蛋白质合成中的核糖核酸蛋白质复合物

细胞中的RNA和RNA结合蛋白质(RNA-binding proteins,RBPs)相互作用形成核糖核酸蛋白质(ribonucleoprotein,RNP)复合物。RNP复合物分布广泛,功能众多。蛋白质生物合成包括转录及其调控、mRNA加工转运、tRNA传递、翻译及其调控等,是核酸编码的遗传信息流向活性蛋白质的过程。多种RNA分子参与这一过程,有的与对应的RNA结合蛋白质形成RNP复合物。RNP复合物的多样性和重要功能在此得到了最好的体现。该文以其中起核心作用的RNA分子为主线,对蛋白质合成中的RNP复合物进行了综述。

悬浮芯片在核酸和蛋白质检测中的应用

悬浮芯片是近年来兴起的一种新型检测技术,不同于固相基因芯片,它整合了高分子化学、分子生物学、免疫学、激光检测、微流体、高速数字信号处理、计算机分析等方面的先进技术,能够对少量样本进行高通量的定性、定量检测。主要综述了悬浮芯片技术的基本原理,并概要介绍了其在核酸和蛋白质检测中的应用。悬浮芯片技术在核酸和蛋白质检测中有着显著的优点,如高通量、操作简便、重复性好、灵敏度高、线性范围宽等,不但可以广泛应用于科学研究领域,而且还将逐渐普及于临床诊断实验室,具有广阔的应用前景。

水稻核糖核酸酶T2蛋白质在叶片生长和盐胁迫过程中的表达研究

核糖核酸酶(Ribonucleases,RNase,RNS)T2普遍存在于各种生物中,其保守性提示了功能的重要性。在水稻基因组中有8个RNase T2成员,本试验采用基于抗体的蛋白质组学策略,用免疫印迹(Western Blotting,WB)技术检测了它们在叶片生长及盐胁迫条件下的表达,发现OsRNS1-OsRNS7蛋白质在叶片中有表达,其中OsRNS4主要在苗期表达,提示其在苗期发挥作用,其它蛋白质主要在成株期表达,但没有检测到OsRNS8的表达;水稻OsRNS4在盐胁迫条件下表达上调,提示其可能在盐胁迫应答过程中发挥作用,其它RNase T2蛋白质的表达大多随盐胁迫时间的延长而下降。将RNase T2蛋白质的表达与转录信号进行比较,发现二者在部分基因中有一定的相关性。本试验获得的数据为揭示水稻RNase T2基因的功能提供了线索。

蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析

为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白质发生相互作用时对氨基酸残基的偏好性和双链RNA分子差异不显著;氨基酸的极性大小及方向在决定其是否与核酸分子形成范德华力作用具有重要贡献,氨基酸侧链形成的空间位阻会阻碍其与核酸分子形成氢键作用;蛋白质-DNA复合物结构氢键/范德华力作用位点上残基间空间协同作用时对氨基酸类型的选择与蛋白质-RNA复合物结构间存在显著差异.

蜂胶黄酮对D-半乳糖致衰老小鼠脑蛋白质、核酸代谢的影响

目的探讨蜂胶黄酮对衰老模型小鼠学习记忆行为的影响及其作用机制。方法采用同位素标记物体内掺入法观察蜂胶黄酮各组小鼠脑蛋白质及核酸代谢的变化。结果蜂胶黄酮增加小鼠脑组织蛋白质、DNA和RNA含量。结论蜂胶黄酮能明显增强小鼠学习记忆功能,其作用机制与其促进的蛋白质、核酸等生物大分子形成密切相关。

吗啡对大鼠肝脏蛋白质及核酸分解代谢关键酶基因表达的影响

目的 :阐明在转录水平上吗啡对大鼠肝脏谷氨酸脱氢酶 (GL DH)及腺苷脱氨酶 (ADA)的影响。方法 :5 0只清洁级成年雌性 Wistar大鼠 ,体重 (2 0 0± 2 0 ) g,随机分为 5组 :生理盐水对照组 (对照组 )、 3d吗啡组(吗啡 组 )、 7d吗啡组 (吗啡 组 )、自然停药 3d组 (停药 组 )及自然停药 7d组 (停药 组 ) ,每组 10只。各组动物分别于实验结束次日早 8:30处死 ,采集肝脏组织并提取肝脏总 RNA,以看家基因β-肌动蛋白 (β- actin)为内参对照 ,采用逆转录聚合酶链反应 (RT- PCR)法分析吗啡给药及停药后大鼠蛋白质分解代谢酶 GL DH和核酸分解代谢酶 ADA基因表达的变化。结果 :吗啡 、 组及停药 、 组大鼠肝脏 GL DH m RNA含量分别为对照组的 1.0 2、 1.0 9、 1.16及 1.4 6倍 ,吗啡给药大鼠肝脏中 GL DH基因表达随给药时间延长而持续增强 ,自然停药一定时间内大鼠肝脏中 GL DH m RNA含量仍持续增高 ;吗啡 、 组及停药 、 组大鼠肝脏 ADA m RNA含量分别为对照组的 2 .6 5、 1.89、 1.18及 0 .87倍 ,吗啡 、 组大鼠肝脏 ADA的基因表达均比对照组明显增高 ,自然停药后大鼠肝脏 ADA表达逐渐下降 ,停药 7d时下降至接近对照组水平。结论 :吗啡可以诱导大鼠肝脏GL DH及 ADA基因的表达。

生命起源的现代探讨──基于磷酰化氨基酸的核酸和蛋白质共起源学说评述

先有核酸还是先有蛋白质，是当前生命起源研究中的难题。本文在讨论现代生物学和物理学对生命本质的认识后，评介了中国学者提出的一个基于N－磷酰化氨基酸自组装的蛋白质和核酸共进化的模型。在有核畜存在时；磷酸化氨基酸自组装提供了一个能把蛋白质合成和核酸合成偶联起来的最小的分子模型。同其他生命起源学说相比，这一模型更符合生命的基本特征（自复制、生长、变异和进化），以及Eigen“超循环论”的自组织和进化的理论框架。

蛋白质-核酸复合物中氢键和范德华力作用位点偏好性分析

对蛋白质-核酸复合物结构中氢键/范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析。发现:(1)在蛋白质-DNA复合物结构中,范德华力作用对与氢键数量相当;而在蛋白质-RNA复合物结构中,范德华力作用对数量要远多于氢键;(2)复合物结构中氢键和范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异显著;(3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与DNA/RNA分子形成氢键/范德华力相互作用时起到重要的作用。

硒对培养的二代缺硒大鼠肝细胞核酸及蛋白质合成影响

本文通过现察硒对~3H-TdR,~3H-UR,~3H-Lea参入培养的二代硒缺乏大鼠肝细胞核酸及蛋白质,研究了硒对大鼠肝蛋白质及核酸合成的影响,实验结果表明,缺硒肝细胞三种同位素的参入量,蛋白质及核酸的含量均比对照组低,加硒能一定程度恢复上述变化。从而揭示,硒与机体蛋白质及核酸的合成有密切关系。

液相芯片技术及其在蛋白质和核酸检测中的应用

LumJnex液相芯片技术是1990年代兴起的，集合流式细胞技术、激光技术、微球数字信号处理技术为一体的新型检测技术。与传统的临床检测方法相比，其主要优点在于高通量、高敏感、重复性高、检测范围广、反应速度快，仅需微量样品即可进行检测等。Luminex具有两大核心技术：xMAP技术和xTAG技术。xMAP技术利用抗原．抗体反应的原理，可用于蛋白质和核酸的检测；xTAG技术能够测定若干基因组形式，如基因表达分析、微RNA分析、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）分析、特定序列的检测等。

蛋白质-核酸混合物的生物印迹及催化水解反应的研究

作为分子印迹的发展,生物印迹已经成为以蛋白质为母体制备模拟酶的重要手段.本文以N-苯甲酰-L-精氨酸乙酯为模板印迹来源于鲱鱼精子的蛋白质-核酸混合物,并用来催化N-苯甲酰-L-精氨酸乙酯的水解反应.结果表明,生物印迹的蛋白质-核酸混合物在水介质中稳定,能够用作水解反应的酶模拟物.

基于核心素养的复习课概念整合教学设计——以“核酸和蛋白质在细胞内的功能分工和相互关系”专题复习为例

以"核酸和蛋白质在细胞内的功能分工和相互关系"专题复习为例,深入挖掘教学内容,基于生物学学科素养,探讨复习课如何进行概念整合。

蛋白质-核酸复合物界面氨基酸与核苷酸偏好性分析

蛋白质-核酸相互作用机制到目前还不是很清楚,尤其是蛋白质与RNA的相互作用。目前,可得到的蛋白质-核酸复合物结构数据不断增多,作者收集了Protein Data Bank数据库中所有的蛋白质-核酸复合物结构数据,对复合物中结合残基和结合核苷酸的偏好性进行了统计分析。发现:1)不同功能的蛋白质-核酸复合物间的结合残基数量存在显著差异;2)在蛋白质-DNA和蛋白质-RNA复合物界面,碱性氨基酸都是最受欢迎的;3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与RNA分子进行结合时起到重要的作用,同时发现氨基酸侧链形成的空间位阻会影响氨基酸残基与RNA分子的相互作用;4)随着定义结合残基距离阈值的增大,其氨基酸使用的特异性降低,而受欢迎与不受欢迎的氨基酸种类均没有变化。

蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸相互作用研究方法及在人肠道病毒A71型研究中的应用

研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法主要有酵母双杂交、噬菌体展示、免疫共沉淀、谷光苷肽巯基转移酶沉淀、细胞内共定位、亲和印迹、病毒铺覆蛋白结合技术、表面等离子共振、荧光共振能量转移等技术。检测蛋白质-核酸相互作用的方法主要包括酵母单杂交、染色质免疫沉淀、电泳迁移率实验、DNA-蛋白质印迹、报告基因、免疫共沉淀、谷光苷肽巯基转移酶沉淀、噬菌体展示等技术。在我们实验室对人肠道病毒A71型(EV-A71)的研究中经常会用到这些方法,但在该研究领域尚未有中文综述发表,因此本文对EV-A71研究中这些方法的应用进行了综述,该综述对蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸在其他病毒研究中的应用同样具有重要启示。

DNA甲基化作用对HL-60细胞中蛋白质-核酸相互作用的影响

以S 腺苷酰 L 甲硫氨酸 (SAM)为诱导物 ,在 1 0 μmol/L的最佳浓度下 ,可诱导 1 6 %的HL 6 0细胞分化 .HPLC法检测碱基含量 ,发现在细胞分化过程中伴有基因组DNA甲基化水平升高 .选择对 5 甲基胞嘧啶敏感的限制性核酸内切酶切割DNA ,证实基因组DNA对HaeⅢ ,SmaⅠ ,SalⅠ ,XhoⅠ和HindⅢ的切割产生阻抗作用 .以凝胶滞留法检测DNA与核蛋白的结合状况 ,表明DNA与胞内DNA结合蛋白的结合能力发生改变 .

A/U富集片段RNA结合蛋白的固相纯化与鉴定

RNA与细胞靶蛋白结合是RNA发挥其生物学功能的重要基础,因此,分离和鉴定RNA结合蛋白是研究RNA功能的必要步骤.目前,RNA结合蛋白的分离和鉴定方法较多,但各有优缺点.本实验利用可溶性碳二亚胺(EDC)介导的缩合反应,将A/U富集片段RNA共价偶联到固相介质amine M-270上,再用固定化RNA经亲和层析从细胞抽提物中分离纯化RNA结合蛋白,并以SDS-PAGE联合质谱分析和Western blotting等方法鉴定RNA特异性结合蛋白.最后通过荧光原位杂交和共聚焦显微镜证明这些RNA特异性结合蛋白确与RNA在细胞内结合.实践证明这一方法简单、高效、易于掌握.

与丙型肝炎病毒复制中间体3′末端结合的宿主蛋白的研究

宿主细胞蛋白在HCV复制过程中起着重要的作用 .应用蛋白质 核酸紫外交联法检测多个细胞株 ,目的是明确是否存在可与HCV复制中间体 3′末端特异性结合的细胞蛋白质 .结果显示 ,在多个细胞株中存在一个分子质量约为 45ku的蛋白质 (命名为 p45 ) ,可与HCV复制中间体 3′末端 131～ 2 78nt结合 ,这种结合可被过量的自身未标记RNA竞争抑制 ,而非同源蛋白和非同源RNA均不能竞争抑制这种结合 .根据计算机RNA二级结构分析推测 ,p45可能特异性结合于HCV复制中间体 3′端的一茎环结构内 .这一结果提示 ,p45在HCV子代RNA复制中可能起着重要作用 .

蛋白质-核酸对接方法研究进展

分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望。