然后优化成测序引物并摸索建库条件,进行核酸测序和结果分析。结果获得1对特异性强的通用引物,序列为:上游引物5'-GCTGCAAAACGCTGTGGG-3'... 目的建立仙台病毒(SeV)的核酸测序检测方法。方法根据SeV序列设计覆盖不同毒株的通用引物,然后优化成测序引物并摸索建库条件,进行核酸测序和结果分析。结果获得1对特异性强的通用引物,序列为:上游引物5'-GCTGCAAAACGCTGTGGG-3',下游引物5'-TGGRACYTCAGAAAGAATRGG-3';建库条件优化为:第一轮以cDNA为模板用通用引物扩增,第二轮以第一轮产物为模板用测序引物扩增。测序分析可以有效地将SeV与其他微生物区分开,并且精确到TianJin亚株。结论建立了SeV核酸测序检测方法,为后续SeV感染实验动物的检验检疫提供依据。 展开更多
关键词 仙台病毒(SeV) 核酸测序
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直接核酸测序法进行血友病A携带者及产前诊断 被引量:2
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作者 戴菁 王学锋 +4 位作者 傅启华 方怡 武文漫 丁秋兰 王鸿利 《诊断学理论与实践》 2003年第3期196-199,共4页
目的:对一血友病A(HA)家系进行携带者及产前诊断。方法:用活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶原时间(PT)、纤维蛋白原(Fg)和血浆因子Ⅷ促凝活性(FⅧ:C)测定进行表型诊断;用FⅧ内含子22倒位直接检测以及FⅧ基因内外4个位点的多态性进行... 目的:对一血友病A(HA)家系进行携带者及产前诊断。方法:用活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶原时间(PT)、纤维蛋白原(Fg)和血浆因子Ⅷ促凝活性(FⅧ:C)测定进行表型诊断;用FⅧ内含子22倒位直接检测以及FⅧ基因内外4个位点的多态性进行遗传连锁分析;用核酸直接测序法对FⅧ各外显子及其侧翼序列进行检测。结果:表型检测证明先证者为重型HA,其妹妹FⅧ:C正常;FⅧ内含子22倒位直接检测及FⅧ基因内外4个位点的多态性遗传连锁分析均未获得有诊断意义的信息;直接核酸测序证实先证者及其妹妹FⅧ基因24号外显子第2209位氨基酸存在Arg→Gln(CGA→CAA)错义突变,酶切结果与此一致,其妹为携带者,后者胎儿羊水细胞DNA检测为正常男性。结论:FⅧ基因24号外显子错义突变Arg2209Gln(CGA→CAA)是该HA先证者发病的分子机制。此突变位点为国内首次报道,且该家系为国内首例运用直接核酸测序法进行HA携带者及产前诊断的家系。 展开更多
关键词 直接核酸测序 血友病A 携带者 产前诊断
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基于核酸测序流程的信息管理系统
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作者 王超 袁一 +2 位作者 吴坚 郭景康 王健 《生物信息学》 2009年第3期171-177,共7页
通过分析研究核酸测序实验室的工作流程和管理体系,采用Java技术开发了一套基于实验流程管理的测序实验室的信息管理系统。系统为B/S体系,采用轻量级J2EE系统的分层架构,层次清晰、安全可靠,易于维护和扩展。系统实现了对实验流程的全... 通过分析研究核酸测序实验室的工作流程和管理体系,采用Java技术开发了一套基于实验流程管理的测序实验室的信息管理系统。系统为B/S体系,采用轻量级J2EE系统的分层架构,层次清晰、安全可靠,易于维护和扩展。系统实现了对实验流程的全方位跟踪管理,实现了对数据的采集、存储、整合、查询、导出等功能。系统的实施应用极大地提高了实验室的工作效率和管理水平。同时可为今后分子生物学、医学及其他学科的实验室信息管理系统的建设提供参考。 展开更多
关键词 实验室信息管理系统 LIMS 核酸测序 实验流程 生物信息学
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肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶转基因小鼠肝脏核糖核酸测序差异表达基因分析研究 被引量:2
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作者 胡蒙亮 任航江 +3 位作者 韩亭亭 满永 黎健 李国平 《心肺血管病杂志》 2019年第7期781-787,共7页
目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基... 目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基因。方法:构建肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠;收集野生型和肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠的肝脏组织;油红O染色观察肝脏组织脂质蓄积情况;酶法测定肝脏组织三酰甘油含量;利用蛋白免疫印迹检测脂代谢相关蛋白表达情况;提取两组小鼠肝脏RNA,通过RNA-seq构建mRNA和lncRNA差异表达谱;通过GO和KEGG PATHWAY分析对差异表达的基因进行生物学过程的富集和脂质代谢通路的分析,筛选出与脂代谢相关的差异显著的mRNA和lncRNA;通过实时荧光定量PCR验证肝脏组织中部分差异显著的与脂代谢相关的基因表达水平。结果:肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠相比野生型小鼠,肝脏高度表达11β-HSD1蛋白,模型构建成功。与野生型小鼠相比,肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积,脂质合成通路激活。RNA-seq测序显示,两组样本中有323条差异表达的lncRNA和825条差异表达的mRNA。其中123条lncRNA表达上调,200条lncRNA表达下调;表达上调和下调的mRNA数目分别为376和449。进一步对其进行GO富集分析,结果显示差异表达的RNA主要参与脂质代谢、脂质生物合成和脂肪酸代谢等生物学过程。实时荧光定量PCR验证部分基因表达水平的结果与RNA-seq测序一致。结论:本研究获取了全面的肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠转录组信息,加深了对肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积的理解,为脂肪肝的防治提供理论依据。 展开更多
关键词 Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶 核糖核酸测序 信使核糖核酸 长链非编码核糖核酸 非酒精性脂肪肝
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鳗鱼乳酸脱氢酵素的遗传因子的克隆、核酸测序和进化
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作者 蔡昌明 陈毼安 《中山大学学报论丛》 1995年第3期186-186,共1页
关键词 遗传因子 核酸测序 乳酸脱 鳗鱼 酵素 免疫反应 眼晶体 CDNA 哺乳类 DNA断片
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核酸测序法与荧光PCR法测定HBV基因分型比对试验研究
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作者 李汨 《中文科技期刊数据库(文摘版)医药卫生》 2022年第3期0205-0207,共3页
探讨核酸序列测定法(以下简称核酸测序法)与荧光PCR法测定乙型肝炎病毒(HBV)基因分型的效果。方法 选择2020年5月至2021年6月期间在本院进行健康体检的185例体检者血样作为研究资料。留取体检者血样,分离血清后冷冻保存,样本均分为两份... 探讨核酸序列测定法(以下简称核酸测序法)与荧光PCR法测定乙型肝炎病毒(HBV)基因分型的效果。方法 选择2020年5月至2021年6月期间在本院进行健康体检的185例体检者血样作为研究资料。留取体检者血样,分离血清后冷冻保存,样本均分为两份,分别采用核酸测序法与荧光PCR法测定HBV基因分型,对比两者各基因型检出情况,以核酸测序法为金标准,参照其检测结果,评估荧光PCR法检测的灵敏度、特异度和准确性。结果 核酸测序法检测结果显示:82例体检者为HBV携带者(阳性),阴性者103例。荧光PCR法检测显示:83例体检者为HBV携带者(阳性),阴性者102例。核酸测序法是HBV检测的金标准,以此为参照,荧光PCR法对HBV诊断灵敏度为98.78%、特异度为98.06%、准确率为93.38%。核酸测序法对HBV B型、HBV C型、HBV D型和HBV A型检出率与荧光PCR法比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 荧光PCR法对HBV基因分型的诊断准确性高,且具有灵敏度好、特异度高等优势,与核酸测序法比较,诊断结果一致性较好,可作为HBV筛查与分型检测的首选检测方法。 展开更多
关键词 核酸测序 荧光PCR法 HBV基因分型 比对试验 病毒基因型
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肝癌标本体外置留时间与核糖核酸测序质量的关系 被引量:3
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作者 李近都 李天资 +5 位作者 黄照权 卢冠铭 邹才华 梁烨 黎乐群 彭宁福 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1841-1841,共1页
离开机体的肝组织其RNA极易降解,为保障转录组学研究标本保真,我们观察肝癌标本体外置留时间与RNA的质量。一、材料与方法1.标本处理:取5例肝癌组织,室温25℃体外留置10、20、30、40、50min。用tacoDNA/RNAExtractionKit提取RNA。... 离开机体的肝组织其RNA极易降解,为保障转录组学研究标本保真,我们观察肝癌标本体外置留时间与RNA的质量。一、材料与方法1.标本处理:取5例肝癌组织,室温25℃体外留置10、20、30、40、50min。用tacoDNA/RNAExtractionKit提取RNA。用Agilent6000NanoKit作质量检测。 展开更多
关键词 标本处理 质量检 肝癌组织 核酸测序 置留时间 体外 核糖 RNA
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单细胞核糖核酸测序技术在艾滋病免疫致病机理研究中的应用
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作者 文波 张纪元 +3 位作者 何云 王辉 何清 王福生 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期976-980,共5页
单细胞核糖核酸(RNA)测序是全面研究免疫细胞及其功能的高效技术平台,近年获得了快速的发展。本文就该技术近期在艾滋病免疫学方面的重点研究进展进行综述:主要包括对艾滋病病毒(HIV)感染的CD4^+T淋巴细胞和HIV感染后的潜伏细胞及其特... 单细胞核糖核酸(RNA)测序是全面研究免疫细胞及其功能的高效技术平台,近年获得了快速的发展。本文就该技术近期在艾滋病免疫学方面的重点研究进展进行综述:主要包括对艾滋病病毒(HIV)感染的CD4^+T淋巴细胞和HIV感染后的潜伏细胞及其特征和相关机制的研究;此外,还有对精英控制病人淋巴组织内的CD8^+T淋巴细胞以及树突状细胞的分析研究,发现了与HIV的有效控制密切相关的细胞亚群和转录特征;同时还讨论了下一步研究重点和方向。 展开更多
关键词 单细胞核糖核酸测序 艾滋病病毒 潜伏储存库 精英控制病人
原文传递
线粒体DNA测序分析及其法医学应用 被引量:2
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作者 郭景元 赵勇 《法医学杂志》 CAS CSCD 1996年第3期133-135,共3页
本文建立一种以γ-32PATP直接标记PCR扩增引物为测序引物、纯化的PCR扩增产物为模板、Taq酶直接测序的方法、对100倒无血缘关系的中国汉族人线粒体DNA主要高变区D环区的328个碱基(第16091-16418... 本文建立一种以γ-32PATP直接标记PCR扩增引物为测序引物、纯化的PCR扩增产物为模板、Taq酶直接测序的方法、对100倒无血缘关系的中国汉族人线粒体DNA主要高变区D环区的328个碱基(第16091-16418位)进行了核酸序列分析,检出86种基因型,出现率最高者为7%;检出81个可变碱基位点。两个非血缘关系的中国汉族人出现完全相同序列的概率为0.0068。通过对2个四代家系.5个三代家系和10个两代家系分析扯实线粒体DNA是母系遗传。 展开更多
关键词 线粒体DNA D环区 PCR 核酸测序 法医学应用
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肾综合征出血热患者血浆cf-DNA特征及其深度测序分析
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作者 孙艺祯 张圆 +5 位作者 马樱 张宇丝 易静 李琦 庄然 金伯泉 《科学技术与工程》 北大核心 2016年第7期151-155,161,共6页
探讨肾综合征出血热(HFRS)患者血浆cf-DNA含量与不同病情、病期等指标的相关性,定性分析游离DNA(cf-DNA)的来源与特征。收集了47例HFRS不同病情患者不同病程的128份血浆标本,以及20例健康志愿者的20份血浆标本。定量分析血浆总cf-DN... 探讨肾综合征出血热(HFRS)患者血浆cf-DNA含量与不同病情、病期等指标的相关性,定性分析游离DNA(cf-DNA)的来源与特征。收集了47例HFRS不同病情患者不同病程的128份血浆标本,以及20例健康志愿者的20份血浆标本。定量分析血浆总cf-DNA水平,提取纯化cf-DNA后进行定性分析,对其中9份HFRS患者血浆标本进行DNA高通量测序和生物信息学分析。统计学分析各参数指标间相关性。健康人血浆cf-DNA水平中位数为919.0 ng/m L,HFRS患者血浆cf-DNA含量明显增高,随着病程进展呈现动态变化的规律。轻型/中型患者与重型/危重型患者有着明显不同的分布格局:发热期cf-DNA水平即明显高于健康对照,在低血压休克期达到峰值,然后逐步下降,至多尿期与健康对照无显著性差异;急性期重型/危重型患者cf-DNA平均水平显著高于同期轻型/中型患者水平(p〈0.001)。健康人cf-DNA多为高分子量大片段DNA,而患者血浆cf-DNA高度富集于150-200 bp区域,显示为凋亡片段;血浆cf-DNA片段读长(reads)均匀分布于人类基因组的各条染色体,分布频度与染色体长度高度正相关(p〈0.001),且与HTNV病毒基因组无同源性。HFRS患者,急性期血浆cf-DNA即明显升高,并且随病程进展的不同分期与病情分型,呈现出动态变化的规律。HFRS患者血浆cf-DNA主要来源于疾病状态下,机体细胞发生凋亡后产生的基因组和线粒体DNA断裂片段,不包含HTNV病毒基因组成分。 展开更多
关键词 游离脱氧核糖核酸 肾综合征出血热 汉滩病毒 胱氧核糖核酸测序
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RT-PCR法检测我国东南沿海凡纳滨对虾的桃拉综合征病毒 被引量:9
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作者 黄新新 莫胜兰 陆承平 《中国病毒学》 CSCD 2005年第5期546-548,共3页
Taura syndrome virus(TSV) is one of the important pathogenic agents of Penaeus vannami,which causes prawn infection with serious disease in China in recent years.245 samples collected from 26 farms of Zhangzhou,Xiamen... Taura syndrome virus(TSV) is one of the important pathogenic agents of Penaeus vannami,which causes prawn infection with serious disease in China in recent years.245 samples collected from 26 farms of Zhangzhou,Xiamen,Shenzhen,Yangjiang,Ningbo and Guangzhou.were detected for TSV with RT-PCR,the positive rates were 100%,33.3%,40.7%,50% and 40%,respectively.Southern blotting and nucleotide sequencing were performed to confirm the specificity of the amplified RT-PCR products.The homology of 231bp nucleotide sequences reached 98.3%-100% when analysed and compared with the GenBank using the BLAST program.Phylogenetic analyses clustered the TSV isolates into two groups: one contained USA and Chinese Taiwan isolates;the other contained Vietnam isolate(YN1) and 21 isolates of China's Mainland.The 21 China isolates clustered into one branch,while the YN1 distributed in another branch.5 strains from Guangzhou and 2 strains from Shenzhen constituted one subcluster of the China branch. 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 RT—PCR 桃拉综合征病毒(TSV) 核酸测序
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结核分枝杆菌膜囊泡RNA表达谱分析及功能研究
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作者 吕翎娜 刘秋月 《中国医学前沿杂志(电子版)》 CSCD 北大核心 2024年第3期28-33,I0002,共7页
目的 描绘结核分枝杆菌膜囊泡(mycobacterium tuberculosis membrane vesicles,MVs)的RNA特征表达谱,分析其主要的生物功能,初步探索其诱导巨噬细胞凋亡的作用。方法 分离结核分枝杆菌MVs,提取总RNA,采用illumina Hiseq 2500-SE50平台... 目的 描绘结核分枝杆菌膜囊泡(mycobacterium tuberculosis membrane vesicles,MVs)的RNA特征表达谱,分析其主要的生物功能,初步探索其诱导巨噬细胞凋亡的作用。方法 分离结核分枝杆菌MVs,提取总RNA,采用illumina Hiseq 2500-SE50平台进行双端测序。使用BWA软件进行序列比对,通过COG数据库对基因进行功能注释。通过MTT试验检测细胞存活率,采用Annexin-V联合PI染色法检测细胞凋亡。结果 本研究通过RNA测序及生物信息学分析描绘了结核分枝杆菌MVs中RNA的种类及含量,COG数据库功能注释结果显示这些RNA主要富集的生物学功能包括脂质转运代谢、氨基酸转运代谢、能量产生与转化、次级代谢物合成转运与代谢和转录等。生物分析显示富集的主要功能包括脂质转运代谢、氨基酸转运代谢、能量产生与转化、次级代谢物合成转运与代谢和转录等。功能实验表明,结核分枝杆菌MVs可以降低THP-1源巨噬细胞的存活率,促进细胞凋亡。结论 结核分枝杆菌MVs中含有丰富的短片段RNA,具有诱发细胞凋亡的作用。然而其具体作用机制仍需要更深入细致的研究。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 膜囊泡 核糖核酸测序 细胞凋亡
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SNP与基因检测及表达中的RCA技术
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作者 张江峰 曾照芳 《生物信息学》 2012年第2期116-119,共4页
滚环扩增(rollingcircleamplification,RCA)技术是一种新的分子生物学检测方法。该方法不仅可以在体外等温条件下对核酸进行高度特异性的检测,而且还可通过线性或指数扩增来进行信号级联放大,其灵敏度能达到1个拷贝的核酸分子,因此,可... 滚环扩增(rollingcircleamplification,RCA)技术是一种新的分子生物学检测方法。该方法不仅可以在体外等温条件下对核酸进行高度特异性的检测,而且还可通过线性或指数扩增来进行信号级联放大,其灵敏度能达到1个拷贝的核酸分子,因此,可用于痕量分子的检测。目前,滚环扩增技术广泛应用于全基因组DNA检测、核酸测序、单核苷酸多态性、DNA芯片及蛋白质芯片分析等领域。 展开更多
关键词 滚环扩增 核酸测序 单核苷酸多态性 芯片
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用于探测、检测和分析分子的具有外部光源的集成
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《化学分析计量》 CAS 2016年第6期87-87,共1页
本发明涉及用于分析单分子和进行核酸测序的器械和方法.一种集成装置包括具有样品阱的多个像素,所述样品阱被配置成接收当被激发时发射出发射辐射的样品;至少一个在特定方向中指引所述发射辐射的元件;以及光路径,所述发射辐射沿所述光... 本发明涉及用于分析单分子和进行核酸测序的器械和方法.一种集成装置包括具有样品阱的多个像素,所述样品阱被配置成接收当被激发时发射出发射辐射的样品;至少一个在特定方向中指引所述发射辐射的元件;以及光路径,所述发射辐射沿所述光路径从所述样品阱向传感器行进.所述器械还包括与所述集成装置通过接口连接的仪器.每个传感器可在各样品阱中检测源于样品的发射辐射.所述仪器包括用于在每个样品阱中激发所述样品的激发光源。 展开更多
关键词 激发光源 集成装置 单分子 核酸测序 接口连接 传感器
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福建省肺非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定(英文) 被引量:13
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作者 刘海灿 黄明翔 +5 位作者 蒋毅 连璐璐 赵秀芹 张丽水 吴移谋 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期389-397,共9页
目的对2005-2011年间,福建省福州市胸科医院分离获得的非结核分枝杆菌临床菌株进行菌种鉴定。方法分别使用传统鉴别培养基法和多位点PCR、hsp65-PRA与rpoB-PRA,以及hsp65、rpoB、16srRNA和ITS基因测序等分子生物学方法,对全部菌株进行... 目的对2005-2011年间,福建省福州市胸科医院分离获得的非结核分枝杆菌临床菌株进行菌种鉴定。方法分别使用传统鉴别培养基法和多位点PCR、hsp65-PRA与rpoB-PRA,以及hsp65、rpoB、16srRNA和ITS基因测序等分子生物学方法,对全部菌株进行菌种鉴定。结果 450株被初步鉴定为非结核分枝杆菌的临床分离菌株中,有45株被鉴定为结核分枝杆菌,其余405株被鉴定为23种不同的非结核分枝杆菌和1株支气管戈登菌。结论在该地区有多种非结核分枝杆菌传播和流行,其中,6种非结核分枝杆菌和支气管戈登菌为在福建省内首次发现。 展开更多
关键词 菌种鉴定 分枝杆菌 PRA 核酸测序
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家族性高胆固醇血症并冠心病低密度脂蛋白受体基因突变分析 被引量:5
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作者 夏军辉 王绿娅 +5 位作者 蔺洁 吴成爱 刘舒 潘晓冬 杜兰平 易光辉 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期25-27,共3页
目的检测1例家族性高胆固醇血症(FH)并冠心病患儿低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因点突变,分析基因型与临床表型间的关系,探讨该病发病的可能分子机制。方法先证者,女,11岁。以肘、膝、踝关节处有黄色瘤、双眼有明显角膜弓,频发劳累时胸痛... 目的检测1例家族性高胆固醇血症(FH)并冠心病患儿低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因点突变,分析基因型与临床表型间的关系,探讨该病发病的可能分子机制。方法先证者,女,11岁。以肘、膝、踝关节处有黄色瘤、双眼有明显角膜弓,频发劳累时胸痛为主诉入院。以患儿及其父母的基因组DNA为模板,用降落PCR方法,在同一程序中扩增LDL-R基因的启动子和全部18个外显子;单链构象多态性(SSCP)分析PCR扩增产物,对有异常SSCP带型的PCR产物进行DNA测序;采用PCR-DNA测序技术,检测载脂蛋白apoB100基因Q3500R突变,以排除家族性apoB100缺陷症。结果该患儿及其母亲第14外显子发生Pro664→Leu(P664L)杂合错义突变,其父未发现该突变。未检测出患儿及其父母apoB100Q3500R突变。结论此患儿为LDL-R基因存在P664L杂合错义突变,来自其母;该突变可能是FH的致病突变。 展开更多
关键词 高胆固醇血症 家族性 脂蛋白受体 低密度 基因突变 脱氧核糖核酸测序
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沿海地区11例手部分枝杆菌感染分析 被引量:4
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作者 陈青山 章伟文 +2 位作者 陈宏 王欣 李学渊 《中国防痨杂志》 CAS 2006年第1期34-36,共3页
目的探讨沿海地区手部非结核分枝杆菌感染的体外培养技术和要领,为临床确诊,治疗提供直接证据。方法对2001年6月—2004年9月收治的28例可疑手部分枝杆菌感染作组织块匀浆后的涂片抗酸染色,分枝杆菌培养,分枝杆菌生化分型,分枝杆菌的核... 目的探讨沿海地区手部非结核分枝杆菌感染的体外培养技术和要领,为临床确诊,治疗提供直接证据。方法对2001年6月—2004年9月收治的28例可疑手部分枝杆菌感染作组织块匀浆后的涂片抗酸染色,分枝杆菌培养,分枝杆菌生化分型,分枝杆菌的核酸测序分型。结果分枝杆菌培养阳性11例,具体为海分枝杆菌占8例,偶发1例,鸟1例,结核1例,其中直接抗酸染色检查阳性2例。结论手部慢性可疑分枝杆菌感染患者应同时做抗酸染色及分枝杆菌培养。非结核分枝杆菌感染尤其是海分枝杆菌远比结核分枝杆菌常见,是沿海地区手部非典型感染的主要致病因素。在分枝杆菌培养时必须同时在30℃、35℃两种温度下进行培养。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非结核 核酸测序分型
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女性血友病A FⅧ基因的双重杂合突变-1例基因分析 被引量:6
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作者 蔡晓红 王学锋 +6 位作者 方怡 戴菁 丁秋兰 王文斌 谢爽 谢飞 王鸿利 《血栓与止血学》 2005年第2期52-56,共5页
目的对1例女性血友病A(HA)患者家系进行基因分析,以探讨其分子发病机制。方法FⅧ:C等测定进行HA表型诊断;用LD-PCR进行内含子22倒位检测,对FⅧ基因的所有外显子及其侧翼序列进行扩增,用末端标记双脱氧法检测核酸序列。结果表型检测先证... 目的对1例女性血友病A(HA)患者家系进行基因分析,以探讨其分子发病机制。方法FⅧ:C等测定进行HA表型诊断;用LD-PCR进行内含子22倒位检测,对FⅧ基因的所有外显子及其侧翼序列进行扩增,用末端标记双脱氧法检测核酸序列。结果表型检测先证者(父亲)及其女儿的FⅧ:C分别为6.9%、3.4%;3人内含子22倒位为阴性;先证者女儿FⅧ14号外显子存在自发杂合突变(112183-112191)insA,18号外显子131252T→C(Leu1975Pro); 父亲FⅧ18号外显子存在相同突变,母亲FⅧ基因检测没有发现先证者的这2个突变。结论FⅧ14号外显子(112183-112191)insA与18号外显子131252T→C双重杂合突变可能是导致该患者HA的分子机制,其中18号外显子131252T→C为国际首次报道,14号外显子(112183-112191)insA为国内首次报道。 展开更多
关键词 血友病A 女性患者 因子Ⅷ 突变 核酸测序
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