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江苏省环境来源的O139群霍乱弧菌的核酸特征分析
被引量:
3
1
作者
乔冬梅
翟祥军
+5 位作者
朱叶飞
张雪峰
蒋小皖
顾玲
谈忠鸣
朱凤才
《疾病监测》
CAS
2007年第8期510-513,共4页
目的分析江苏省2003-2005年之间从环境样本中分离到的霍乱弧菌的核酸特征,及其差异的程度。方法将11株目的菌株的表型特征(包括血清型,耐药谱,生化特征以及El Tor霍乱弧菌的噬菌体分型)和核酸特征(包括霍乱毒素基因ctx-A、zot、ace、tc...
目的分析江苏省2003-2005年之间从环境样本中分离到的霍乱弧菌的核酸特征,及其差异的程度。方法将11株目的菌株的表型特征(包括血清型,耐药谱,生化特征以及El Tor霍乱弧菌的噬菌体分型)和核酸特征(包括霍乱毒素基因ctx-A、zot、ace、tcp-A的分布情况和脉冲场凝胶电泳指纹图谱)结合起来进行比较和分析。结果11株菌株中有10株O139群霍乱弧菌,1株ElTor小川;其中6株O139同时对5种以上抗生素耐受,2株O139对4种抗生素耐受,1株O139对2种抗生素耐受,另外1株O139(属于PFGE-C型)和1株小川分别只对一种抗生素耐受;11株霍乱弧菌的生化特征没有明显差异;8株O139同时携带4种毒力相关基因,1株0139只携带zot和ace,另外1株O139(05052)和1株小川未携带这4种基因;9株O139的脉冲场凝胶电泳指纹图谱聚为一类,另外1株O139和小川各自聚为一类。结论10株O139中有1株(属于PFGE-C型)的耐药谱、毒力相关基因分布及PFGE指纹图谱与其他9株不同,而与分离地点相同的小川相似,提示自然环境中的O139群霍乱弧菌存在着差异。
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关键词
O139霍乱弧菌
核酸特征
表型
特征
脉冲场凝胶电泳
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职称材料
基于双核酸频率分布特征的细菌亲缘关系定量分析
被引量:
1
2
作者
张宇镭
赵立平
《中国微生态学杂志》
CAS
CSCD
2006年第4期261-263,共3页
目的采用生物信息学方法定量分析细菌的亲缘关系。方法抽取全基因组核酸序列的双核苷酸频率特征向量,表征数字特征。采用Pearson相关系数分析特征向量之间的距离。结果以119个细菌的全基因组核酸序列为研究对象,两两比对的结果为:越是...
目的采用生物信息学方法定量分析细菌的亲缘关系。方法抽取全基因组核酸序列的双核苷酸频率特征向量,表征数字特征。采用Pearson相关系数分析特征向量之间的距离。结果以119个细菌的全基因组核酸序列为研究对象,两两比对的结果为:越是相近的物种,Pearson相关系数越大,PCC距离越小。结论该方法对细菌亲缘关系的定量描述做了有益的探索。
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关键词
Pearson相关性系数
双
核酸
频率
特征
向量
基因组
特征
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职称材料
改良法克隆淋球菌特征核酸片段
3
作者
余升红
《生物技术》
CAS
CSCD
2002年第2期29-30,共2页
目的 :采用改良法克隆淋球菌特征核酸片段 30 0bp到pBS .sk中 ,作为淋球菌检测试剂盒的阳性标本来源。方法 :采用PCR扩增淋球菌特征核酸片段 30 0bp ,扩增条件 :94℃ 30s,5 5℃ 1min ,72℃ 1min ,35个循环 ,另外用SmalI酶切pBS .sk ,与...
目的 :采用改良法克隆淋球菌特征核酸片段 30 0bp到pBS .sk中 ,作为淋球菌检测试剂盒的阳性标本来源。方法 :采用PCR扩增淋球菌特征核酸片段 30 0bp ,扩增条件 :94℃ 30s,5 5℃ 1min ,72℃ 1min ,35个循环 ,另外用SmalI酶切pBS .sk ,与PCR产物采用改良法平端连接 :连接温度 14℃ ,72h,连接反应体积 15 μl,加 10uSmalI防止pBS .sk自连 ,连接完成后取 5 μl连接液转化 2 0 0 μlCaCl2 制备的感受态受体菌JM10 9,用碱法提取重组子质粒 ,电泳比较质粒大小 ,PCR初筛 ,最后双酶切鉴定。结果 :经过电泳比较质粒大小 ,PCR初筛 ,最后双酶切鉴定 ,得到 5个克隆重组子。
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关键词
特征
核酸
片段
淋球菌
基因克隆
改良法
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职称材料
基于计算模型的RNA甲基化修饰位点预测研究综述
4
作者
江诗雨
邱望仁
《景德镇学院学报》
2017年第3期23-25,共3页
在整个生物发展过程中,核酸翻译后修饰具有非常特殊的功能及意义,而甲基化修饰是普遍存在的且有着相当重要的地位,它广泛分布于各种类型的RNA中,对它的研究已成为生物学的新热点。本文对RNA甲基化修饰的常见类型进行了概述,梳理了其特...
在整个生物发展过程中,核酸翻译后修饰具有非常特殊的功能及意义,而甲基化修饰是普遍存在的且有着相当重要的地位,它广泛分布于各种类型的RNA中,对它的研究已成为生物学的新热点。本文对RNA甲基化修饰的常见类型进行了概述,梳理了其特点、作用、核酸特征提取方法,为RNA修饰的研究和相关工作提供了借鉴。
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关键词
甲基化修饰
计算模型
核酸特征
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职称材料
基于DNA序列信息的核小体位点预测
5
作者
舒展
《信息技术》
2017年第8期173-176,共4页
核小体位点参与很多细胞活动并且在调控细胞进程中起重要作用,核小体位点的精确定位对生物医学和药物学有重大意义。该文结合机器学习算法和DNA序列信息建立一个新的核小体位点预测模型,目的是为了更快更精确地预测核小体位点。实验中使...
核小体位点参与很多细胞活动并且在调控细胞进程中起重要作用,核小体位点的精确定位对生物医学和药物学有重大意义。该文结合机器学习算法和DNA序列信息建立一个新的核小体位点预测模型,目的是为了更快更精确地预测核小体位点。实验中使用K间隔核酸对组成特征和位置特异性核苷酸偏好特征将DNA序列进行编码,然后使用支持向量机对模型进行训练和分类预测。最后将该方法和目前主流的核小体位点预测模型在相同的数据集上做Jackknife测试,实验结果证明了该方法提高了核小体位点预测的正确率。
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关键词
DNA序列
K间隔
核酸
对组成
特征
位置特异性核苷酸偏好
特征
支持向量机
Jackknife测试
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职称材料
题名
江苏省环境来源的O139群霍乱弧菌的核酸特征分析
被引量:
3
1
作者
乔冬梅
翟祥军
朱叶飞
张雪峰
蒋小皖
顾玲
谈忠鸣
朱凤才
机构
江苏省东南大学公共卫生学院
江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制科
出处
《疾病监测》
CAS
2007年第8期510-513,共4页
基金
江苏省疾病预防控制中心青年基金(基金号:JSQ200506)的资助
文摘
目的分析江苏省2003-2005年之间从环境样本中分离到的霍乱弧菌的核酸特征,及其差异的程度。方法将11株目的菌株的表型特征(包括血清型,耐药谱,生化特征以及El Tor霍乱弧菌的噬菌体分型)和核酸特征(包括霍乱毒素基因ctx-A、zot、ace、tcp-A的分布情况和脉冲场凝胶电泳指纹图谱)结合起来进行比较和分析。结果11株菌株中有10株O139群霍乱弧菌,1株ElTor小川;其中6株O139同时对5种以上抗生素耐受,2株O139对4种抗生素耐受,1株O139对2种抗生素耐受,另外1株O139(属于PFGE-C型)和1株小川分别只对一种抗生素耐受;11株霍乱弧菌的生化特征没有明显差异;8株O139同时携带4种毒力相关基因,1株0139只携带zot和ace,另外1株O139(05052)和1株小川未携带这4种基因;9株O139的脉冲场凝胶电泳指纹图谱聚为一类,另外1株O139和小川各自聚为一类。结论10株O139中有1株(属于PFGE-C型)的耐药谱、毒力相关基因分布及PFGE指纹图谱与其他9株不同,而与分离地点相同的小川相似,提示自然环境中的O139群霍乱弧菌存在着差异。
关键词
O139霍乱弧菌
核酸特征
表型
特征
脉冲场凝胶电泳
Keywords
Vibrio cholerae O139 strains
NCA characteristics
pulsed field gel electrophoresis fingerprint
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
基于双核酸频率分布特征的细菌亲缘关系定量分析
被引量:
1
2
作者
张宇镭
赵立平
机构
上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态与生态基因组学实验室
出处
《中国微生态学杂志》
CAS
CSCD
2006年第4期261-263,共3页
文摘
目的采用生物信息学方法定量分析细菌的亲缘关系。方法抽取全基因组核酸序列的双核苷酸频率特征向量,表征数字特征。采用Pearson相关系数分析特征向量之间的距离。结果以119个细菌的全基因组核酸序列为研究对象,两两比对的结果为:越是相近的物种,Pearson相关系数越大,PCC距离越小。结论该方法对细菌亲缘关系的定量描述做了有益的探索。
关键词
Pearson相关性系数
双
核酸
频率
特征
向量
基因组
特征
Keywords
Pearson correlation coefficient
Dinucleotide frequency profile vector
Genome Signature
分类号
Q-03 [生物学]
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职称材料
题名
改良法克隆淋球菌特征核酸片段
3
作者
余升红
机构
中山医科大学医学遗传教研室
出处
《生物技术》
CAS
CSCD
2002年第2期29-30,共2页
文摘
目的 :采用改良法克隆淋球菌特征核酸片段 30 0bp到pBS .sk中 ,作为淋球菌检测试剂盒的阳性标本来源。方法 :采用PCR扩增淋球菌特征核酸片段 30 0bp ,扩增条件 :94℃ 30s,5 5℃ 1min ,72℃ 1min ,35个循环 ,另外用SmalI酶切pBS .sk ,与PCR产物采用改良法平端连接 :连接温度 14℃ ,72h,连接反应体积 15 μl,加 10uSmalI防止pBS .sk自连 ,连接完成后取 5 μl连接液转化 2 0 0 μlCaCl2 制备的感受态受体菌JM10 9,用碱法提取重组子质粒 ,电泳比较质粒大小 ,PCR初筛 ,最后双酶切鉴定。结果 :经过电泳比较质粒大小 ,PCR初筛 ,最后双酶切鉴定 ,得到 5个克隆重组子。
关键词
特征
核酸
片段
淋球菌
基因克隆
改良法
分类号
R378.16 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
基于计算模型的RNA甲基化修饰位点预测研究综述
4
作者
江诗雨
邱望仁
机构
景德镇陶瓷大学信息工程学院
出处
《景德镇学院学报》
2017年第3期23-25,共3页
基金
景德镇陶瓷大学研究生创新基金(JYC201521)
文摘
在整个生物发展过程中,核酸翻译后修饰具有非常特殊的功能及意义,而甲基化修饰是普遍存在的且有着相当重要的地位,它广泛分布于各种类型的RNA中,对它的研究已成为生物学的新热点。本文对RNA甲基化修饰的常见类型进行了概述,梳理了其特点、作用、核酸特征提取方法,为RNA修饰的研究和相关工作提供了借鉴。
关键词
甲基化修饰
计算模型
核酸特征
Keywords
methylation modification sites
computational methods
nucleic acid features
分类号
J525.4 [艺术—艺术设计]
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职称材料
题名
基于DNA序列信息的核小体位点预测
5
作者
舒展
机构
南京理工大学计算机科学与工程学院
出处
《信息技术》
2017年第8期173-176,共4页
文摘
核小体位点参与很多细胞活动并且在调控细胞进程中起重要作用,核小体位点的精确定位对生物医学和药物学有重大意义。该文结合机器学习算法和DNA序列信息建立一个新的核小体位点预测模型,目的是为了更快更精确地预测核小体位点。实验中使用K间隔核酸对组成特征和位置特异性核苷酸偏好特征将DNA序列进行编码,然后使用支持向量机对模型进行训练和分类预测。最后将该方法和目前主流的核小体位点预测模型在相同的数据集上做Jackknife测试,实验结果证明了该方法提高了核小体位点预测的正确率。
关键词
DNA序列
K间隔
核酸
对组成
特征
位置特异性核苷酸偏好
特征
支持向量机
Jackknife测试
Keywords
DNA sequences
k-spaced nucleic acid pairs feature
position-specific nucleotide propensity feature
suport vector machine
Jackknife test
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
Q523 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
江苏省环境来源的O139群霍乱弧菌的核酸特征分析
乔冬梅
翟祥军
朱叶飞
张雪峰
蒋小皖
顾玲
谈忠鸣
朱凤才
《疾病监测》
CAS
2007
3
下载PDF
职称材料
2
基于双核酸频率分布特征的细菌亲缘关系定量分析
张宇镭
赵立平
《中国微生态学杂志》
CAS
CSCD
2006
1
下载PDF
职称材料
3
改良法克隆淋球菌特征核酸片段
余升红
《生物技术》
CAS
CSCD
2002
0
下载PDF
职称材料
4
基于计算模型的RNA甲基化修饰位点预测研究综述
江诗雨
邱望仁
《景德镇学院学报》
2017
0
下载PDF
职称材料
5
基于DNA序列信息的核小体位点预测
舒展
《信息技术》
2017
0
下载PDF
职称材料
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